AllPrep DNA/RNA Kits

スピンカラム式および 96 ウェルフォーマット、少量サンプルの場合を含めて細胞や組織からの DNA と RNA を同時精製

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AllPrep DNA/RNA Mini Kit (50)

Cat. No. / ID:  80204

For 50 minipreps: AllPrep DNA Spin Columns, RNeasy Mini Spin Columns, Collection Tubes, RNase-Free Water and Buffers 
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$763.00
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Kit
AllPrep DNA/RNA Kit
Eco-friendlier kit
Column typePlate type
Mini
Micro
96 well
AllPrep DNA/RNA Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。
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Features

  • 同一サンプルから高品質なDNAおよびRNA
  • 貴重なサンプルから最大収量のDNAおよびRNA
  • 迅速で効率的な精製プロトコール
  • 96ウェルプレートには専用のプロトコール
  • ダウンストリームの様々な解析に適したDNAおよびRNA

Product Details

AllPrep DNA/RNA Kitは、細胞や組織サンプルからゲノムDNAおよびトータルRNAの同時精製できるキットです。各サンプルを別々の精製手順用に2つに分ける必要がないため、最大限のDNAとRNA収量が得られます。精製したDNAとRNAは別々に溶出します。

AllPrep DNA/RNA MicroおよびMini Kitは、QIAcube Connectで自動化できます。AllPrep DNA/RNA 96 Kitは、最大96個のサンプルからゲノムDNAおよびトータルRNAをハイスループットで精製するのに適しています。

Performance

培養細胞や溶解しやすい組織の少量のサンプルをAllPrep DNA/RNAテクノロジーで処理できます(表「AllPrep DNA/RNA Micro Kitを使用した組織からのDNAおよびRNAの最適収量の例」を参照)。ゲノムDNAの精製には新しいAllPrep DNAスピンカラムを使用し、トータルRNAにはRNeasy MinEluteスピンカラムを使用します。培養細胞からはAgilent RIN 値が10に近いトータルRNAを安定して得ることができます。ゲノムDNAおよびトータルRNAは、広いダイナミックレンジで信頼性の高い定量性を示します(「 広いダイナミックレンジ」 を参照)。

AllPrep DNA/RNA Micro Kitを使用した組織からのDNAおよびRNAの最適収量の例

組織(5 mg) DNA収量 (µg)* RNA収量 (µg)*
心臓 3.89 2.00
2.60 3.08
腎臓 11.33 12.70
肝臓 32.40 16.02
肺がん 9.65 24.63
脾臓 20.50 43.51
胸腺 34.90 56.89
26.71 27.38

シンプルなワークフローで1つのサンプルからDNAとRNAの抽出が可能です。精製されたゲノムDNAの長さは平均 15–30 kb であり、マルチプレックスPCRで良好な結果が得られます(図「  8つの標的のマルチプレックスPCR」を参照)。トータルRNAはRIN値が10と高品質であり、RNAがインタクトであることを示します(図 「 トータルRNAとゲノムDNAの同時精製」および図「  高品質のトータルRNA」を参照)。

AllPrep DNA/RNAテクノロジーは便利な96ウェルフォーマットにも対応しており、さまざまな細胞や組織から高品質のDNAとRNAを、効率良く精製することもできます(表「AllPrep DNA/RNA 96 Kitを使用して組織から精製した高品質のRNA」および図「 96ウェルフォーマットでのDNAおよびRNAの再現性の高い精製」)。

AllPrep DNA/RNA 96 Kitを使用して組織から精製した高品質のRNA

ラット組織 RIN 値*
肝臓 9.4
肺がん 9.5
脾臓 9.6
胸腺 10.0

RNaseまたはDNase処理を追加で行う必要はなく(図「 ゲノムDNAの混入のないRNA」を参照)、精製されたDNAは、ダウンストリームのアプリケーションにそのまま使用できます(図「 信頼性の高いマルチプレックスPCR解析用の高品質なDNA」)。

See figures

Principle

AllPrep DNA/RNA Kitは、同一の細胞または組織サンプルからゲノムDNAとトータルRNAの両方を精製するよう設計されています。各サンプルを個別の精製用に分ける必要がないため、DNAとRNAを無駄なく回収できます。追加のRNaseまたはDNase処理を必要とせず、さまざまな組織から高品質なDNAおよびRNAを効率良く精製することができます。精製されたDNAとRNAは、個別に溶出し、ダウンストリームのアプリケーションにすぐ使用することができます。96ウェルフォーマットでの処理に対応しているためAllPrep DNA/RNAテクノロジーは、ゲノミクスおよびシステム生物学におけるサンプル調製の理想的なツールとなります。

Procedure

シンプルなスピンカラムワークフローにより、同一サンプルから高品質のDNAおよびRNAを精製できます(フローチャート「 AllPrep DNA/RNAの操作手順」を参照)。培養細胞および溶解しやすい組織のいずれも処理することができます。ゲノムDNAの精製には新しいAllPrep DNAスピンカラムを使用し、トータルRNAにはRNeasy MiniまたはRNeasy MinEluteスピンカラムを使用します(AllPrep DNA/RNA Micro Kit)。

Buffer RLT Plus(AllPrep DNA/RNA Micro KitおよびAllprep DNA/RNA Mini Kitに同梱)中で組織を破砕し、ホモジナイズする際、過剰な泡立ちが生じる可能性があります(Allprep DNA/RNA 96 KitではBuffer RLTを用いるため、これは生じません)。破砕とホモジナイゼーションを開始する前に、Reagent DX(別売)をBuffer RLT Plusに最終濃度が0.5%(v/v)となるように添加することで、大幅に泡立ちを低減できます。Reagent DXは、本キットとの組み合わせて検証されており、RNAの純度やリアルタイムRT-PCRなどのダウンストリームのアプリケーションに影響はありません。Reagent DXを含むBuffer RLT Plusは、室温(15~25ºC)で少なくとも9ヶ月保存できます。

Supplementary protocolにより、タンパク質の精製も可能です。各サンプルからDNA、RNA、タンパク質を定期的に調製する実験の場合、AllPrep DNA/RNA/Protein Mini Kitを代わりに使用することもできます。

AllPrep DNA/RNA 96 Kitは96ウェル精製用プレートを用いたキットで、DNAおよびRNAの両方をハイスループット処理できます。プレートは、遠心(Centrifuge 4-16およびPlate Rotor 2 x 96)またはバキューム(QIAvac 96)と遠心の組み合わせを用いて迅速かつ簡便に処理できます。培養細胞および溶解しやすい組織の両方に対応しています。

AllPrep DNA/RNA Kitは、同一サンプルから複数の検体を調製するためのQIAGENソリューションの一部です。これらには、組織内のDNA、RNA、タンパク質を安定化させるAllprotect Tissue Reagentや、細胞内のDNAやRNAを安定化させるRNAprotect Cell Reagentが含まれます。いずれの試薬も室温での迅速に安定化することができます。また、TissueRuptorやTissueLyserシステムを用いて、ロースループットからハイスループットまで迅速に組織を破砕できます。

See figures

Applications

精製されたゲノムDNAの長さは、ホモジナイゼーションの条件によって平均15 kb~30 kbとなり、次世代シークエンシング、サザンブロット解析、ドットブロット解析、スロットブロット解析、さらにPCRやマルチプレックスPCRなど様々なアプリケーションに適しています。

精製されたトータルRNAは、RNA-seq RT-PCRやリアルタイムRT-PCR、ディファレンシャルディプレイ、cDNA合成、ノーザンブロット、ドットブロット、スロットブロット解析、さらにマイクロアレイなど様々なのアプリケーションに使用できます。

Supplementary protocolにより、タンパク質の精製も可能です。精製されたタンパク質は変性しており、SDS-PAGE、ウェスタンブロット、2Dゲル電気泳動などのアプリケーションで使用できます。

Comparison of AllPrep DNA/RNA Kits

機能 AllPrep DNA/RNA Micro Kit AllPrep DNA/RNA Mini Kit AllPrep DNA/RNA 96 Kit
アプリケーション PCR、RT-PCR、real-time PCR、
cDNA合成、マイクロアレイ、ブロッティング
PCR、real-time PCR、マイクロアレイ、
ブロッティング
PCR、real-time PCR、マイクロアレイ、
ブロッティング
溶出量 DNA: 30 µl; RNA: 10 µl 100 µl 50–100 µl
フォーマット スピンカラム スピンカラム 96 ウェルプレート
主なサンプルの種類 細胞、組織 細胞、組織 培養細胞、溶解しやすい組織
処理 手動(遠心) 手動(遠心) 手動(遠心および/またはバキューム)
精製産物 ゲノムDNAおよびトータルRNA ゲノムDNAおよびトータルRNA トータルRNA、DNA、miRNA(オプション)
サンプル量 5 x 105細胞または 5 mg 組織 1 x 107 細胞または 30 mg 組織 最大 2 x 106 細胞/最大 10 mg 組織
技術 シリカテクノロジー シリカテクノロジー シリカテクノロジー
ランあたり、または調製あたりの時間 35 min 35 min 60 min
収量 多様 多様 多様

Supporting data and figures

Resources

キットハンドブック (3)
For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from the same small sample, including
  • animal and human cells (≤5 x 10^5)
  • animal and human tissues (≤5 mg)
  • microdissected cryosections
For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from animal and human cells and tissues in 96-well format
MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
パンフレット (1)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (1)
Kit Handbooks (4)
For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from animal and human cells and tissues in 96-well format
For simultaneous purification of genomic DNA and total RNA from the same small sample, including
  • animal and human cells (≤5 x 10^5)
  • animal and human tissues (≤5 mg)
  • microdissected cryosections

Publications

[The problem of tooth substitution].
Huber E;
Zahnarztl Mitt; 1975; 65 (1):1-2 1975 Jan 1 PMID:1096487
IgH gene rearrangements as plasma biomarkers in Non- Hodgkin's lymphoma patients.
He J; Wu J; Jiao Y; Wagner-Johnston N; Ambinder RF; Diaz LA Jr; Kinzler KW; Vogelstein B; Papadopoulos N;
Oncotarget; 2011; 2 (3):178-85 2011 Mar PMID:21399237
Application of microdroplet PCR for large-scale targeted bisulfite sequencing.
Komori HK; LaMere SA; Torkamani A; Hart GT; Kotsopoulos S; Warner J; Samuels ML; Olson J; Head SR; Ordoukhanian P; Lee PL; Link DR; Salomon DR;
Genome Res; 2011; 21 (10):1738-45 2011 Jul 14 PMID:21757609
Cell specific patterns of methylation in the human placenta.
Grigoriu A; Ferreira JC; Choufani S; Baczyk D; Kingdom J; Weksberg R;
Epigenetics; 2011; 6 (3):368-79 2011 Mar 1 PMID:21131778

FAQ

Can mitochondria separated with the Qproteome Mitochondria Isolation Kit be used for downstream DNA isolation?

Even though we have not tested this, we assume that both the QIAamp DNA Micro Kit and the AllPrep DNA/RNA Mini Kit will work to isolate DNA from mitochondria separated with the Qproteome Mitochondria Isolation Kit.

 

FAQ ID -1188
I received a kit containing the MinElute columns; however, they were left out for a while and not stored at 2–8°C upon receipt. Can I still use them?

The MinElute spin columns included in the following kits should be stored at 2–8°C upon arrival: AllPrep DNA/RNA Micro, EpiTect Fast DNA Bisulfite, EpiTect Fast FFPE Bisulfite, EpiTect Fast LyseAll Bisulfite, EpiTect Plus DNA Bisulfite, EpiTect Plus FFPE Bisulfite, EpiTect Plus LyseAll Bisulfite, exoRNeasy Serum/plasma Maxi, exoRNeasy Serum/Plasma Midi, GeneRead DNA FFPE, GeneRead rRNA Depletion, GeneRead Size Selection, MinElute Gel Extraction, MinElute PCR Purification, MinElute Reaction Cleanup, miRNeasy FFPE, miRNeasy Micro, miRNeasy Serum/Plasma, QIAamp DNA FFPE, QIAamp DNA Investigator, QIAamp DNA Micro, QIAamp MinElute Media, QIAamp MinElute Virus Spin, QIAamp MinElute Virus Vacuum, RNeasy FFPE, RNeasy Micro, RNeasy Plus Micro.

Short-term storage (up to 4 weeks) at room temperature (15–25°C) does not affect the performance. However, for optimal performance and quality, storage temperature should not exceed 25°C.

FAQ ID - 3560
How much sample can be used with the Allprep DNA/RNA 96 Kit?

Up to 1 x 10e6 cells or up to 5 mg tissue can be processed with the Allprep DNA/RNA 96 Kit when following the vacuum/spin protocol, or up to 2 x 10e6 cells or 10 mg tissue using the spin protocol.

 

FAQ ID -1997
What effect does homogenization have on DNA yield and integrity when using AllPrep DNA/RNA Kits?

Yield and integrity of genomic DNA depend on the disruption and homogenization method used with the Allprep DNA/RNA Kits.

Homogenization with the TissueRuptor (or other rotor–stator homogenizer, such as the Polytron) or the TissueLyser results in greater DNA fragmentation (depending on homogenization time and intensity). However, shorter DNA fragments are easier to elute, so DNA yields will be higher.

In contast, homogenization using the QIAshredder (or a syringe and needle) is more gentle, resulting in less DNA fragmentation. However, longer DNA fragments are more difficult to elute, so DNA yields may be lower.

 

FAQ ID -1751
Why does the Allprep DNA/RNA 96 Kit use Buffer RLT, whereas the AllPrep DNA/RNA Mini Kit uses Buffer RLT Plus?

The main difference between these buffers is that Buffer RLT Plus contains additional detergents. Buffer RLT Plus is optimized for efficient binding of DNA to the AllPrep DNA spin column. However, the AllPrep DNA 96 plate in the Allprep DNA/RNA 96 Kit behaves slightly different than the AllPrep DNA spin column in the AllPrep DNA/RNA Mini Kit, and achieves better specificity with Buffer RLT.

 

 

FAQ ID -1999
Which kit can be used for simultaneous purification of DNA and RNA from biopsies?

For easy-to-lyse tissues, AllPrep DNA/RNA Kits can be used. For biopsies of 5–30 mg, we recommend using the AllPrep DNA/RNA Mini Kit. For smaller biopsies, we recommend using the AllPrep DNA/RNA Micro Kit instead.

For examples of different cell lines and tissue types tested with these kits, and their average yields of DNA and RNA, please see Table 2 of the AllPrep DNA/RNA Micro and AllPrep DNA/RNA Mini Handbook.

 

 

FAQ ID -1089
Can acetone be used for precipitation of protein from Buffer RLT lysates generated with RNeasy Kits?

Yes, please follow the Supplementary Protocol Acetone precipitation of protein from Buffer RLT or Buffer RLT Plus lysates (RY22).

Important Note:

Do not use TCA to precipitate protein from Buffer RLT and Buffer RLT Plus lysates. These buffers contain guanidine thiocyanate, which can form highly reactive compounds when combined with acidic solutions.

 

For simultaneous purification of DNA, RNA, and protein from the same sample (either cultured cells or easy-to-lyse tissues), we recommend using the AllPrep DNA/RNA/Protein Mini Kit. This kit allows precipitation of protein from Buffer RLT lysates using a novel protein precipitation buffer, Buffer APP.

Please note that Buffer APP is not compatible with Buffer RLT Plus. Acetone should be used instead to precipitate protein from RLT Plus lysates.

 

FAQ ID -1164
How can foaming of Buffer RLT Plus lysates be avoided when using RNeasy Plus Micro and Mini Kits, or the Allprep DNA/RNA Mini Kit?

When using the RNeasy Plus Micro and RNeasy Plus Mini Kits, or the Allprep DNA/RNA Mini Kit, foaming of lysates can be substantially reduced by adding Reagent DX to Buffer RLT Plus at a final concentration of 0.5% (v/v) before starting sample lysis.

Reagent DX has been carefully tested with RNeasy Plus and Allprep Kits and has no effect on RNA purity or on downstream applications. Reagent DX can be purchased separately using catalog number 19088.

For more information on efficient sample disruption and homogenization for nucleic acid extractions, please see further product details and resources for the TissueRuptor, TissueLyser LT, and TissueLyser II.

FAQ ID -1734
Can the protocols for purification of small RNAs from cells in the appendices of the AllPrep DNA/RNA 96 Handbook also be used with tissue samples?

No. Tissue lysis generates more debris than cell lysis. This additional debris is not compatible with the special binding conditions for small RNAs using the Allprep DNA/RNA 96 Kit, and can lead to a reduction of up to 50% or more in RNA yield.

 

 

FAQ ID -2001
Will the "classic" RNeasy Mini Kit be discontinued after the launch of the Allprep DNA/RNA Mini Kit?

No, our standard RNeasy Mini Kit will not be discontinued. The Allprep DNA/RNA Mini Kit is an addition to our RNeasy product line.

 

 

FAQ ID -1054
What is Tissue-Tek O.C.T., and what is it used for?

Tissue-Tek O.C.T. is an embedding compound for cryosectioning, which is soluble in water. It mainly consists of glycols and synthetic resins. Tissue-Tek O.C.T. is used as matrix for cryosectioning of tissues. Using the O.C.T. the tissue samples can be positioned more easily in the microtome and have better qualities during sectioning.

Most cryosections are fixed using non-crosslinking agents. For isolation of RNA from tissue embedded in Tissue-Tek O.C.T. using non-crosslinking agents the RNeasy Plus Micro Kit or the RNeasy Micro Kit (Protocol: Total RNA Isolation from Microdissected Cryosections), or the RNeasy Mini Kit (RNeasy Mini Protocol for the isolation of Total RNA from Animal Tissue) give great results. We strongly recommend removing as much of the embedding compound as possible prior to RNA extraction from the sections. Please see QIAGEN News article, Issue 1 1998, 'Effects of malnutrition on expression of lactase in children' for successful RNA isolation from O.C.T.-embedded tissue using the RNeasy Mini Kit.

In case crosslinking agents (e.g. formaldehyde or glyoxal-containing) were used for fixation of the tissue for cryosectioning the RNeasy FFPE Kit is the perfect choice. The RNeasy FFPE Kit is especially designed for purifying total RNA from formalin-fixed tissue sections. Special lysis and incubation conditions reverse formaldehyde modification of RNA for improved results in downstream application. The crosslinking causes the RNA to break, resulting in overall smaller molecules, which look like a smear when analyzed on a formaldehyde gel.

In case DNA as well as RNA from precious samples is of interest from the identical sections, please have a look at the AllPrep DNA/RNA Kits for unfixed tissue or the AllPrep DNA/RNA FFPE Kit for fixed tissue.

FAQ ID -530
What is the minimum amount of starting material that can be used with the RNeasy Plus Micro and AllPrep DNA/RNA Micro Kit?

In our labs, we were able to purify RNA using the RNeasy Plus Micro Kit, or DNA/RNA using the AllPrep DNA/RNA Micro Kit at single cell level. However, generally we do not recommend purification from fewer than 10–20 cells, due to stochastics related to transcript copy numbers present in a single cell.

For example, if an RNA transcript is present at only 1 copy per cell, recovery from a purification using e.g., 10 cells or less, would be less than 1 transcript copy per microliter, given the recommended elution volume of 14 µl. 

FAQ ID -1750
Can tissue homogenized in Buffer RLT Plus instead of Buffer RLT be used with the AllPrep DNA/RNA/Protein Mini Kit?

No, Buffer APP for protein precipitation in the Allprep DNA/RNA/protein Mini Kit is not compatible with Buffer RLT Plus. Acetone can be used to precipitate proteins from samples homogenized in Buffer RLT Plus contained in the Allprep DNA/RNA Mini Kit and RNeasy Plus Mini Kit.  

 

FAQ ID -1577
Why does AllPrep DNA/RNA/Protein Mini kit use buffer RLT, but Allprep DNA/RNA Mini and Allprep DNA/RNA Micro kits use buffer RLT Plus? Are these buffers interchangeable?

Buffer RLT Plus contains detergents that are more ideal for binding of DNA to the AllPrep DNA mini spin columns.

But RLT Plus is not compatible with Buffer APP used to precipitate proteins in AllPrep DNA/RNA/Protein Mini kit. Therefore, we chose RLT instead of RLT Plus to get both DNA and proteins with this kit.

RLT lysates can also be used in AllPrep RNA/DNA kit or the AllPrep DNA/RNA Micro kit. DNA and RNA yields should be fine, but RNA may contain slightly higher levels of genomic DNA contamination.

FAQ ID - 3391
Can miRNA and other RNAs smaller than 200 nucleotides be isolated with the AllPrep DNA/RNA Micro Kit or RNeasy Plus Micro Kit?

Yes, RNAs smaller than 200 nucleotides, including miRNA, can be isolated using the AllPrep DNA/RNA Micro or RNeasy Plus Micro Kit. Please follow the specialized protocol 'Purification of total RNA containing small RNAs from cells' in Appendix D of the AllPrep DNA/RNA Micro or the RNeasy Plus Micro Handbook, respectively.

Please note that this protocol is for use with cultured cells only, and is not compatible with tissues.

 

FAQ ID -1749
What sample types can be used with the AllPrep DNA/RNA 96 Kit?

The Allprep DNA/RNA 96 kit is designed for cultured human or animal cells, and for easy-to-lyse human or animal tissues. Tissues compatible with RNeasy Mini, RNeasy Plus Mini, and RNeasy Plus 96 are also compatible with the Allprep DNA/RNA 96 kit.

For more information on compatible kits and sample types, see our Selection Guide for RNA purification.

FAQ ID -1996
Can DNase digestion be performed on the RNeasy 96 plate during the RNA purification part of the Allprep DNA/RNA 96 procedure?

In principle, it is possible. However, the efficiency of DNA binding to the AllPrep DNA 96 plate should be high enough so that no additional DNA removal/digestion is required.

 

FAQ ID -2000