dPCR Microbial DNA Detection Assays

디지털 PCR을 이용한 박테리아, 곰팡이, 기생충, 바이러스, 항생제 내성 또는 독성 인자 유전자를 포함한 미생물 표적 검출

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dPCR Microbial DNA Detection Assays

Cat. No. / ID:  250207

동결 건조된 분석 항목이 포함된 튜브 1개, 염료(형광) 구성 가능, 200 reaction(Nanoplate 26k에서 40µl 반응)
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dPCR Microbial DNA Detection Assays은/는 분자생물학 분야에 사용하기 위한 것입니다. 이 제품들은 질병의 진단, 예방, 또는 치료 목적으로 사용할 수 없습니다.
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Features

  • 미생물 종, 독성 유전자, 바이러스 또는 항생제 내성 유전자 검출
  • 680개 이상의 표적에 대한 분석 항목들(assays)
  • 염료 선택을 통해 반응당 최대 5개 타깃까지 멀티플렉싱 가능
  • QIAcuity의 간단하고 빠른 dPCR 워크플로우
  • QIAcuity OneStep Advanced Probe Kit를 사용하여 한 반응에서 미생물 DNA 및 바이러스 RNA 표적 동시 검출

Product Details

인간의 건강, 식품 및 사료 테스트, 환경 테스트를 포함한 많은 분야에서 미생물 식별 및 프로파일링에 관심을 두고 있습니다. 미생물 식별은 검체에서 미생물의 존재 여부를 결정하는 반면 미생물 프로파일링은 두 가지 이상의 실험 조건에서 상대적 발현을 결정하므로 참조 검체와 노멀라이저가 필요합니다.

당사의 dPCR Microbial DNA Detection Assays는 박테리아, 곰팡이, 기생충, 바이러스, 항생제 내성 또는 독성 인자 유전자를 표적으로 합니다. 박테리아의 경우 분석이 16S rRNA 유전자를 표적으로 하고, 진균의 경우 리보솜 RNA 유전자를 표적으로 합니다. 포트폴리오는 680개 이상의 다양한 분석 항목들(assays)로 구성되어 있으며, 그 중 200개는 dPCR 웨트 랩(wet-lab) 테스트를 거쳤습니다(GeneGlobe의 검사 세부 정보 참조).

각 분석은 프라이머 쌍(pair)과 구성 가능한 형광단 염료가 있는 프라이머 프로브로 구성됩니다. 사용 가능한 형광단은 FAM, HEX, ROX, TAMRA 및 Cy5이며, 하나의 멀티플렉스 dPCR 반응에서 최대 5개의 서로 다른 표적 분석 지원을 위해 이들을 혼합 및 일치시킬 수 있습니다. 또한 일반적으로 많이 분석되는 표적들에 대해서는 웨트 랩(wet-lab) 테스트를 거친 dPCR 5-플렉스 분석 번들을 제공합니다. 자세한 내용은 아래의 애플리케이션을 참조하십시오. dPCR 반응의 경우 분석 항목(assay)는 QIAcuity Probe PCR Kit(DNA 표적) 또는 QIAcuity OneStep Advanced Probe Kit(RNA 표적)와 함께 사용됩니다.

이 키트는 QIAcuity Digital PCR SystemQIAcuity Nanoplate와 함께 사용합니다.

이 제품에 대해 자세히 알아보고 당사의 dPCR 전문가에게 문의하시겠습니까? 여기에 정보를 기입하시면 곧 연락을 드리겠습니다.

Performance

정확하고 정밀한 검출

dPCR Microbial DNA Detection Assays 및 QIAcuity dPCR System은 디지털 PCR 기반 정확한 정량화를 가능하게 합니다. NIST 참조 물질의 분석은 입력 템플릿의 예상 농도를 보여줍니다. 자세한 내용은 Shigella sonnei의 gDNA를 사용한 NIST reference standard 8376의 정량화 그림을 참조하십시오.

멀티플렉스에서의 성능

dPCR 기반 미생물 표적의 멀티플렉스 검출은 더 적은 수의 반응에서 작은 패널들을 유연하게 설정하게 함으로써 귀중한 검체를 보존할 수 있습니다. 멀티플렉싱은 또한 더 적은 수의 Nanoplate 웰이 필요하므로 각 실행에서 분석할 수 있는 검체의 수가 증가함으로써 분석 처리량이 향상됩니다. dPCR Microbial DNA Detection Assays를 이용하여 멀티플렉스 분석을 할 수 있습니다.

각각의 assay들에 서로 다른 염료(FAM, HEX, TAMRA, ROX 또는 Cy5)를 선택, 각각을 개별 형태로 주문하여 멀티플렉싱을 수행할 수 있습니다. 또는 당사 과학자들이 이미 dPCR에서 웨트 랩(wet-lab) 테스트를 거친 5-플렉스분석 번들 제품을 선택할 수도 있습니다. 위의 번들 제품 외에 685개가 넘는 분석 항목들의 다른 조합들은 자체 실험실에서 확인해야 합니다.

dPCR Microbial DNA Detection Assays를 사용한 싱글플렉스 및 멀티플렉스 분석 비교는 모든 표적에 대해 유사하고 매우 정밀한 정량화를 보여줍니다(그림 QIAcuity의 멀티플렉스 dPCR에서 미생물 검출 참조). 정밀한 표적 정량화 외에도 5-플렉스 dPCR 실행은 다양한 수중 미생물 병원체의 매우 특이적인 검출을 보여줍니다(그림 QIAcuity의 5-플렉스를 활용한 수중 미생물 병원체 검출 참조).

Principle

dPCR Microbial DNA Detection Assays는 Nanoplate digital PCR용입니다. 각 분석은 관련 미생물의 종 특이적 유전 영역 또는 개별 미생물 유전자 영역의 종말점 PCR 증폭을 기반으로 합니다. 증폭된 생성물은 표적 특이적 형광 가수 분해 프로브를 사용하여 검출되며, 이는 분석의 특이성을 향상시킵니다.

박테리아 종 검출을 위한 분석은 리보솜 RNA 유전자–주로 16S 리보솜 RNA 유전자–를 표적으로 하며 NCBI상의 16S 서열 및 유형 균주 DNA 서열에 대한 GreenGenes 데이터베이스를 사용하여 설계되었습니다. 곰팡이, 바이러스 및 후생동물(metazoan) 종에 대한 분석은 각각 NCBI상의 리보솜 RNA 유전자 및 기타 개별 마커 유전자를 포함하여 다양한 표적 특이적 유전 영역을 표적으로 합니다. 다양한 데이터베이스가 항생제 내성 유전자(예: lahey.org, ARDB 등) 및 독성 인자 유전자(예: VFDB)에 대한 분석 설계에 사용되었습니다.

나노플레이트에서의 dPCR 반응 원리는 여기에 설명되어 있습니다.

Procedure

dPCR Microbial DNA Detection Assays 프로토콜은 간단하며 QIAcuity dPCR 기기가 있는 모든 실험실에서 수행할 수 있습니다. 검체에서 분리된 DNA를 바로 사용할 수 있는 QIAcuity Probe Mastermix 및 Microbial DNA-Free 증류수(UCP 증류수)에 추가합니다. 이 혼합물을 프라이머 및 가수 분해 프로브 세트가 분주되어 있는 dPCR pre-plate의 각각의 웰에 분주합니다. 반응 혼합물은 pre-plate에서 dPCR Nanoplate의 웰로 옮겨진 다음 밀봉되어 QIAcuity dPCR 기기로 옮겨집니다(그림 간단하고 신속한 플레이트 기반 워크플로우 참조). 분할, 사이클링 및 이미징 단계는 사전 설정된 매개변수에 따라 QIAcuity dPCR 기기에 의해 완전히 자동화됩니다. 사이클링 프로토콜에 따라 dPCR 실행 결과는 ~2시간 후에 QIAcuity Software Suite에서 분석될 수 있습니다(그림 최소한의 hands-on 시간으로 약 2시간 만에 미생물 dPCR 실험 참조).

Applications

dPCR Microbial DNA Detection Assays는 박테리아, 곰팡이 및 바이러스 종과 미생물 항생제 내성 또는 독성 인자 유전자의 검출에 매우 적합합니다. 대변, 가래, 질 면봉(vaginal swab), 하수 등을 포함한 다양한 검체를 분석할 수 있습니다.

dPCR 웨트 랩(wet-lab) 테스트를 거친 5-플렉스 번들

번들 ID 적용 분야 Assay 카탈로그
번호 및
형광단*
표적(NCBI 분류 ID)
WW-001 폐수 1 DMA00278-F
DMA00291-R
DMA00340-H
DMA00192-T
DMA00344-C
Pseudomonas aeruginosa (287)
Salmonella enterica (28901)
Vibrio cholerae (666)
Legionella pneumophila (446)
Yersinia enterocolitica (630)
WW-002 폐수 2 DMA00340-H
DMA00344-R
DMA00199-C
DMA00192-T
DMA00710-F
Vibrio cholerae (666)
Yersinia enterocolitica (630)
Listeria monocytogenes (1639)
Legionella pneumophila (446)
Human corona virus SARS-CoV-2 (2697049)
WW-003 폐수 3 DMA00109-F
DMA00192-H
DMA00340-T
DMA00194-R
DMA00344-C
Clostridium perfringens (1502)
Legionella pneumophila (446)
Vibrio cholerae (666)
Leptospira alexanderi (100053)
Yersinia enterocolitica (630)
HM-001 인간 마이크로바이옴 1 DMA00148-F
DMA00143-T
DMA00024-R
DMA00003-C
DMA00150-H
Faecalibacterium prausnitzii (853)
Eubacterium rectale (39491)
Akkermansia muciniphila (239935)
Acidaminococcus fermentans (951)
Finegoldia magna (1260)
PB-001 프로바이오틱스 1 DMA00177-F
DMA00185-T
DMA00061-C
DMA00137-R
DMA00320-H
Lactobacillus acidophilus (1579)
Lactiplantibacillus plantarum (1590)
Bifidobacterium bifidum (1681)
Enterococcus faecium (1352)
Streptococcus salivarius (1304)
RG-001 저항 유전자 1 DMA00566-F
DMA00542-H
DMA00576-T
DMA00574-R
DMA00575-C
Fluoroquinolone resistance gene QnrS
Class D beta-lactamase OXA-10 group
Vancomycin resistance gene vanB
Tetracycline efflux pump gene tetA
Tetracycline efflux pump gene tetB
RG-002 저항 유전자 2 DMA00557-T
DMA00528-R
DMA00548-F
DMA00587-H
DMA00553-C
Fluoroquinolone resistance geneQepA
Class B beta-lactamase blaVIM-1 group
Class D beta-lactamase OXA-48 group
Sulfonamide resistance gene sul1 (43904)
Class D beta-lactamase OXA-58 group
VG-001 독성 유전자 1 DMA00614-F
DMA00635-T
DMA00677-H
DMA00680-R
DMA00597-C
Minor fimbrial subunit (fimH)
Gamma-hemolysin component B (hlgB)
Shiga-like toxin 1 subunit B encoded within prophage CP-933V
Shiga toxin subunit B; receptor binding subunit
Accessory cholera enterotoxin (ace)
CP-001 칸나비스(Cannabis) 생산 1 DMA00278-F
DMA00302-H
DMA00365-R
DMA00199-C
Pseudomonas aeruginosa (287)
Staphylococcus aureus (1280)
Aspergillus niger (5061)
Listeria monocytogenes (1639)
HM-002 인간 마이크로바이옴 2 DMA00271-F
DMA00017-T
DMA00049-C
DMA00142-H
DMA00317-R
Prevotella oralis (28134)
Actinomyces viscosus (1656)
Bacteroides fragilis (817)
Eubacterium infirmum (56774)
Streptococcus oralis (1303)
RG-003 저항 유전자 3 DMA00579-F
DMA00577-T
DMA00573-R
DMA00502-H
DMA00559-C
aac(6')-Ib
vanC
oprm
QnrB-1 group
CTX-M-1 Group
VG-002 독성 유전자 2 DMA00664-F
DMA00677-H
DMA00678-T
DMA00642-R
DMA00680-C
ply
stx1B
stx2A
invA
stxB
VG-003 독성 유전자 3 DMA00688-F
DMA00668-H
DMA00596-T
DMA00597-R
DMA00611-C
wbkA
ptxA
ace (E. faecalis)
ace (V. cholerae)
efaA

* F: FAM, H: HEX, T: TAMRA, R: ROX or C: Cy5

Supporting data and figures

Resources

Brochures & Guides (2)
Detect microbial targets – bacterial, fungal, parasitic, viral, antibiotic resistance and virulence factor genes – using digital PCR
A versatile workflow for the detection of low-abundance microbes
Technical Information (1)
Detect microbial targets – bacterial, fungal, parasitic, viral, antibiotic resistance and virulence factor genes – using digital PCR
Kit Handbooks (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)