QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kits

ライブラリー調製に組み込み可能な簡単で高効率な
バクテリア5S/16S/23S rRNA 除去

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QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit (24)

Cat. No. / ID:  335925

Includes 3 tubes of QIAseq FastSelect –5S/16S/23S rRNA removal reagent, reaction buffer, QIAseq Beads with QIAseq bead binding buffer and nuclease-free water sufficient for 24 samples
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$1,773.00
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Samples
24
96
384

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Features

  • 断片化RNA にも対応可能なrRNA 除去試薬
  • ハイブリッドキャプチャーや酵素が不要の画期的なrRNA 除去技術
  • QIAseq FastSelect –rRNA HMR Kits との組合せで宿主側のrRNA も同時に除去可能
  • QIAGEN、Illumina、NEB、KAPA RNA-seq library kits を含む様々なライブラリー試薬に対応
  • SILVA データベースに基づいた設計により95% 以上の5S、16S および23S rRNA を除去

Product Details

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kitsは画期的なrRNA除去技術で、RNA-seqライブラリーからバクテリア5S/16S/23S rRNAを確実に除去し、効率的なRNA-seqを実現します。SILVAデータベース* に基づいた設計により、95%以上の5S、16S および23S rRNAの配列をカバーしており、土壌や環境水、汚泥、糞便などの環境資料に含まれる細菌叢のメタトランスクリプトーム解析に最適です。

*SILVAデータベースには16Sで約600,000エントリー、23Sで約170,000エントリーが登録されています。また、5Sは約7200エントリーのデータベース由来情報を使用しています(設計当時のエントリー数)。

断片化RNAにも対応しており、QIAGEN、Illumina、NEB RNA-seq library kits を含む様々なRNA-seqライブラリー試薬との組合せが可能で、わずか14分の除去ステップとビーズ精製で、迅速・確実なrRNA除去が可能です。

ヒト、マウス、ラットおよびその他哺乳動物用rRNA除去キットはこちら、QIAseq FastSelect –rRNA HMR Kits.

高品質なストランド特異的RNAライブラリーの調製キットはこちら、QIAseq Stranded RNA Library Kits 

QIAseq FastSelect RNA Removal Kitのカスタムデザインをご希望の場合は、こちら

Performance

In accordance with QIAGEN’s ISO-certified Quality Management System, each lot of the QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit is tested against predetermined specifications to ensure consistent product quality.

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit は、多様な種類のバクテリア RNA サンプルから、確実かつ高効率に rRNA を除去できます。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:腸内細菌叢サンプルからの確実な rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:細菌叢からの確実な rRNA 除去(28 株)
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:細菌叢からの確実な rRNA 除去:マッピング解析(28 株)

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit では、高効率性に、再現性高く rRNA 除去を行えます。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:腸内マイクロバイオームから、再現性高く確実な rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S:腸内マイクロバイオームから、再現性高く確実な rRNA 除去: 遺伝子発現結果
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S を使用した E. coli K12 から再現性高く rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S を使用した E. coli K12 から再現性高く rRNA除去:遺伝子発現結果
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S を使用した E. coli K12 から再現性高く rRNA 除去: 遺伝子発現結果(100 ng、1 µg)

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit を使うと、非常に効率的に rRNA を除去でき、他社製品と比較して、より優れた性能を発揮することが実証されています。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S vs. 他社製品:rRNA 除去
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S vs. 他社製品:シークエンシングリード
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S vs. 他社製品:rRNA にマッピングしたリード総数


QIAseq FastSelect –5S/16S/23S Kit は、様々な RNA シークエンスライブラリーキットに対応します。
参照データ:
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は QIAGEN、Illumina および NEB を含む様々な RNA シークエンスライブラリーキットに対応
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は QIAGEN、Illumina および NEB を含む様々な RNA シークエンスライブラリーキットに対応:遺伝子検出数
 QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は QIAGEN、Illumina および NEB を含む様々なRNA シークエンスライブラリーキットに対応:遺伝子発現結果

See figures

Principle

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は多様な細菌種(pan-bacterial)に対応したリボソーム RNA(rRNA)除去キットで、複雑な細菌叢サンプルから 5S、16S および 23S rRNA を高効率に除去可能です。データベース* に基づいた設計により、95%以上の5S、16S および23S rRNAの配列をカバーしています。

*SILVA データベースには 16S で約 600,000 エントリー、23S で約 170,000 エントリーが登録されています。また、5S は約 7200 エントリーのデータベース由来情報を使用(設計当時のエントリー数)。

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、20 ng から 1 µg までの幅広いスタート RNA 量に対応しています。高性能で再現性高く、低品質もしくは断片化が進んだ RNA、または高品質の全長 RNA にも対応可能です。QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、酵素処理による除去やハイブリッドキャプチャー手順は不要なため、ワークフローが迅速で簡単になり、ダウンストリームのアプリケーションで信頼性の高い rRNA 除去と高い再現性を実現します。

Procedure

一般的な RNA 除去法や濃縮方法は、ライブラリー調製前に、サンプルの前処理として行います。また、その除去原理としては、不要な RNA をハイブリッドキャプチャーしたり、酵素的に除去したりします。一方、QIAseq FastSelect–5S/16S/23S は、当社独自のワークフローで、わずか 14 分 の反応後、ビーズ精製ステップのみで rRNA 除去が可能です。また、QIAGEN、Illumina、KAPA、NEB stranded RNA-seq library kits を含む様々なライブラリー調製キットに対応しています。

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、お使いの既存 RNA シークエンスライブラリー調整にシームレスに組み込むことが可能で、14 分 1 ステップで RNA を除去し、続いてビーズ精製によるクリーンアップを行います (図: QIAseq FastSelect –5S/16S/23S ワークフロー)。RNA 熱断片化(オプションで、ライブラリー調整キットとサンプルのタイプによって異なります)の前に、QIAseq FastSelect –5S/16S/23S 除去試薬と付属バッファーを total RNA に混合します。 作業ステップとしては、必要に応じて熱処理による断片化処理を行った後、14 分間で 75℃ から 25 ℃ まで反応温度を段階的に下げ、その後ビーズ精製によるクリーンアップを行います。その後、速やかに RNA の逆転写反応に進みます。この方法は、従来の rRNA 除去法( 25 ステップ以上あり、完了に 2 時間程度かかるのが一般的)に比べ、大幅に作業時間を削減することが可能です。(参照: 細菌 rRNA 除去法比較: 従来法 vs. QIAseq Fast Select –5S/16S/23S

See figures

Applications

QIAseq FastSelect –5S/16S/23S は、細菌分離株や複雑な細菌叢由来の RNA サンプルから、迅速かつ確実に rRNA を除去します。

Supporting data and figures

Resources

MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
キットハンドブック (1)
パンフレット (1)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (1)
Kit Handbooks (1)

Publications

Transcriptional response to the host cell environment of a multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis clonal outbreak Beijing strain reveals its pathogenic features.
Aiewsakun P; Prombutara P; Siregar TAP; Laopanupong T; Kanjanasirirat P; Khumpanied T; Borwornpinyo S; Tong-Ngam P; Tubsuwan A; Srilohasin P; Chaiprasert A; Ruangchai W; Palittapongarnpim P; Prammananan T; VanderVen BC; Ponpuak M;
Sci Rep; 2021; 11 (1):3199 2021 Feb 4 PMID:33542438
RNA-seq Sample Preparation Kits Strongly Affect Transcriptome Profiles of a Gas-Fermenting Bacterium.
de Lima LA; Reinmets K; Nielsen LK; Marcellin E; Harris A; Köpke M; Valgepea K;
Microbiol Spectr; 2022; 10 (4):e0230322 2022 Jul 27 PMID:35894617
Metatranscriptomics of cheese microbial communities: Efficiency of RNA extraction from various cheese types and of mRNA enrichment.
Carbonne C; Labadie K; Cruaud C; Brun E; Barbe V; Monnet C;
Int J Food Microbiol; 2022; 373 :109701 2022 May 4 PMID:35569193