QIAseq Ultralow Input Library Kit

イルミナ社の次世代シークエンシング用DNAライブラリー調製

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QIAseq Ultralow Input Lib UDI-A Kit (96)

Cat. No. / ID:  180497

For 96 reactions with Illumina systems; buffers and reagents for ultralow input end-polishing, ultralow input ligation and HiFi library amplification; includes a plate containing 96 unique dual-index Y-adapters
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$2,850.00
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Kit
96
12
QIAseq UDI Y-Adapter Kit (24)
Type
UDI
CDI
Set
UDI 96 – A
UDI 96 – B
UDI 96 – C
UDI 96 – D
QIAseq Ultralow Input Library Kitは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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Features

  • サブナノグラムのサンプルにも対応する超効率ケミストリ
  • 10 pg〜100 ngのDNAインプットへの包括的なソリューションを提供する柔軟なプロトコール
  • 96反応キットに含まれるオートメーション対応の二重バーコードアダプタープレート
  • cfDNA、FFPE、古代DNAおよびChIP-seqを含む幅広いサンプルタイプに対応

Product Details


QIAseq Ultralow Input Library Kitは、新規の超効率的なエンド修復ケミストリとライゲーションケミストリにより、完全で合理的なソリューションを提供します。10 pg〜100 ngの断片化DNAから2.5時間のワークフローで、限られたDNAサンプルタイプから高品質のライブラリーを生成することを可能にします。

Performance

最小インプットから最大収量

10pg〜100ng DNAインプットのサンプルを確実に処理します。 QIAseq Ultralow Input Kitの新規高効率ケミストリは、インプットDNA1 ng以下での性能低下の問題を排除します。新規の酵素とバッファ組成が、ナノグラム以下のサンプルの性能を最大化するとともに、100 ngまでのインプットDNAを処理できる柔軟性を実現します。

効率的かつ一貫性のあるコンバージョン率

QIAseq Ultralow Input Library Kitは、新しく最適化されたケミストリ組成により、1 ng以下のサンプルから優れたライブラリー変換率(> 30%)を実現します。アダプターに連結したライブラリー分子に対するゲノム情報の一貫した変換率は、10〜10ng DNAインプットにわたる1000倍の範囲をカバーします。アダプターダイマーの割合が低く、ライブラリーのコンタミネーションを最小限に抑えます。

困難なサンプルのためのソリューション

QIAseq Ultralow Inputのケミストリーは、低インプット全ゲノムシーケンシング、液体生検アプリケーション用のcfDNA、および、FFPE組織、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)、細針吸引(FNA)からの限られた量のDNAに最適です

Principle

次世代シークエンシング(NGS)は、がん研究、幹細胞研究、メタゲノミクス、集団遺伝学、医学研究など、多くの新しくエキサイティングなアプリケーションの原動力です。 NGS技術は継続的に改善されていますが、ライブラリー調製は多くのラボで、プロセスのボトルネックであり、NGSデータを正常に生成できるサンプルタイプにおける制限要因です。

その結果、限られたDNAサンプルまたは損傷したDNAサンプルから開始する場合、NGSライブラリー内で可能な限り最大限のゲノム情報を捕捉することは重大かつ困難です。循環する無細胞DNA、FFPE DNA、古代DNAおよびChIP-seq DNAなどの多くのサンプルタイプに適用される標準的なライブラリー調製方法は、品質に関連する問題を引き起こす可能性があります。 これらの問題は、低いライブラリー収率または変換率から、アダプター二量体分子由来の高い読み取り率への、生成されたデータの有用性を制限します。

Procedure

ライブラリー構築
QIAseq Ultralow Input Library Kit の反応は、酵素的、化学的、機械的または自然に断片化された二本鎖DNAからスタートします。キットは、QIAGEN独自のHiFi PCRマスターミックスとともに、最適化されたエンドポリッシング反応と、新しいUltralow Input Ligation試薬を使用します。この組み合わせは、サンプルDNAのNGSライブラリーへの変換速度を最大化し、ゲノムの高GC含量領域および低GC含量領域でも効率的かつ均一に増幅します。このプロトコールは、アダプターダイマーコンタミネーションのない、10〜100 pg* のDNAから、可能な限り高いシーケンスライブラリーの収量を可能にします。キットのプロトコールは自由度が高いので、同じキットでわずか10 pgインプットDNAからのPCRフリーライブラリー調製、あるいは、100 ngインプットDNAからのPCRフリーライブラリー調製が可能です。
*実験に必要なゲノム複雑度は、生物のゲノムサイズおよび目的の標的領域に含まれるゲノムの割合に依存して変化します。

反応クリーンアップ
アダプターライゲーションおよびライブラリー増幅ステップに続いて、Agencourt AMPure XPビーズを使用することにより、反応のクリーンアップおよび残存アダプターダイマーの除去が可能で、様々なハイスループットの自動化プラットフォームで容易に自動化することができます。

ライブラリーDNAの増幅(オプション)
インプットDNA量が100 ng未満の場合は、オプションのプロトコールでPCRベースのライブラリー増幅を行います。キットに含まれているQIAseq HiFi PCRマスターミックスを使用してDNAライブラリーの高忠フィデリティ増幅を可能にします。

製品内容とアクセサリー 
96反応サイズのQIAseq Ultralow Input Library Kitには、デュアルバーコードのプレートフォーマットアダプターが付属しています。 96プレックスアダプタープレートの各ウェルは、2つの8ヌクレオチド識別バーコードのユニークな組み合わせからなるシングルユースアダプターを含みます。96反応QIAseq Ultralow Input Kitは、i5 バーコードとi7 バーコードを各アダプターに組み合わせることにより、シーケンシング前ライブラリーにおいて最大96プレックスが可能です。
12反応サイズキットにはアダプターは含まれていません。6ヌクレオチドバーコードを持つ2種類の12プレックスアダプターをそれぞれ別々に注文することができます(QIAGEN Cat. no. 180985 および 180986)。

Applications

QIAGEN QIAseq Ultralow Input Library Kitは、非常に困難なNGSサンプルでも高品質のライブラリーを生成するために設計されています。 QIAseq Ultralow Input Library Kitは、幅広い断片化インプットDNA量からの単一ライブラリー調製キットを求めるNGS研究者を対象としています。特に量が限られて損傷を受けたDNAサンプルで最大のパフォーマンスを発揮します。 QIAseq Ultralow Input Library Kitを用いた断片化DNAからのライブラリー作成(合理化された2.5時間プロトコール)は、液体処理プラットフォームで簡単に自動化することができます。

Supporting data and figures

Resources

MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
クイックスタートプロトコール (2)
キットハンドブック (2)
Certificates of Analysis (1)
Quick-Start Protocols (2)

Publications

Direct DNA crosslinking with CAP-C uncovers transcription-dependent chromatin organization at high resolution.
You Q; Cheng AY; Gu X; Harada BT; Yu M; Wu T; Ren B; Ouyang Z; He C;
Nat Biotechnol; 2020; 39 (2):225-235 2020 Aug 24 PMID:32839564
CTCF mediates dosage- and sequence-context-dependent transcriptional insulation by forming local chromatin domains.
Huang H; Zhu Q; Jussila A; Han Y; Bintu B; Kern C; Conte M; Zhang Y; Bianco S; Chiariello AM; Yu M; Hu R; Tastemel M; Juric I; Hu M; Nicodemi M; Zhuang X; Ren B;
Nat Genet; 2021; 53 (7):1064-1074 2021 May 17 PMID:34002095
Comprehensive Somatic Copy Number Analysis Using Aqueous Humor Liquid Biopsy for Retinoblastoma.
Kim ME; Polski A; Xu L; Prabakar RK; Peng CC; Reid MW; Shah R; Kuhn P; Cobrinik D; Hicks J; Berry JL;
Cancers (Basel); 2021; 13 (13) 2021 Jul 3 PMID:34283049