dPCR Microbial DNA Detection Assay

用于微生物靶标的数字 PCR 检测,包括细菌、真菌、寄生虫、病毒、抗生素耐药性或毒力因子基因

S_1289_7_LS_dPCR_Microbial_DNA_Detection_Assays

✓ 24/7 automatic processing of online orders

✓ Knowledgeable and professional Product & Technical Support

✓ Fast and reliable (re)-ordering

dPCR Microbial DNA Detection Assay

Cat. No. / ID:  250207

单管装冻干检测方案,染料(荧光基团)可配置,可进行 200 次反应( Nanoplate 26k, 40 µl反应体系)
Copy order details
Configure at GeneGlobe To see pricing
dPCR Microbial DNA Detection Assay 旨在用于分子生物学应用。这些产品不能用于疾病诊断、预防和治疗。
dPCR Microbial DNA Detection Assay 旨在用于分子生物学应用。这些产品不能用于疾病诊断、预防和治疗。

✓ 24/7 automatic processing of online orders

✓ Knowledgeable and professional Product & Technical Support

✓ Fast and reliable (re)-ordering

Features

  • 检测微生物种类、毒力基因、病毒或抗生素耐药基因
  • 超过 680 个靶标基因的检测
  • 染料可配置性支持在每个反应中对最多 5 个靶标进行多重检测
  • 在 QIAcuity 仪器上实现简单快速的 dPCR 工作流程
  • 使用 QIAcuity OneStep Advanced Probe Kit 可在一个反应中同时完成微生物 DNA 和病毒 RNA 靶标检测

Product Details

微生物识别和分析在许多领域都具有重要意义,包括人类健康、食品和饲料检测以及环境检测。微生物识别能够确定样本中是否存在某种微生物,而微生物分析能够确定其在两种或多种实验条件下的相对表达量,因此需要参比样本和归一化处理。

我们的 dPCR Microbial DNA Detection Assay 以细菌、真菌、寄生虫、病毒、抗生素耐药性或毒力因子基因作为靶标。对于细菌,这些检测的靶标是 16S rRNA 基因;对于真菌,这些检测的靶标是核糖体 RNA 基因。产品包括 680 多种不同的检测方案,其中 200 种经过 dPCR 湿实验验证(详见 GeneGlobe 中的检测方案详细信息)。

每种检测方案包括一对引物和一个带有可配置荧光基团的水解探针。可用的荧光基团包括 FAM、HEX、ROX、TAMRA 和 Cy5,这些荧光基团可以混合和匹配,以支持在一个多重 dPCR 反应中分析最多五个不同的靶标基因。我们还提供经过湿实验验证的 dPCR 5 重检测方案包,用于分析常见的靶标基因;有关更多详细信息,请参阅下面的应用。对于 dPCR 反应,该检测方案与 QIAcuity Probe PCR Kit(DNA 靶标)或 QIAcuity OneStep Advanced Probe Kit(RNA 靶标)结合使用。

该试剂盒应与 QIAcuity Digital PCR SystemQIAcuity Nanoplate结合使用。

您想要进一步了解本产品并让我们的 dPCR 专家联系您吗?请在这里登记,我们将很快与您联系。

Performance

准确且精密的检测

dPCR Microbial DNA Detection Assay和 QIAcuity dPCR System 可实现基于数字 PCR 的准确定量。NIST 参比材料分析显示了输入模板的预期浓度。更多详细信息,请参见图片使用来自 Shigella sonnei 的 gDNA 对 NIST 参比标准品 8376 进行定量

多重检测性能

基于多重 dPCR 的微生物靶标检测提供了一种灵活的小检测panel设置,所需的反应更少,从而能够保留宝贵的样本。多重检测还可提高分析通量,因为它需要更少的纳米微孔板孔,并增加了每次运行中可以分析的样本数量。我们的 dPCR Microbial DNA Detection Assay可组合起来用于多重分析。

您可以通过订购使用不同染料(FAM、HEX、TAMRA、ROX 或 Cy5)的单个检测来组合自己的检测以进行多重分析。或者,您可以从我们提供的 5 重检测方案包中选择,这些检测方案包已经由我们的科学家进行过dPCR湿实验验证。超过 685 种检测方案的更多组合可在您自己实验室内进行验证。

对使用 dPCR Microbial DNA Detection Assay 进行的单重分析和多重分析之间的比较表明,所有靶标基因都得到相似且高度精确的定量结果(参见图片在 QIAcuity 上进行多重 dPCR 用于微生物检测)。除了精确的靶标基因定量外,5 重dPCR检测还显示了可对水中不同微生物病原体的高度特异性检测(参见图片在 QIAcuity 上进行 5 重dPCR用于水中的微生物病原体检测)。

Principle

dPCR Microbial DNA Detection Assay 用于纳米微孔板数字 PCR。每种检测方案都基于相关微生物的物种特异性遗传区域或单个微生物基因区域的终点 PCR 扩增。使用靶标特异性荧光水解探针检测扩增产物,从而提高了检测方案的特异性。

针对细菌种类检测的检测方案以核糖体 RNA 基因作为靶标 – 主要是 16S 核糖体 RNA 基因 – 并且使用 GreenGenes 数据库针对 NCBI 保存的 16S 序列和模式菌株 DNA 序列进行设计。针对真菌、病毒和后生动物种类的检测方案靶向不同的靶标特异性遗传区域,包括 NCBI 保存的核糖体 RNA 基因和其他单个标记基因。针对抗生素耐药基因(例如 lahey.org、ARDB 等)和毒力因子基因(例如 VFDB)的检测方案在设计时使用了各种数据库。

有关纳米微孔板中 dPCR 反应的原理说明,请参见这里

Procedure

dPCR Microbial DNA Detection Assay 方案非常简单,可在任何实验室的 QIAcuity dPCR 仪器上进行。从样本中分离出 DNA,并将其添加到即用型的 QIAcuity Probe Mastermix 和不含微生物 DNA 的水(UCP 水)中。将该混合物分装至 dPCR 预孔板的每个孔中,其中包含预分配的引物组和水解探针。反应混合物从预孔板转移到 dPCR 纳米微孔板,然后将其密封并转移到 QIAcuity dPCR 仪器中(参见图片基于纳米微孔板的简单快速工作流程)。微分化、热循环和成像步骤由 QIAcuity dPCR 仪器按照预设参数自动化完成。根据PCR方案,dPCR 运行的结果可在大约 2 小时后使用 QIAcuity Software Suite 进行分析(参见图片在大约 2 小时内完成微生物 dPCR 且仅需极少的手动操作时间)。

Applications

dPCR Microbial DNA Detection Assay非常适合细菌、真菌和病毒种类以及微生物抗生素耐药性或毒力因子基因的检测。可以分析各种样本,包括粪便、痰、阴道拭子、污水等。

经过 dPCR 湿实验验证的 5 重检测方案包

检测方案包 ID 应用领域 检测目录
编号和
荧光基团*
靶标(NCBI 分类 ID)
WW-001 废水 1 DMA00278-F
DMA00291-R
DMA00340-H
DMA00192-T
DMA00344-C
Pseudomonas aeruginosa (287)
Salmonella enterica (28901)
Vibrio cholerae (666)
Legionella pneumophila (446)
Yersinia enterocolitica (630)
WW-002 废水 2 DMA00340-H
DMA00344-R
DMA00199-C
DMA00192-T
DMA00710-F
Vibrio cholerae (666)
Yersinia enterocolitica (630)
Listeria monocytogenes (1639)
Legionella pneumophila (446)
人冠状病毒 SARS-CoV-2 (2697049)
WW-003 废水 3 DMA00109-F
DMA00192-H
DMA00340-T
DMA00194-R
DMA00344-C
Clostridium perfringens (1502)
Legionella pneumophila (446)
Vibrio cholerae (666)
Leptospira alexanderi (100053)
Yersinia enterocolitica (630)
HM-001 人类微生物组 1 DMA00148-F
DMA00143-T
DMA00024-R
DMA00003-C
DMA00150-H
Faecalibacterium prausnitzii (853)
Eubacterium rectale (39491)
Akkermansia muciniphila (239935)
Acidaminococcus fermentans (951)
Finegoldia magna (1260)
PB-001 益生菌 1 DMA00177-F
DMA00185-T
DMA00061-C
DMA00137-R
DMA00320-H
Lactobacillus acidophilus (1579)
Lactiplantibacillus plantarum (1590)
Bifidobacterium bifidum (1681)
Enterococcus faecium (1352)
Streptococcus salivarius (1304)
RG-001 耐药基因 1 DMA00566-F
DMA00542-H
DMA00576-T
DMA00574-R
DMA00575-C
氟喹诺酮耐药基因 QnrS
D 类 β-内酰胺酶 OXA-10 组
万古霉素耐药基因 vanB
四环素外排泵基因 tetA
四环素外排泵基因 tetB
RG-002 耐药基因 2 DMA00557-T
DMA00528-R
DMA00548-F
DMA00587-H
DMA00553-C
氟喹诺酮耐药基因 QepA
B 类 β-内酰胺酶 blaVIM-1 组
D 类 β-内酰胺酶 OXA-48 组
磺胺耐药基因 sul1 (43904)
D 类 β-内酰胺酶 OXA-58 组
VG-001 毒力基因 1 DMA00614-F
DMA00635-T
DMA00677-H
DMA00680-R
DMA00597-C
次要纤毛亚单位 (fimH)
γ 溶血素组分 B (hlgB)
原噬菌体 CP-933V 内编码的志贺样毒素 1 亚单位 B
志贺毒素亚单位 B;受体结合亚单位
辅助霍乱肠毒素 (ace)
CP-001 大麻生产 1 DMA00278-F
DMA00302-H
DMA00365-R
DMA00199-C
Pseudomonas aeruginosa (287)
Staphylococcus aureus (1280)
Aspergillus niger (5061)
Listeria monocytogenes (1639)
HM-002 人类微生物组 2 DMA00271-F
DMA00017-T
DMA00049-C
DMA00142-H
DMA00317-R
Prevotella oralis (28134)
Actinomyces viscosus (1656)
Bacteroides fragilis (817)
Eubacterium infirmum (56774)
Streptococcus oralis (1303)
RG-003 耐药基因 3 DMA00579-F
DMA00577-T
DMA00573-R
DMA00502-H
DMA00559-C
aac(6')-Ib
vanC
oprm
QnrB-1 组
CTX-M-1 组
VG-002 毒力基因 2 DMA00664-F
DMA00677-H
DMA00678-T
DMA00642-R
DMA00680-C
ply
stx1B
stx2A
invA
stxB
VG-003 毒力基因 3 DMA00688-F
DMA00668-H
DMA00596-T
DMA00597-R
DMA00611-C
wbkA
ptxA
ace (E. faecalis)
ace (V. cholerae)
efaA

* F:FAM,H:HEX,T:TAMRA,R:ROX 或 C:Cy5

Supporting data and figures

Resources

产品介绍与指南 (2)
Detect microbial targets – bacterial, fungal, parasitic, viral, antibiotic resistance and virulence factor genes – using digital PCR
A versatile workflow for the detection of low-abundance microbes
技术资讯 (1)
Detect microbial targets – bacterial, fungal, parasitic, viral, antibiotic resistance and virulence factor genes – using digital PCR
试剂盒操作手册 (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
Kit Handbooks (1)
Brochures & Guides (2)
Detect microbial targets – bacterial, fungal, parasitic, viral, antibiotic resistance and virulence factor genes – using digital PCR
A versatile workflow for the detection of low-abundance microbes
Technical Information (1)
Detect microbial targets – bacterial, fungal, parasitic, viral, antibiotic resistance and virulence factor genes – using digital PCR