miRNA 프로파일링을 위한 고유한 시스템
miRCURY LNA miRNA PCR Assays는 범용 RT와 LNA PCR 증폭을 결합하여 microRNA real-time PCR 시장에서 최고의 성능과 사용 편의성을 제공합니다(그림
miRCURY LNA miRNA PCR System 개략도 참조). 범용 RT를 사용하면 하나의 first-strand cDNA 합성 반응을 여러 miRNA real-time PCR 분석을 위한 템플릿으로 사용할 수 있습니다. 이는 귀중한 샘플을 절약하고 기술적 변동을 줄이며 실험실에서 시간을 절약합니다. 또한 정방향 및 역방향 PCR 증폭 프라이머는 miRNA 특이적이며 LNA로 최적화되어 있습니다. 이는 1) 매우 낮은 miRNA 수준의 정확한 정량화를 가능하게 하는 탁월한 민감도와 매우 낮은 배경 및 2) 밀접하게 관련된 miRNA 서열을 구별할 수 있는 매우 특이적인 분석을 제공합니다.
적용 범위
miRBase 20의 모든 유기체에 대해 20,000개 이상의 분석 항목을 사용할 수 있습니다. 1,400개 이상의 분석 항목이 합성 및 다양한 생물학적 샘플 모두에 대한 민감도, 특이성, 효율성 및 배경에 대해 충분한 웨트 랩(wet-lab) 검증을 거쳤습니다. 나머지 분석은 각 유기체 내에서 최적의 민감도와 특이성을 가진 고품질의 종 특이적 LNA 강화 분석을 보장하는 포괄적인 설계 알고리즘을 사용한 인실리코(
in silico) 검증을 거쳤습니다. 이는 서로 다른 여러 분석 항목이 동일한 서열을 표적으로 할 수 있음을 의미합니다. 궁극적으로 각 종에 대한 분석은 유기체의 유전적 배경에 따라 선택됩니다. NGS 실험과 같은 새로운 miRNA 실험을 하는 경우 모든 miRNA에 대해 LNA miRNA 프라이머 세트를 맞춤 제작으로 이용할 수 있습니다.
정규화(normalization)를 위한 참조 유전자 분석
9개의 참조 유전자 프라이머 세트를 사용할 수 있어 다양한 샘플 유형에서 고품질 데이터 정규화 및 신뢰할 수 있는 데이터 생성이 가능합니다(아래 표 참조). 이러한 대조물질 프라이머 세트는 다양한 인간 조직에 걸쳐 구성적으로 그리고 상대적으로 안정적으로 발현되는 내인성의 작은 non-coding RNA를 표적으로 합니다(그림
다양한 인간 조직에서 참조 유전자의 발현 수준 참조). 대조물질 참조 유전자는 광범위한 C
q 값을 다루며 다양한 miRNA 발현 정도를 정확하고 안정적으로 정규화할 수 있도록 합니다.
대조물질 프라이머 세트는 miRCURY LNA miRNA PCR System의 참조 유전자로 검증되었으며 miRCURY LNA RT Kit 및 miRCURY LNA SYBR Green PCR Kits와 함께 사용할 경우 최적으로 작동합니다. 참조로 선택하기 전에 항상 모든 조직과 특정 실험의 모든 처리에서 유전자가 일관되고 변함 없이 발현되는지 확인하는 것이 매우 중요합니다. 여러 참조 유전자를 테스트하고 GeNorm 및 NormFinder(GenEx 소프트웨어의 일부)와 같은 소프트웨어를 사용하여 참조 유전자를 선택하고 검증하는 것이 좋습니다.
사용 가능한 참조 유전자 분석 목록제품명 | 표적 유기체 | 대체 이름 | NCBI 참조 |
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Control primer set, SNORD38B(hsa) | hsa | U38B, RNU38B | NR_001457 |
Control primer set, SNORD44(hsa) | hsa | U44, RNU44 | NR_002750 |
Control primer set, SNORD48(hsa) | hsa | U48, RNU48 | NR_002745 |
Control primer set, SNORD49A(hsa) | hsa | U49, U49A, RNU49 | NR_002744 |
Control primer set, SNORA66(hsa) | hsa | U66, RNU66 | NR_002444 |
Control primer set, 5S rRNA(hsa) | hsa, mmu | V00589 | |
Control primer set, U6 snRNA (hsa, mmu) | hsa, mmu, rno | U6 | X59362 |
Control primer set, RNU5G snRNA (mmu, hsa) | mmu, hsa, rno | Rnu5a, U5a, Rnu5g | NR_002852 |
Control primer set, RNU1A1 (mmu, hsa) | mmu, hsa, rno | Rnu1a-1, Rnu1a1 | NR_004411 |
Control primer set, SNORD65(mmu) | mmu | U65, RNU65 | NR_028541 |
Control primer set, SNORD68(mmu) | mmu | U68, RNU68 | NR_028128 |
Control primer set, SNORD110(mmu) | mmu | U110, RNU110 | NR_028547 |