Verogen ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit

• 最小量のDNAインプットから非常に優れたデータ回収率
• 拡大したパネルが集団研究を促進
• 重度に分解したサンプルに対して更なる解像度を提供
• マルチプレックス能力により、操作効率をさらに向上

ForenSeq mtDNA Whole Genome Kitは、全ミトコンドリアゲノム（mtGenome）のシークエンシングのための、最小量DNAインプットで非常に優れたデータ回収率を持つ、便利かつ費用効果の高いライブラリー調製を実現します。実証済みのForenSeqケミストリーを活用することで、このキットは、集団研究を促進する拡大されたデータセットを作成したり、重度に分解したサンプルに対して解像度を上げたりすることができます。その上、このソリューションは、市販の全ゲノムアッセイでは最安値の定価となっています。マルチプレックス能力は、費用や時間をさらに負担することなく操作効率をさらに向上させます。

ForenSeq mtDNA Whole Genome Kitは、Verogenライブラリー調製ポートフォリオの中でも、mtGenomeシークエンシングでは最高の解像度を特徴とします。タイル張りアンプリコン、目的にかなったバッファー、熟慮して設計されたプロトコールにより、行方不明者、被災者の識別（DVI）、集団研究を含め、DNAインプット量の下端、さまざまなサンプルタイプ、さらに広範な法医学およびデータベースの応用をサポートできます。

• gDNAインプットの広い範囲にわたって高感度
• 小量のインプットサンプルの回収率向上
• 一般的な阻害物質に対する頑健な耐性

プロトコールには、定量の複雑なサンプルの性能をさらに向上させるために、第二の精製のオプションが含まれています。図 “インプットDNA量の広い範囲にわたる網羅率の高さ”は、第二の精製のある/なしでライブラリーのためのカバレッジの結果の比較を示します。1回の精製と比べて、2回の精製では、最終的に2 pgで90％の向上という、漸進的な網羅率の進歩を示します（図 “二回目の精製でのリードカウントの向上”を参照）。法医学のサンプル分析のもう一つの問題は、ライブラリー調製を損なうおそれのあるPCR阻害物質が頻繁に存在する点です。法医学のmtDNAサンプルでよくある3つの阻害物質の量を変えて、100 pgのコントロールDNA Hl60に添加した場合、図 “関連するPCR阻害物質に対して耐性の高いバッファー”に示された結果から、すべてのインプット量にわたって一貫した網羅率で高い耐性を実証しています。

ターゲットPCRベースのアッセイは、変異体検出の向上のために最新のmtDNAデータベースからの小さなアンプリコンを敷いています。タイル張りプライマーのアプローチは、特に分解したサンプル内でデータ喪失につながるおそれのある配列のギャップを防ぐためにアンプリコンを重ねています。このタイル張りプライマー設計に加えて、向上したバッファーシステムは、カルシウム、フミン酸、その他の関連PCR阻害物質に対して非常に優れた耐性を示します。

この使いやすい、自動化適合ソリューションは、多数のアプリケーションにわたるさまざまな研究設計のために共通のワークフローを提供します。プロトコールには、高品質のゲノムDNA（gDNA）から少量で複雑なサンプルまで、広範なインプット材料に対してライブラリー調製を適合させるため、2つのノーマライゼーションの方法が含まれます。インプット量の要件が低いので、ほとんどの困難なサンプルに対する可能性を拡大します。試薬キットの効率的な使用と正確なリードの割り当てのために、ライブラリー調製キットと同梱のインデックスアダプターは、1つのランで最大16個のサンプルまでプールし、シークエンシングすることができます。全ゲノムキットのタイル張りアンプリコンの設計は、全部で16,569 bpのヒトmtGenomeの分析に適しています。アッセイには、およそ500個の小さなアンプリコンを増幅する試薬が含まれ、2つのPCR反応で全ゲノムを網羅します。

ミトコンドリアDNAは、核DNAが損なわれているか存在しない場合、強力な代替情報源となります。mtDNAは、毛根のない髪の毛、歯、骨、その他の難しいソースの場合に使用され、行方不明者や被災者の識別作業のルーチンになりました。以前、従来のSangerシークエンシング方法に伴う品質やスケーリングの問題から、mtDNAにはわずかな専門施設で限られた役割しかありませんでした。Verogen mtDNAワークフローは、性能、効率および使いやすさという固有の組み合わせをもたらし、どのような研究室でも、どのような規模でも、SangerシークエンシングからNGSへmtDNA分析を移行することができ、また他のNGS技術から得られた結果を向上させることもできます。

mtDNAの迅速なレビューのために、ForenSeq mtDNA Whole Genome Kitは、Universal Analysis Software（UAS）のForenSeq mtDNA Analysis Moduleとシームレスに組み合わせられます。UASは、複雑なバイオインフォマティックスを単純化し、法医学のゲノムデータを分析・管理するためのNGSプラットフォームを提供します。ソフトウェアは、全ミトコンドリアゲノムのシークエンシングのアウトプットを分析し、ランが完了した後1時間足らずで結果を出します。研究室は、要約された結果または詳細な結果をレビューし、明確なインタラクティブユーザーインターフェイス上で最大9個のサンプルまで比較することができます。レポートは、複数のDNAデータベースに適合します。

当社は、ライブラリー調製からシークエンシング、分析まで全ワークフローにわたって優れたサポートを提供します。当社の経験豊富なチームは、お使いの装置、ソフトウェア、バリデーションプラン、および実践のガイダンスのために包括的なサービスを提供し、ワークフローを容易に操作可能にします。