Verogen ForenSeq Kintelligence Kit

長期の親族鑑定および遺伝子系図での使用のために

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Verogen ForenSeq Kintelligence Kit

Cat. No. / ID:  V16000120

法医学遺伝子系図用に、最大12個の低品質の法医学サンプルを調製するのに必要なすべての試薬を含みます
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Verogen ForenSeq Kintelligence Kit は、法医学、ヒト個人識別、父子鑑別における分子生物学的アプリケーション向けであり、疾病の診断、予防、治療を目的とはしていません。

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Features

  • 法医学的に関連するSNPの効率的評価のための合理的なワークフロー
  • 法医学的に精選されたマーカーは、医療データのプライバシーに関する懸念を最小限に抑えます
  • 単一のSNPマルチプレックスは、世界人口の全体にわたって機能します
  • ForenSeqとGEDmatchのワークフローをアプリケーション固有のサポートと組み合わせます
  • 研究室でのエビデンスおよび関連データの完全管理を維持します

Product Details

ForenSeq Kintelligence Kitで、広範な親族鑑定結果を得るために、明確に精選された10,230個のSNPマーカーを標的とします。法医学の遺伝子系図(FGG)向けに設計された唯一のシークエンスベースのアッセイ、ForenSeq Kintelligenceは、全ゲノムシークエンシング(WGS)またはアレイベースのワークフローで見つかる医療的に情報性のあるマイナーアレル頻度のSNPを除外することにより、プライバシーに対する懸念を最小限に抑えます。頑健なPCRとプライマー設計は、世界人口全体にわたって機能する単一SNPマルチプレックスを可能にします。

Performance

ForenSeq Kintelligenceは、法医学の遺伝子系図(FGG)向けの一体化ソリューションです。ライブラリーは、法医学的に関連するSNPの効率的な評価のために単一の合理的なワークフローで、精製、シークエンシング、分析されます。市場にある方法と確立された研究およびデータベースからのインプットと共に、既存のSTRベースの方法に従って開発され、このキットは、低インプット量および重度に分解したものも含め、法医学のDNAサンプルからターゲットシークエンシングおよび正確な分析を実現します。確立された方法論を基盤とする一方で、精選されたSNPセット、低インプット要件、法医学的にバリデーション済みのワークフローを適用することにより、ForenSeq Kintelligenceは、難局を超えて進歩し、未解決事件、行方不明者、身元不明の遺体に対する解決策を見つける機会を提供します。

  • 結果に容易にアクセスするため、バリデーション済みのシステムで損なわれたサンプルをシークエンシングする
  • 精選された内容設計は、法医学関連のために選択されたSNPセットでデータのプライバシーを保証する
  • 研究室でエビデンスおよび関連データをキープし、完全管理を維持する
  • 2つのよく知られたワークフロー、ForenSeqおよびGEDmatchを組み合わせるために完全に一体化され、サポートされる

未解決事件のサンプルや行方不明者のサンプルは、高齢、環境要素や汚染物への曝露、さまざまな抽出や保管手順により、しばしば分解される。それで、Verogenは、損なわれたサンプルから高回収率を達成するため、分解・阻害されたケースワークタイプのサンプルを分析する研究を行い、コントロールサンプルで感度評価を実施し、ForenSeq Kintelligence Kitを設計しました。結果、キットは広範なインプットDNA量にわたって、再現性をもってSNPコールを生み出します。

ForenSeq Kintelligenceは、模擬ケースワーク研究で高い性能を達成し、分解した血液サンプル、カルシウムで阻害される歯のサンプルおよび火葬、燃焼、エンバーミングで傷められる現代の骨のサンプルから高いコールレートを生み出しました。感度評価では、5 ng~50 pgのインプット量範囲でコントロールDNAを評価しました。5 ng~250 pgのインプット量はいずれも、100%のコールレートを達成しました。性能は、100 pgおよび50 pgで同様に高く、それぞれ99.9%および99.6%でした(図“、インプット量の全範囲にわたる感度滴定”を参照)。ターゲットサイト全体にわたっておよそ1500×の高い平均カバレッジは、これらの高いコールレートを可能にし、確信のあるコールを保証します。

自然の要素や年月を通じて長期にわたる分解を受けて、未解決事件のサンプルは品質管理のチェックを満たさず、カバレッジが少ない傾向があります。これが、低いDNA回収率という結果になり、アレルのコールレートに影響します。回収率を最大化するために、ForenSeq Kintelligenceのバッファーは、ヘマチン、フミン酸、インディゴおよびタンニン酸、およびE.coliなどの微生物汚染などの多くの一般的な阻害剤に耐性を示します。10 ngの微生物DNAをスパイクした1 ngのgDNAサンプルについて、Verogenは、100%のSNP回収率を観察しました。他の一般的な法医学的阻害剤のかなりの量を添加して阻害されたコントロールサンプルは、コントロールサンプルと同様、99.2%の高い平均コールレートを示しました(図 “阻害物質性能評価“を参照)。高い平均コールレートは、少量のインプットに関わらず、サンプルの深いカバレッジを可能にします。

特徴 詳細
サンプルのタイプ 毛髪、骨、歯、血液、精液、口腔スワブからのgDNA
DNAインプットの推奨 サンプル当たり1 ng
キットの構成 12回の反応
推奨マルチプレックスキャパシティ 1ラン当たり3ライブラリー
SNP数 10,230
平均アンプリコンサイズ < 150 bp
ライブラリー調製時間合計 8時間
ハンズオンライブラリー調製時間 1時間55分
シークエンシング時間合計 28時間

Principle

頑健なポリメラーゼ連鎖反応(PCR)およびプライマー設計は、単一SNPマルチプレックスを可能にし、複数回の検査を不要にします。150 bp未満の小さな平均アンプリコンサイズは、増幅効率を向上させ、分解したDNAの回収と分析を容易にします。さらに、ForenSeq Kintelligence Kitは、6つのユニークなデュラルインデックス(UDI)アダプターを含み、それは、最適なデータ回収のためにサンプルの各末端にunique identifying sequenceを付けています。

ForenSeq Kintelligenceは、FGGのターゲットシークエンシングをサポートするために入念に選択された10,230個のSNPのクエリーを行います。

カテゴリー SNP数 合計のパーセント値
アンセストリーSNP 56 0.5%
SNPの同定 94 1%
親族のSNP 9867 96%
表現型SNP* 22 0.2%
X-SNP 106 1.2%
Y-SNP 85 0.9%

これらのSNPは、Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChipおよびInfinium Global Screening Arrayで関連マーカーに重なり、世界人口全体にわたる頑健な性能のために、Genome Aggregation Database (gnomAD) v3.0およびSingle Nucleotide Polymorphism database (dbSNP) v151に対して相互参照されました。重要なことに、ForenSeq Kintelligenceは、プライバシーの懸念を制限し、遺伝的健康データを守るために既知の医療関連のあるSNPまたは低いマイナーアレル頻度のSNPを除外します。

ForenSeq Kintelligenceの設計は、捜査の手がかり作成のためにバリデーション済みの生物地理学的先祖、同一性、表現型SNPすべてを含め、ForenSeq DNA Signature Prepの影響を受けました。さらに、系統や生物学的性別の決定に役立てるために、それぞれ情報性のあるY-SNPとX-SNPを含めています。

最適化されたバッファーシステムは、カルシウム、インディゴ、フミン酸などの、法医学サンプルで一般的に見つかる広範な阻害物質に耐性があり、98%を超えるコールレートを生み出します。アッセイの設計は、高いプロセスの完全性およびデータ品質を示し、最も困難な法医学サンプルでもその分析に信頼を寄せることができます。

Procedure

ForenSeq Kintelligenceのインプットは、法医学研究室で一般的なDNA抽出法に適合します。ライブラリー調製は、Verogenのライブラリー調製ポートフォリオの基礎をなすForenSeqケミストリーのバックボーンを活用しています。ForenSeq Kintelligence試薬は、最大12個のデュアルインデックスのヒト特異的ライブラリーの調製を、1時間55分のハンズオン操作時間を含め、8時間で可能にします。完全一体型のNGSワークフローでは、シークエンシングを28時間で、分析は1時間で完了し、ユーザーがデータベースに直接アップロードできるGEDmatch PROレポートを含め、40時間足らずで完了します。1つの一致が存在する場合、GEDmatch PROは2日足らずで結果を出します。

ノーマライゼーションを含む迅速なライブラリー調製を提供することに加えて、ForenSeqケミストリーは、口腔スワブ、血液、骨、および歯などのサンプル源に対して高度な柔軟性を示し、その一方で25 μlのインプット量で、分解したサンプルや阻害されたサンプルに対するサポートを向上させます。12反応キットには、増幅用のマスターミックス、クリーンアップ用の精製ビーズ、および6回の安全な停止ポイントを特徴とするわかりやすいプロトコールが含まれます。

Applications

FGGは、DNAプロファイル作成のマイクロアレイ遺伝子型決定または全ゲノムシークエンシング(WGS)法と、自発的に提出されたDNAプロファイルの最大規模のデータベース、GEDmatchなどの系図データベースで遺伝的な親族の比較を組み合わせています。データベースで比較を行うことにより、調査記録、生体記録、死亡記事、新聞のアーカイブを用いて家系図を構築し、それから家系図を通してDNAの源を追跡できます。

マイクロアレイおよびWGSベースの方法は、法医学のケースに関連する生体サンプルの全領域をサポートできません。これらのサンプルは、原材料の経年劣化または環境曝露により分解したり、阻害されたりすることが多く、FGGを制限する低品質のデータの原因になります。マイクロアレイやWGSは、また大量の医療関連の一塩基多型(SNP)データを作り出し、それは法医学の応用には該当せず、遺伝子データのプライバシーと使用についての問題を引き起こします。ForenSeq Kintelligence Kitは、法医学目的に適合する唯一のFGGアッセイです。National DNA Index System(NDIS)合意のMiSeq FGx Sequencing System上でのシークエンシング、Universal Analysis Software(UAS)でのデータ解析、そしてGEDmatch PROでの長期にわたる親族分析向けに設計され、ForenSeq KintelligenceとVerogen STRアッセイは、DNAから確信のある識別へと導きます。

Software

ForenSeq Kintelligence Kitのエンド・ツー・エンドのワークフローは、確立されたForenSeqプロセスに基づいており、1つの実証済みのプラットフォーム上での非常に広範なDNA解析を実現します。ForenSeq Kintelligence Kitは、迅速なデータ評価とワンクリックでのレポート作成のために、UASのForenSeq Kintelligence Analysis Moduleとシームレスにリンクします。

Services

当社は、ライブラリー調製からシークエンシング、分析まで全ワークフローにわたって優れたサポートを提供します。当社の経験豊富なチームは、お使いの装置、ソフトウェア、バリデーションプラン、および実践のガイダンスのために包括的なサービスを提供し、ワークフローを容易に操作可能にします。

Resources

パンフレット (2)
Seek answers, not profiles with the QIAGEN-Verogen partnership

The benefits of next-generation sequencing for human identification


キットハンドブック (1)
ForenSeq Kintelligence Kit Reference Guide
クイックスタートプロトコール (1)
ForenSeq Kintelligence Kit Checklist
テクニカルインフォメーション (1)

An introduction for crime laboratories


解析用ソフトウェア (1)
Universal Analysis Software v2.0 and above Reference Guide
実験器具関連資料 (1)
ForenSeq Kintelligence Kit Materials List
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)