QIAcuity Residual DNA Quantification Kits

QIAcuity Digital PCR Systemを用いて、より高い精度と正確さで宿主細胞DNAのキャリーオーバーを確認

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E. coli resDNA Quant Standard Kit

Cat. No. / ID:  250221

E. coli resDNA Quant Standard (1x)、再水和バッファー
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¥120,000
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Kit
resDNA Quant Standard
resDNA Quant
Cell type
E. coli
CHO
HEK293
QIAcuity Residual DNA Quantification Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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Features

  • マスターミックスとコントロールをあらかじめ混合することで、セットアップと宿主細胞DNAの検出を簡便化
  • E.coli、CHOおよびHEK293細胞からフェムトグラムレベルまで、残留宿主細胞DNAを正確に検出
  • 高度に断片化された宿主細胞DNAを検出、定量できるマルチコピーターゲットアッセイ
  • 抽出サンプルおよび非抽出サンプルから宿主細胞DNAを検出

Product Details

ワクチン、医薬品およびその他バイオ医薬品など製品に残留する宿主細胞DNAのコンタミネーションは、大きな健康リスクをもたらします。したがって、米国食品医薬品局(FDA)や世界保健機関(WHO)などの当局によってその安全限度が厳しく規制されています。残留DNAの上限値については、投薬内容とコンタミネーションを引き起こす細胞DNAの感染力および腫瘍原性にもとづいて明確なガイドラインが確立されています。たとえば、WHOは、経口投与ワクチンにおける残留DNA量を100 µg/回未満とすることを推奨するのに対して、非経口投与における非腫瘍原性細胞由来のDNA量は、10 ng/回、最大長さ200 bpに制限することとされています。 


製造過程でこのようなコンタミネーションを検出し、除去するには、製品中にごくわずかに存在する特定の宿主細胞由来DNAを高感度かつ高精度で測定する必要があります。


デジタルPCRは残留DNAの定量にふさわしい検出方法です。qPCRなど他の検出方法と比べて、特に微量のコンタミネーションに対して無類の感度と精度を発揮します。QIAcuity Residual DNA Quantification Kitsは、Escherichia coliE.coli)、チャイニーズハムスター卵巣細胞(Chinese Hamster Ovary、CHO細胞)およびヒト胎児腎細胞293(HEK293細胞)DNAを宿主細胞DNAとして高い精度と正確さで検出します。    

 

Performance

QIAcuity Residual DNA Quantification Kitsは、PCR時のコンタミネーションや他の阻害試薬が存在する場合でも、抽出の有無に関係なく、正確なCHO、E.coli、HEK293残留DNA(resDNA)の定量結果を提供します。マルチコピーターゲットアッセイにより、高度に断片化された残留宿主細胞DNAを正確に定量します。

  

アッセイ ターゲットコピー数 アンプリコンサイズ 変換ファクター(cp/µlからfg/µlへ)
QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit 7 <200 0.35
QIAcuity CHO resDNA Quant Kit ~100万、未定義(繰り返しエレメント) <200 0.28
QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit ~100万、未定義(繰り返しエレメント) <200 1.54

 

QIAcuity E.coli resDNA Quant Kitは、1回の反応でわずか5 fgの残留DNAを検出します。

反応1回あたりのロード量(fg/rxn) E.coli Standard(copies/µl) 内部コントロール(copies/µl)*
50000 2949.7 99.9
5000 291.6 91.7
500 27.6 91.4
50 2.8 93.2
25 1.46 92.5
5 0.45 90.6
NTC 0 98.9

*内部コントロールは100 copies/µlを想定

デジタルPCRは、qPCRよりも少ないテンプレートインプット範囲で、より高い検出感度を示すため、より安定したアプリケーションが可能になります。

QIAcuity CHO resDNA Quant Kitは、1回の反応でわずか5 fgの残留DNAを検出します。

反応1回あたりのロード量(fg/rxn) CHO Standard(copies/µl) 内部コントロール(copies/µl)*
50000 4939.3     108.7
5000 508.3     104.9
500 50.2     97.6
50 4.7 99.5
25 2.6 101.3
5 0.6 100.4
NTC 0 104.7

*内部コントロールは100 copies/µlを想定

QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kitは、1回の反応でわずか5 fgの残留DNAを検出します。

反応1回あたりのロード量(fg/rxn) HEK293 Standard(copies/µl) 内部コントロール(copies/µl)*
50000 1104.9 96.6
5000 104.5 92.5
500 8.83 92.4
50 0.99 94.4
NTC 0 96.2

*内部コントロールは100 copies/µlを想定

このキットは、QIAcuity Digital PCR SystemおよびQIAcuity Nanoplatesと連動して作動し、qPCRと同等のエンドツーエンド高速dPCRワークフローを提供しながら、サンプル中のresDNAを絶対定量することができます。このキットは、バイオプロセス製造とQCの要件を念頭に置いて設計されています。

 

Principle

ナノプレートでのdPCRの原理はこちらで説明しています。

宿主細胞DNAモニタリングにQIAcuityデジタルPCRを使用すると、バルクサンプルのパーティショニングによりLOD/LOQが改善します。パーティショニングによってターゲットの有効濃度が上昇するので、少量の宿主細胞DNAをより高い精度と正確さで捕捉および測定できます。QIAcuity Nanoplate 26kでは、大量のテンプレートインプットのロードが可能なことと、パーティション数の増加が、残留宿主細胞の検出の正確さと精度が向上した理由の一つです。

  

 

Procedure

溶解物を、内部コントロールおよび絶対定量によって測定する宿主細胞DNAとともに、残留定量アッセイに追加します。コピー/µlを提供されている変換ファクターでfg/µlに変換します。

Applications

QIAcuity Residual DNA Quantification Kitsは、複雑なバイオプロセス中間体中の宿主細胞DNAの高精度定量に理想的です。

Supporting data and figures

FAQ

What does the standard kit contain?
The standard for HEK293, CHO, and E. Coli contains genomic DNA, and we recommend digestion of the standard for better migration out into the partitions.
FAQ ID - 3938
dPCR results are in copies per microliter. How do I calculate host cell DNA contamination in femtogram per microliter?

The conversion factors from copies per microliter to femtogram per microliter for each target assay (E. coli, CHO, and HEK293) will be provided in the quick-start protocol and the QIAcuity User Manual Extension: Application Guide.

FAQ ID - 3876
My samples are highly fragmented. Is the dPCR result for resDNA quantification accurate?

ResDNA Quant Kit (E. coli, CHO, and HEK293) assays are multicopy target assays that ensure quantification of  resDNA unaffected by the fragmentation level. In addition, short amplicon regions are selected for each target region. 

FAQ ID - 3877
Is DNA extraction from the samples needed?

No. DNA extraction is not required. However, if the samples contain high levels of PCR inhibitors or high protein concentration, DNA extraction is recommended for accurate quantification of ResDNA contamination.

FAQ ID - 3873
What is the amount of standard for the different kit?
The standard that is provided has an amount of 1000 pg that will be diluted with 100 µL of rehydration buffer down to working solution of 10 pg/µL.
FAQ ID - 3936
Is restriction enzyme digestion required?

Restriction digestion of the templates is required when the template length exceeds 20 kb for a better distribution of templates within partitions. Recommended restriction enzymes can be found in the applications guide and quick-start protocols.

FAQ ID - 3875
Which extraction kits are recommended?

QIAamp UCP DNA Micro Kits, QIAamp HMW MagAttract Kits, QIAsymhony DSP Kits, QIAsymphony Certal Kits, and DNeasy Blood & Tissue Kits are few recommended extraction kits to combine with ResDNA Quant Kit.

FAQ ID - 3874
What is the preferred storage temperature for reconstituted assay for the QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96)?
The recommended storage temperature is 4°C for 72 hours.
FAQ ID - 3935
Is dPCR sensitive to inhibition?

dPCR is less prone to inhibition in comparison to qPCR; however, we recommend dilution of samples that are known to contain PCR inhibitors.

FAQ ID - 3880
How much sample can I load for detecting host cell contamination?

26k Nanoplates are recommended for resDNA quantification, which maximizes the amount of template that can be loaded within a single reaction. In 26k nanoplates, this corresponds to 28 μl in 40 μl reaction volume. In addition, maximum template loading amounts for each kit will be provided in QSPs. 

FAQ ID - 3879
What are the ResDNA Quant Kit components?

The kits are composed of a premixed master mix for CHO and E. coli in liquid format that contains the target. For HEK293 the same composition comes in lyophilized format. The kit also contains an internal control assay detected in Green and Yellow channel, internal control DNA, positive control DNA, and dPCR qualified water. All necessary components are included in the ResDNA Quant Kits.

FAQ ID - 3878
How long can I store the reconsituted assay regarding QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96) at 4°C?
For optimal performance, the recommendation is to use the reconstituted assay within 72 hours.
FAQ ID - 3934
What region is targeted in the QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96)?
The QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96) is targeting the transcribed genomic regeion of 16S with <200 bp fragment size. 
FAQ ID - 3939
How did you calculate the conversion factor?
A serial dilutions of HEK293, CHO, and E. Coli gDNA standard test them using HEK293, CHO, and E. Coli ResDNA Quant Kits, respectively. We then compare the copies per microliter obtained at different loading concentrations. We correlate the number of copies of target amplicon with the loading amount in picogram. To rule out any issues with PCR performance, loss of target amplicons, loading errors, user error, instrument errors, etc. skewing the true conversion factor, we repeat the testing over multiple samples, multiple batches of kits, standards, and multiple users. This gives us our accurate conversion factor.
FAQ ID - 3937