dPCR Microbial DNA Detection Assay

微生物同定とプロファイリングは、ヒトの健康、食品および飼料の検査や環境検査など、多くの分野で注目されています。微生物同定ではサンプル内の微生物の有無を判断しますが、微生物プロファイリングでは2つ以上の実験条件下での相対的な発現を判断するため、リファレンスサンプルと正規化が必要になります。

弊社のdPCR Microbial DNA Detection Assayは細菌、真菌、寄生虫、ウイルス、抗生物質耐性または毒性因子遺伝子をターゲットとします。細菌の場合、アッセイは16S rRNA遺伝子をターゲットとし、真菌の場合はリボソームRNA遺伝子をターゲットとします。ポートフォリオは700を超えるアッセイから構成され、そのうち200はウェットラボ検証されたdPCRです。弊社のプレデザイン微生物dPCRアッセイのポートフォリオに含まれていないターゲットについては、細菌、真菌、ウイルスターゲット用の使いやすいカスタムアッセイ設計ツールを提供しています。

各アッセイは、プライマーペアと設定可能な蛍光色素を使った加水分解プローブで構成されています。利用可能な蛍光色素には、FAM、HEX、ROX、TAMRA、Cy5およびATTO700があり、1回のマルチプレックスdPCR反応で最大12種類の異なるターゲットの解析に対応するように組み合わせることもできます。また、一般的な対象のターゲットの解析用にウェットラボで検証されたdPCR 5プレックスアッセイバンドルも提供しています。詳細については、以下のアプリケーションを参照してください。dPCR反応では、アッセイがQIAcuity Probe PCR Kit（DNAターゲット）またはQIAcuity OneStep Advanced Probe Kit（RNAターゲット）またはQIAcuity High Multiplex Probe PCR Kit（1回の反応でターゲットが5個を超える場合）と組み合わせられます。

本アッセイは、QIAcuity Digital PCR SystemおよびQIAcuity Nanoplatesと併せて機能します。

製品について詳しくお知りになりたい場合は、弊社のdPCRスペシャリストより連絡を差し上げますので、こちらからサインインしてください。

正確で精密な検出

dPCR Microbial DNA Detection AssayおよびQIAcuity dPCR Systemにより、正確なデジタルPCRベースの定量が可能です。NIST参照物質の解析では、入力テンプレートに予想される濃度が示されています。詳細については、図Shigella sonneiのgDNAを使ったNIST参照スタンダード8376の定量を参照してください。

マルチプレックスでの性能

マルチプレックスdPCRベースの微生物ターゲット検出では、より少ない回数の反応で小さなパネルを柔軟に設定できるため、貴重なサンプルを節約できます。マルチプレクシングでは必要なナノプレートウェルの数も少なく、1回のランで解析可能なサンプル数が増加するため、解析スループットも向上します。弊社のdPCR Microbial DNA Detection Assayは、マルチプレックス解析用に組み合わせが可能です。

色素（FAM、HEX、TAMRA、ROX、Cy5、ATTO700）が異なるシングルアッセイを注文することで、独自のアッセイを組み合わせてマルチプレクシング用アッセイとして組むことができます。または、弊社が提供する5プレックスアッセイバンドルからお選びいただくこともできます。このバンドルは、すでにdPCRにおいて弊社科学者によるウェットラボ検証済みです。700を超えるプレデザインアッセイのその他の組み合わせについては、ご自身のラボでご検証してください。

dPCR Microbial DNA Detection Assayを使ったシングルプレックスとマルチプレックス解析の比較では、あらゆるターゲットに対して類似した高精度の定量が示されています。正確なターゲット定量に加えて、12プレックスdPCRランもさまざまな微生物水病原体の非常に特異的な検出も示されています。

あらかじめ設計されたMicrobial DNA Detection AssaysおよびCustom dPCR Microbial Assayは、ナノプレートデジタルPCRでの使用を目的としています。各アッセイは、関連微生物の種固有の遺伝領域または個々の微生物遺伝子の領域のエンドポイントPCR増幅に基づいています。 増幅された産物は、ターゲット特異的な蛍光加水分解プローブを使って検出され、アッセイの特異性が向上します。

細菌種を検出するdPCR Microbial DNA Detection Assayは、主に16SリボソームRNA遺伝子であるリボソームRNA遺伝子をターゲットとしており、16S配列とNCBIに預けられた基準株DNA配列のGreenGenesデータベースを使用して設計されました。真菌、ウイルス、後生動物種のアッセイは、それぞれNCBIに預けられたリボソームRNA遺伝子や他の個別のマーカー遺伝子など、別のターゲット固有の遺伝領域をターゲットとしています。抗生物質耐性遺伝子のアッセイの設計にはlahey.org、ARDBなど、また毒性因子遺伝子のアッセイの設計にはVFDBなど、さまざまなデータベースが使用されました。

Custom dPCR Microbial Assayは、微生物ターゲット用に特別に開発された、高度で十分に検証されたアルゴリズムに基づく弊社のカスタムアッセイ設計ソフトウェアを使用して作成されています。これにより、各アッセイ設計が厳格な性能基準を確実に満たし、最適な感度と特異性を備えた堅牢で高品質のアッセイを実現できます。

ナノプレートでのdPCR反応の原理はこちらで説明しています。

dPCR Microbial DNA Detection AssayおよびCustom dPCR Microbial Assayプロトコールはシンプルであり、 QIAcuity dPCR装置を使ってどのラボでも実施できます。DNAはサンプルから分離され、すぐに使えるQIAcuity Probe MastermixとMicrobial DNA-Free Water（UCP水）に添加されます。このミックスが、プライマーと加水分解プローブが添加されているdPCRプレプレートの各ウェルに分注されます。反応ミックスはプレプレートから dPCR Nanoplateのウェルに搬送され、その後密封されてQIAcuity dPCR装置に搬送されます（図シンプルで迅速なプレートベースのワークフローを参照）。パーティショニング、サイクリング、イメージングステップは、プレセットパラメーターに従い、QIAcuity dPCR装置が全自動で行います。サイクリングプロトコールによっては、2時間程度でdPCRランの結果をQIAcuity Software Suiteで解析できることもあります（図最低ハンズオン操作時間と約2時間での微生物dPCRを参照）。

dPCR Microbial DNA Detection Assayは、細菌、真菌、ウイルス種および微生物抗生物質耐性や毒性因子遺伝子の検出に最適で、糞便、喀痰、膣スワブ、汚水などのさまざまなサンプルを解析できます。

さらに、Custom dPCR Microbialアッセイ設計ツールを使用すれば、弊社のプレデザインdPCR Microbial DNA Detection Assayが取り扱っていない、目的のターゲットのあらゆる微生物（細菌、真菌、ウイルス）ターゲットのアッセイをシームレスに設計できます。

dPCRウェットラボ検証済みの5プレックスバンドル

* F：FAM、H：HEX、T：TAMRA、R：ROXまたはC：Cy5