Verogen ForenSeq Kintelligence Kit

• Procédure simplifiée pour une évaluation efficace des SNP utilisés en criminalistique
• Les marqueurs utilisés en criminalistique limitent les problèmes de confidentialité des données médicales
• Un seul multiplexe SNP fonctionne pour des populations globales
• Associez les procédures ForenSeq et GEDmatch avec une assistance propre à l’application
• Gardez le contrôle total des preuves et des données correspondantes au sein de votre laboratoire

Ciblez 10 230 marqueurs SNP soigneusement sélectionnés pour la recherche de parenté avec le ForenSeq Kintelligence Kit. Seul dosage basé sur des séquences conçu pour la généalogie génétique en criminalistique, ForenSeq Kintelligence limite les problèmes de confidentialité en excluant les SNP médicalement instructifs et de fréquence allélique mineure observés dans le séquençage du génome entier ou les procédures avec puces. Les conceptions fiables de PCR et d’amorces permettent d’utiliser un seul multiplexe SNP pour des populations globales.

ForenSeq Kintelligence est une solution intégrée destinée à la généalogie génétique en criminalistique. Les banques sont préparées, séquencées et analysées dans une même procédure simplifiée pour une évaluation efficace des SNP utilisés en criminalistique. Conçu conformément aux méthodes avec STR existantes, avec des entrées provenant des méthodes du secteur et des recherches et bases de données établies, le kit permet aux laboratoires un séquençage ciblé et une analyse de précision à partir d’échantillons d’ADN de criminalistique, y compris ceux de faible quantité et fortement dégradés. Parce que le ForenSeq Kintelligence applique une série de SNP soigneusement sélectionnée, n’a besoin que d’une faible quantité initiale et exploite une procédure validée en criminalistique tout en se fondant sur une méthodologie éprouvée, il permet de ne pas rester dans l’impasse et de résoudre des affaires classées (« cold cases »), de retrouver des personnes disparues et d’identifier des restes humains.

• Échantillons à séquence compromise sur un système validé pour un accès facile aux résultats
• Conception de contenu soignée pour la confidentialité des données avec une série de SNP sélectionnée à des fins de criminalistique
• Conservez les preuves et les données correspondantes dans votre laboratoire et gardez un contrôle total
• Intégration parfaite et assistance pour associer deux procédures connues, ForenSeq et GEDmatch

Compte tenu de leur ancienneté, d’une exposition aux éléments et aux contaminants, et des procédures variables d’extraction et de conservation, les échantillons d’affaires classées et de personnes disparues sont souvent dégradés. Ainsi Verogen a conçu le ForenSeq Kintelligence Kit pour des taux d’extraction élevés à partir d’échantillons compromis, en étudiant l’analyse d’échantillons médicolégaux dégradés et inhibés et en évaluant la sensibilité avec des échantillons de contrôle afin que le kit génère des SNP de façon reproductible avec des quantités initiales variables d’ADN.

Le ForenSeq Kintelligence s’est révélé très performant dans des études d’échantillons médicolégaux qui ont généré des taux de réussite élevés à partir d’échantillons de sang dégradés, d’échantillons de dent inhibés par le calcium et d’échantillons d’os contemporains soumis à une crémation, un incendie ou un embaumement. L’évaluation de la sensibilité a évalué l’ADN de contrôle avec des entrées de 5 ng à 50 pg. Les entrées de 5 ng à 250 pg ont toutes donné un taux de réussite de 100 %. Les performances ont été tout aussi élevées à 100 pg et 50, avec respectivement 99,9 % et 99,6 % (voir la figure « Titrage de la sensibilité de l’ADN de contrôle avec diverses entrées »). Une couverture moyenne élevée d’environ 1 500× sur les sites cibles permet ces taux de réussite élevés et garantit la fiabilité des tests.

Compte tenu de l’exposition aux éléments et d’une dégradation prolongée avec le temps, les échantillons d’affaires classées sont susceptibles d’échouer au contrôle qualité et d’afficher une couverture insuffisante. Cela implique une récupération d’ADN médiocre et a une incidence sur les taux de réussite au niveau des allèles. Afin d’optimiser la récupération, les tampons ForenSeq Kintelligence tolèrent de nombreux inhibiteurs courants tels que l’hématine, l’acide humique, l’indigo et l’acide tannique, ainsi que des contaminants microbiens de type E. coli. Pour des échantillons d’ADNg de 1 ng auxquels sont ajoutés 10 ng d’ADN microbien, Verogen a observé un taux de récupération de SNP de 100 %. Les échantillons de contrôle additionnés d’autres inhibiteurs courants en criminalistique en quantités importantes ont affiché un taux de réussite moyen élevé de 99,2 %, comparable à celui des échantillons de contrôle (voir la figure « Évaluation des performances des inhibiteurs »). Le taux de réussite moyen élevé permet une excellente couverture des échantillons, même si l’entrée est faible.

Une réaction en chaîne par polymérase (PCR) et une conception d’amorces fiables permettent d’obtenir un seul multiplexe SNP, rendant inutile la multiplicité des tests. La petite taille moyenne des amplicons de < 150 pb accroît l’efficacité de l’amplification et facilite la récupération et l’analyse d’un ADN dégradé. En outre, le ForenSeq Kintelligence Kit inclut six adaptateurs à identifiant double unique (UDI), qui attachent des séquences d’identification uniques à chaque extrémité de l’échantillon pour une récupération optimale de données.

Le ForenSeq Kintelligence recherche 10 230 SNP qui ont été soigneusement sélectionnés pour un séquençage ciblé en FGG.

Ces SNP chevauchent des marqueurs importants dans le Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip et le Infinium Global Screening Array et sont recherchés dans les bases de données Genome Aggregation Database (gnomAD) v3.0 et Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) v151 pour des performances fiables pour des populations globales. Il est important de noter que le ForenSeq Kintelligence exclut les SNP présentant des associations médicales connues ou des fréquences alléliques mineures afin de limiter les problèmes de confidentialité et de protéger les données de santé génétiques.

La conception du ForenSeq Kintelligence a bénéficié de la ForenSeq DNA Signature Prep afin d’inclure tous les SNP biogéographiques d’ascendance, d’identification et de phénotype validés pour générer des pistes à explorer. Sont également inclus, les SNP Y et SNP X, qui facilitent respectivement la détermination des origines et du sexe biologique.

Un système de tampon optimisé tolère divers inhibiteurs couramment rencontrés dans les échantillons de criminalistique, comme le calcium, l’indigo et l’acide humique, générant ainsi un taux de réussite de > 98 %. La conception du dosage assure une excellente intégrité au processus et une grande qualité de données, vous pouvez vous fier à l’analyse des échantillons de criminalistique même les plus difficiles.

Les entrées du ForenSeq Kintelligence sont compatibles avec les méthodes d’extraction d’ADN courantes dans les laboratoires de criminalistique. La préparation de banque utilise la structure d’analyse ForenSeq qui est au cœur de la gamme de préparation de banque Verogen. Les réactifs ForenSeq Kintelligence permettent de préparer jusqu’à 12 banques de matériel humain doublement indexées en 8 heures, avec seulement 1 heure et 55 minutes de temps de manipulation. Le séquençage est réalisé en 28 heures et l’analyse en 1 heure pour une procédure de NGS entièrement intégrée qui donne les résultats, y compris un rapport GEDmatch PRO que les utilisateurs peuvent télécharger directement dans la base de données, en moins de 40 heures. En cas de correspondance, le GEDmatch PRO produit les résultats en moins de 2 jours.

En plus d’une préparation de banque rapide qui inclut la normalisation, l’analyse ForenSeq offre une grande flexibilité pour des échantillons de type écouvillons buccaux, sang, os et dent, tandis que le volume d’entrée de 25 μl améliore la prise en charge des échantillons dégradés et inhibés. Le kit pour 12 réactions contient des Master Mix pour l’amplification, des billes de purification pour le nettoyage et des protocoles simples à six limites de sécurité.

La FGG associe les méthodes de profilage ADN de type génotypage sur puce à ADN ou séquençage du génome entier avec des comparaisons d’individus génétiquement apparentés dans les bases de données généalogiques comme GEDmatch, la plus grande base de données de profils ADN volontairement ajoutés, à des fins de comparaison criminalistique. Les comparaisons effectuées dans une base de données permettent aux généalogistes d’établir un arbre généalogique à l’aide des données issues des recensements, registres d’état civil, rubriques nécrologiques et archives de journaux, ils remontent ensuite l’arbre généalogique jusqu’à la source de l’ADN.

Le génotypage sur puce à ADN et le séquençage du génome entier ne peuvent suffire compte tenu de la grande variété d’échantillons biologiques exploités en criminalistique. Ces échantillons sont souvent dégradés ou inhibés en raison de l’ancienneté du matériel d’origine ou d’une exposition aux éléments, les données sont ainsi de qualité médiocre et cela limite la FGG. Le génotypage sur puce à ADN et le séquençage du génome entier génèrent en outre de grandes quantités de données médicalement pertinentes liées aux polymorphismes mononucléotidiques (SNP) qui ne s’appliquent pas à la criminalistique, ce qui soulève le problème de la confidentialité et de la manipulation des données génétiques. Le ForenSeq Kintelligence Kit est le seul dosage pour FGG adapté à la criminalistique. Conçus pour le séquençage sur le MiSeq FGx Sequencing System compatible avec le National DNA Index System (NDIS), l’analyse des données dans l’UAS ainsi que l’analyse de parenté lointaine dans GEDmatch PRO, le ForenSeq Kintelligence et un dosage de STR Verogen peuvent vous permettre de confirmer une identité à partir d’un ADN.

La procédure complète du ForenSeq Kintelligence Kit est basée sur le processus ForenSeq établi, permettant une grande variété d’analyses ADN sur une même plate-forme éprouvée. Le ForenSeq Kintelligence Kit intègre parfaitement le ForenSeq Kintelligence Analysis Module dans l’UAS pour une évaluation rapide des données et la création de rapports d’un simple clic.

Nous proposons une assistance optimale tout au long de la procédure, de la préparation de banque au séquençage en passant par l’analyse. Notre équipe d’experts offre un service complet pour vos équipements, logiciels et plans de validation, et vous guide pour l’installation pour que vous puissiez utiliser vos procédures rapidement et facilement.