Verogen ForenSeq Kintelligence Kit

• Flujo de trabajo optimizado para una evaluación eficiente de los marcadores SNP relevantes en medicina forense
• Los marcadores forenses obtenidos reducen al mínimo los problemas de privacidad de los datos médicos
• Una sola reacción múltiple de SNP se aplica a poblaciones globales
• Combine flujos de trabajo de ForenSeq y GEDmatch con asistencia específica de aplicaciones
• Mantenga un control total de las pruebas y los datos relacionados en su laboratorio

Trabaje con 10 230 marcadores SNP explícitamente seleccionados para obtener resultados de parentesco amplios con el ForenSeq Kintelligence Kit. ForenSeq Kintelligence, el único ensayo basado en secuencia diseñado para genealogía genética forense (GGF), reduce al mínimo los problemas de privacidad al excluir los SNP de frecuencia de alelos menor y médicamente informativos; se trata de los SNP presentes en la secuenciación del genoma completo (WGS) o en flujos de trabajo de matriz. Los robustos diseños de PCR y cebador permiten usar una reacción múltiple de SNP en poblaciones globales.

ForenSeq Kintelligence es una solución integrada para genealogía genética forense (GGF). Las genotecas se preparan, secuencian y analizan en un único flujo de trabajo optimizado para una evaluación eficiente de los marcadores SNP relevantes en medicina forense. Con un desarrollo basado en los métodos de STR existentes y aportaciones de los métodos comerciales, así como de investigaciones y bases de datos establecidos, el kit proporciona a los laboratorios secuenciaciones dirigidas; también permite realizar análisis exactos de muestras forenses de ADN, incluidas las que son escasas o están muy degradadas. Al aplicar un conjunto de SNP seleccionado, bajos requisitos de entrada y un flujo de trabajo forense validado que se basa en la metodología establecida, ForenSeq Kintelligence permite superar los obstáculos y resolver casos no resueltos, casos de personas desaparecidas y casos con restos humanos no identificados.

• Secuencie muestras afectadas en un sistema validado para un fácil acceso a los resultados
• Su diseño de contenido seleccionado garantiza la privacidad de los datos, gracias a un conjunto de SNP seleccionado específicamente para análisis forense
• Conserve las pruebas y los datos relacionados en su laboratorio y mantenga el control absoluto
• Completamente integrado y compatible para combinarse con dos flujos de trabajo conocidos, ForenSeq y GEDmatch

Las muestras de casos no resueltos y de personas desaparecidas suelen degradarse debido a su antigüedad, a la exposición a elementos y contaminantes ambientales y a los distintos procedimientos de extracción y almacenamiento. En consecuencia, Verogen ha diseñado el ForenSeq Kintelligence Kit para ofrecer tasas de recuperación altas de muestras afectadas, realizando estudios que analizan muestras de casos degradadas e inhibidas y llevando a cabo una evaluación de la sensibilidad con muestras de control; de este modo, el kit genera determinaciones de SNP de forma reproducible con diversas cantidades de ADN de entrada.

ForenSeq Kintelligence mostró un alto rendimiento en estudios de casos simulados que generaban altas tasas de resultados con muestras de sangre degradadas, muestras de dientes inhibidas por el calcio y muestras de huesos actuales sometidas a las agresiones de la cremación, la incineración y el embalsamamiento. La evaluación de la sensibilidad analizó ADN de control con entradas de entre 5 ng y 50 pg. Todas las entradas de entre 5 ng y 250 pg alcanzaron una tasa de resultados del 100 %. El rendimiento fue igualmente alto con 100 pg y 50 al 99,9 % y al 99,6 % respectivamente (consulte la figura “Valoración de la sensibilidad del ADN de control con diversas entradas”). Alta cobertura promedio de aproximadamente 1500× en los lugares de destino que permite obtener altas tasas de resultados y garantiza resultados seguros.

Debido a la exposición a elementos naturales y a la degradación prolongada con el tiempo, las muestras de casos no resueltos tienden a fallar en los controles de calidad y producen una cobertura insuficiente. Esto da lugar a una recuperación de ADN escasa y repercute en las tasas de resultados de alelos. Para aumentar al máximo la recuperación, los tampones de ForenSeq Kintelligence admiten muchos inhibidores comunes como la hematina, el ácido húmico, el índigo y el ácido tánico, así como contaminantes microbianos como la E. coli. En el caso de las muestras de ADNg de 1 ng a las que se añadieron 10 ng de ADN microbiano, Verogen observó una tasa de recuperación de SNP del 100 %. Las muestras de control inhibidas con añadidos de cantidades importantes de otros inhibidores forenses comunes mostraron una tasa de resultados promedio alta del 99,2 %. Esto fue similar a las muestras de control (consulte la figura “Evaluación del rendimiento ante inhibidores“). La tasa de resultados promedio alta permite una gran cobertura de las muestras, independientemente de que la entrada sea baja.

El robusto diseño de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y de cebador permite realizar una sola reacción múltiple de SNP, lo que elimina la necesidad de realizar varias pruebas. El reducido tamaño de amplicón <150 pb mejora la eficiencia de la amplificación y facilita la recuperación y el análisis del ADN degradado. Además, el ForenSeq Kintelligence Kit incluye seis adaptadores de índice doble único (UDI), que añaden secuencias de identificación únicas a cada extremo de la muestra para una recuperación de datos óptima.

ForenSeq Kintelligence consulta 10 230 SNP que se han seleccionado cuidadosamente para permitir la secuenciación dirigida en GGF.

Estos SNP se traslapan con los marcadores relevantes en el Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip e Infinium Global Screening Array, y se someten a referencias cruzadas frente a la base de datos de agregación genómica (gnomAD) v3.0 y la base de datos de polimorfismos de un solo nucleótido (dbSNP) v151, con el fin de lograr un rendimiento estable en poblaciones globales. Es importante mencionar que ForenSeq Kintelligence excluye los SNP con asociaciones médicas conocidas o frecuencias de alelos menores bajas, con el fin de reducir los problemas de privacidad y proteger los datos médicos genéticos.

El diseño de ForenSeq Kintelligence ha recibido la influencia de ForenSeq DNA Signature Prep para incluir todos los SNP de genealogía biogeográfica, identificación y fenotipo validados para la obtención de indicios en investigación. También se incluyen SNP informativos de cromosoma Y y de cromosoma X para la determinación de la ascendencia y del sexo biológico, respectivamente.

El sistema de tampón optimizado tolera una amplia variedad de inhibidores comunes en las muestras forenses, como el calcio, el índigo y el ácido húmico, generando una tasa de resultados >98 %. El diseño de los ensayos proporciona un alto nivel de integridad en los procesos y calidad de los datos. De este modo, podrá confiar incluso en el análisis de las muestras forenses más complicadas.

Las entradas de ForenSeq Kintelligence son compatibles con los métodos de extracción de ADN habituales de los laboratorios forenses. La preparación de genotecas aprovecha el pilar de la química de ForenSeq, que representa los cimientos de la gama de productos para preparación de genotecas de Verogen. Los reactivos de ForenSeq Kintelligence permiten preparar hasta 12 genotecas específicamente humanas de índice doble en 8 horas, con tan solo 1 hora y 55 minutos de intervención. La secuenciación se completa en 28 horas y el análisis en 1 hora para un flujo de trabajo de NGS totalmente integrado que ofrece resultados; incluido un informe de GEDmatch PRO que los usuarios pueden cargar directamente en la base de datos en menos de 40 horas. Si hay una correspondencia, GEDmatch PRO produce resultados en menos de 2 días.

Además de proporcionar una preparación de genotecas rápida que incluye normalización, la química de ForenSeq ofrece un alto nivel de flexibilidad con muestras como frotis bucales, sangre, huesos y dientes, a la vez que el volumen de entrada de 25 μl mejora el trabajo con muestras degradadas e inhibidas. El kit de 12 reacciones incluye mezclas maestras para amplificación, microesferas de purificación para limpieza y protocolos sencillos con seis puntos de detención seguros.

la FGG combina métodos de generación de perfiles de ADN de genotipado de micromatrices o secuenciación del genoma completo (WGS) con comparaciones de parentesco genético en bases de datos de genealogía. Una de ellas es GEDmatch, la mayor base de datos de perfiles de ADN enviados voluntariamente para comparaciones forenses. Las comparaciones que se realizan en una base de datos permiten a los especialistas en genealogía crear un árbol genealógico empleando censos, registros civiles, notas necrológicas y archivos de prensa. Posteriormente, pueden localizar el origen del ADN en el árbol genealógico.

Los métodos de micromatriz y WGS no admiten el espectro completo de muestras biológicas relacionadas con casos forenses. Estas muestras suelen degradarse o inhibirse debido a la antigüedad del material de origen o a la exposición ambiental, lo que da lugar a datos de mala calidad que limitan la GGF. Las micromatrices y la WGS también producen grandes cantidades de datos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) de relevancia médica. Estos datos no se pueden aplicar a aplicaciones forenses, lo que genera preocupaciones acerca de la privacidad y el uso de los datos genéticos. El ForenSeq Kintelligence Kit es el único ensayo de GGF adecuado para uso forense. Diseñado para la secuenciación en el MiSeq FGx Sequencing System aprobado por el sistema nacional de índices de ADN (National DNA Index System, NDIS) y para el análisis de datos en Universal Analysis Software (UAS) junto con el análisis de parentesco de largo alcance en GEDmatch PRO, ForenSeq Kintelligence y un ensayo de STR de Verogen pueden posibilitar la identificación confirmada a partir de ADN.

El flujo de trabajo completo del ForenSeq Kintelligence Kit se basa en el proceso establecido de ForenSeq, lo que permite una amplia variedad de análisis de ADN en una única plataforma de eficacia demostrada. El ForenSeq Kintelligence Kit se vincula a la perfección con el ForenSeq Kintelligence Analysis Module en UAS, con el fin de evaluar los datos con rapidez y de generar informes con un solo clic.

Ofrecemos una asistencia superior en todo el flujo de trabajo, desde la preparación de bibliotecas hasta la secuenciación y el análisis. Nuestro experimentado equipo ofrece cobertura de servicio total para su equipo y su software, planes de validación y orientación para implementaciones. De este modo, puede poner en práctica sus flujos de trabajo con facilidad.