QIAcuity Residual DNA Quantification Kits

QIAcuity Digital PCR System을 사용하여 더 높은 정확도와 정밀성으로 숙주 세포 DNA의 캐리오버 확인용

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E. coli resDNA Quant Standard Kit

Cat. No. / ID:  250221

E. coli resDNA Quant Standard(1x), Rehydration Buffer
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₩1,275,000.00
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Kit
resDNA Quant Standard
resDNA Quant
Cell type
E. coli
CHO
HEK293
QIAcuity Residual DNA Quantification Kits은/는 분자생물학 분야에 사용하기 위한 것입니다. 이 제품들은 질병의 진단, 예방, 또는 치료 목적으로 사용할 수 없습니다.

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Features

  • 간편한 설정 및 숙주 세포 DNA 검출을 위한 대조물질이 포함된 사전 혼합된 마스터 혼합물
  • 대장균(Escherichia coli, E.coli), 중국 햄스터 난소(Chinese Hamster Ovary, CHO), 인간 배아 신장 293(Human Embryonic Kidney 293, HEK293) 세포에서 적게는 펨토그램 수준까지 잔류 숙주 세포 DNA를 정확하게 검출할 수 있음
  • 고도로 단편화된 숙주 세포 DNA를 검출하고 정량화하는 멀티카피 표적 분석
  • 추출된 검체와 추출되지 않은 검체 모두에서 숙주 세포 DNA 검출 가능

Product Details

백신, 약물 및 기타 바이오 의약품과 같은 제품의 숙주 세포 DNA 오염은 건강에 큰 위험을 초래합니다. 따라서 미국 FDA 및 WHO와 같은 기관에서 안전 한도를 엄격하게 규제하고 있습니다. 약물 투여의 특성, 감염성, 오염 세포 DNA의 발암성에 따라 잔류 DNA 상한에 대한 명확한 지침이 설정됩니다. 예를 들어, 비종양원성 세포 DNA 비경구 투여 시 1회 투여량당 10ng, 최대 길이 200bp로 제한해야 하며, 경구 투여 백신의 경우 잔류 DNA는 1회 투여량당 100µg 미만으로 제한하는 것이 WHO의 권장 사항입니다. 


제조 제품에서 이러한 오염을 검출하고 제거하려면 제품에 존재하는 극미량의 특정 숙주 세포 DNA를 매우 민감하고 정확하게 측정해야 합니다.


디지털 PCR은 잔류 DNA 정량화를 위해 선호되는 검출 방법입니다. 이는 특히 qPCR과 같은 다른 검출 방법과 비교하여 미량의 오염 검출에서 뛰어난 민감도와 정확성을 제공하기 때문입니다. QIAcuity Residual DNA Quantification Kits는 대장균(Escherichia coli, E.coli), 중국 햄스터 난소(Chinese Hamster Ovary, CHO) 세포, 인간 배아 신장 293(Human Embryonic Kidney 293, HEK293) 세포 숙주 세포 DNA를 정확하고 정밀하게 검출할 수 있습니다.     

 

Performance

QIAcuity Residual DNA Quantification Kits는 PCR 오염 물질 및 기타 억제 시약이 있는 경우에도 추출 여부와 관계없이 중국 햄스터 난소(Chinese Hamster Ovary, CHO), 대장균(Escherichia coli, E. coli), 인간 배아 신장 293(Human Embryonic Kidney 293, HEK293)의 정확한 잔류 DNA(residual DNA, resDNA) 정량화 결과를 제공합니다. 이 분석은 고도로 단편화된 잔류 숙주 세포 DNA를 정확하게 측정하는 멀티카피 표적 분석입니다.

  

분석 표적 복제수 앰플리콘 크기 변환 계수 cp/µl~fg/µl
QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit 7 <200 0.35
QIAcuity CHO resDNA Quant Kit 약 1백만, 정의되지 않음(반복 요소) <200 0.28
QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit 약 1백만, 정의되지 않음(반복 요소) <200 1.54

 

QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit는 단일 반응에서 적게는 5fg까지의 잔류 DNA를 검출합니다

반응당 로딩양(fg/rxn) 대장균(Escherichia coli, E.coli) 표준액(copies/µl) 내부 대조물질(copies/µl)*
50000 2949.7 99.9
5000 291.6 91.7
500 27.6 91.4
50 2.8 93.2
25 1.46 92.5
5 0.45 90.6
NTC 0 98.9

*예상되는 내부 대조물질: 100copies/µl

디지털 PCR은 qPCR에 비해 더 낮은 템플릿 농도 범위에서 더 높은 검출 민감도를 제공하므로 더 견고한 애플리케이션 적용이 가능합니다.

QIAcuity CHO resDNA Quant Kit는 단일 반응에서 적게는 5fg까지의 잔류 DNA를 검출합니다

반응당 로딩양(fg/rxn) 중국 햄스터 난소(Chinese Hamster Ovary, CHO) 표준액(copies/µl) 내부 대조물질(copies/µl)*
50000 4939.3     108.7
5000 508.3     104.9
500 50.2     97.6
50 4.7 99.5
25 2.6 101.3
5 0.6 100.4
NTC 0 104.7

*예상되는 내부 대조물질: 100copies/µl

QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit는 단일 반응에서 적게는 5fg까지의 잔류 DNA를 검출합니다

반응당 로딩양(fg/rxn) 인간 배아 신장 293(Human Embryonic Kidney 293, HEK293) 표준액(copies/µl) 내부 대조물질(copies/µl)*
50000 1104.9 96.6
5000 104.5 92.5
500 8.83 92.4
50 0.99 94.4
NTC 0 96.2

*예상되는 내부 대조물질: 100copies/µl

이 키트는 QIAcuity Digital PCR System 및 QIAcuity Nanoplate와 함께 사용하며 qPCR에 필적하는 엔드 투 엔드 dPCR 작업 흐름을 제공하는 반면 시료에서 잔류 DNA(residual DNA, resDNA)의 절대 정량화를 제공합니다. 키트는 바이오프로세스 제조 및 품질 관리(Quality Control, QC) 요구 사항을 염두에 두고 설계되었습니다.

 

Principle

나노플레이트에서의 dPCR 반응 원리는 여기에 설명되어 있습니다.

숙주 세포 DNA 모니터링을 위해 QIAcuity 디지털 PCR을 사용하면 QIAcuity Nanoplate 26k를 통해 벌크 검체의 파티셔닝으로 검출 한계(Limit of Detection, LOD)/정량 한계(Limit of Quantitation, LOQ)가 향상됩니다. 파티셔닝은 표적의 유효 농도를 늘려 소량의 숙주 세포 DNA를 보다 정확하고 정밀하게 캡처하고 측정할 수 있도록 합니다. 더 많은 파티션 수를 가진 QIAcuity Nanoplate 26k에 더 많은 템플릿을 로딩할 수 있다는 점이 잔류 숙주 세포 검출의 정확도와 정밀도를 더 높이는 이유 중 하나입니다.

  

 

Procedure

Lysate를 residual quant assay와 내부 대조 물질(IC)과 함께 마스터 믹스에 추가한 후 숙주 세포 DNA 정량을 수행합니다. Copies/µl은 제공된 변환 계수를 통해 fg/µl로 변환됩니다.

Applications

QIAcuity Residual DNA Quantification Kits는 복잡한 바이오프로세스 중간체에서 숙주 세포 DNA를 정밀하게 정량화하는 데 이상적입니다.

Supporting data and figures

FAQ

What does the standard kit contain?
The standard for HEK293, CHO, and E. Coli contains genomic DNA, and we recommend digestion of the standard for better migration out into the partitions.
FAQ ID - 3938
dPCR results are in copies per microliter. How do I calculate host cell DNA contamination in femtogram per microliter?

The conversion factors from copies per microliter to femtogram per microliter for each target assay (E. coli, CHO, and HEK293) will be provided in the quick-start protocol and the QIAcuity User Manual Extension: Application Guide.

FAQ ID - 3876
My samples are highly fragmented. Is the dPCR result for resDNA quantification accurate?

ResDNA Quant Kit (E. coli, CHO, and HEK293) assays are multicopy target assays that ensure quantification of  resDNA unaffected by the fragmentation level. In addition, short amplicon regions are selected for each target region. 

FAQ ID - 3877
Is DNA extraction from the samples needed?

No. DNA extraction is not required. However, if the samples contain high levels of PCR inhibitors or high protein concentration, DNA extraction is recommended for accurate quantification of ResDNA contamination.

FAQ ID - 3873
What is the amount of standard for the different kit?
The standard that is provided has an amount of 1000 pg that will be diluted with 100 µL of rehydration buffer down to working solution of 10 pg/µL.
FAQ ID - 3936
Is restriction enzyme digestion required?

Restriction digestion of the templates is required when the template length exceeds 20 kb for a better distribution of templates within partitions. Recommended restriction enzymes can be found in the applications guide and quick-start protocols.

FAQ ID - 3875
Which extraction kits are recommended?

QIAamp UCP DNA Micro Kits, QIAamp HMW MagAttract Kits, QIAsymhony DSP Kits, QIAsymphony Certal Kits, and DNeasy Blood & Tissue Kits are few recommended extraction kits to combine with ResDNA Quant Kit.

FAQ ID - 3874
What is the preferred storage temperature for reconstituted assay for the QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96)?
The recommended storage temperature is 4°C for 72 hours.
FAQ ID - 3935
Is dPCR sensitive to inhibition?

dPCR is less prone to inhibition in comparison to qPCR; however, we recommend dilution of samples that are known to contain PCR inhibitors.

FAQ ID - 3880
How much sample can I load for detecting host cell contamination?

26k Nanoplates are recommended for resDNA quantification, which maximizes the amount of template that can be loaded within a single reaction. In 26k nanoplates, this corresponds to 28 μl in 40 μl reaction volume. In addition, maximum template loading amounts for each kit will be provided in QSPs. 

FAQ ID - 3879
What are the ResDNA Quant Kit components?

The kits are composed of a premixed master mix for CHO and E. coli in liquid format that contains the target. For HEK293 the same composition comes in lyophilized format. The kit also contains an internal control assay detected in Green and Yellow channel, internal control DNA, positive control DNA, and dPCR qualified water. All necessary components are included in the ResDNA Quant Kits.

FAQ ID - 3878
How long can I store the reconsituted assay regarding QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96) at 4°C?
For optimal performance, the recommendation is to use the reconstituted assay within 72 hours.
FAQ ID - 3934
What region is targeted in the QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96)?
The QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96) is targeting the transcribed genomic regeion of 16S with <200 bp fragment size. 
FAQ ID - 3939
How did you calculate the conversion factor?
A serial dilutions of HEK293, CHO, and E. Coli gDNA standard test them using HEK293, CHO, and E. Coli ResDNA Quant Kits, respectively. We then compare the copies per microliter obtained at different loading concentrations. We correlate the number of copies of target amplicon with the loading amount in picogram. To rule out any issues with PCR performance, loss of target amplicons, loading errors, user error, instrument errors, etc. skewing the true conversion factor, we repeat the testing over multiple samples, multiple batches of kits, standards, and multiple users. This gives us our accurate conversion factor.
FAQ ID - 3937