miRCURY LNA miRNA PCR Assays para PCR digital

Para cuantificación sumamente sensible y específica del miARN mediante dPCR basada en QIAcuity EvaGreen

S_1084_5_GEN_V2
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miRCURY LNA miRNA PCR Assay

Cat. No. / ID:  339306

Contiene cebadores directos e inversos para 200 reacciones de qPCR en tiempo real basada en SYBR® Green, 166 reacciones de PCR digital basada en EvaGreen para la Nanoplate 8.5k o 50 reacciones de PCR digital basada en EvaGreen para la Nanoplate 26k
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miRCURY LNA miRNA PCR Assays para PCR digital están concebidos para su uso en aplicaciones de biología molecular. Estos productos no están concebidos para el diagnóstico, la prevención ni el tratamiento de enfermedades.
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Features

  • La cobertura completa de la miRBase permite crear perfiles de miARN de cualquier microorganismo
  • La sensibilidad incomparable permite la cuantificación de miARN a partir de solo 1 pg de ARN total
  • La alta especificidad discrimina los miARN relacionados estrechamente y los miARN maduros de los precursores
  • Protocolo de dPCR de dos pasos rápido y sencillo que dura menos de 3 horas
  • Cuantificación absoluta de cambios de expresión de miARN con dPCR mediante el uso del instrumento QIAcuity y el QIAcuity EG PCR Kit

Product Details

Los miRCURY LNA miRNA PCR Assays son juegos de cebadores individuales para PCR de miARN que permiten una cuantificación del miARN sumamente sensible y específica. Los cebadores para la amplificación de PCR directa e inversa son específicos para el miARN y están optimizados con la tecnología LNA. Estos ensayos se proporcionan en formato de tubo y contienen suficientes cebadores para 166 reacciones en una Nanoplate 8.5k (12 μl por reacción) o para 50 reacciones en una Nanoplate 26k (40 μl por reacción). El paso de la síntesis del ADNc previo se realiza con el miRCURY LNA RT Kit, mientras que la amplificación por PCR digital se lleva a cabo en el instrumento QIAcuity con el QIAcuity EG PCR Kit.

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Performance

Análisis optimizado de PCR con los QIAcuity EG PCR Kits y el instrumento QIAcuity

Los miRCURY LNA miRNA PCR Assays se desarrollaron para ofrecer amplificación de dianas de alta especificidad. Esto puede cuantificarse mediante dos métodos de PCR: qPCR con termocicladores en tiempo real estándar y PCR digital con el instrumento QIAcuity y el QIAcuity EG PCR Kit. Tras la síntesis de ADNc con el miRCURY LNA RT Kit, la PCR digital ofrece cuantificación de dianas de gran precisión, que permite detectar hasta los cambios de expresión más pequeños en las concentraciones más bajas. En el instrumento QIAcuity se ha validado experimentalmente un subconjunto de miARN clave.

LNA mejora el rendimiento de la PCR

Los miRCURY LNA miRNA PCR Assays han sido desarrollados con los criterios de diseño y los algoritmos validados por los laboratorio más exigentes. El riguroso proceso de selección de ensayos garantiza que cada juego de cebadores ofrezca la más alta especificidad y eficacia para obtener los resultados más fiables y exactos. La normalización de Tm y la mejora de LNA ortogan a los cebadores una mayor afinidad de unión que los cebadores de ADN estándar, lo que aumenta drásticamente la sensibilidad y la especificidad del ensayo.

En comparación con otros sistemas de PCR de miARN que utilizan cebadores en horquilla o de ADN estándar, los cebadores mejorados con LNA ofrecen una sensibilidad significativamente mayor, especialmente para los miARN ricos en AT.

Principle

Un sistema único para la creación de perfiles de miARN

Los miRCURY LNA miRNA PCR Assays ofrecen la mejor combinación de rendimiento y facilidad de uso en el mercado de PCR de microARN al combinar una RT universal con la amplificación mediante PCR de LNA (consulte la figura  Esquema del sistema de PCR digital de miRCURY LNA miRNA). La RT universal permite utilizar una reacción de síntesis de la primera hebra de ADNc como molde para varios ensayos de PCR en tiempo real de miARN. Esto ahorra muestras valiosas, reduce la variación técnica y ahorra tiempo en el laboratorio. Además, los cebadores de amplificación de la PCR tanto directa como inversa son específicos de miARN y están optimizados con LNA. Esto proporciona 1) una sensibilidad excepcional y un fondo sumamente bajo, lo que hace posible la cuantificación precisa de niveles de miARN muy bajos, y 2) ensayos muy específicos que permiten la discriminación entre secuencias de miARN estrechamente relacionadas.

El principio de la reacción de dPCR en las QIAcuity Nanoplates se describe aquí.

Cobertura

Más de 20.000 ensayos disponibles que cubren todos los microorganismo en miRBase 20. Más de 1200 ensayos que están totalmente validados en laboratorios de química para la sensibilidad, especificidad, eficiencia y fondo en muestras sintéticas y también en distintas muestras biológicas. Los ensayos restantes están validados por ordenador mediante un algoritmo de diseño exhaustivo que garantiza ensayos de alta calidad, específicos para cada especie y mejorados con LNA, con una sensibilidad y especificidad óptimas en cada microorganismo. Esto significa que es posible que varios ensayos distintos se dirijan a la misma secuencia. Por último, el ensayo para cada especie se selecciona según el acervo genético del microorganismo. Si trabaja con miARN nuevos, por ejemplo, en un experimento NGS, también hay disponibles juegos de cebadores de LNA miARN diseñados a medida para cualquier miARN.

Ensayos de genes de referencia para la normalización

Hay disponibles cinco juegos de cebadores de genes de referencia validados para la dPCR, que permiten una normalización de los datos de alta calidad y generar datos fiables a partir de varios tipos de muestras diferentes (consulte la tabla siguiente). Estos juegos de cebadores de control se dirigen a pequeños ARN sin codificación y endógenos que se expresan de forma constitutiva y relativamente estable en los distintos tejidos humanos (consulte la figura  Niveles de expresión de genes de referencia en distintos tejidos humanos). Los genes de referencia de control ofrecen la posibilidad de normalizar de forma exacta y fiable una variedad de niveles de expresión de miARN. Para obtener más información, consulte la página miRCURY PCR Controls.

Lista de ensayos de genes de referencia disponibles

Nombre del producto Microorganismo diana Nombres alternativos Referencia del NCBI
Control primer set, SNORD38B (hsa)* hsa U38B; RNU38B NR_001457
Control primer set, SNORD44 (hsa) hsa U44; RNU44 NR_002750
Control primer set, SNORD48 (hsa) hsa U48; RNU48 NR_002745
Control primer set, SNORD49A (hsa)* hsa U49; U49A; RNU49 NR_002744
Control primer set, SNORA66 (hsa) hsa U66; RNU66 NR_002444
Control primer set, 5S rRNA (hsa) hsa, mmu V00589
Control primer set, U6 snRNA (hsa, mmu)* hsa, mmu, rno U6 X59362
Control primer set, RNU5G snRNA (mmu, hsa)* mmu, hsa, rno Rnu5a; U5a; Rnu5g NR_002852
Control primer set, RNU1A1 (mmu, hsa)* mmu, hsa, rno Rnu1a-1; Rnu1a1 NR_004411
Control primer set, SNORD65 (mmu) mmu U65; RNU65 NR_028541
Control primer set, SNORD68 (mmu) mmu U68; RNU68 NR_028128
Control primer set, SNORD110 (mmu) mmu U110; RNU110 NR_028547

* Validado para el uso en PCR digital.

See figures

Procedure

Flujo de trabajo simple y rápido basado en la placa

Las funciones de división en partes, termociclado y obtención de imágenes están integradas en un solo instrumento completamente automatizado que produce resultados en menos de dos horas. Los formatos de nanoplaca son susceptibles a la automatización inicial para la preparación de las muestras, lo que reduce aún más el tiempo de manipulación.

Como en los experimentos de qPCR, la preparación de las muestras incluye la transferencia de muestras diluidas y la adición de la mezcla maestra y cebadores a una nanoplaca de 96 o 24 pocillos. El sistema integra funciones de división en partes, termociclado y obtención de imágenes en un solo instrumento completamente automatizado que permite a los usuarios obtener los resultados de las muestras en menos de 3 horas. Es posible realizar un análisis remoto en el paquete de software, que proporciona la concentración en copias por microlitro de las secuencias dianas y también opciones incorporadas para el control de calidad.

Applications

Los miRCURY LNA miRNA PCR Assays, en conjunto con el QIAcuity Digital PCR System, permiten el análisis de PCR digital para la cuantificación del miARN maduro.

Supporting data and figures

Resources

Safety Data Sheets (1)
Kit Handbooks (3)
For highly sensitive detection of miRNA using EvaGreen
For highly sensitive, real-time RT-PCR detection of miRNAs using SYBR® Green
Application Notes (1)
Here, we present a highly efficient, high-throughput workflow that combines two technologies, cellenONE and QIAcuity Digital PCR, to accurately analyze miRNAs in well-defined individual cells and populations of cells.
Certificates of Analysis (1)