강력한 RNA 염기서열 분석 솔루션으로 전사체 인사이트를 가속화하세요.

총 RNA에는 기능적 또는 단백질 코딩 RNA가 극히 적은 비율만 포함되어 있으며, 리보솜 RNA(rRNA)가 샘플 RNA의 대부분(최대 90%)을 차지합니다. 최고의 결과를 얻기 위해서는 염기서열 분석 전에 총RNA에서 rRNA를 제거해야 합니다.

이는 일반적으로 rRNA를 특이적으로 제거하거나 oligo-dT 농축을 사용해 폴리아데닐화된 RNA를 선택적으로 농축하는 방식으로 수행됩니다. rRNA 제거는 코딩 및 비코딩 RNA 정보를 모두 보존하는 반면, poly A 분획 농축은 코딩 mRNA만 보존합니다.

매우 풍부한 rRNA가 유전자 발현 및 전사체 연구의 민감도에 영향을 미쳐 판독 낭비와 RNA-seq 비용 증가로 이어지나요?

QIAseq FastSelect 기술을 사용하여 원치 않는 rRNA를 효율적인 한 단계로 >95% 제거할 수 있습니다. 포유류, 식물, 효모 또는 박테리아 RNA 샘플, 고품질 또는 분해된 RNA 샘플 또는 FFPE RNA 샘플로 작업하는 경우 QIAseq FastSelect는 RNA-seq을 변화시키고 Ribo-Zero, RiboErase 및 RiboMinus를 능가할 수 있습니다.

총 RNA-seq(전체 전사체 RNA-seq)은 mRNA를 포함해 샘플 내 75염기 이상인 모든 RNA 종류를 포착하며, 새로운 약물 치료에 대한 생물학적 반응 또는 비반응과 관련된 유전자와 경로, 그리고 비암호화 RNA를 규명합니다. 이는 유전자 및 전사체의 풍부도를 정확하게 측정할 수 있으며, 넓은 동적 범위 전반에서 새로운 전사체와 대체 스플라이싱 이벤트를 발견하는 데 이상적입니다. 주요 응용 방법에는 질환 경로 발견, 바이오마커 식별, 질병 아형 분류, 치료 반응 예측 및 모니터링이 포함됩니다.

총RNA-seq은 RNA 추출, 리보솜 RNA(rRNA) 제거, 라이브러리 제작, 염기서열 분석, 데이터 분석의 네 가지 기본 단계를 따릅니다.

총RNA 라이브러리에는 많은 중첩된 sense/antisense 및 인트론 read가 포함되므로, strand-specific 라이브러리 제작 방법(예:dUTP 2차 스트랜드 표지 또는 방향성 어댑터 연결)을 사용하면 각 read의 ’전사 방향성이 보존됩니다. 이로 인해 올바른 유전자 또는 아이소폼에 모호함 없이 할당할 수 있으며, 중첩 전사체로 인한 불확실성을 제거합니다.

QIAseq FastSelect RNA Library Kit은 총RNA 1 ng부터 전체 전사체 분석을 위한 간단한 5시간 미만 워크플로우를 제공합니다.

메신저 RNA 염기서열 분석(mRNA-seq)은 총RNA에서 폴리아데닐화된 RNA를 농축하여 코딩 전사체를 고해상도로 분석하는 방법입니다. 이 과정은 단백질 코딩 유전자가 풍부하고 다른 유형의 RNA 함량이 낮은 RNA-seq 라이브러리를 생성합니다. 폴리아데닐화되지 않은 RNA는 포함되지 않습니다. poly-A 농축에 필요한 샘플 품질과 양은 FFPE와 같이 저입력 또는 분절된 샘플에서는 어려울 수 있습니다.

연구자는 QIAseq Stranded mRNA Enrichment Kit과 같은 mRNA 농축 키트를 사용해 QIAseq FastSelect RNA Library Kit으로 단백질 코딩 mRNA 중심의 RNA-seq 라이브러리를 구축할 수 있습니다.

이 방법은 유전자 발현을 정량하고 새로운 또는 기존 아이소폼, 유전자 융합, 대립유전자 특이적 발현을 다양한 종에서 검출합니다. 전사체 수준의 바이오마커를 밝혀 질병 기전을 규명하고, 약물 개발, 환자 분류, 안전성 평가를 지원합니다.

3' RNA 염기서열 분석(3′ RNA-seq)은 각 전사체의 poly-A tail의 염기서열 분석에 집중하지만, 기존 워크플로우는 rRNA 잔존, 분절 또는 저투입 RNA, 복잡한 다단계의 프로토콜 등 요인으로 어려움이 따릅니다.

QIAseq FastSelect RNA Library Kit은 3′ RNA-seq을 단일 튜브에서 하루 만에 마칠 수 있는 워크플로우로 전환해 주며, 낮은 투입량의 샘플이나 FFPE 샘플로부터도 strand 특이적이며 rRNA가 제거된 라이브러리를 제공합니다. 염기서열 분석 비용을 절감하면서도(샘플당 약 ≈1–5M read) 최대 768개 샘플의 고처리량 멀티플렉싱과 정확한 유전자 수준 발현 정량화를 지원합니다.

주요 응용 분야에는 다음이 포함됩니다.

• 약물 스크리닝, 코호트 연구, 바이오마커 발굴 등 대규모 차등 발현 연구
• 어떤 유전자가 상향, 하향 조절되는지가 중요하며 비용에 민감한 프로젝트
• 수백 개 샘플을 동시에 분석하는 임상/중개 연구

miRNA 염기서열 분석(miRNA-seq)은 microRNA(miRNA)와 같은 작은 조절 RNA를 프로파일링하는 표적 RNA-seq 접근법입니다. 이 분자들은 유전자 조절의 핵심 역할을 하며 질환 연구에서도 중요성이 커지고 있습니다. 정확한 결과는 최적화된 라이브러리 제작과 분석 워크플로우에 달려 있습니다. 체액 샘플을 사용할 경우 RNA 저량과 높은 억제제 수준이 문제를 일으킬 수 있습니다. 총 RNA 1 ng만으로도 호환되는 gel-free miRNA-seq 솔루션은 이러한 문제를 해결하고 차등 miRNA 발현의 강력한 검출을 지원합니다. QIAseq miRNA Library Kit에 포함된 사용자 친화적 웹 기반 RNA-seq Analysis Portal을 사용해 더 쉽고 빠르게 새로운 질병 인사이트를 얻을 수 있습니다.

저투입 RNA 라이브러리 제작은 매우 까다롭지만, 그렇다고 해서 신뢰도가 반드시 낮아져야 하는 것은 아닙니다. 워크플로우의 각 단계는 RNA 추가 손실을 일으킬 수 있습니다. 저투입 RNA-seq 프로토콜은 종종 템플릿 전환 라이브리 구축 방식을 사용해 기존 연결 기반 방식보다 높은 민감도를 제공합니다. QIAseq Low Input RNA Library Kit는 총 RNA 1 ng부터 민감도를 극대화하고 strand 특이성을 유지합니다. 역전사 중 rRNA/글로빈 동시 제거 옵션을 통해 샘플 손실을 최소화하면서 5시간 이내에 깨끗한 NGS 준비가 완료된 라이브러리를 생성할 수 있습니다.

저투입 프로젝트를 넘어 확장하고 싶으신가요? QIAseq Low Input RNA Library Kit를 사용해 샘플 수, read 예산, 염기서열 분석 플랫폼에 따라 워크플로우를 맞춤 구성하는 방법을 살펴보세요.