Un système unique pour le profilage des miARN
Les miRCURY LNA miRNA PCR Assays offrent la meilleure combinaison de performance et de facilité d’utilisation disponible sur le marché de la real-time PCR des microARN en combinant le RT universel avec l’amplification par PCR LNA (voir la figure
Schéma du smiRCURY LNA miARN PCR System). Le RT universel permet d’utiliser une réaction de synthèse du premier brin d’ADNc comme matrice pour plusieurs dosages de real-time PCR de miARN. Ceci économise des échantillons précieux, réduit la variation technique et fait gagner du temps au laboratoire. En outre, les amorces d’amplification par PCR sens et antisens sont spécifiques du miARN et optimisés par des LNA. Cela donne 1) une sensibilité exceptionnelle et un fond extrêmement bas, permettant une quantification précise de taux de miARN très faibles et 2) des dosages hautement spécifiques permettant de distinguer des séquences de miARN très proches.
Champ opérationnel
Plus de 20 000 dosages sont disponibles, couvrant tous les organismes du miRBase 20. Plus de 1 400 dosages sont pleinement validés en laboratoire humide pour la sensibilité, la spécificité, l’efficacité et le fond sur des échantillons synthétiques et différents échantillons biologiques. Les dosages restants sont validés
in silico à l’aide d’un algorithme de conception complet qui assure des dosages améliorés par des LNA spécifiques aux espèces et de haute qualité, avec une sensibilité et une spécificité optimales dans chaque organisme. Cela signifie que plusieurs dosages différents peuvent cibler la même séquence. Au final, le dosage pour chaque espèce est sélectionné en fonction du patrimoine génétique de l’organisme. Si vous travaillez avec de nouveaux miARN, par exemple d’une expérience de NGS, des jeux d’amorces de miARN LNA personnalisés sont également disponibles pour tous les miARN.
Dosages de gènes de référence pour la normalisation
Neuf lots d’amorces de gène de référence sont disponibles, permettant une normalisation des données de haute qualité et de générer des données fiables de nombreux types d’échantillons différents (voir tableau ci-dessous). Ces lots d’amorces de contrôle ciblent de petits ARN non codants endogènes, exprimés de manière constitutive et relativement stable dans différents tissus humains (voir la figure
Niveaux d’expression des gènes de référence dans différents tissus humains). Les gènes de référence de contrôle couvrent une large gamme de valeurs C
q et permettent une normalisation précise et fiable sur divers niveaux d’expression de miARN.
Les lots d’amorces de contrôle ont été validées en tant que gènes de référence pour le miRCURY LNA miRNA PCR System et fonctionnent de manière optimale avec le miRCURY LNA RT Kit et les miRCURY LNA SYBR Green PCR Kits. Il est très important de toujours confirmer l’expression cohérente et invariable d’un gène dans tous les tissus et sous tous les traitements d’une expérience avant de le choisir comme référence. Nous vous recommandons de tester un certain nombre de gènes de référence et d’utiliser des logiciels tels que GeNorm et NormFinder (qui font partie du logiciel GenEx) pour choisir et valider les gènes de référence.
Liste des dosages de gènes de référence disponiblesNom du produit | Organisme cible | Noms alternatifs | Référence NCBI |
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Control primer set, SNORD38B (hsa) | hsa | U38B ; RNU38B | NR_001457 |
Control primer set, SNORD44 (hsa) | hsa | U44 ; RNU44 | NR_002750 |
Control primer set, SNORD48 (hsa) | hsa | U48 ; RNU48 | NR_002745 |
Control primer set, SNORD49A (hsa) | hsa | U49 ; U49A ; RNU49 | NR_002744 |
Control primer set, SNORA66 (hsa) | hsa | U66 ; RNU66 | NR_002444 |
Control primer set, ARNr 5S (hsa) | hsa, mmu | V00589 | |
Control primer set, U6 snRNA (hsa, mmu) | hsa, mmu, rno | U6 | X59362 |
Control primer set, RNU5G snRNA (mmu, hsa) | mmu, hsa, rno | Rnu5a ; U5a ; Rnu5g | NR_002852 |
Control primer set, RNU1A1 (mmu, hsa) | mmu, hsa, rno | Rnu1a-1 ; Rnu1a1 | NR_004411 |
Control primer set, SNORD65 (mmu) | mmu | U65 ; RNU65 | NR_028541 |
Control primer set, SNORD68 (mmu) | mmu | U68 ; RNU68 | NR_028128 |
Control primer set, SNORD110 (mmu) | mmu | U110 ; RNU110 | NR_028547 |