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El QIAcuity High Multiplex Probe PCR Kit contiene una mezcla maestra lista para usar con concentración de 4× optimizada para el uso de microfluidos en las QIAcuity Nanoplates. El kit mejora la especificidad y la eficiencia de la PCR digital basada en sonda para ofrecer análisis exactos simples o hasta 12-plex. Puede configurar reacciones 8-plex utilizando los canales QIAcuity (un ensayo/canal) más dos colorantes de gran desplazamiento de Stokes. Para el análisis de hasta 12 dianas, puede realizar un multiplexado de amplitud mezclando dos ensayos diferentes por canal.
La QIAcuity High Multiplex Probe Master Mix está optimizada para aumentar la especificidad para la cuantificación exacta de ADNg o ADNc en los instrumentos QIAcuity dPCR.
El kit funciona junto con el QIAcuity Digital PCR System y las QIAcuity Nanoplates.
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La plataforma de PCR digital QIAcuity supera las dificultades de la PCR altamente multiplexada, en parte gracias a la matriz de cruce en QIAcuity Software 3.0. Esta nueva función del software compensa el cruce óptico o la superposición de señal entre los canales vecinos. Junto con la química especializada del QIAcuity High Multiplex Probe PCR Kit, los usuarios pueden detectar dianas en hasta ocho canales: seis canales ópticos estándar y dos canales híbridos que utilizan las sondas de hidrólisis con colorantes de gran desplazamiento de Stokes (Long Stokes Shift, LSS) ( Figura 1).
QIAcuity Software 3.1 y el QIAcuity High Multiplex Probe PCR Kit permiten a los usuarios detectar hasta 12 dianas en seis canales ( Figura 2 y Figura 3).
Gracias al novedoso mecanismo de inicio en caliente mediado por anticuerpos, el QIAcuity High Multiplex Probe PCR Kit proporciona análisis de ADNc o ADNg simple o múltiple con la máxima especificidad. A bajas temperaturas, el QuantiNova DNA Polymerase se mantiene en un estado inactivo por acción del anticuerpo QuantiNova Antibody y un nuevo aditivo, QuantiNova Guard, que estabiliza el complejo. De esta manera, se mejora la rigurosidad del inicio en caliente y previene la extensión de cebadores y de dímeros de cebadores hibridados de manera no específica. A los 2 minutos de haber alcanzado una temperatura de 95 °C, el QuantiNova Antibody y el QuantiNova Guard se desnaturalizan y se activa la QuantiNova DNA Polymerase, lo que permite la amplificación por PCR.
El principio de la reacción de dPCR en las nanoplacas se describe aquí.
El QIAcuity High Multiplex Probe Kit contiene una mezcla maestra para PCR 4× lista para usar, lo que elimina la necesidad de optimizar la reacción y las condiciones de termociclado. Simplemente añada ADN del molde y los juegos de sonda y cebador a la mezcla maestra, y siga el procedimiento que se describe en el protocolo de inicio rápido para obtener resultados rápidos y fiables en el sistema QIAcuity.
El sistema integra funciones de división, termociclado y obtención de imágenes en un solo instrumento completamente automatizado que permite a los usuarios obtener los resultados de las muestras en menos de 2 horas. Analice los resultados en Software Suite, donde podrá encontrar la concentración de su secuencia diana en copias por microlitro y obtener datos sobre muestras positivas o NTC a efectos de control de calidad. Este análisis se puede extender a ordenadores remotos dentro de la misma red de área local (LAN) para mayor comodidad.
El QIAcuity High Multiplex Probe PCR Kit, junto con el QIAcuity Digital PCR System y las QIAcuity Nanoplates, permiten el análisis cuantitativo de dianas de ADNc y ADNg para utilizarlas en aplicaciones, entre las que se incluyen:
Se prepararon reacciones 8-plex para comparar el número de copias de seis genes de interés (GOI) (FLT3, VEGFA, MYCN, ERBB2, EGFR, MAPK1) entre un donante humano sano y la línea celular U-2 OS de sarcoma. En la normalización, se utilizó el número de copias medio de los genes de referencia AGO1 y AP3B1. También se cuantificaron los ocho genes diana en una reacción simple para realizar una comparación. Tanto en la reacción simple como en la 8-plex, el número de copias de los seis genes de interés (GOI, genes of interest) y los dos genes de referencia en el donante sano se situó en torno a 2, tal como se preveía. En contraste, los resultados de las reacciones simple y 8-plex revelaron inestabilidad genómica en la línea celular del sarcoma, con una variación de los números de copias del gen de interés de 1,25 a 3,3. Incluso los genes de referencia mostraron una leve inestabilidad.
