強力なRNAシークエンシングソリューションによるトランスクリプトーム洞察の加速

トータルRNAには、一般にごくわずかな割合のコーディングRNAや機能RNAしか含まれていません。サンプル内のRNAの大半（最大90%）を構成するのは、リボソームRNA（rRNA）です。最高品質の結果となるよう、rRNAはシークエンシング前にトータルRNAから除去する必要があります。

これは多くの場合、具体的にrRNAを除去するか、オリゴ-dT濃縮を使用して選択的にポリアデニル化RNAを濃縮することによって達成されます。rRNAの除去は、コーディングRNAと非コーディングRNAの両方の情報を保持しますが、ポリA分画の濃縮はコーディングmRNAしか保持しません。

非常に大量のrRNAが、遺伝子発現やトランスクリプトミクス研究の感度に影響を与え、リードの無駄やRNA-seqコストの増加につながっていませんか？

QIAseq FastSelect技術を用いて、不要なrRNAを95%以上、効率的にワンステップで除去できます。哺乳類、植物、酵母や細菌RNAサンプル、高品質の、あるいは分解したRNAサンプル、FFPE RNAサンプルのいずれを扱う場合でも、QIAseq FastSelectは、RNA-seqを一変させ、Ribo-Zero、RiboErase、RiboMinusを上回るパフォーマンスを発揮します。

トータルRNA-seq（全トランスクリプトームRNA-seq）は、サンプル内にあるmRNAなど75塩基を超えることも多い全てのRNA種を捕捉し、生物学的反応と関連した遺伝子と経路や、新しい薬物療法や非コーディングRNAに対する反応の欠如を特定します。また、遺伝子や転写産物の存在量を正確に測定できるため、幅広いダイナミックレンジにおける新しい種類の転写産物や代替スプライシングイベントの特定に理想的です。主な用途としては、疾患経路の発見、バイオマーカーの特定、疾患サブタイプの分類の他、治療への反応予測やモニタリングなどがあります。

トータルRNA-seqは、RNA抽出、リボソームRNA（rRNA）除去、およびライブラリー調製、シークエンシングおよびデータ解析の4つの基本的なステップに従います。

トータルRNAライブラリーは多数の重複するセンス/アンチセンスやイントロンリードを含んでいるため、ストランド固有のライブラリー調製ケミストリー（dUTP第2鎖マーキングや方向性アダプターライゲーション）を使用することで各リードの転写の方向を保持し、正しい遺伝子やアイソフォームへの明確な割り当てを可能にし、重複する転写産物から曖昧さを排除します。

QIAseq FastSelect RNA Library Kitsは、シンプルな5時間未満のワークフローを使用して1 ngのトータルRNAから完全なトランスクリプトミクスを生成します。

メッセンジャーRNAシークエンシング（mRNA-seq）では、トータルRNAからポリアデニル化したRNAを濃縮してコーディングトランスクリプトームを高分解能解析します。これにより、タンパク質コード遺伝子が多く存在し、その他のタイプのRNAが少ないRNA-seqライブラリーが生成されます。RNAがポリアデニル化していない場合には、生成されません。FFPEからのサンプルなど、低インプットまたは断片化されたサンプルでは、ポリA濃縮に必要なサンプル品質と量の取得が難しいことがあります。

研究者は、QIAseq Stranded mRNA Enrichment KitのようなmRNA濃縮キットを統合し、QIAseq FastSelect RNA Library Kitsを使用してRNA-seqライブラリー構築をタンパク質コードmRNAに集中させることができます。

この手法は遺伝子発現を定量し、さまざまな種における既知または新しい種類のアイソフォーム、遺伝子融合、アレル固有の発現を検出します。転写産物レベルのバイオマーカーを明らかにすることで、疾患のメカニズムが明らかになり、医薬品開発、患者層別化および安全性評価を支援します。

3' RNAシークエンシング（3′ RNA-seq）は、シークエンシングを各転写産物のポリAテールに集中させますが、従来のワークフローではrRNAキャリーオーバー、断片化されたRNAや低インプットRNA、そして複雑な複数ステップのプロトコールなどの問題が伴います。

QIAseq FastSelect RNA Library Kitsは、3′ RNA-seqを、低インプットやFFPEサンプルからでもストランド固有でrRNAフリーのライブラリーを提供する、ワンチューブ、ワンデイのワークフローに変えます。これにより、シークエンシングコストを削減（各サンプルにつき≈ 1–5百万リード）しながらも、高スループットのマルチプレックス（最大768個のサンプル）と正確な遺伝子レベルの発現定量を実現します。

主な用途には、以下のようなものがあります。

• 薬物スクリーニング検査、集団コホート、バイオマーカー探索などの大規模差次的発現研究
• どの遺伝子がアップレギュレーションされどの遺伝子がダウンレギュレーションされるのかが主な問題のコスト重視のプロジェクト
• 何百個ものサンプルが一度にプロファイリングされる臨床/翻訳研究

miRNAシークエンシング（miRNA-seq）は、microRNA（miRNA）などの少量の規制RNAのプロファイリングに使用される、ターゲットRNA-seqアプローチです。この分子は遺伝子調節において中心的な役割を果たし、疾患に関連してますます研究が進んでいます。正確な結果は、最適化されたライブラリー調製と解析ワークフローに依存します。生体液サンプルを用いるときは、低RNAインプットと高い阻害因子レベルは課題となることがあります。たった1 ngのトータルRNAで解析可能な、ゲルフリーmiRNA-seqソリューションは、これらの問題を克服し、miRNA発現の差異を堅牢に検出します。QIAseq miRNA Library Kitsに含まれ、使いやすく、ウェブベースのツールであるRNA-seq Analysis Portalを使って、新たな疾患の洞察をより速く簡単に取得しましょう。

低インプットRNAライブラリー調製は非常に困難な場合がありますが、必ずしも信頼性が低いというわけではありません。各ワークフローのステップは、さらなるRNAの損失につながる可能性を秘めています。低インプットRNA-seq プロトコールは、多くの場合、ライブラリー調製にテンプレートスイッチ法を利用して、従来のライゲーションベースの方法よりも高い感度になっています。QIAseq Low Input RNA Library Kitsは感度を最大にし、わずか1 ngのトータルRNAからストランド構造を保持します。逆転写におけるrRNA/グロビン除去のオプションを利用すれば、5時間もかからずにサンプル損失を最低限に抑えて、きれいで即使用可能なNGSライブラリーを調製可能です。

低インプットプロジェクトをさらに拡大したいとお考えですか？サンプル数、リード予算、シークエンシングプラットフォームに基づいて、QIAseq Low Input RNA Library Kitがどのようにワークフローをカスタマイズできるかをご覧ください。