QIAcuity Residual DNA Quantification Kits

Pour contrôler le transfert de l’ADN de cellule hôte avec une meilleure précision à l’aide du QIAcuity Digital PCR System

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E. coli resDNA Quant Standard Kit

Cat. No. / ID:  250221

E. coli resDNA Quant Standard (1x), tampon de réhydratation
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996,00 €
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Kit
resDNA Quant Standard
resDNA Quant
Cell type
E. coli
CHO
HEK293
Les QIAcuity Residual DNA Quantification Kits sont destinés aux applications de biologie moléculaire. Ces produits ne sont pas conçus pour le diagnostic, la prévention ou le traitement des maladies.

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Features

  • Master Mix préalablement mélangé avec contrôles pour la mise en place et la détection simplifiées de l’ADN de cellule hôte
  • Permet la détection de précision de l’ADN de cellule hôte résiduel à partir de cellules E.coli, CHO et HEK293 à des taux infimes en femtogrammes
  • Dosage cible multicopies capable de détecter et quantifier un ADN de cellule hôte hautement fragmenté
  • Permet la détection de l’ADN de cellule hôte dans des échantillons extraits et non extraits

Product Details

La contamination de l’ADN de cellule hôte dans des produits tels que les vaccins, les médicaments ou d’autres substances biopharmaceutiques fait courir d’importants risques sanitaires. Ainsi, les limites de sécurité sont scrupuleusement régulées par des agences telles que la FDA aux États-Unis et l’OMS. Des directives claires pour les limites supérieures de l’ADN résiduel sont définies en fonction de la nature de l’administration médicamenteuse, de l’infectivité et de l’oncogénicité de l’ADN cellulaire contaminant. Par exemple, l’administration parentérale d’ADN cellulaire non oncogène doit être limitée à 10 ng/dose et une longueur maximale de 200 pb, alors que l’OMS recommande moins de 100 µg/dose d’ADN résiduel pour des vaccins par voie orale. 


La détection et l’extraction de ces contaminations dans les produits fabriqués nécessitent des mesures particulièrement sensibles et précises des quantités extrêmement faibles d’ADN de cellule hôte spécifique présent dans les produits.


La PCR numérique est la méthode privilégiée de détection pour la quantification de l’ADN résiduel, en raison de sa sensibilité et de sa précision inégalées, notamment sur des traces infimes de contamination, par rapport aux autres méthodes de détection telles que la qPCR. Les QIAcuity Residual DNA Quantification Kits permettent la détection de précision de l’ADN de cellule hôte d’Escherichia coli (E.coli), de cellules ovariennes de hamster chinois (Chinese Hamster Ovary cell, CHO) et de cellules 293 de rein embryonnaire humain (uman Embryonic Kidney 293 cells, HEK293).     

 

Performance

Les QIAcuity Residual DNA Quantification Kits donnent des résultats de quantification de l’ADN résiduel (ADNres) de CHO, E. coli et HEK293 avec ou sans extraction, même en présence de contaminants de PCR et d’autres réactifs inhibiteurs. Il s’agit de dosages cibles multicopies qui déterminent avec précision l’ADN de cellule hôte résiduel hautement fragmenté.

  

Dosage Nombre de copies cibles Taille de l’amplicon Facteur de conversion cp/µl en fg/µl
QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit 7 < 200 0,35
QIAcuity CHO resDNA Quant Kit ~ 1 million, non défini (élément répété) < 200 0,28
QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit ~ 1 million, non défini (élément répété) < 200 1,54

 

Le QIAcuity E.coli resDNA Quant Kit détecte 5 fg d’ADN résiduel dans une seule réaction

Quantité de chargement par réaction (fg/réaction) E.coli standard (copies/µl) Contrôle interne (copies/µl)*
50 000 2949,7 99,9
5000 291,6 91,7
500 27,6 91,4
50 2,8 93,2
25 1,46 92,5
5 0,45 90,6
NTC 0 98,9

*100 copies/µl prévues pour le contrôle interne

La PCR numérique offre une meilleure sensibilité de détection avec une quantité de matrice inférieure par rapport à la qPCR et permet donc une application plus fiable.

Le QIAcuity CHO resDNA Quant Kit détecte 5 fg d’ADN résiduel dans une seule réaction

Quantité de chargement par réaction (fg/réaction) CHO standard (copies/µl) Contrôle interne (copies/µl)*
50 000 4 939,3     108,7
5000 508,3     104,9
500 50,2     97,6
50 4,7 99,5
25 2,6 101,3
5 0,6 100,4
NTC 0 104,7

*100 copies/µl prévues pour le contrôle interne

Le QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit détecte 5 fg d’ADN résiduel dans une seule réaction

Quantité de chargement par réaction (fg/réaction) HEK293 standard (copies/µl) Contrôle interne (copies/µl)*
50 000 1104,9 96,6
5000 104,5 92,5
500 8,83 92,4
50 0,99 94,4
NTC 0 96,2

*100 copies/µl prévues pour le contrôle interne

Les kits fonctionnent avec le QIAcuity Digital PCR System et les QIAcuity Nanoplates, permettant ainsi une procédure de dPCR rapide et complète comparable à la qPCR, mais avec une quantification absolue de l’ADNres dans votre échantillon. Les kits ont été conçus selon les exigences de la production et du CQ du bioprocessus.

 

Principle

Vous trouverez ici une description du principe de la réaction de dPCR sur nanoplaque.

L’utilisation de la PCR numérique QIAcuity pour la surveillance de l’ADN de cellule hôte améliore la LoD/LoQ en fractionnant l’échantillon initial grâce à la QIAcuity Nanoplate 26k. Le fractionnement augmente la concentration effective de la cible, permettant ainsi de capturer et de mesurer une petite quantité d’ADN de cellule hôte avec une meilleure précision. La capacité à charger de grandes quantités de matrice dans la QIAcuity Nanoplate 26k associée à un nombre de partitions accru est l’une des raisons de cette précision plus élevée de la détection de cellule hôte résiduelle.

  

 

Procedure

Le lysat est ajouté au dosage quantitatif résiduel avec le contrôle interne et l’ADN de la cellule hôte mesuré par quantification absolue. Copies/µl est converti en fg/µl à l’aide d’un facteur de conversion fourni.

Applications

Les QIAcuity Residual DNA Quantification Kits sont parfaits pour la quantification hautement précise de l’ADN de cellule hôte dans les bioprocessus intermédiaires complexes.

Supporting data and figures

FAQ

What does the standard kit contain?
The standard for HEK293, CHO, and E. Coli contains genomic DNA, and we recommend digestion of the standard for better migration out into the partitions.
FAQ ID - 3938
dPCR results are in copies per microliter. How do I calculate host cell DNA contamination in femtogram per microliter?

The conversion factors from copies per microliter to femtogram per microliter for each target assay (E. coli, CHO, and HEK293) will be provided in the quick-start protocol and the QIAcuity User Manual Extension: Application Guide.

FAQ ID - 3876
My samples are highly fragmented. Is the dPCR result for resDNA quantification accurate?

ResDNA Quant Kit (E. coli, CHO, and HEK293) assays are multicopy target assays that ensure quantification of  resDNA unaffected by the fragmentation level. In addition, short amplicon regions are selected for each target region. 

FAQ ID - 3877
Is DNA extraction from the samples needed?

No. DNA extraction is not required. However, if the samples contain high levels of PCR inhibitors or high protein concentration, DNA extraction is recommended for accurate quantification of ResDNA contamination.

FAQ ID - 3873
What is the amount of standard for the different kit?
The standard that is provided has an amount of 1000 pg that will be diluted with 100 µL of rehydration buffer down to working solution of 10 pg/µL.
FAQ ID - 3936
Is restriction enzyme digestion required?

Restriction digestion of the templates is required when the template length exceeds 20 kb for a better distribution of templates within partitions. Recommended restriction enzymes can be found in the applications guide and quick-start protocols.

FAQ ID - 3875
Which extraction kits are recommended?

QIAamp UCP DNA Micro Kits, QIAamp HMW MagAttract Kits, QIAsymhony DSP Kits, QIAsymphony Certal Kits, and DNeasy Blood & Tissue Kits are few recommended extraction kits to combine with ResDNA Quant Kit.

FAQ ID - 3874
What is the preferred storage temperature for reconstituted assay for the QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96)?
The recommended storage temperature is 4°C for 72 hours.
FAQ ID - 3935
Is dPCR sensitive to inhibition?

dPCR is less prone to inhibition in comparison to qPCR; however, we recommend dilution of samples that are known to contain PCR inhibitors.

FAQ ID - 3880
How much sample can I load for detecting host cell contamination?

26k Nanoplates are recommended for resDNA quantification, which maximizes the amount of template that can be loaded within a single reaction. In 26k nanoplates, this corresponds to 28 μl in 40 μl reaction volume. In addition, maximum template loading amounts for each kit will be provided in QSPs. 

FAQ ID - 3879
What are the ResDNA Quant Kit components?

The kits are composed of a premixed master mix for CHO and E. coli in liquid format that contains the target. For HEK293 the same composition comes in lyophilized format. The kit also contains an internal control assay detected in Green and Yellow channel, internal control DNA, positive control DNA, and dPCR qualified water. All necessary components are included in the ResDNA Quant Kits.

FAQ ID - 3878
How long can I store the reconsituted assay regarding QIAcuity HEK293 resDNA Quant Kit (96) at 4°C?
For optimal performance, the recommendation is to use the reconstituted assay within 72 hours.
FAQ ID - 3934
What region is targeted in the QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96)?
The QIAcuity E. coli resDNA Quant Kit (96) is targeting the transcribed genomic regeion of 16S with <200 bp fragment size. 
FAQ ID - 3939
How did you calculate the conversion factor?
A serial dilutions of HEK293, CHO, and E. Coli gDNA standard test them using HEK293, CHO, and E. Coli ResDNA Quant Kits, respectively. We then compare the copies per microliter obtained at different loading concentrations. We correlate the number of copies of target amplicon with the loading amount in picogram. To rule out any issues with PCR performance, loss of target amplicons, loading errors, user error, instrument errors, etc. skewing the true conversion factor, we repeat the testing over multiple samples, multiple batches of kits, standards, and multiple users. This gives us our accurate conversion factor.
FAQ ID - 3937