Obtenez des informations sur le transcriptome plus rapidement grâce à de puissantes solutions de séquençage d’ARN

L’ARN total ne contient généralement qu’un très faible pourcentage d’ARN codant ou fonctionnel ; l’ARN ribosomique (ARNr) constitue la majorité (jusqu’à 90 %) de l’ARN dans un échantillon. L’ARNr doit être éliminé de l’ARN total avant le séquençage afin d’assurer des résultats de la plus haute qualité.

Pour ce faire, une déplétion spécifique de l’ARNr ou un enrichissement sélectif de l’ARN polyadénylé à l’aide d’un enrichissement en oligo-dT sont souvent réalisés. La déplétion de l’ARNr préserve les informations sur l’ARN codant et non codant, tandis que l’enrichissement de la fraction poly A ne préserve que l’ARNm codant.

L’ARNr particulièrement abondant a-t-il une incidence sur la sensibilité de votre recherche sur l’expression génique et la transcriptomique, entraînant des lectures pour rien et une augmentation des coûts de séquençage d’ARN ?

Profitez de l’élimination efficace en une étape de > 95 % de l’ARNr indésirable grâce à la technologie QIAseq FastSelect. Que vous utilisiez des échantillons d’ARN de mammifères, de plantes, de levures ou de bactéries, des échantillons d’ARN FFPE de haute qualité ou dégradés, QIAseq FastSelect peut transformer votre séquençage d’ARN, et surpasser Ribo-Zero, RiboErase et RiboMinus.

Le séquençage de l’ARN total (séquençage de l’ARN du transcriptome entier) capture toutes les espèces d’ARN dans un échantillon, souvent supérieures à 75 bases, y compris l’ARNm, et identifie les gènes et les voies associés à la réponse biologique ou à l’absence de réponse à de nouveaux traitements médicamenteux et à l’ARN non codant. Il permet de mesurer avec précision l’abondance des gènes et des transcriptions, et est idéal pour la découverte de nouvelles transcriptions et d’autres événements d’épissage dans une large plage dynamique. La découverte de voies pathologiques, l’identification de biomarqueurs et la classification des sous-types de maladies, ainsi que la prédiction et le suivi de la réponse aux traitements font partie des applications clés.

Le séquençage de l’ARN total suit quatre étapes de base : l’extraction de l’ARN, la déplétion de l’ARN ribosomique (ARNr) et la préparation des banques, le séquençage et l’analyse des données.

Étant donné que les banques d’ARN total comprennent de nombreuses lectures sens/antisens introniques qui se chevauchent, l’utilisation d’un procédé chimique de préparation de banques brin spécifique (p. ex. marquage du second brin de dUTP ou ligature de l’adaptateur directionnel) préserve l’orientation transcriptionnelle de chaque lecture, ce qui permet une attribution sans ambiguïté au gène ou à l’isoforme qui convient et élimine toute ambiguïté des transcriptions qui se chevauchent.

Les QIAseq FastSelect RNA Library Kits utilisent un flux de travail simple de moins de 5 heures pour une transcriptomique complète à partir de 1 ng d’ARN total.

Le séquençage de l’ARN messager (mRNA-seq) implique une analyse haute résolution du transcriptome codant en enrichissant les ARN polyadénylés à partir de l’ARN total. Il en résulte une banque des séquences ARN qui présente une forte abondance de gènes codant pour les protéines et de faibles quantités d’autres types d’ARN. Si un ARN n’est pas polyadénylé, il sera absent. La qualité et la quantité de l’échantillon nécessaires à l’enrichissement de séquence poly-A peuvent s’avérer problématiques pour les échantillons fragmentés ou de faible quantité de départ, comme les échantillons FFPE.

Les chercheurs peuvent intégrer des kits d’enrichissement d’ARNm, comme le QIAseq Stranded mRNA Enrichment Kit, et concentrer la construction de la banque des séquences ARN sur les ARNm codant pour les protéines à l’aide des QIAseq FastSelect RNA Library Kits.

Cette méthode permet de quantifier l’expression génique et de détecter les isoformes connues ou de nouvelles isoformes, les fusions de gènes et l’expression spécifique des allèles chez diverses espèces. En révélant les biomarqueurs au niveau des transcriptions, elle clarifie les mécanismes pathologiques et guide le développement de médicaments, la stratification des patients et les évaluations de sécurité.

Le séquençage d’ARN 3’ (3′ RNA-seq) se concentre sur la queue poly-A de chaque transcription, mais les flux de travail traditionnels rencontrent des difficultés avec le transfert de l’ARNr, l’ARN fragmenté ou de faible de quantité de départ et les protocoles complexes en plusieurs étapes.

Les QIAseq FastSelect RNA Library Kits transforment le séquençage d’ARN 3′ en un flux de travail d’une journée et à un seul tube qui fournit des banques brins spécifiques et exemptes d’ARNr et ce, même à partir d’échantillons FFPE ou de faible quantité de départ. Cela réduit les coûts de séquençage (≈ 1–5 M de lectures par échantillon) tout en permettant un multiplexage à haut débit (jusqu’à 768 échantillons) et une quantification précise de l’expression au niveau des gènes.

Parmi les applications clés :

• Études d’expression différentielle à grande échelle, comme les dépistages de drogues, les cohortes de population, la découverte de biomarqueurs
• Projets sensibles aux coûts où la question principale est de savoir quels gènes sont régulés à hausse ou à la baisse
• Recherche clinique/translationnelle où des centaines d’échantillons sont profilés à la fois

Le séquençage de miARN (miRNA-seq) est une approche de séquence ARN ciblée utilisée pour profiler les petits ARN régulateurs, tels que les microARN (miARN). Ces molécules jouent un rôle central dans la régulation des gènes et sont de plus en plus étudiées dans les contextes pathologiques. La précision des résultats dépend de l’optimisation des flux de travail de préparation des banques et d’analyse. Lorsque vous travaillez avec des échantillons de liquides organiques, les faibles quantités d’ARN de départ et les taux d’inhibiteurs élevés peuvent être source de problèmes. Une solution de séquençage de miARN sans gel et compatible avec seulement 1 ng d’ARN total permet de surmonter ces problèmes et de détecter de façon fiable l’expression différentielle du miARN. Obtenez plus rapidement et en toute simplicité de nouvelles informations sur les maladies à l’aide du Portail d’analyse des données de séquençage d’ARN, outil convivial basé sur le Web inclus avec les QIAseq miRNA Library Kits.

La préparation de la banque d’ARN en cas de faibles quantités de départ peut être extrêmement problématique, mais cela ne signifie pas nécessairement qu’elle n’est pas fiable. Chaque étape du flux de travail peut entraîner une perte d’ARN supplémentaire. Les protocoles de séquençage d’ARN avec de faibles quantités de départ emploient souvent la méthode de construction de banques par changement de matrice, qui assure une sensibilité accrue par rapport aux méthodes traditionnelles basées sur la ligature. Les QIAseq Low Input RNA Library Kits optimisent la sensibilité et préservent le nombre de brins avec seulement 1 ng d’ARN total. Grâce à l’option de déplétion intégrée de l’ARNr / de la globine lors de la transcription inverse, vous pouvez minimiser la perte d’échantillons tout en générant des banques propres et prêtes pour le séquençage NGS en moins de 5 heures.

Vous souhaitez aller au-delà des projets avec des faibles quantités de départ ? Découvrez comment le QIAseq Low Input RNA Library Kit vous permet de personnaliser votre flux de travail en fonction du nombre d’échantillons, des budgets de lecture et de la plateforme de séquençage.