Verogen ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit

• Außergewöhnliche Datengewinnung aus minimaler DNA-Eingabe
• Erweitertes Panel fördert Populationsstudien
• Ermöglicht eine höhere Auflösung bei stark degradierten Proben
• Multiplexing-Fähigkeit zur weiteren Steigerung der betrieblichen Effizienz

Das ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit bietet eine bequeme und kostengünstige Bibliotheksvorbereitung für die Sequenzierung des mitochondrialen Gesamtgenoms (mtGenom) mit minimalem DNA-Einsatz und hervorragender Datengewinnung. Das Kit nutzt die bewährte ForenSeq-Chemie und erzeugt erweiterte Datensätze, die Populationsstudien vorantreiben können und eine bessere Auflösung stark degradierter Proben ermöglichen. Darüber hinaus hat diese Lösung den niedrigsten Listenpreis aller kommerziellen Gesamtgenom-Assays. Die Multiplexing-Fähigkeit verbessert die betriebliche Effizienz weiter, ohne dass Kosten und Zeitaufwand steigen.

Das ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit bietet die höchste Auflösung für die mtGenom-Sequenzierung in der Verogen Produktfamilie zur Bibliotheksvorbereitung. Tiled Amplifikate, zweckmäßige Puffer und ein durchdachtes Protokoll unterstützen Analysen im unteren Bereich der DNA-Eingabemengen, verschiedene Probenarten und ein breites Spektrum forensischer und datenbankgestützter Anwendungen, einschließlich vermisster Personen, Feststellung von Katastrophenopfern (DVI) und Populationsstudien.

• Hohe Sensitivität über einen ganzen Bereich von Eingangs-gDNA
• Verbesserte Wiedergewinnung von Proben mit geringer Eingangsmenge
• Robuste Beständigkeit gegen gängige Inhibitoren

Das Protokoll umfasst eine optionale zweite Aufreinigung, um die Leistung bei schwachen und komplexen Proben weiter zu verbessern. Die Abbildung “Hohe Abdeckung über einen Bereich von Eingangs-DNA-Mengen” vergleicht die Erfassungssergebnisse für Bibliotheken mit und ohne zweite Aufreinigung. Gegenüber einer einmaligen Aufreinigung zeigen zwei Aufreinigungen einen progressiven Anstieg der Erfassung, der bei 2 pg eine Verbesserung von 90 % erreicht (siehe Abbildung “Verbesserung der Leserate durch eine zweite Aufreinigung”). Eine weitere Herausforderung bei der forensischen Probenanalyse ist das häufige Vorliegen von PCR-Inhibitoren, die die Bibliotheksvorbereitung beeinträchtigen können. Werden 100 pg der Kontroll-DNA HL60 unterschiedliche Mengen von drei in forensischen mtDNA-Proben vorkommenden Inhibitoren zugesetzt, so zeigen die in der Abbildung “Puffer mit hoher Beständigkeit gegen relevante PCR-Inhibitoren” dargestellten Ergebnisse eine hohe Beständigkeit bei gleichbleibender Abdeckung über alle Eingabemengen.

Der zielgerichtete PCR-basierte Assay nutzt kleine Amplifikate aus den neuesten mtDNA-Datenbanken, um die Variantenerkennung zu verbessern. Ein Tiled-Primer-Ansatz überlappt die Amplifikate, um Sequenzlücken zu vermeiden, die zu Datenverlusten führen können, insbesondere bei degradierten Proben. Ein verbessertes Puffersystem, das das Tile-Primer-Design ergänzt, bietet außergewöhnliche Resistenz gegen Kalzium, Huminsäure und andere relevante PCR-Inhibitoren.

Diese benutzerfreundliche, automatisierungskompatible Lösung ermöglicht einen gemeinsamen Arbeitsablauf für eine Vielzahl von anwendungsübergreifenden Studiendesigns. Das Protokoll umfasst zwei Normierungsverfahren zur Anpassung der Bibliotheksvorbereitung an ein breites Spektrum von Eingangsmaterial, von hochwertiger genomischer DNA (gDNA) bis hin zu schwachen und komplexen Proben. Der geringe Eingangsbedarf erweitert die Möglichkeiten für die anspruchsvollsten Proben. Die im Bibliotheksvorbereitungskit enthaltenen Indexadapter ermöglichen das Pooling und die Sequenzierung von bis zu 16 Proben in einem Lauf, um eine effiziente Nutzung des Reagenzienkits und eine genaue Lesezuordnung zu gewährleisten. Das Tiled-Amplifikat-Design des Whole Genome Kits eignet sich für die Analyse aller 16.569 bp des menschlichen mtGenom. Der Assay enthält Reagenzien für die Amplifikation von etwa 500 kleinen Amplifikaten und deckt das gesamte Genom in zwei PCR-Reaktionen ab.

Mitochondriale DNA ist eine leistungsstarke alternative Informationsquelle, wenn die Kern-DNA beschädigt ist oder fehlt. Bei wurzellosen Haaren, Zähnen, Knochen und anderen schwierigen Quellen wird die mtDNA inzwischen routinemäßig zur Identifizierung von Vermissten und Katastrophenopfern eingesetzt. Aufgrund von Qualitäts- und Skalierungsproblemen im Zusammenhang mit den traditionellen Sanger-Sequenzierungsmethoden war die mtDNA bisher auf eine begrenzte Rolle in einigen wenigen spezialisierten Zentren beschränkt. Verogen mtDNA-Workflows bieten eine einzigartige Kombination aus Leistung, Effizienz und Benutzerfreundlichkeit, so dass jedes Labor, unabhängig von seiner Größe, die mtDNA-Analyse von der Sanger-Sequenzierung auf NGS umstellen oder die mit anderen NGS-Technologien erzielten Ergebnisse verbessern kann.

Zur raschen Überprüfung von mtDNA-Daten lässt sich das ForenSeq mtDNA Whole Genome Kit nahtlos mit dem ForenSeq mtDNA-Analysemodul der Universal Analysis Software (UAS) verbinden. UAS bietet eine NGS-Plattform für die Analyse und Verwaltung forensischer Genomdaten und vereinfacht die komplexe Bioinformatik. Die Software analysiert die Sequenzierergebnisse für das gesamte mitochondriale Genom und liefert die Ergebnisse in weniger als einer Stunde nach Beendigung des Laufs. Auf einer übersichtlichen und interaktiven Benutzeroberfläche können Labore zusammengefasste und auch ausführliche Ergebnisse einsehen und bis zu neun Proben vergleichen. Die Berichte sind mit zahlreichen DNA-Datenbanken kompatibel.

Wir bieten hervorragende Unterstützung für den gesamten Arbeitsablauf, von der Bibliotheksvorbereitung über die Sequenzierung bis zur Analyse. Unser erfahrenes Team übernimmt umfassende Serviceleistungen für Ihre Geräte und Software, Validierungspläne und Implementierungsanleitungen, damit Sie Ihre Arbeitsabläufe schnell und problemlos in die Praxis umsetzen können.