Verogen ForenSeq Kintelligence Kit

• Optimierter Arbeitsablauf für eine effiziente Bewertung forensisch relevanter SNPs
• Bei medizinischen Daten minimieren forensisch kuratierte Marker die Bedenken hinsichtlich des Datenschutzes
• Ein einziger SNP-Multiplex eignet sich für alle Populationen weltweit
• Kopplung von ForenSeq- und GEDmatch-Workflows mit anwendungsspezifischer Unterstützung
• Behalten Sie die volle Kontrolle über Beweismittel und zugehörige Daten in Ihrem Labor

Greifen Sie mit dem ForenSeq Kintelligence Kit auf 10.230 SNP-Marker zu, die explizit für erweiterte Abstammungsergebnisse kuratiert wurden. Als einziger sequenzbasierter Assay, der für die forensische genetische Genealogie (FGG) entwickelt wurde, minimiert ForenSeq Kintelligence Datenschutzbedenken, indem es medizinisch aussagekräftige SNPs und SNPs mit geringer Allelfrequenz ausschließt, die in Whole-Genome-Sequencing- (WGS) oder Array-basierten Workflows gefunden werden. Robuste PCR- und Primerdesigns ermöglichen einen einzigen SNP-Multiplex, der in allen globalen Populationen einsetzbar ist.

ForenSeq Kintelligence ist eine integrierte Lösung für die forensische genetische Genealogie (FGG). Die Bibliotheken werden in einem einzigen, optimierten Arbeitsablauf vorbereitet, sequenziert und analysiert, um eine effiziente Bewertung forensisch relevanter SNPs zu ermöglichen. Das Kit wurde auf der Basis bestehender STR-Verfahren und unter Einbeziehung marktgängiger Verfahren sowie etablierter Forschungsarbeit und Datenbanken entwickelt und ermöglicht Laboren die gezielte Sequenzierung und genaue Analyse forensischer DNA-Proben, auch solcher mit geringer Eingangsmenge und hohem Degradationsgrad. Durch die Anwendung eines kuratierten SNP-Satzes, der Möglichkeit geringer Eingangsmengen und eines forensisch validierten Arbeitsablaufs, der auf einer etablierten Methodik aufbaut, bietet ForenSeq Kintelligence die Möglichkeit, Sackgassen zu verlassen und Lösungen für ungeklärte Fälle, vermisste Personen und nicht identifizierte menschliche Überreste zu finden.

• Sequenzierung kompromittierter Proben auf einem validierten System für problemlosen Zugang zu den Ergebnissen
• Das Design der kuratierten Inhalte gewährleistet den Datenschutz mit einem nach forensischer Relevanz ausgewählten SNP-Set
• Verwahren Sie Beweismittel und zugehörige Daten in Ihrem Labor und behalten Sie die volle Kontrolle
• Vollständige Integration und Unterstützung für die Kombination zweier vertrauter Arbeitsabläufe, ForenSeq und GEDmatch

Proben aus ungeklärten Fällen und von vermissten Personen sind häufig aufgrund des fortgeschrittenen Alters, der Exposition gegenüber Umwelteinflüssen und Verunreinigungen sowie der unterschiedlichen Entnahme- und Lagerungsverfahren beschädigt. Dementsprechend hat Verogen das ForenSeq Kintelligence Kit so konzipiert, dass es hohe Erkennungsraten aus kompromittierten Proben liefert, indem es Studien durchführt, in denen degradierte und inhibierten Proben aus der Fallarbeit analysiert werden, und die Sensitivität mit Kontrollproben bewertet, so dass das Kit SNP-Calls über einen breiten Bereich von DNA-Eingangsmengen reproduzierbar erstellt.

ForenSeq Kintelligence lieferte eine hohe Leistung in Fallstudien, bei denen hohe Aufrufraten aus degradierten Blutproben, durch Kalzium inhibierten Zahnproben und heutigen, durch Einäscherung, Verbrennung und Einbalsamierung belasteten Knochenproben erzielt wurden. Bei der Bewertung der Sensitivität wurde die Kontroll-DNA mit einer Eingangsmenge von 5 ng bis 50 pg evaluiert. Die Eingangsmengen von 5 ng bis 250 pg erreichten alle eine Call-Rate von 100 %. Die Leistung war bei 100 pg und 50 pg mit 99,9 % bzw. 99,6 % ähnlich hoch (siehe Abbildung “Eine Titration der Sensitivität von Kontroll-DNA über eine Bandbreite von Eingangsmengen”). Die hohe mittlere Abdeckungsrate von ca. 1500× an den Zielstellen ermöglicht diese hohen Call-Raten und gewährleistet sichere Calls.

Da die Proben den natürlichen Einflüssen ausgesetzt sind und sich durch das Altern über einen längeren Zeitraum hinweg verschlechtern, besteht die Gefahr, dass sie die Qualitätskontrollen nicht bestehen und eine schlechte Abdeckung aufweisen. Dies führt zu einer geringen DNA-Ausbeute und beeinträchtigt die Allel-Call-Raten. Zur Maximierung der Wiedergewinnung tolerieren die ForenSeq Kintelligence-Puffer viele gängige Inhibitoren wie Hämatin, Huminsäure, Indigo und Gerbsäure sowie mikrobielle Verunreinigungen wie E. coli. Bei 1 ng gDNA-Proben, die mit 10 ng mikrobieller DNA versetzt waren, beobachtete Verogen eine SNP-Rückgewinnungsrate von 100 %. Kontrollproben, die mit Zugabe signifikanter Mengen anderer gängiger forensischer Inhibitoren gehemmt wurden, wiesen eine hohe mittlere Call-Rate von 99,2 % auf, vergleichbar mit Kontrollproben (siehe Abbildung “Eine Bewertung der Inhibitorleistung“). Die hohe mittlere Call-Rate ermöglicht eine tiefe Abdeckung der Proben auch bei geringen Eingangsmengen.

Eine robuste Polymerase-Kettenreaktion (PCR) und der Aufbau der Primer ermöglichen einen einzigen SNP-Multiplex, so dass keine Mehrfachuntersuchungen erforderlich sind. Die geringe mittlere Amplifikatgröße von < 150 bp verbessert die Amplifikationseffizienz und erleichtert die Rückgewinnung und Analyse degradierter DNA. Darüber hinaus enthält das ForenSeq Kintelligence Kit sechs Unique Dual Index (UDI) Adapter, die für eine optimale Datenwiederherstellung an jedes Ende der Probe eindeutige Identifizierungssequenzen anhängen.

ForenSeq Kintelligence fragt 10.230 SNP ab, die sorgfältig ausgewählt wurden, um die gezielte Sequenzierung für FGG zu unterstützen.

Diese SNP überschneiden sich mit relevanten Markern im Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip und Infinium Global Screening Array und werden mit der Genome Aggregation Database (gnomAD) v3.0 und der Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) v151 abgeglichen, um eine robuste Leistung in globalen Populationen zu gewährleisten. Wichtig ist, dass ForenSeq Kintelligence die SNP mit bekannten medizinischen Assoziationen oder geringen Minor-Allel-Häufigkeiten ausschließt, um Datenschutzbedenken auszuräumen und genetische Gesundheitsdaten zu schützen.

Die Entwicklung von ForenSeq Kintelligence wurde von ForenSeq DNA Signature Prep beeinflusst, um alle biogeografischen Abstammungs-, Identitäts- und Phänotyp-SNP einzubeziehen, die für die Generierung von Untersuchungsergebnissen validiert wurden. Darüber hinaus werden informative Y-SNP und X-SNP bereitgestellt, die bei der Bestimmung der Abstammung bzw. des biologischen Geschlechts helfen.

Ein optimiertes Puffersystem toleriert eine Reihe von Inhibitoren, die häufig in forensischen Proben zu finden sind, wie z. B. Kalzium, Indigo und Huminsäure, und ermöglicht eine Call-Rate von über 98 %. Der Assay-Aufbau bietet ein hohes Maß an Prozessintegrität und Datenqualität, so dass Sie sich selbst bei schwierigsten forensischen Proben auf die Analyse verlassen können.

Die ForenSeq Kintelligence-Eingaben sind mit den in forensischen Laboren üblichen DNA-Extraktionsmethoden kompatibel. Die Bibliotheksvorbereitung nutzt das ForenSeq-Chemie-Backbone, das die Grundlage des Verogen-Portfolios für die Bibliotheksvorbereitung bildet. Die ForenSeq Kintelligence-Reagenzien ermöglichen die Vorbereitung von bis zu 12 doppelindizierten, humanspezifischen Bibliotheken in 8 Stunden bei einem Zeitaufwand von nur 1 Stunde und 55 Minuten. Die Sequenzierung ist innerhalb von 28 Stunden abgeschlossen und die Analyse innerhalb von 1 Stunde, so dass ein vollständig integrierter NGS-Arbeitsablauf in weniger als 40 Stunden Ergebnisse liefert, einschließlich eines GEDmatch PRO-Berichts, den die Benutzer direkt in die Datenbank hochladen können. Bei einer Übereinstimmung liefert GEDmatch PRO Ergebnisse in weniger als 2 Tagen.

Die ForenSeq-Chemie bietet ein hohes Maß an Flexibilität für Probenquellen wie Abstriche der Wangenschleimhaut, Blut, Knochen und Zähne, während ein Eingangsvolumen von 25 μl die Unterstützung degradierter und inhibierte Proben verbessert. Das Kit mit 12 Reaktionen enthält Master-Mixe für die Amplifikation, Aufreinigungsperlen für das Cleanup und unkomplizierte Protokolle mit sechs sicheren Stopppunkten.

FGG vereint Microarray-Genotypisierungs- und Whole-Genome-Sequencing(WGS)-Methoden zur Erstellung von DNA-Profilen mit Vergleichen genetischer Verwandter in Genealogie-Datenbanken wie GEDmatch, der größten Datenbank mit freiwillig eingereichten DNA-Profilen für forensische Vergleiche. Anhand von Vergleichen in einer Datenbank können Genealogen einen Stammbaum aus Volkszählungsdaten, Lebensdaten, Todesanzeigen und Zeitungsarchiven erstellen und dann die Quelle der DNA im Stammbaum verfolgen.

Microarray- und WGS-basierte Verfahren können nicht das gesamte Spektrum der biologischen Proben abdecken, die mit forensischen Fällen in Verbindung gebracht werden. Diese Proben sind häufig aufgrund des Alters des Ausgangsmaterials oder der Umwelteinflüsse degradiert oder beeinträchtigt, was zu Daten von geringer Qualität führt, die die FGG einschränken. Microarrays und WGS erzeugen auch große Mengen medizinisch relevanter Daten zu Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNP), die für forensische Anwendungen ungeeignet sind und Bedenken hinsichtlich des Datenschutzes und der Verwendung genetischer Daten aufkommen lassen. Das ForenSeq Kintelligence Kit ist der einzige für forensische Zwecke geeignete FGG-Assay. Entwickelt für die Sequenzierung auf dem vom National DNA Index System (NDIS) zugelassenen MiSeq FGx Sequencing System, kann die Datenanalyse in der Universal Analysis Software (UAS) zusammen mit der weitreichenden Abstammungsanalyse in GEDmatch PRO, ForenSeq Kintelligence und einem Verogen STR-Assay Sie von der DNA zu einer bestätigten Identität führen.

Der durchgängige Arbeitsablauf des ForenSeq Kintelligence Kits basiert auf dem etablierten ForenSeq-Prozess und ermöglicht eine Vielzahl von DNA-Analysen auf einer einzigen, bewährten Plattform. Das ForenSeq Kintelligence Kit lässt sich nahtlos mit dem ForenSeq Kintelligence-Analysemodul in der UAS verbinden, was eine schnelle Datenauswertung und Berichterstellung per Mausklick ermöglicht.

Wir bieten hervorragende Unterstützung für den gesamten Arbeitsablauf, von der Bibliotheksvorbereitung über die Sequenzierung bis zur Analyse. Unser erfahrenes Team übernimmt umfassende Serviceleistungen für Ihre Geräte und Software, Validierungspläne und Implementierungsanleitungen, damit Sie Ihre Arbeitsabläufe schnell und problemlos in die Praxis umsetzen können.