Produkte und Workflows für mikrobielle und Mikrobiom-Anwendungen

Mikrobielle Proben enthalten oftmals komplexe Mischungen aus Mikroorganismen, ihren robusten Zellwänden, Stoffwechselprodukten sowie anderen biotischen und abiotischen Molekülen. All diese Komponenten können aus verschiedenen extrazellulären Polymeren bestehen und sind damit sehr divers. Diese Komplexität und Stabilität machen die Lyse mikrobieller Proben zu einer ziemlichen Herausforderung.

Um einen effizienten Aufschluss zu gewährleisten, ist eine mechanische Homogenisierung unabdingbar. Sie verhindert das Einbringen von Bias in den Analyse-Workflow.

Mikrobielle Proben in 96-Well-Platten

Wie lassen sich schwierige Proben in einer 96-Well-Platte lysieren? Wie sollten überschüssige Beads entfernt und Platten versiegelt werden, um Leckagen und Kreuzkontaminationen zu vermeiden? Erfahren Sie es in diesem Video.

PowerBead Pro-Platten sind Teil der neuen Pro Kit-Technologie von QIAGEN. Mit einem verbesserten Bead-Beating-Prozess für den TissueLyser II bieten sie eine effiziente Hochdurchsatz-Methode zur Lyse von Bakterien und Pilzen. Sie eignen sich für die Isolierung von mikrobieller genomischer DNA aus allen Boden- und Stuhlarten und sind im DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit enthalten.

Proben aus verschiedenen Quellen bringen einzigartige Herausforderungen mit sich, die auf ihre spezifische physikalische, chemische und mikrobielle Zusammensetzung sowie die enthaltenen Substanzen zurückzuführen sind. Aus diesem Grund sind unsere Probenvorbereitungskits für die humanbiomedizinische Forschung auf bestimmte Probentypen wie Darmgewebe, Stuhl, Abstriche und andere optimiert.

Zusätzlich werden Inhibitoren während der Aufreinigung durch die patentierte Inhibitor Removal Technology® (IRT) entfernt. Das Ergebnis sind hohe Ausbeuten an reinen Nukleinsäuren, die auch für anspruchsvolle nachgelagerte Anwendungen geeignet sind

Proben aus der Umwelt enthalten häufig komplexe Mischungen aus anorganischen und organischen Materialien wie Pflanzenmaterial, Insekten, Tierkot oder Mikroorganismen. Dies macht es außerordentlich schwierig, mikrobielle Umweltproben zu lysieren und zu bearbeiten.

Um zuverlässige Erkenntnisse zu gewinnen, sind unsere Probenvorbereitungskits für die Umwelt- und Agrarforschung für spezifische Probentypen wie Boden, Biofilm, (Ab-)Wasser, Pflanzen und weitere optimiert.

Zusätzlich werden Inhibitoren während der Aufreinigung durch die patentierte Inhibitor Removal Technology® (IRT) entfernt. Das Ergebnis sind hohe Ausbeuten an reinen Nukleinsäuren, die auch für anspruchsvolle nachgelagerte Anwendungen geeignet sind

Mit Next Generation Sequencing (NGS) ist es möglich, gleichzeitig Tausende von Spezies innerhalb einer mikrobiellen Gemeinschaft zu analysieren. Damit hat NGS die Art und Weise, wie wir das menschliche und das Umwelt-Mikrobiom untersuchen, vollständig revolutioniert.

Die Auswahl der Reagenzien und Primer spielt eine große Rolle bei der Erstellung designierter NGS-Bibliotheken, um möglichen Bias zu minimieren und die Lesetiefe zu maximieren. Um eine gleichmäßige Abdeckung und hohe Read-Qualität zu erreichen, bieten wir verschiedene Kits für die unterschiedlichsten Amplifikations- und Sequenzierungsbedingungen an.

Nachweis und Quantifizierung von Mikroorganismen mit digitaler PCR

Wenn mikrobielle Ziele in niedrigen Konzentrationen und in schwierigen Proben enthalten sind, hat dies bisher ihre spezifische Detektion und Überwachung erschwert. Hier kommt die digitale PCR zum Einsatz:
Mit Ihrer hohen Präzision und Sensitivität ermöglicht sie nicht nur die Identifizierung eines breiten Spektrums an mikrobiellen Zielen wie Bakterien-, Pilz-, Parasiten-, Virus-, Antibiotikaresistenz- und Virulenzfaktorgenen aus verschiedensten Proben. Darüber hinaus erlaubt die dPCR auch eine absolute Quantifizierung von Zielgenen, ohne dass Standardkurven benötigt werden.

Das neue dPCR Microbial DNA Detection Assay-Portfolio:

• Identifiziert > 680 Ziele
• Kombiniert den Nachweis mikrobieller DNA und viraler RNA in einer Reaktion
• Weist bis zu fünf Ziele pro Reaktion nach
• Einfacher und schneller dPCR-Workflow von etwa zwei Stunden

Spezifischer und sensitiver Nachweis von Mikroorganismen mit Real-time PCR

Beim Einsatz von Real-time PCR für mikrobielle Identifizierung und Profiling sind zwei Elemente entscheidend: Sensitivität und Spezifität. Diese setzen einheitliche PCR-Effizienz und Amplifikationsbedingungen voraus. Unsere experimentell verifizierten qPCR-Assays für mikrobielle DNA ermöglichen Ihnen den Nachweis von Mikroorganismenspezies, Virulenzgenen oder Antibiotikaresistenzgenen mit einem einfachen qPCR-Workflow. Darüber hinaus können benutzerdefinierte Arrays zur Auswertung spezifischer Ziele von Interesse entwickelt werden.

Komplexe mikrobielle Genomdaten verstehen

Nur mit gut strukturierten und eindeutigen Daten können Sie verstehen, was vor sich geht, und entsprechende Maßnahmen ergreifen. Der Umfang und die Komplexität der Daten können jedoch überwältigend sein.

Aus diesem Grund gibt es QIAGEN CLC Genomics Workbench Premium, eine einfache und intuitive Bioinformatik-Plattform. Sie bietet verschiedene Tools und individuell anpassbare Workflows, um Ihnen den Sprung von Big Data zur Charakterisierung der Sie interessierenden Mikroorganismen zu erleichtern.