Krebsforschung

RNA-Biomarkerforschung

Geeignete Biomarker sind ein Schlüssel zur Verbesserung von Krebs-Screening, -Diagnose und -Überwachung. Welcher Biomarker wird sich als der beste herausstellen?

Die Entdeckung von RNA-Biomarkern und ihre Weiterentwicklung für den klinischen Einsatz ist eine Herausforderung. Wir müssen diese Herausforderung meistern, denn das wichtigste Ziel ist die Verbesserung der Früherkennung, der Prognose und der Unterstützung für Menschen, die an Krebs erkrankt sind. Gemeinsam können wir Ihnen den Weg zur Entdeckung von Krebs-Biomarkern erleichtern und relevante Ergebnisse erzielen.

Unser Portfolio an „Sample to Insight“-Workflows für die Untersuchung von Krebs-miRNA sowie Krebs-Genexpressions-, -Transkriptom- oder -Funktionalitätsstudien ist umfassend. Hier geben wir Ihnen einen Einblick in die einzelnen Schritte der häufigsten Workflows und erleichtern Ihnen die Suche nach den Informationen und Produkten, die Sie benötigen. Von formalinfixierten, in Paraffin eingebetteten (FFPE) und Flüssigbiopsieproben bis hin zur RNA-Seq und Entdeckung neuer Krebs-Stoffwechselwege bieten wir Ihnen die geeigneten Lösungen zur Steigerung Ihrer Effizienz und Beschleunigung Ihrer RNA-Biomarkerforschung. Wir haben ein gemeinsames Ziel. Arbeiten wir daran, Krebs zu besiegen. Gemeinsam.

Probenvorbereitung

RNA-Stabilisierung und -Isolierung

Wenn Sie RNA aus Flüssigbiopsie- oder FFPE‑Proben isolieren, wissen Sie, dass das Verfahren viele Herausforderungen mit sich bringt. Spezifische Lagerbedingungen, die nötige Vorbehandlung und die Fragilität von RNA erfordern, dass wir genau planen und geeignete Vorbereitungen treffen, um bestmögliche Ergebnisse zu erzielen. Wir haben einige nützliche Ressourcen zusammengestellt, um Ihnen den Einstieg in die Arbeit mit RNA-Biomarkern zu erleichtern oder Sie in die Details einzuführen, die bei der Probenvorbereitung von entscheidender Bedeutung sind.

Herausforderungen bei der RNA-Isolierung für die Biomarkerforschung

Sehen Sie sich dieses Webinar an und erfahren Sie, wie Sie aus anspruchsvollen Flüssigbiopsie- und FFPE-Proben hohe Ausbeuten an hochwertiger RNA gewinnen.

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cfDNA collection/stabilization and sample preparation

Handbücher und Poster

Qualitätskontrolle

Wie können Sie sich darauf verlassen, dass Ihre RNA-Analyse funktionieren wird, wenn Sie Ihre Reaktionen ansetzen oder Ihre Proben an ein Zentrallabor schicken? Bei der Entnahme, Lagerung und Isolierung von RNA-Proben wirken sich verschiedene Faktoren auf die RNA aus, die Sie als Template für die Analyse erhalten. Und kleine Qualitätsunterschiede können signifikante Auswirkungen auf Ihre Ergebnisse haben. Hier sorgt RNA-Qualitätskontrolle für Sicherheit. QK-Methoden können variieren und werden im Webinar und anderen Ressourcen, die wir hier für Sie zusammengestellt haben, besprochen und erklärt.

RNA-Qualitätskontrolle

RNA-Qualitätskontrolle erläutert: Daniel Lehmann, Associate Director, Life Science Instruments, erklärt Technologien für die RNA-Qualitätsbewertung und ihre Grenzen.

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Handbücher und Poster

Produkte

Sehen Sie sich die Kits für die RNA-Probenvorbereitung und -Qualitätskontrolle an

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Next Generation Sequencing

RNA- und miRNA-Sequenzierung

Next Generation Sequencing (NGS) ist eine leistungsstarke Methode für den Nachweis und die Charakterisierung von RNA-Biomarkern, doch die Einrichtung in Ihrem Labor kann kompliziert und anspruchsvoll sein. Wenn Sie einen hohen Probendurchsatz haben, können wir Ihnen helfen. Wir arbeiten daran, NGS so einfach wie möglich zu machen: Unser Ziel ist es, dass NGS genauso einfach wie eine PCR werden soll. Damit wäre NGS für alle verfügbar und könnte auch kleinere Krebsforschungslabore dabei unterstützen, hervorragenden Ergebnissen einen Schritt näher zu kommen. Wir helfen Ihnen, mit NGS-Lösungen die Entdeckung von RNA-Biomarkern zu beschleunigen – ganz gleich, ob Sie Genexpression oder Fusionsgene analysieren, und unabhängig von der Probenanzahl.

Tipps und Tricks für schwierige Proben

Arbeiten Sie mit schwierigen Proben? Sehen Sie sich dieses Webinar an. Jonathan Schäfer, QIAGEN R&D, diskutiert Strategien zum Umgang mit Herausforderungen aufgrund von niedrigen Eingabemengen, Proben von schlechter Qualität sowie FFPE- und fragmentierter RNA.

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RNA-Seq ausgehend von FFPE-Proben

Die RNA-Seq ausgehend von FFPE-Proben bereitet Ihnen Schwierigkeiten? Sehen Sie sich folgende Fallstudie an: “Rescue of low RIN RNA from FFPE samples and improved RNA sequencing using QIAseq RNA-seq solutions.” (Gewinnung von RNA mit niedriger RIN aus FFPE-Proben und verbesserte RNA-Sequenzierung unter Verwendung von QIAseq RNA-Seq-Lösungen).

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RNA-Seq-Datenanalyse

Jetzt, da Sie im Rahmen Ihres Projekts zur Entdeckung von Biomarkern mittels NGS ein Genexpressionsprofil erfasst haben, stellt sich die Frage, wie Sie im nächsten Schritt am besten die Rohdaten analysieren können. Eine Möglichkeit ist ein Online-Datenanalyse-Tool

Sachkundige Datenanalyse – Tipps und Tricks für die RNA-Biomarkerforschung

Lassen Sie sich von unserem Experten George Quellhorst erklären, wie Sie die statistisch signifikantesten differenziell exprimierten Gene finden können. Er unterstützt Sie bei der Festlegung geeigneter Filter für Fold Change und p-Wert sowie bei der Auswahl der geeigneten Vulkandiagramm- und Heatmap-Datendarstellungen. Diese Tipps und Tricks helfen Ihnen, eine Teilmenge der am besten korrelierenden Biomarker für Ihre Follow-up-Screening- und -Validierungsstudien zu definieren.

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Expert data analysis – tips and tricks for RNA biomarker research

Sie werden aus Ihren RNA-Seq-Daten nicht schlau?

Datenanalyse muss keinen Stress bedeuten. Nehmen Sie die Abkürzung zu Erkenntnissen über die Genexpression mit unserem einfachen, webbasierten RNA-Seq Analyseportal.

Laden Sie einfach Ihre Sequenzdateien in das Portal hoch und beginnen Sie mit der Analyse. Gelangen Sie innerhalb von Stunden statt Tagen von FASTQ-Dateien zu analytischen Einblicken in den Stoffwechselweg.

Probieren Sie unser Portal aus

QIAseq FastSelect Custom RNA Removal Kits

Produkte

Durchsuchen Sie NGS-Kits und -Panels für die RNA-Biomarkerforschung

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Digitale PCR

miRNA-Profiling

MicroRNAs (miRNAs) sind maßgeblich an der Krebsprogression und -unterdrückung beteiligt, da sie tausende krebsassoziierte Gene regulieren. Zirkulierende zellfreie miRNAs haben vor Kurzem neue Möglichkeiten für einen nichtinvasiven Test zur frühzeitigen Krebserkennung eröffnet.

Allerdings mangelt es bei der miRNA-Quantifizierung in Serum oder Plasma noch immer an Konsistenz und Standardisierung. Versuchen Sie es mit digitaler PCR, wenn Sie analytische Schwierigkeiten bei der miRNA-Quantifizierung überwinden möchten. Die digitale PCR (dPCR) ermöglicht eine absolute Quantifizierung ohne Standardkurven und mit höherer Präzision als die qPCR. Dies ist besonders wichtig beim Nachweis von in geringer Menge vorliegenden miRNAs im Vergleich zur qPCR. Durch die genaue Messung der Konzentration zirkulierender miRNAs stellt die dPCR ein wertvolles Tool auf dem Weg zur Entwicklung von Biomarkern für den Nachweis von Krebs dar.

Genaue miRNA-Quantifizierung

Mit der digitalen PCR lassen sich Einschränkungen bei der Quantifizierung von miRNA in Proben mit hoher Inhibitorlast oder niedrigem Nukleinsäuregehalt überwinden. In diesem Webinar erkundet unsere R&D-Wissenschaftlerin Dr. Domenica Martorana spezialisierte Assays, die zusammen mit dem nanoplattenbasierten QIAcuity Digital PCR System verwendet werden und überzeugende und reproduzierbare Ergebnisse liefern.

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Genexpressionsanalyse

Änderungen der Genexpression sind ein äußerst wertvoller Indikator, der unser Verständnis vieler biologischer Funktionen deutlich erweitert hat. Mit der dPCR können Sie diesen Ansatz auf die nächste Stufe heben und bisherige Grenzen überschreiten. Welche Bedeutung haben zum Beispiel in niedriger Konzentration vorliegende Targets oder sehr geringe Expressionsunterschiede von 2-fach oder weniger? Mit dPCR können Sie es jetzt herausfinden.

Die dPCR‑Methode liefert dank Endpunktmessung und absoluter Quantifizierung präzisere und reproduzierbarere Daten ohne Notwendigkeit von Standardkurven. Dies hat deutliche Auswirkungen, besonders bei der Quantifizierung von sehr niedrig konzentrierten Targets, die entweder aufgrund eines hohen Gehalts an Inhibitoren und Kontaminanten in der Probe verdünnt wurden oder sehr geringe Expressionslevel aufweisen.

Genaue und sensitive mRNA-Quantifizierung

Die Durchführung einer erfolgreichen Genexpressionsanalyse auf dem QIAcuity Digital PCR System erfordert die Beachtung einiger Parameter wie z. B. Probeneingabe, Verdünnungen und geeignete Kontrollen. In diesem Webinar diskutiert unser Senior Scientist Dr. Ronny Kellner, wie die dPCR auf dem QIAcuity System eine hochsensitive und genaue Quantifizierung von mRNA-Targets ermöglicht, bei der selbst kleinste Expressionsänderungen bei niedrigsten Konzentrationen nachgewiesen werden. Eine Fallstudie zeigt, wie die Kombination aus urinbasierter Flüssigbiopsie und dPCR die Zukunft der molekularen Charakterisierung von Blasenkrebs bestimmen könnte.

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Erkunden Sie unsere dPCR-Assays für die RNA-Biomarkerforschung

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Datenanalyse

QIAGEN Digital Insights bietet leistungsstarke Bioinformatik-Tools, die Ihnen helfen, die in Ihren Genexpressionsdaten verborgenen biologischen Informationen zu verstehen. Mit QIAGEN OmicSoft können Sie Genexpressionsmuster vergleichen und visuell Gene finden, die herauf- oder herunterreguliert sind, um potenzielle Biomarker zu identifizieren. Verwenden Sie den webbasierten Land Explorer QIAGEN OmicSoft und greifen Sie auf Hunderttausende kuratierte Datensätze zu, um den Expressions- oder Mutationsstatus eines Targets in Hunderten Krankheitskategorien zu untersuchen.

Die QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) hilft Ihnen, Ursache und Wirkung von Genexpressionsänderungen zu verstehen und potenzielle Targets für die weitere Erforschung zu identifizieren. Sagen Sie voraus, welche vorgelagerten Regulatoren verantwortlich sind und ob sie aktiviert oder inhibiert werden. Visualisieren Sie nachgelagerte Effekte, um herauszufinden, welche Gene wahrscheinlich eine Verstärkung oder Abschwächung nachgelagerter biologischer Prozesse bewirken.

Einzelzellanalyse der Tumormikroumgebung bei hochgradigem serösem Eierstockkrebs

In diesem Webinar zeigen wir, wie unsere QIAGEN Digital Insights Bioinformatik-Tools Ihnen helfen können, Gesamttranskriptomdaten aus einem humanen Einzelzell-Sequenzierungsexperiment zu analysieren und zu interpretieren.

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Single-cell analysis of the tumor microenvironment in high-grade serous ovarian cancer