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Enzymes pour la biologie moléculaire

PCR et amplification d’ADN

Les Taqs aiment la chaleur et certaines dès le début

La plupart des applications d’amplification in vitro utilisent une enzyme thermostable pour la réaction en chaîne par polymérase (PCR). L’enzyme de PCR la plus utilisée est la Taq ADN polymérase. La Taq ADN polymérase est issue de Thermus aquaticus, une eubactérie particulièrement thermophile qui se développe à des températures supérieures à 70 °C. Cela implique que l’activité enzymatique optimale de la Taq ADN polymérase s’exprime à environ 72 °C. 

La Taq polymérase standard affiche une activité optimale à 72 °C, mais l’enzyme devient active à environ 37 °C. L’activité à basse température est conséquente, et elle présente l’inconvénient de permettre une amplification non spécifique et des amorçages incorrects pendant la phase initiale à basse température d’une réaction de PCR. Si vous avez besoin d’une PCR automatisée, envisagez plutôt une Taq polymérase hot start.

Contrairement à la Taq standard, les polymérases hot start ne sont pas réactives à température ambiante. Les techniques de PCR hot start suivent les mêmes principes que la PCR classique, à ceci près que l’activité enzymatique est supprimée tant que la première dénaturation n’est pas terminée. Cela limite la liaison non spécifique et l’amorçage incorrect, la spécificité s’en trouve améliorée. En outre, avec cette technologie, il est possible de préparer la réaction à température ambiante, ce qui permet l’automatisation de la PCR. Dans certains cas, même la sensibilité est améliorée, car l’amplification non spécifique diminue le nombre de composants requis pour la réaction par rapport à une amplification cible spécifique.

Toutes les Taqs polymérases sont adaptées pour :

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* La Taq ADN polymérase avec fragment de Stoffel est recommandée pour le génotypage et l’extension d’amorces. La délétion du fragment de Stoffel (exonucléase 5’→3’) rend l’enzyme légèrement plus thermostable, avec une fidélité légèrement supérieure à la Taq pleine longueur, et elle est vivement recommandée pour les matrices riches en GC et de structure secondaire. Dans les dosages par real-time PCR quantitative, les sondes de type TaqMan doivent être hydrolysées pendant la PCR par l’activité nucléase 5' de la Taq ADN polymérase afin de générer un signal. Les sondes d’hybridation dans les dosages Light-Cycler ne doivent pas être hydrolysées, la précision des mesures quantitatives est ainsi améliorée en l’absence d’activité nucléase 5’ pour le fragment de Stoffel.

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