Recherche sur les biomarqueurs ARN

Les biomarqueurs adaptés sont essentiels pour améliorer le dépistage, le diagnostic et la surveillance du cancer. Quel biomarqueur s’avérera le meilleur ?

La découverte des biomarqueurs ARN et leur développement en vue d’un usage clinique sont exigeants. Et nous devons relever le défi, car l’objectif final est bien d’améliorer le dépistage, le pronostic et les soins apportés aux patients souffrant d’un cancer. Tous ensemble, nous pouvons faciliter les découvertes de biomarqueurs du cancer et obtenir de bons résultats.

Notre gamme de procédures Sample to Insight destinées au miARN du cancer, à l’expression génique du cancer, au transcriptome ou aux études fonctionnelles est très complète. À chaque étape des procédures les plus courantes, nous vous donnons les clés pour simplifier la récupération des informations et des produits qu’il vous faut. Des échantillons fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) et de biopsie liquide au séquençage d’ARN (RNA-seq) en passant par la découverte de nouvelles voies du cancer, nous vous proposons des solutions éprouvées afin d’accroître votre efficacité et d’accélérer votre recherche sur les biomarqueurs ARN. Nous partageons un objectif commun. Travaillons à vaincre le cancer. Ensemble.

Si vous isolez de l’ARN à partir d’échantillons de biopsie liquide ou FFPE, vous savez à quel point cela peut être difficile. Les conditions de conservation, le prétraitement et la fragilité inhérente à l’ARN impliquent une planification et une préparation pour obtenir les meilleurs résultats possibles. Nous avons regroupé des ressources pertinentes pour vous aider à démarrer ou pour mieux comprendre les détails qui font toute la différence pour la préparation des échantillons lorsque vous manipulez des biomarqueurs ARN.

Comment être sûr que votre analyse d’ARN fonctionnera lorsque vous préparerez vos réactions ou que vous enverrez vos échantillons à un laboratoire central ? De nombreux facteurs durant le prélèvement, la conservation et l’isolement des échantillons d’ARN ont une incidence sur la matrice d’ARN que vous obtenez pour l’analyse. Et les variations de qualité, même infimes, peuvent avoir des conséquences considérables sur vos résultats. Le contrôle qualité (CQ) de l’ARN est là pour vous rassurer. Les méthodes de CQ peuvent varier, elles sont présentées et expliquées dans le webinaire et autres ressources que nous avons regroupées pour vous.

Séquençage d’ARN et de miARN

Le séquençage à haut débit (Next-generation sequencing, NGS) est une technique remarquable de découverte et de caractérisation de biomarqueurs ARN, mais elle peut être compliquée à mettre en place au sein de votre laboratoire. Si vous analysez un grand nombre d’échantillons, nous pouvons vous aider. Nous nous efforçons de simplifier le NGS autant que faire se peut – nous voulons que le NGS devienne aussi facile que la PCR, notre objectif est de démocratiser cette technique afin d’aider les petits laboratoires de recherche sur le cancer à se développer et à obtenir de bons résultats. Que vous analysiez l’expression génique ou des gènes de fusion, et ce quel que soit le nombre d’échantillons, nous accélérons votre découverte de biomarqueurs ARN avec les solutions de NGS.

Analyse des données de séquençage d’ARN

Une fois l’expression génique correctement profilée avec le NGS dans le cadre de votre projet de découverte de biomarqueurs, comment analyser au mieux les données brutes pour la suite ? Vous pouvez utiliser un outil d’analyse de données en ligne.

Profilage de miARN

Les micro-ARN (miARN) sont particulièrement impliqués dans l’évolution et la disparition du cancer par la régulation de milliers de gènes liés au cancer, et les miARN libres circulants ont récemment ouvert de nouvelles perspectives pour un test non invasif de détection précoce du cancer.

Néanmoins, la quantification du miARN dans le sérum ou le plasma manque encore de constance et d’homogénéité. La PCR digitale est idéale pour surmonter les difficultés d’analyse en matière de quantification du miARN. La PCR numérique (dPCR) permet une quantification absolue sans courbes d’étalonnage et avec une précision supérieure à la PCR quantitative (qPCR). C’est particulièrement important pour la détection des miARN peu abondants comparé à la qPCR. Grâce à la mesure de précision des taux de miARN circulants, la dPCR est un outil précieux pour la découverte de biomarqueurs pour la détection du cancer.

Analyse d’expression génique

Les variations dans l’expression génique constituent un indicateur précieux qui a considérablement amélioré notre compréhension de nombreuses fonctions biologiques. Grâce à la dPCR, vous pouvez aller encore plus loin avec cette approche et repousser les limites précédentes. Par exemple, quelle est l’importance des cibles peu abondantes ou des différences d’expression infimes, 2 fois voire moins ? Vous pouvez le découvrir à l’aide de la dPCR.

La méthode de dPCR offre des données plus précises et reproductibles que la qPCR en raison de sa mesure en point final et de la quantification absolue sans courbes d’étalonnage. Les avantages sont nombreux, notamment pour quantifier des cibles très peu abondantes qui ont été diluées car il y avait beaucoup d’inhibiteurs et de contaminants dans l’échantillon ou qui présentent des niveaux très faibles d’expression.

QIAGEN Digital Insights contient de puissants outils de bio-informatique qui vous aideront à mieux comprendre la signification biologique de vos données d’expression génique. Grâce à QIAGEN OmicSoft, vous comparez des schémas d’expression génique et détectez visuellement les gènes qui sont régulés à la baisse ou à la hausse afin d’identifier les éventuels biomarqueurs. Utilisez QIAGEN OmicSoft, le Land Explorer sur le web pour accéder à des centaines de milliers de séries de données soigneusement sélectionnées afin d’examiner le statut d’expression ou de mutation d’une cible parmi des centaines de catégories de maladies.

QIAGEN Ingenuity Pathway Analysis (IPA) vous permet de comprendre la cause et l’effet des variations dans l’expression génique et d’identifier les éventuelles cibles pour une exploration supplémentaire. Vous pouvez prévoir quels régulateurs en amont sont responsables et s’ils sont activés ou inhibés. Visualisez les effets en aval afin d’identifier les gènes qui induisent probablement une augmentation ou une diminution dans les processus biologiques en aval.