Microbiome Sample X or: How I Learned to Lose My Fear and Find the Perfect Kit

微生物样本 X 或:我如何学会克服恐惧并找到适合的试剂盒

未知的力量

你’没想到会在天黑后出门。工作耽搁了很久,火车取消了;无数种日常情况中的一种导致了延误。现在,你在夜幕下的城市中穿行。人们擦肩而过,面孔都隐藏在阴影中。手机震动,你停下来查看。一辆汽车驶过,当它’驶离时,你旁边的小巷里传来了脚步声。你抬起头,却被车灯照得睁不开眼,眼前一片漆黑。你的心跳加速。你手臂上的汗毛竖起,想要逃跑。

这就是未知的力量。而在科研领域,未知无处不在。

黑暗中的光明

科学家们探索我们世界的暗巷,为未知的世界带来光明。适当的设备(比如用 20000 流明的手电筒代替火柴盒)可以简化任务,并提供更好的分辨率。然而,在微生物学和微生物组研究中,样本和样本类型种类繁多,分析方法也多种多样。在 Q-rious 的第 3 集(您的’困扰是什么?揭开微生物的秘密现在可以点播)中,我们讨论了其中的许多方法,包括土壤 DNA/RNA 提取、使用水过滤器、微生物组测序、dPCR 和自动化。但是,即使在这 60 分钟的节目中,我们也’未能涵盖所有内容,观众们也向我们提出了他们的问题。

哪种试剂盒最适合我的样本类型?

Q-rious 期间最常见的问题如下:“处理样本 X。哪种试剂盒最适合提取微生物 DNA 或 RNA?”当然,样本 X 是许多不同微生物组样本类型(如土壤、粪便、皮肤拭子或水)和许多不同类型微生物(如病毒、细菌或真菌)的代名词。换句话说,大多数人都想知道,什么才是揭开样本 X(黑暗中的陌生人)神秘面纱的正确工具。

那么,哪种试剂盒最适合您的样本类型呢?有时从名称就能判断。您知道吗,所有名称中带有 “Power” 的试剂盒都包含抑制物去除技术®(IRT),而带有 “Power” 和 “Pro” 的试剂盒都包含第二代 IRT 技术,只需一步即可完成。例如,RNeasy PowerMax Soil Pro 试剂盒专为从土壤样本中提取 RNA 而设计,特别是从较大的样本块(“Max”)中提取 RNA,它包含第二代 IRT 技术(“Power Pro”)。

如果您需要更多详细信息,我们有多种资源可帮助您找到提取纯净、高质量微生物核酸的合适试剂盒。其中包括免费下载的微生物组互动手册人类微生物组选择指南环境微生物组选择指南。此外,可从下面的 Q-rious 中找到许多样本 X 问题的答案:

人类样本

  • 唾液样本 DNA:PowerFecal Pro 对这些样本很有效,如果需要去除宿主 DNA,QIAamp DNA 微生物组试剂盒也同样有效。
  • 牙结石 DNA:我们没有关于牙菌斑的内部数据。不过,将 DNeasy PowerBiofilm 试剂盒用于检测 50 mg 左右的样本可能是个很好的起点,我们的一些客户使用 DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube HT 试剂盒处理这些样本。
  • 皮肤拭子微生物 DNA:QIAamp DNA 微生物组试剂盒集成了去除哺乳动物 DNA 的步骤,应该适用于这一目的。
  • 痰样本 RNA:AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA 试剂盒可提取病毒、细菌和真核生物核酸。 ®

环境样本

  • 0.22µm 水过滤器的 DNA:DNeasy PowerWater 试剂盒可与常见的滤膜类型一起使用,包括 0.45µm 和 0.22µm 过滤漏斗。
  • 粪便 DNA:QIAamp PowerFecal Pro Kit 或 QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit(用于自动提取核酸)。
  • 去除土壤 DNA 样本中的腐植酸:所有名称中带有 ‘power’ 的试剂盒都能去除土壤中的腐植酸,尤其是任何一种 DNeasy PowerSoil Pro 试剂盒,如标准硅胶膜柱法试剂盒、QIAcube HT 试剂盒或 96 孔板式试剂盒。如果土壤的起始量较大,建议使用 DNeasy PowerMax Soil 试剂盒。
  • 生物膜 DNA 中的淡水原生生物:DNeasy PowerBiofilm Kit 将化学裂解与机械裂解技术相结合,适合处理该样本。
  • 发酵植物产品微生物组 DNA:DNeasy PowerSoil Pro Kit 可有效进行提取。
  • 废水中的病毒 DNA:如果开始是从过滤后的废水中提取,那么 DNeasy PowerWater Kit 或 DNeasy PowerWater Sterivex 都适用于这些样本。对于离心等其他浓缩方法,AllPrep PowerViral 或 AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA 是理想的选择。
  • 低生物量土壤 DNA 或 RNA:有两种试剂盒专门用于从低生物量(或正常生物量)土壤样本中提取 DNA 或 RNA。DNeasy PowerMax Soil Kit 和 RNeasy PowerMax Soil Pro Kit 含有 50 mL 大容量试管,可处理多达 10 g(DNA)或 15 g(RNA)的土壤。
DNA:需要自动化设计的详细信息或试剂盒?
请访问微生物 DNA 试剂盒类别页面
RNA:需要自动化设计的详细信息或试剂盒?
请访问微生物 RNA 试剂盒类别页面