未知的力量
你’没想到会在天黑后出门。工作耽搁了很久,火车取消了;无数种日常情况中的一种导致了延误。现在,你在夜幕下的城市中穿行。人们擦肩而过,面孔都隐藏在阴影中。手机震动,你停下来查看。一辆汽车驶过,当它’驶离时,你旁边的小巷里传来了脚步声。你抬起头,却被车灯照得睁不开眼,眼前一片漆黑。你的心跳加速。你手臂上的汗毛竖起,想要逃跑。
这就是未知的力量。而在科研领域,未知无处不在。
黑暗中的光明
科学家们探索我们世界的暗巷,为未知的世界带来光明。适当的设备(比如用 20000 流明的手电筒代替火柴盒)可以简化任务,并提供更好的分辨率。然而,在微生物学和微生物组研究中,样本和样本类型种类繁多,分析方法也多种多样。在 Q-rious 的第 3 集(您的’困扰是什么?揭开微生物的秘密;现在可以点播)中,我们讨论了其中的许多方法,包括土壤 DNA/RNA 提取、使用水过滤器、微生物组测序、dPCR 和自动化。但是,即使在这 60 分钟的节目中,我们也’未能涵盖所有内容,观众们也向我们提出了他们的问题。
哪种试剂盒最适合我的样本类型?
Q-rious 期间最常见的问题如下:“处理样本 X。哪种试剂盒最适合提取微生物 DNA 或 RNA?”当然,样本 X 是许多不同微生物组样本类型(如土壤、粪便、皮肤拭子或水)和许多不同类型微生物(如病毒、细菌或真菌)的代名词。换句话说,大多数人都想知道,什么才是揭开样本 X(黑暗中的陌生人)神秘面纱的正确工具。
那么,哪种试剂盒最适合您的样本类型呢?有时从名称就能判断。您知道吗,所有名称中带有 “Power” 的试剂盒都包含抑制物去除技术®(IRT),而带有 “Power” 和 “Pro” 的试剂盒都包含第二代 IRT 技术,只需一步即可完成。例如,RNeasy PowerMax Soil Pro 试剂盒专为从土壤样本中提取 RNA 而设计,特别是从较大的样本块(“Max”)中提取 RNA,它包含第二代 IRT 技术(“Power Pro”)。
如果您需要更多详细信息,我们有多种资源可帮助您找到提取纯净、高质量微生物核酸的合适试剂盒。其中包括免费下载的微生物组互动手册、人类微生物组选择指南和环境微生物组选择指南。此外,可从下面的 Q-rious 中找到许多样本 X 问题的答案:
人类样本
- 唾液样本 DNA:PowerFecal Pro 对这些样本很有效,如果需要去除宿主 DNA,QIAamp DNA 微生物组试剂盒也同样有效。
- 牙结石 DNA:我们没有关于牙菌斑的内部数据。不过,将 DNeasy PowerBiofilm 试剂盒用于检测 50 mg 左右的样本可能是个很好的起点,我们的一些客户使用 DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube HT 试剂盒处理这些样本。
- 皮肤拭子微生物 DNA:QIAamp DNA 微生物组试剂盒集成了去除哺乳动物 DNA 的步骤,应该适用于这一目的。
- 痰样本 RNA:AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA 试剂盒可提取病毒、细菌和真核生物核酸。 ®
环境样本
- 0.22µm 水过滤器的 DNA:DNeasy PowerWater 试剂盒可与常见的滤膜类型一起使用,包括 0.45µm 和 0.22µm 过滤漏斗。
- 粪便 DNA:QIAamp PowerFecal Pro Kit 或 QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit(用于自动提取核酸)。
- 去除土壤 DNA 样本中的腐植酸:所有名称中带有 ‘power’ 的试剂盒都能去除土壤中的腐植酸,尤其是任何一种 DNeasy PowerSoil Pro 试剂盒,如标准硅胶膜柱法试剂盒、QIAcube HT 试剂盒或 96 孔板式试剂盒。如果土壤的起始量较大,建议使用 DNeasy PowerMax Soil 试剂盒。
- 生物膜 DNA 中的淡水原生生物:DNeasy PowerBiofilm Kit 将化学裂解与机械裂解技术相结合,适合处理该样本。
- 发酵植物产品微生物组 DNA:DNeasy PowerSoil Pro Kit 可有效进行提取。
- 废水中的病毒 DNA:如果开始是从过滤后的废水中提取,那么 DNeasy PowerWater Kit 或 DNeasy PowerWater Sterivex 都适用于这些样本。对于离心等其他浓缩方法,AllPrep PowerViral 或 AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA 是理想的选择。
- 低生物量土壤 DNA 或 RNA:有两种试剂盒专门用于从低生物量(或正常生物量)土壤样本中提取 DNA 或 RNA。DNeasy PowerMax Soil Kit 和 RNeasy PowerMax Soil Pro Kit 含有 50 mL 大容量试管,可处理多达 10 g(DNA)或 15 g(RNA)的土壤。