QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

• 増幅可能なDNAの高い回収率を実現
• キシレンや類似の溶媒を使用せずにパラフィンを除去
• DNA抽出プロセス中にウラシル-N-グリコシラーゼ（UNG）を使用して、ウラシル（脱アミノ化シトシン）由来のアーチファクトを除去
• PCR、デジタルPCR（dPCR）、次世代シークエンシング（NGS）にすぐに使用できるDNA

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、キシレンを使用せず洗浄不要の脱パラフィン処理、二重溶解プロトコール、UCP（Ultra-Clean Production）スピンカラム技術を採用し、FFPE組織からの高品質DNAの回収率を向上させます。

キットのオプションであるUNG処理を使用して、核酸のC→U変異を除去し、NGS解析に最適なDNAの回収を実現します。

QIAamp DNA FFPE Advancedプロトコールは、QIAcube Connectを使用して自動化することもできます。>

FFPE DNAの定量化の特徴の1つは、方法によって結果が異なることであり、高いUV-vis値や蛍光分析値が示されても、必ずしもPCRのパフォーマンスが良いとは限りません

real-time PCRや定量PCR（qPCR）はFFPEにおいて最も一般的なダウンストリームアプリケーションの1つであるため、QIAamp DNA FFPE Advanced KitsはqPCRに最適化されています。

UV-vis測定や蛍光分析で得られた値に関係なく、QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、他の試験済み製品と比較してqPCR定量において一貫して優れたPCRパフォーマンスを示しました（図「 PCRパフォーマンス向上のために最適化」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kitは、脱アミノ化シトシンに起因するFFPE材料で一般的に発生する人工C→T/G→A変異の問題に対処できるため、NGS解析で使用するDNAの精製にも適しています（「 人工C→T/G→A変異」を参照）。

DNA分離の際にUNGを用いたウラシル処理を行うことで、QIAamp DNA FFPE Advanced UNGプロトコールはNGSにおける一塩基変異（SNV）の偽陽性を減少させます（図「 人工C→T | G→A変異の劇的減少を参照）。

FFPE組織からDNAを回収する際には、次の3つの大きな課題があります。

• 投入材料の制限とDNAの劣化による低い収量
• ホルマリンによるクロスリンクが原因で増幅できないDNA
• 脱アミノ化シトシン由来のアーチファクトがNGSを用いた突然変異解析において誤った結果を引き起こす可能性

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、限られたサンプル入力からDNA収量を最大化するために、2つの方法を採用しています。

• 難溶解サンプルからでも高いDNA抽出量を確保できるよう、二段階の溶解プロセスを採用しています
• 溶媒を用いたパラフィン除去を、初回の溶解前にすべての洗浄工程を省略できるDeparaffinization Solutionに置き換えることで、貴重なサンプル材料の損失リスクを最小限に抑えます。

クロスリンク除去により増幅可能なDNAの回収率がさらに向上します（図「 PCRパフォーマンス向上のために最適化」を参照）。

2回目の溶解前に行うオプションのUNG処理により、脱アミノ化シトシン由来のアーチファクトが除去され、その結果、NGS解析に特に適したDNAが得られます（表「 NGS用に最適化」と図「 高い信頼性のdPCRとNGSの結果」および「 人工C→T | G→A変異の劇的減少」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advancedのプロセスは簡略化された脱パラフィン工程、脱架橋結合とオプションのアーチファクト除去を挟んだ2回の溶解工程、標準的な結合・洗浄・溶出工程で構成されています（図「 QIAamp DNA FFPE Advancedのワークフロー」を参照）。

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitを使ってFFPEから取得したDNAはPCR、dPCR、NGSにすぐに使えます。また、−30°Cから−15°Cで保存することもできます。