Consistent DNA Yields Using any Sample Type.
任何类型样本都能获得高产量DNA。
Effect of Heat and Alkaline Denaturation on Loci Representation.
高效的热变性和碱变性,位点序列信息不丢失。
Consistent long-term stability
长期保存具有稳定性。
Comparable NGS results obtained using gDNA or REPLI-g amplified DNA
基因组DNA和REPLI-g扩增获得的DNA,在二代测序中表现相当。
FC_0209_REPLIg
REPLI-g Mini and Midi实验流程。
Accurate Genotyping.
准确的基因分型。
Schematic representation of REPLI-g amplification

Schematic representation of REPLI-g amplification.

Unbiased amplification with Phi29 polymerase
使用Phi29聚合酶进行无偏差的扩增。
Highly representative amplification using REPLI-g technology
REPLI-g技术的位点覆盖率出色。
Consistent and accurate whole genome amplification
稳定、准确的全基因组扩增。
Uniform DNA Yield from Various Amounts of Template.
多种样本量可获得稳定的DNA产量。
Reliable SNP genotyping
可靠的SNP基因分型。
使用REPLI-g Midi and Mini Kits扩增各种起始材料,包括基因组DNA、肝素和EDTA保存的全血。常规产量为40 µg (Midi Kit) 和8–10 µg (Mini Kit)。
通过加热(95°C)或标准的REPLI-g Kit碱裂解法使基因组DNA样本(10 ng)变性。使用REPLI-g DNA Polymerase扩增后,比较样本2个位点的CT值。REPLI-g Kit碱裂解法扩增获得的位点CT值较低,表明这些位点的序列信息并未丢失。
对REPLI-g扩增的DNA样本进行real-time PCR,这些样本以4种不同形式在–20°C下保存了图示时间。检测每个样本的两个位点,[A]位点A和[B]位点B。gDNA:未用REPLI-g扩增的基因组DNA。保存形式:50 µl REPLI-g反应液:1) 未进一步处理("50 µl REPLI-g");2) 分装为5 µl体积("5 µl REPLI-g");3) 使用QIAamp Mini Kit纯化("50 µl QIAamp purified REPLI-g");4) 稀释至浓度为50 ng/µl ("50 µl diluted REPLI-g")。
对枯草芽孢杆菌的基因组进行全基因组测序。为进行分析,将2 μg基因组DNA、或REPLI-g Midi Kit从105个细胞扩增的DNA,剪切成300 bp大小的片段。每个取1 μg用于文库制备。在Illumina MiSeq仪器上进行测序。[A]基因组DNA和REPLI-g扩增的DNA得到的序列覆盖率相当。[B]基因组序列位点的比对表明,REPLI-g扩增的DNA的位点与基因组DNA相似度高,说明WGA(全基因组扩增)后DNA丢失水平较低。未扩增与REPLI-g扩增的DNA相比,错误率(错配、高级错误、缺失或嵌合体)在相同的比率范围。(使用SMALT [Welcome Trust Sanger Institute]进行比对。)
使用REPLI-g Mini Kit扩增基因组DNA包括3个基本步骤。首先,样品(10 ng纯化的基因组DNA,0.5 µl全血或组织培养细胞)需经过温和的碱变性,避免片段化和对模板DNA的损害。然后,样本被中和,最后再和REPLI-g预混液在30°C下孵育。
利用REPLI-g技术扩增20个DNA样本,后续不进行DNA纯化,直接对3个STR位点(CSF1PO、TPOX、和THOI)进行基因分型分析。将结果与为扩增的基因组DNA的基因型进行比对。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离DNA,并用银染色。只有一条带的泳道代表纯合子,两条带的泳道表示该STR位点为杂合子。

Phi 29 polymerase moves along the DNA template strand displacing the complementary strand. The displaced strand becomes a template for replication allowing high yields of high-molecular–weight DNA to be generated.

[A]当遇到DNA二级结构时,Taq聚合酶可能停止合成、跳过或从模板上解离。这可能导致不准确的DNA扩增、不完整的位点覆盖和DNA片段短。[B]REPLI-g Kits使用Phi29聚合酶,可替换二级结构,对整个基因组进行准确和高度统一的扩增。
使用定量real-time PCR对DNA样本的8个位点进行检测,DNA样本分别使用[A]REPLI-g技术[B]DOP-PCR和[C]PEP技术扩增而来。位点是否存在是与1 µg未扩增的对照DNA比较而确定的。
对使用REPLI-g技术扩增而来的44个不同样本的47个人类位点(每个常染色体对2个位点,X染色体两个位点,Y染色体1个位点)进行real-time PCR。每个样本被扩增约10,000倍,而覆盖位点的最大偏差只有6倍。
不同量的人类基因组DNA在标准REPLI-g Midi Kit反应中扩增,在图示时间点取样。无论起始材料量的大小,从50 µl反应中扩增的DNA产量约为40 µg。
使用REPLI-g技术扩增的DNA不经纯化,使用TaqMan分析对2个随机选取的位点(WIAF-1004和WIAF-622)进行SNP基因分型。等位基因的紧密集群能可靠确定纯合子和杂合子的基因型。