For complete bisulfite conversion and cleanup of DNA for methylation analysis
- Streamlined procedure for fast and reliable results
- Complete cytosine conversion
- Unique DNA protection system for highly sensitive analysis
- Optimized protocols, including conversion from FFPE DNA
- Spin-column and 96-well plate formats for high throughput
EpiTect Bisulfite Kits enable complete conversion of unmethylated cytosines to uracils and subsequent purification in 6 hours. The EpiTect 96 Bisulfite procedure takes less than 7 hours. The highly sensitive method utilizes innovative protection against DNA degradation that guarantees sensitive results, even from 1 ng DNA, and ensures high conversion rates of over 99%. Due to its unique DNA Protect technology, EpiTect Bisulfite converted DNA is highly suitable for whole bisulfitome amplification using EpiTect Whole Bisulfitome Kits. This enables reliable amplification of DNA in cases where bisulfite converted DNA is limited. EpiTect Bisulfite Kits include a spin-column or 96-well format procedure, and can be processed using a centrifuge or vacuum manifold. In addition, the EpiTect Bisulfite Kit can be fully automated on the QIAcube Connect.
ja-JP
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製品名
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Cat. no.
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List price:
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EpiTect Bisulfite Kit (48)
48 EpiTect Bisulfite Spin Columns, Reaction Mix, DNA Protect Buffer, Carrier RNA, Buffers
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59104
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EpiTect 96 Bisulfite Kit (2)
2x EpiTect Bisulfite 96-well Plates, Reaction Mix, DNA Protect Buffer, Carrier RNA, Buffers
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59110
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EpiTect Bisulfite Kits は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。
DNAの長期保存|効率の高いシトシン変換|完全なシトシン変換|ユニークなDNA Protect BufferおよびpH指示薬システム。|FFPE組織サンプルからのメチル化解析|EpiTect Bisulfite Conversion 操作手順|簡単で迅速なBisulfite変換|時間を節約する操作手順|エピジェネティクスにおける標準化されたワークフロー|
EpiTect Kitを用いてBisulfite変換したDNAを-20℃で36ヶ月保存し、数ヶ月ごとに増幅した。様々なDNA量に関して全ての時点で得られたthreshold cycle値は、変換直後のDNA(ゼロ時点)で得られた値と同等であった。|EpiTect Bisulfite Kitを用いてシトシンからチミンへの変換率は99.4~99.8%あった。個別に行なった6回のEpiTect Bisulfite反応液(各1 µg DNA)からPCR増幅し、QIAGEN PCR Cloning Kitを用いてクローニングした900以上のクローンを解析した。シークエンス解析した450,000 ntのうち150,000 nt以上が非メチル化シトシンを含んでおり(下の配列)、それらのシトシンはチミンに変換された(上の配列)。(表示した配列は分析した全配列の一部である。)C: 変換DNA、U:未変換DNA。|EpiTect Bisulfite Kitあるいは他社のBisulfiteキット(Supplier E 、Supplier Z)を用いて、メーカーの指示に従って1 µgのゲノムDNAを変換した。続いて、各サンプル同等量中の未変換DNAの存在を以下の方法で測定した。[A] HotStarTaq Plus Master Mix KitによるエンドポイントPCR、[B] QuantiTect SYBR® Green PCR Kitを用いたSYBR® Green によるリアルタイムPCR。EpiTect Bisulfite Kitで処理したDNAは完全に変換されていたが、Supplier EやSupplier Zのキットで処理したDNAにはかなりの量の未変換DNAが含まれていた。|[A] DNA Protect BufferはDNAのBisulfite処理中のDNAの断片化を防ぎ、一本鎖化したDNAの形成を促進することにより、DNAの完全なBisulfite変換を実現する。[B] DNA Protect Bufferに含まれているpH指示薬は、反応液が完全に混合しているかを色調で確認でき、完全にシトシンを変換するための正確なpH値を確保できる。|FFPEサンプルからQIAamp DNA Mini Kitで精製したDNA 1 µgを、EpiTect Bisulfite Kitを用いてFFPEプロトコールに従ってBisulfite変換した。[A] エンドポイントPCRおよび[B] TaqManプローブを用いたリアルタイムPCRで溶出液40 µlの1 µlを解析した。Glutathione S-Transferase 遺伝子に対するこれらのアッセイは、変換されたDNAで特異的であった。それぞれのアプリケーションで未変換のゲノムDNA(コントロール)は増幅されなかった。||QIAamp DNA Blood Mini Kitを用いて血液からヒトゲノムDNAを精製し、様々な量のDNA(1 ng~1 µg)をEpiTect Bisulfite Kitにより変換した。HotStarTaq Master Mix Kitと変換DNAを増幅するようにデザインしたプライマー2セットを用いてPCRを行なった。各PCR反応液の5 µlを1.3%アガロースゲルにロードした。EpiTect Bisulfite Kit を用いたDNA変換には、わずか1 ngのDNAで十分であった。C:未変換のゲノムDNA(ネガティブコントロール)。M:マーカー。|DNAのBisulfite処理から解析にすぐに使用できる高純度な変換DNAの分離まで、EpiTect Bisulfite Kitによる全工程(遠心法あるいは吸引法)はわずか6時間しかかかりません。従来のBisulfite処理法は18時間以上もかかり、実験に非常に手間取ります。||
パフォーマンス
Rapid results The complete EpiTect Bisulfite Kit centrifugation or vacuum procedure — from DNA to pure bisulfite converted DNA ready for analysis — takes only 6 hours. The EpiTect 96 Bisulfite procedure takes under 7 hours. Traditional bisulfite conversion procedures can take over 18 hours and require extensive user interaction (see table "Fast and Easy Bisulfite Conversion" and figure "Time saving procedure"). The EpiTect Bisulfite Kit provides everything required for successful bisulfite conversion and DNA cleanup. | Reagent setup | 10 minutes; prealiquoted solutions | 40 minutes; reagent setup needed | | Bisulfite reaction | 5 hours | 16 hours | | Purification | 30–45 minutes; EpiTect spin columns and plates | 120 minutes; purification, desulfonation, precipitation, and washing steps |
Complete DNA conversion Each EpiTect Bisulfite Kit reaction converts 1 ng – 2 µg of DNA with equal efficiency. The novel procedure and optimized buffers enable the recovery of high yields of converted DNA. The highly efficient cytosine conversion is apparent by the low CT values obtained when amplifying converted DNA using real-time PCR (see figure "Complete cytosine conversion"). Analysis of EpiTect Bisulfite Kit converted DNA shows over 99% conversion of unmethylated cytosines (see figure "Highly efficient cytosine conversion"). This high conversion rate provides repeatable and dependable downstream analysis.
原理
Bisulfite conversion of challenging samples Due to the limited amount of DNA available, determination of methylation patterns in DNA from precious and limited sample materials (e.g., formalin-fixed paraffin-embedded [FFPE] or microdissected tissue) is especially challenging. However, such sample types are of specific interest for the successful identification of valuable disease-predicting biomarkers. EpiTect Bisulfite Kits address these challenges with optimized protocols for these sample types (see figure "Methylation detection from FFPE tissue samples"). All of the required buffers and reagents are provided, and only minimal handling is required. For direct bisulfite conversion of DNA from FFPE samples, cells, blood, and tissue without prior DNA isolation, we recommend EpiTect Plus FFPE Bisulfite Kits and EpiTect Plus LyseAll Bisulfite Kits. Preventing DNA fragmentation DNA Protect Buffer is uniquely formulated to prevent DNA fragmentation (usually associated with bisulfite treatment of DNA at high temperatures and low pH values) and provide effective DNA denaturation, resulting in the single-stranded DNA necessary for complete cytosine conversion (see "Unique DNA Protect Buffer and pH indicator system"). The prevention of fragmentation enables subsequent amplification and analysis of large PCR fragments (see figure "Fast and easy bisulfite conversion"). DNA Protect Buffer also contains a pH indicator dye, allowing confirmation of the correct pH for cytosine conversion. The efficient integrated DNA cleanup allows storage of the converted DNA for at least 12 months without affecting the DNA quality (see figure "Long-term DNA storage").
操作手順
The EpiTect procedure comprises a few simple steps, based on QIAGEN's straightforward bind, wash, and elute system (see flowchart "Conversion procedure"). After thermal denaturation and sodium bisulfite DNA conversion, the DNA is applied to an EpiTect spin column or plate where, using optimized buffers and a standard microcentrifuge or vacuum manifold, it is washed to remove all traces of sodium bisulfite and eluted. The eluted DNA can be used in all downstream applications, including methylation-specific PCR, real-time PCR analysis, bisulfite sequencing, COBRA, and Pyrosequencing. Accessing epigenetic information is of prime importance for many areas of biological and medical research — particularly oncology, but also stem cell research and developmental biology. However, the analysis of changes in DNA methylation is challenging due to the lack of standardized methods for providing reproducible data, particularly from limited sample material. With its newly introduced EpiTect solutions, QIAGEN makes available standardized, pre-analytical and analytical solutions: from DNA sample collection, stabilization and purification, to bisulfite conversion and real-time or end-point PCR methylation analysis or sequencing (see figure "Standardized workflows in epigenetics").
アプリケーション
DNA converted and purified using the EpiTect Bisulfite Kit is suitable for use in a range of downstream applications, including: - Methylation-specific PCR, real-time PCR
- COBRA
- Sequencing/Pyrosequencing/NGS
- High-resolution melting
- Methylation arrays
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FAQ ID -2002
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FAQ ID -2004
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FAQ ID -2009
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FAQ ID -2011
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FAQ ID -2408
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FAQ ID -2409
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FAQ ID -2410
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FAQ - 3343
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FAQ - 3345
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メチル化解析のためのbisulfite法による完全なDNA変換およびクリーンアップ用
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For complete bisulfite conversion and cleanup of DNA for methylation analysis in 96-well format
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Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
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画像
DNAの長期保存
EpiTect Kitを用いてBisulfite変換したDNAを-20℃で36ヶ月保存し、数ヶ月ごとに増幅した。様々なDNA量に関して全ての時点で得られたthreshold cycle値は、変換直後のDNA(ゼロ時点)で得られた値と同等であった。
効率の高いシトシン変換
EpiTect Bisulfite Kitを用いてシトシンからチミンへの変換率は99.4~99.8%あった。個別に行なった6回のEpiTect Bisulfite反応液(各1 µg DNA)からPCR増幅し、QIAGEN PCR Cloning Kitを用いてクローニングした900以上のクローンを解析した。シークエンス解析した450,000 ntのうち150,000 nt以上が非メチル化シトシンを含んでおり(下の配列)、それらのシトシンはチミンに変換された(上の配列)。(表示した配列は分析した全配列の一部である。)C: 変換DNA、U:未変換DNA。
完全なシトシン変換
EpiTect Bisulfite Kitあるいは他社のBisulfiteキット(Supplier E 、Supplier Z)を用いて、メーカーの指示に従って1 µgのゲノムDNAを変換した。続いて、各サンプル同等量中の未変換DNAの存在を以下の方法で測定した。[A] HotStarTaq Plus Master Mix KitによるエンドポイントPCR、[B] QuantiTect SYBR® Green PCR Kitを用いたSYBR® Green によるリアルタイムPCR。EpiTect Bisulfite Kitで処理したDNAは完全に変換されていたが、Supplier EやSupplier Zのキットで処理したDNAにはかなりの量の未変換DNAが含まれていた。
ユニークなDNA Protect BufferおよびpH指示薬システム。
[A] DNA Protect BufferはDNAのBisulfite処理中のDNAの断片化を防ぎ、一本鎖化したDNAの形成を促進することにより、DNAの完全なBisulfite変換を実現する。[B] DNA Protect Bufferに含まれているpH指示薬は、反応液が完全に混合しているかを色調で確認でき、完全にシトシンを変換するための正確なpH値を確保できる。
FFPE組織サンプルからのメチル化解析
FFPEサンプルからQIAamp DNA Mini Kitで精製したDNA 1 µgを、EpiTect Bisulfite Kitを用いてFFPEプロトコールに従ってBisulfite変換した。[A] エンドポイントPCRおよび[B] TaqManプローブを用いたリアルタイムPCRで溶出液40 µlの1 µlを解析した。Glutathione S-Transferase 遺伝子に対するこれらのアッセイは、変換されたDNAで特異的であった。それぞれのアプリケーションで未変換のゲノムDNA(コントロール)は増幅されなかった。
EpiTect Bisulfite Conversion 操作手順
簡単で迅速なBisulfite変換
QIAamp DNA Blood Mini Kitを用いて血液からヒトゲノムDNAを精製し、様々な量のDNA(1 ng~1 µg)をEpiTect Bisulfite Kitにより変換した。HotStarTaq Master Mix Kitと変換DNAを増幅するようにデザインしたプライマー2セットを用いてPCRを行なった。各PCR反応液の5 µlを1.3%アガロースゲルにロードした。EpiTect Bisulfite Kit を用いたDNA変換には、わずか1 ngのDNAで十分であった。C:未変換のゲノムDNA(ネガティブコントロール)。M:マーカー。
時間を節約する操作手順
DNAのBisulfite処理から解析にすぐに使用できる高純度な変換DNAの分離まで、EpiTect Bisulfite Kitによる全工程(遠心法あるいは吸引法)はわずか6時間しかかかりません。従来のBisulfite処理法は18時間以上もかかり、実験に非常に手間取ります。
エピジェネティクスにおける標準化されたワークフロー
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