미지의 힘
여러분은 어두워진 후에 외출할 것이라고는 예상하지 못했습니다. 작업 시간이 길어지고, 기차가 취소되는 등 수많은 일상적인 상황 중 하나로 인해 지연이 발생했습니다. 이제 여러분은 도시의 밤거리를 통과합니다. 사람들이 스쳐 지나가고 그들의 얼굴은 그림자에 가려져 있습니다. 휴대전화가 진동하고 여러분은 멈춰서 확인합니다. 차가 지나가고, 지나간 옆 골목에는 발자국이 남습니다. 위를 올려다보지만 헤드라이트 때문에 눈이 어두워지고 길은 완전히 깜깜합니다. 여러분은 마음이 조급해집니다. 팔에 소름이 돋고 달리고 싶어집니다.
이것이 미지의 힘입니다. 연구에서는 미지의 세계가 도처에 존재합니다.
어둠 속의 빛
과학자들은 세상의 어두운 골목길을 탐험하며 미지의 세계를 밝혀줍니다. 적절한 장비(예: 성냥갑 대신 20,000루멘의 손전등)를 사용하면 작업이 쉬워지고 더 나은 해상도를 제공할 수 있습니다. 그러나 미생물학 및 마이크로바이옴 연구에는 매우 다양한 샘플과 샘플 유형이 있으며 이를 분석하는 데 사용할 수 있는 방법도 매우 다양합니다. Q-rious 3회(어떤 점이 어려우신가요? 밝혀진 미생물의 비밀, 온디맨드 방식으로 제공)에서 토양 DNA/RNA 추출, 정수 필터 작업, 마이크로바이옴 염기서열 분석, dPCR, 자동화를 포함한 다양한 방법을 설명했습니다. 그런데 60분짜리 방송에서도 모든 내용을 다룰 수 없었고, 시청자분들이 궁금한 사항을 알려주셨습니다.
내 샘플 유형에 가장 적합한 키트는 무엇인가요?
Q-rious 동안 가장 많이 받은 질문은 다음과 같습니다. “저는 샘플 X를 사용합니다. 미생물 DNA 또는 RNA를 추출하는 데 가장 적합한 키트는 무엇인가요?” 물론 샘플 X는 다양한 미생물 샘플 유형(예: 토양, 대변, 스킨 스왑, 물)과 수많은 유형의 미생물(예: 바이러스, 박테리아 또는 곰팡이)을 나타냅니다. 다시 말해 대부분의 사람들은 어둠 속의 이방인, 샘플 X의 미스터리를 밝혀낼 적절한 도구가 무엇인지 알고 싶어 합니다.
그렇다면 샘플 유형에 가장 적합한 키트는 어떻게 알 수 있을까요? 때로는 이름으로 알 수 있습니다. 이름에 “Power”가 있는 키트에는 모두 Inhibitor Removal Technology®(IRT)가 포함되어 있고, “Power”와 “Pro”가 모두 있는 키트에는 단일 단계에서 수행되는 2세대 IRT가 포함된다는 사실을 알고 계셨나요? 예를 들어, RNeasy PowerMax Soil Pro Kit는 토양 샘플, 특히 더 큰 샘플 질량(“Max”)에서 RNA를 추출하도록 설계되었으며, 2세대 IRT(“Power Pro”)가 포함됩니다.
더 구체적인 정보가 필요한 경우 순수한 고품질 미생물 핵산을 추출하는 데 완벽한 키트를 찾을 수 있는 다양한 리소스가 준비되어 있습니다. 여기에는 무료로 다운로드할 수 있는 마이크로바이옴 대화형 소책자, 인간 마이크로바이옴 선택 가이드, 환경 마이크로바이옴 선택 가이드가 포함됩니다. 또한 아래의 Q-rious에서 다양한 샘플 X 질문에 대한 답변을 확인해 보세요.
인간 유래 샘플
- 타액 샘플 DNA: PowerFecal Pro는 숙주 DNA 제거가 필요한 경우 QIAamp DNA Microbiome 키트와 마찬가지로 이러한 샘플에 효과적입니다.
- 치석 DNA: 치태에 관한 내부 데이터는 없습니다. 그러나 약 50mg의 샘플이 포함된 DNeasy PowerBiofilm Kit가 좋은 출발점이 될 수 있습니다. 일부 고객은 DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube HT 키트를 사용하여 이러한 샘플을 처리합니다.
- 피부 스왑 미생물 DNA: QIAamp DNA Microbiome Kit는 포유류 DNA 제거 단계가 통합되어 있으며 이러한 용도에 적합합니다.
- 가래 샘플 RNA: AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA Kit는 바이러스, 박테리아, 진핵생물의 핵산을 분리해야 합니다. ®
환경 샘플
- 0.22µm 정수 필터의 DNA: DNeasy PowerWater Kit는 0.45µm 및 0.22µm 필터 깔때기를 포함한 일반적인 필터 막 유형에 사용할 수 있습니다.
- 거름 DNA(Manure DNA): QIAamp PowerFecal Pro Kit 또는 QIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit(핵산 자동 분리용)를 사용합니다.
- 토양 DNA 샘플의 부식산 제거: 이름에 ‘power’가 포함된 모든 키트, 특히 표준 스핀 키트, QIAcube HT 키트 또는 96-well 플레이트와 같은 DNeasy PowerSoil Pro Kit 변종은 토양에서 부식산을 제거할 수 있습니다. 토양 샘플이 많은 경우 DNeasy PowerMax Soil 키트를 사용하는 것이 좋습니다.
- 생물막 DNA의 담수 원생생물: DNeasy PowerBiofilm Kit는 화학적 및 기계적 용해 기술을 결합하여 이 샘플에서 잘 작동합니다.
- 발효 식물 제품의 마이크로바이옴 DNA: 이 추출에는 DNeasy PowerSoil Pro Kit가 적합합니다.
- 폐수의 바이러스 DNA: 여과된 폐수에서 시작하는 경우 DNeasy PowerWater Kit 또는 DNeasy PowerWater Sterivex 모두 이러한 샘플에 적합할 수 있습니다. 원심분리와 같은 기타 농축 방법의 경우 AllPrep PowerViral 또는 AllPrep PowerFecal Pro DNA/RNA가 적합합니다.
- 생물량이 적은 토양 DNA 또는 RNA: 생물량이 적은(또는 일반 바이오매스) 토양 샘플에서 DNA 또는 RNA를 분리하기 위해 두 가지 키트가 특별히 설계되었습니다. DNeasy PowerMax Soil Kit 및 RNeasy PowerMax Soil Pro Kit에는 최대 10g(DNA의 경우) 또는 15g(RNA의 경우)의 토양을 처리하도록 설계된 50mL의 대용량 튜브가 포함됩니다.