QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

포르말린 고정 파라핀 포매(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE) 조직용 차세대 DNA 분리

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QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)

카탈로그 번호 / ID. 56604

제제 50개용: QIAamp UCP MinElute 컬럼, 채집 튜브, 파라핀 제거 용액, 단백분해효소 K, RNase A, RNase 불포함 물 및 완충액

Product키트 구성품

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit (50)

Uracil-N-Glycosylase

문의

QIAamp DNA FFPE Advanced Kits은/는 분자생물학 분야에 사용하기 위한 것입니다. 이 제품들은 질병의 진단, 예방, 또는 치료 목적으로 사용할 수 없습니다.

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특징

증폭 가능한 DNA의 높은 회수율
크실렌이나 유사한 용매를 사용하지 않고 파라핀 제거
DNA 추출 중 우라실-N-글라이코실레이스(Uracil-N-Glycosylase, UNG)를 이용한 우라실(탈아민화 시토신)-인공물 제거 단계
PCR, 디지털 PCR(digital PCR, dPCR) 및 차세대 염기서열 분석(Next-Generation Sequencing NGS)에 바로 사용할 수 있는 DNA

제품 세부 정보

QIAamp DNA FFPE Advanced Kits의 크실렌 무첨가, 무세척 파라핀 제거, 이중 용해 프로토콜, UCP(초고순도 생산) 스핀 컬럼 기술을 통해 FFPE 조직에서 고품질 DNA 회수율을 높이십시오.

키트의 선택 사항인 UNG 다이제스트로 C→U 핵산 전환을 제거해 NGS 분석용으로 회수한 DNA를 최적화하십시오.

QIAcube Connect에서 QIAamp DNA FFPE Advanced 프로토콜을 자동화할 수도 있습니다.>

성능

FFPE DNA 정량화의 한 가지 특징은 방법에 따라 결과가 달라지고 높은 UV-vis 값이나 형광 측정값이 반드시 좋은 PCR 성능을 의미하지는 않는다는 점입니다.

Real-time PCR 또는 정량 PCR(quantitative PCR, qPCR)이 FFPE에서 가장 일반적인 다운스트림 응용 분야 중 하나이므로 QIAamp DNA FFPE Advanced Kits는 qPCR에 최적화되어 있습니다.

UV-vis에서 입수한 값이든 형광 측정에서 얻은 값이든 관계없이 QIAamp DNA FFPE Advanced Kit는 테스트된 다른 제품보다 qPCR 정량에서 일관되게 더 나은 PCR 성능을 보였습니다(그림 ' PCR 성능에 최적화' 참조).

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit는 시토신 탈아민화로 인해 FFPE 물질에서 흔히 발생하는 인공적인 C→T/G→A 전환 문제를 해결하므로 NGS 분석에 사용되는 DNA 정제에도 적합합니다(참조: ' 인공적인 C→T/G→A 전환').

DNA 분리 중 UNG 기반 우라실 분해를 통해 QIAamp DNA FFPE Advanced UNG 프로토콜은 NGS에서 단일 뉴클레오티드 변형(Single-Nucleotide Variant, SNV)에 대한 위양성 보고를 줄입니다(그림 ' 인공적인 C→T | G→A 전환의 극적인 감소' 참조).

원리

FFPE 조직에서 DNA를 준비하는 데는 세 가지 주요한 문제가 있습니다.

제한된 투입 물질과 손상된 DNA로 인한 낮은 수율
포르말린 유도 가교 결합(crosslink)으로 인한 증폭 불가 DNA
탈아민화된 시토신 인공물은 돌연변이 분석용 NGS에서 잘못된 결과를 초래할 수 있음

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit는 샘플 투입이 제한된 상황에서 두 가지 방법으로 DNA 수율을 극대화합니다.

용해가 잘 되지 않는 샘플에서도 높은 DNA 추출율을 보장하는 2단계 용해 절차 구현
용매 기반 파라핀 제거를 파라핀 제거 솔루션 사용으로 대체하여 초기 용해 전 모든 세척 단계를 없애고 희소한 샘플 재료가 손실될 위험을 최소화합니다

가교 결합(crosslink) 제거가 증폭 가능한 DNA의 회수율을 더욱 높입니다(그림 ' PCR 성능에 최적화' 참조).

2차 용해 전의 선택적 단계인 UNG 처리를 통해 탈아민화된 시토신 인공물이 제거되어 DNA가 NGS 분석에 특히 적합해집니다(표 ' NGS를 위한 준비' 및 그림 ' 신뢰할 수 있는 dPCR 및 NGS 결과' 및 ' 인공적인 C→T | G→A 전환의 극적인 감소' 참조).

절차

QIAamp DNA FFPE Advanced 절차는 단순화된 파라핀 제거 단계, 중간의 탈가교 결합(de-crosslinking) 및 선택적 아티팩트 제거를 포함한 두 가지 용해 단계, 표준 결합-세척-용출 단계로 구성됩니다(그림 ' QIAamp DNA FFPE Advanced 워크플로' 참조).

응용 분야

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit를 사용하여 FFPE에서 추출한 DNA는 PCR이나 dPCR 또는 NGS에 바로 사용하거나 아니면 −30~−15°C에 보관해 둘 수 있습니다.

지원되는 데이터 및 수치

QIAamp DNA FFPE Advanced 워크플로.

QIAamp DNA FFPE Advanced 절차는 크실렌이나 기타 용매 대신 파라핀 제거 용액을 사용하여 여러 단계를 거쳐야 하는 지루한 세척 과정 없이 파라핀을 제거합니다.

용해에는 Proteinase K를 사용합니다. 90°C에서 1시간 동안 가온 배양하여 가교 결합을 제거합니다. 아티팩트는 UNG를 사용하여 제거할 수 있습니다.

그런 다음 RNA를 분해하고 샘플은 두 번째로 분해하여 DNA 회수율을 높입니다.

DNA는 QIAamp UCP MinElute 스핀 컬럼에 결합됩니다. 오염 물질은 완충액 AW1, 완충액 AW2 및 에탄올을 이용해 세척하고, 완충액 ATE에서 DNA가 용출됩니다.

사양

특징	사양
Applications	PCR, 디지털 PCR, 차세대 염기서열 분석
Elution volume	20~100µl
Format	스핀 컬럼
Main sample type	포르말린 고정 파라핀 포매(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE) 조직 샘플
Processing	QIAcube Connect를 사용한 수동 또는 자동
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein	유전체 DNA
Sample amount	두께가 각각 5~10µm인 조직 절편, 총부피 4 mm³.
Technology	실리카 기술

리소스

Sample to Insight solutions for successful molecular analysis

For QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (cat. no. 56604)

For QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit (cat. no. 56704)

Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.

FAQ

DNA from FFPE samples is often fragmented, yielding DNA with a broad size distribution depending on multiple factors such as fixation and storage conditions.

The QIAamp DNA FFPE Advanced Kits provide an optimized workflow for extraction of DNA for use in short amplicon PCR, dPCR and next-generation sequencing analysis using targeted DNA panels.
In case FFFPE samples are of high quality and allow the extraction of more intact DNA we offer a supplementary protocol for downstream applications that require larger DNA fragments. These applications include for instance large amplicon PCR (>0,5kb) and long read DNA sequencing.
High DNA integrity can be presumed if formalin fixation was less than 24 hours and the sample has been stored at low temperature (4-8°C or - 20°C) or for a short period of time (e.g. up to a few weeks). For these samples the Supplementary Protocol “extraction of more intact DNA from FFPE tissue material using the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits with Buffer LF” is suitable as it protects and best preserves the DNA size distribution present in the original FFPE sample during DNA extraction.
Please contact TechService to inquire about the supplementary protocol and the availability of Buffer LF.

FAQ-153891

After 90°C incubation for cross-link removal sample lysates can be stored at 4-8°C for up to one week and at -20°C or -80°c for up to 4 weeks. The upper blue phase of Deparaffinization Solution should be removed before storage. Before proceeding with the workflow after storage thaw frozen samples at room temperature for 30 minutes or allow refrigerated (4-8°C) samples to equilibrate to room temperature for 15-30 minutes.

FAQ-153892

If it is more convenient either the first or the second Proteinase K lysis step in the QIAamp DNA FFPE Advanced workflow can be performed overnight. This will not affect the DNA quality but also not increase yields.

FAQ-153893

A temperature range of 56°C - 68°C works fine for the second Proteinase K lysis step. However, we recommend following the instructions in the QIAamp DNA FFPE Advanced Handbooks and perform the second lysis step at 65°C.

FAQ-153894

Buffer FTB provides optimized lysis conditions, and additionally allows the specific removal of deaminated cytosine residues by the enzyme Uracil-N-Glycosylase (UNG) in the QIAamp DNA FFPE Advanced UNG workflow.

FAQ-153895

The 2nd Proteinase K step improves lysis efficiency and yields, in particular for difficult-to-lyse tissue material. Hence, omission of this step may result in decreased yields.

FAQ-153896

Size distribution of the extracted DNA can vary significantly and first and foremost strongly depends on the DNA quality present in the original FFPE sample. Formalin-fixation, paraffin-embedding and storage conditions are factors that affect the DNA size distribution and may cause significant fragmentation of nucleic acids. To limit the extent of nucleic acid fragmentation, be sure to:

Fix tissue samples in 4%–10% formalin as quickly as possible after surgical removal.
Use a fixation time of 14–24 h (longer fixation times lead to more severe DNA fragmentation, resulting in poor performance in downstream assays).
Thoroughly dehydrate samples prior to embedding (residual formalin can inhibit proteinase K digestion)
Store FFPE tissue samples at 4-8°C

FAQ-153897

TB Management

Transplant

Infectious Disease

Oncology

Sexual & Reproductive Health

Sample Processing

Solutions for Laboratory-Developed Tests

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit – FFPE Tissue DNA Extraction

포르말린 고정 파라핀 포매(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded, FFPE) 조직용 차세대 DNA 분리

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)

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성능

원리

절차

응용 분야

지원되는 데이터 및 수치

QIAamp DNA FFPE Advanced 워크플로.

사양

리소스

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