ページトップへ FFPE サンプルからDNA、miRNA を含むトータルRNA の精製－Allprep FFPE DNA/RNA Kit
同じサンプル由来のDNA、RNA を用いて解析を行なうことはとても重要です。
特にFFPE サンプルでは、スライスされる部位によりがん細胞のステージや割合は全く異なってくるため、サンプルに不均一性が起こります。DNA 用、RNA 用でそれぞれ脱パラフィンを行なうと、採取時期、部位などにより核酸のプロファイルにバイアスがかかることになります。DNA とRNA のプロファイルを相互性のある状態で見ることは重要だということについては、これまで複数の研究者の方からも同様のコメントを頂いております。
本キットは、これらの問題を解決できる、1つのFFPE サンプルからDNA とRNA を別々に精製してくることのできるキットです。
Allprep DNA/RNA FFPE Kit の操作手順 の通り、ライセートでDNA 分画とRNA 分画を分け、それぞれにおいて最適な脱クロスリンク処理（熱処理）を行ない、カラムで精製します。「同じサンプルからDNA とRNA 精製」、「最適化された脱クロスリンク処理」「簡便なスピンカラム方式での精製」と大変利点の多いキットです。さらに、希少サンプルの使用量を減らすことが可能です。
また、
特別プロトコールを使って、DNA とmiRNA を含んだトータルRNA の精製も可能です。
このキットを使うことで、例えばがんサンプルの場合、サンプルの不均一性に影響されることなくトータル的にDNA とRNA の相互性のあるデータを取ることができます。また、DNA、RNA それぞれのみを精製するキットで精製する場合と同等の精製が可能です（図
FFPE サンプルからDNA およびRNA の精製）。もちろん、QIAcube への搭載も可能です。
ページトップへ FFPE からのゲノムDNA 精製－QIAamp DNA FFPE Tissue Kit
FFPE サンプルからゲノムを精製するキットです。本キットはFFPE サンプルからの核酸精製で重要な、加熱による脱クロスリンクステップが最適化されており、熱によるさらなる分解を最小限にし、様々なアプリケーション（qPCR、次世代シークエンシングなど）に使用できるゲノムDNA の精製を実現します（図
FFPE 組織サンプルから精製したDNA のPCR 解析）。また、キットに含まれるスピンカラムは最少20 µl での溶出が可能で、濃縮した精製度の高いDNA の精製ができます。QIAcube 用プロトコールもございます。
ページトップへ FFPE からのRNA 精製－RNeasy FFPE Kit
FFPE サンプルからRNA を精製するキットです。もちろん、脱クロスリンクを含めてプロトコールは最適化されており、「ワークする」RNA が高収量で精製可能です（図
使用可能な全てのRNA を回収）。カラムからの最少溶出液量は14 µl であるため、濃縮されたRNA を精製することができます。 FFPE サンプルでは、ホルムアルデヒドとパラフィン包埋による熱により、核酸の断片化が進んでいます。そのため、FFPE からのRNA 精製の際には、DNA のコンタミが起こりやすくなります。本キットでは、
RNase-Free DNase Set が標準で同梱されており、DNA コンタミのないRNA 精製が可能です。QIAcube 用プロトコールもございます。
ページトップへ FFPE からのmiRNA 精製－miRNeasy FFPE Kit
FFPE サンプルからmiRNA を含むトータルRNA（mRNAも 含む）を精製するキットです。精製の原理や工程はRNeasy FFPE Kit とほぼ同じで、最適なプロトコールで高収量・高精製度なRNA 精製が可能です（図
卓越した収量および性能）。カラムからの最少溶出液量は14 µl で、濃縮されたRNA を精製することができます。QIAcube 用プロトコールもございます。
ページトップへ よくある質問
Q：各FFPE サンプルからの核酸精製キットにおいて、サンプル量はどのくらい使用したらいいでしょうか。
A：精製における最初のサンプル量は重要です。特にFFPE サンプルにおいては、推奨より厚かったり、大きな切片を使う場合は、Proteinase K での処理時間を増やしたとしても、収量の低下につながります。各精製キットのサンプル最大量は以下の通りです。
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| Allprep FFPE DNA/RNA Kit |
10 μm・150 mm2 切片4枚まで、または20 μm・150 mm2 切片2枚まで |
| QIAamp DNA FFPE Tissue Kit |
10 μm・250 mm2 切片8枚まで |
| RNeasy FFPE Kit |
10 μm・250 mm2 切片4枚まで |
| miRNeasy FFPE Kit |
10 μm・250 mm2 切片4枚まで |
Q：Allprep FFPE DNA/RNA Kit で精製した核酸は、どのように保存したらよいでしょうか。
A：DNA の場合、2～8℃で24 時間まで保存できます。それ以上の保存になる場合は、－20℃で保存してください。RNAは小分けして－70～－20℃で、約1 年間保存することができます。
Q：FFPE など、クオリティの良くないサンプルから精製した核酸を使った場合、どのような影響が出るでしょうか。
A：すべてのリアルタイムPCRアプリケーション（例えばmutation assay、copy number assay、遺伝子発現解析など）において、高いC
T 値が得られます。たとえば、mutatin assay をする場合には、特にΔΔC
T 法を使った場合は、偽陽性が出てしまう可能性があります。
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