シークエンスフィデリティを持ったシングルセルからの全ゲノムライブラリー調製
  • シングルセルからの全ゲノムライブラリーを4 時間以内に調製
  • ゲノムカバレッジを最大化することで重要な情報を逃さない
  • 偽陽性を低減したシークエンスフィデリティもクラス最高レベル
  • PCR フリーのNGS ライブラリー
  • ゲノム上のどこでも、シークエンス解析とCNV 解析が可能

QIAseq FX Single Cell DNA Library kit は、動物、微生物などのシングルセルや微量のゲノミックDNA から全ゲノムシークエンスを行なうためのソリューションを提供します。このキットには細胞溶解、全ゲノム増幅、酵素によるDNAの断片化、そしてPCR フリーのNGS ライブラリー調製に必要なすべての試薬が含まれています。またこのキットはゲノムカバレッジを最大化して、シークエンスの信頼度を高めるようにデザインされています。そのため染色体の異数体解析、コピー数多型(CNV)や微量サンプルからの全ゲノムシークエンスに最適です。
製品名 Product no. Cat. no. List price:
 
 
    varies
Can't order online?
To place an order via phone, email or for requesting a quote, please provide the product’s name, number and catalog number.
製品名 Cat. no. List price:
QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit (24)

For 24 reactions: Buffers and reagents for cell lysis, whole genome amplification, and library preparation including DNA fragmentation, end-repair and adapter ligation. Includes a plate containing 24 barcoded adapters for use with Illumina instruments.

180713
¥153,000
QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit (96)

For 96 reactions: Buffers and reagents for cell lysis, whole genome amplification and library preparation including DNA fragmentation, end-repair and adapter ligation. Includes a plate containing 96 barcoded adapters for use with Illumina instruments.

180715
¥567,000

QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit  は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。


  • Main Image Navi
QIAseq FX Single Cell DNA workflow|Average genome coverage for several single cell libraries|Detection of small copy-number variations|GC-bias of single cell whole genome sequencing kits|Sequence error rates of several single-cell NGS methods|
 |Libraries were generated from single PBMC using the QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit or kits from two other suppliers and sequenced at low depth using an MiSeq. Data analyzed according to Zhang, CZ, et al. (2015) Nat. Commun. 6, 6822. Computed maximum achievable coverage by unlimited sequencing capacity are plotted.|Methods and specifics (chromosome, size of CNV). Single cell libaries from PBMCs and Jurkat cell were prepared using QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit and sequenced at Depth 0.1x. Reads were mapped using BWA mem to human genome (GRCh38) and copy number variation of Jurkat vs PBMCs (control diploid cells) was assessed using the script published in: Chao Xie, Martti T Tammi, “CNV-seq, a new method to detect copy number variation using high-throughput sequencing”, BMC Bioinformatics, 2009,10:80, DOI:10.1186/1471-2105-10-80. Plotted is the Log2 ratio(Jurkat/PBMC) of coverage using a window size of 500Kb for chromosome 2 from a cell with an approximately 2.5 Mbp deletion.|Libraries were generated from either bulk gDNA using the QIAseq FX DNA Library Kit or from single peripheral blood mononuclear cells (PBMC) using the QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit or kits from two other suppliers.|Single cell libraries were prepared from isolated PBMCs using QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit or kits from two other suppliers and sequenced with an Illumina MiSeq. Reads were mapped to the human genome (hg19) and sequence mismatches between NGS data and the reference were computed. All analysis was performed with CLC Genomic workbench 8.5.1. Data plotted are the mean proportion of sequence differences +/- standard deviation for 3 individual libraries prepared with each kit.|
パフォーマンス
本キットは、GC 含量率の高い領域を含むシングルセルから優れたゲノムカバレッジを提供します。 PCR ベースの全ゲノム増幅法に比べて、QIAseq FX Single Cell DNA Library Kit で採用しているmultiple displacement annealing 技術(MDA)は、PCR を使用せず高GC 領域での増幅バイアスも最小化します。さらにシングルセルからであっても、ライブラリーの多様性を高め、ゲノムカバレージを最大化します。高いフィデリティーを誇るMDA 法はわずかなシークエンスエラーや偽陽性を最小化することができるため、より高感度に変異を検出します。 低いバックグラウンドや高いゲノムカバレッジは染色体の異性体解析、コピー数多型(CNV)そしてシングルセルからの変異解析に最適です。
原理

本キットには、シングルセルからの多様な全ゲノムライブラリー調製のための3 つの重要な技術があります。細胞溶解後、phi29 ポリメラーゼを使用したフィデリティの高いMDA 反応により、gDNA をµg 単位まで増幅することができます。この増幅されたgDNA は、酵素的にランダムに断片化されます。この断片化には、増幅したすべてのgDNA は必要とせず、残りのgDNA は後の再検証等に利用することができます。断片化したgDNA は、シングルチューブライブラリ調製試薬を使用して、簡単操作でNGS ライブラリーを調製することができます。シングルセル採取から始まるすべてのプロセスは、PCR を使用せずに およそ3.5 時間で完了します。
操作手順
本キットは、細胞からNGS ライブラリー調製までをまかなえるキットで、真核細胞、バクテリアまたは非常に希少なgDNA から多様な全ゲノムライブラリーを作成するのに必要な試薬が含まれています。単離したシングルセルやレーザーマイクロダイセクションなどで採取される小細胞クラスターを効率的に溶解する試薬が含まれています。細胞溶解後、gDNA はMDA 技術(multiple displacement annealing technology)で実験に十分な量まで増幅されます。増幅したgDNA はランダムかつ効率的に酵素消化が行われ、短い断片にします。これら断片の末端は適切に処理され、アダプターのライゲーションが行われます。そしてこれらの断片化DNA は、シークエンス解析において標準的な方法で処理されるように、効率的にライブラリーに組み込まれます。さらに、ライブラリー調製を通じてPCR を使用しないため、インタクトに近い形でのライブラリー作成を可能としました。
アプリケーション
  • Analysis of inter-cellular genome heterogeneity
  • Mutation detection
  • Copy number variation analysis
  • Aneuploidy analysis

You are not authorized to download the resource

クイックスタートプロトコール
1