qPCR によるNGS ライブラリーの定量
  • 即使用可能でプレデザイン済みのアレイフォーマットに分注済みの段階希釈したDNAスタンダード
  • ライブラリー濃度の自動計算
  • 簡単なプロトコール、高い感度、幅広いダイナミックレンジ
  • IlluminaおよびIon Torrent/Proton プラットフォームで使用可能
  • 幅広い種類のqPCR装置で使用可能
QIAseq Library Quant System は、NGS ライブラリーを定量するための簡単ですぐに使えるソリューションで、全てのNGSシークエンスランで安定した結果が得られます。QIAseq Library Quant System は、両端にシークエンシングアダプターをもつDNA 分子をリアルタイムPCR を用いて特異的に定量し、最適なクラスタ密度やテンプレート・ビーズ比率を実現します。
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qPCR arrays (96-well format) for quantifying Illumina libraries
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333304 QSIL-003 varies
qPCR arrays (384-well format) for quantifying Illumina libraries
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qPCR arrays (96-well format) for quantifying Ion Torrent libraries
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qPCR arrays (384-well format) for quantifying Ion Torrent libraries
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qPCR assays for quantifying Illumina libraries
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QIAseq Library Quant System  は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。


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QIAseq Library Quant Array ワークフロー|QIAseq Library Quant Systemは従来法の検出限界以下の濃度をもつライブラリーの定量を実現|QIAseq Library Quant System の原理|
各サンプルDNA ライブラリーとQIAseq qPCR SYBR® Green Mastermix をQIAseq Library Quant PCR Array にtriplicate で分注し、qPCRで解析する。生のCT 値をデータ分析用Excel テンプレートにコピー&ペーストすると、ソフトウェアが自動的にライブラリー濃度または希釈係数を計算する。|QIAseq Library Quant Arrayの高感度と広いダイナミックレンジにより、NGS-L1およびNGS-L2ライブラリーの両方を定量化できた[A]。これとは対照的に、Agilent High Sensitivity DNA Kit(Agilent 2100 BioAnalyzerで使用)はNGS-L1のライブラリーのみ定量できたが、このキットでは、NGS-L2のライブラリー濃度が低いために定量できなかった [B]。|DNA スタンダードの段階希釈液(順次5 回10 倍希釈した溶液)で標準曲線を作製する。サンプルライブラリーは標準曲線内に収まらなければならない。|
パフォーマンス

QIAseq Library Quant Arrayの高感度と広いダイナミックレンジを2つの異なる濃度のNGSライブラリーを用いて Agilent High Sensitivity DNA Kitと比較しました。一つ目のライブラリーは両方のシステムで定量できましたが、濃度が低いほうのライブラリーはAgilent 2100 BioAnalyzerの検出限界以下でした。対照的に、QIAseq Library Quant Arrayは両方のライブラリ定量が可能でした(図 "QIAseq Library Quant Systemは従来法の検出限界以下の濃度をもつライブラリーの定量を実現”)。

原理
増幅可能なライブラリー分子の正確な定量は、NGS プラットフォームを効率的に使用するためには不可欠です。しかしながら、従来の分光光度計を用いた方法では、全ての核酸の濃度を測定してしまいます。QIAseq Library Quant Systemは高感度なリアルタイムPCRを用いて、両端にシークエンシングアダプターをもつDNA 分子をエマルジョンPCR(Ion Torrentプラットフォームの場合)またはbridge PCR(Illuminaプラットフォームの場合)で増幅可能なDNA 分子のみを定量することで増幅可能なライブラリー分子の高度に正確な定量を実現します。高感度なリアルタイムPCRは従来の分光光度計を用いた検出限界を下回るような非常に低濃度のライブラリーの定量を可能にします。

QIAseq Library Quant System CR プレート(アレイ)およびチューブ(キット)フォーマットで提供可能で、優れた感度と広いダイナミックレンジを提供するQIAseq qPCR SYBR® Green Mastermixとの使用に最適化されています。どちらのフォーマットもIlluminaおよびIon Torrentプラットフォームに特化したDNAスタンダードが含まれます。アレイフォーマットには5つのスタンダードが10倍希釈されたtriplicateのPCRプライマーとともに分注済みで、これによりサンプルライブラリーがアレイの検出範囲に収まります (図” QIAseq Library Quant System の原理”)。
操作手順

The array format workflow (see figure QIAseq Library Quant Array workflow) begins with two tenfold dilutions of the sample library, to ensure that its concentration falls within the range of the serially diluted standards. The samples are mixed with QIAseq qPCR SYBR Green Mastermix and aliquoted in technical triplicate across the array plate. PCR is performed, and raw CT values are exported to the provided data analysis Excel file for automatic calculation of library concentration (Illumina platform) or template dilution factor (Ion Torrent/Proton platform).

The tube format workflow is similar to the array format workflow, with a few small differences. The procedure begins with preparation of five sequential tenfold dilutions of DNA Standard and two tenfold dilutions of the sample library. This ensures that the concentration of the library will fall within the range of the standard dilutions. Next, the diluted DNA standards and sample libraries are mixed with the provided PCR assay and the appropriate QIAseq qPCR SYBR Green Mastermix. PCR is performed, and CT values are exported to the provided data analysis Excel file for automatic calculation of library concentration (Illumina platform) or template dilution factor (Ion Torrent/Proton platform).

アプリケーション
QIAseq Library Quant Array およびQIAseq Library Quant Kitは迅速で正確なIllumina社または Ion Torrent/Proton のようなNGSプラットフォームを用いたシークエンスを行なう前のサンプルライブラリー濃度の定量を実現します。

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解析用ソフトウェア
8
New version – Excel-based data analysis template for use with GeneRead Library Quant Kit (assay format) or GeneRead Library Quant Array for 384-well plates for Illumina libraries
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パンフレット
2
Accelerate your NGS performance through Sample to Insight solutions
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