柔軟性の高い経済的なRNAiスクリーニング用ツール
  • siRNA、合成スケールが選択できプレートレイアウトも可能
  • 経済的なツールでより多くの標的遺伝子のスクリーニングを実現
  • 迅速かつ簡単なGeneGlobeポータルサイトへのアクセス
  • 最新のsiRNAデザインでオフターゲット効果のリスクを最小限に抑制
  • 迅速な納期でスクリーニングを遅延なく実現

FlexiPlate siRNAは選んだ標的遺伝子を96ウェルフォーマットでは0.1 nmol、0.25 nmol、1 nmolの合成スケール、あるいは384ウェルプレートでは0.1 nmol、0.25 nmolの合成スケールから選択でき、ご要望にマッチしたRNAiスクリーニングを実現します。最大のフレキシビリティーは、GeneGlobeウェブポータルサイトでsiRNAを選択し、お客様自身でプレートレイアウトができることです。多数の遺伝子ファミリーであらかじめ選択されたsiRNAのリストが利用できます。siRNAはニューラルネットワークテクノロジーを独自のホモロジー解析に組み込んだHP OnGuard siRNA Designを用いてデザインされており、3' UTR/seed領域解析、非対称性、SNPの回避やインターフェロンモチーフの回避という優れた特徴を備えています。

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FlexiPlate siRNA, 0.1 nmol
Custom siRNA set in 96-well plate format, 0.1 nmol
1027411 Varies
1-96: ¥4,000> 96: ¥3,600> 384: ¥2,500> 960: ¥2,000
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FlexiPlate siRNA, 0.25 nmol
Custom siRNA set in 96-well plate format, 0.25 nmol
1027412 Varies
1-96: ¥5,500> 96: ¥4,800> 384: ¥3,600> 960: ¥2,700
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FlexiPlate siRNA, 1 nmol
Custom siRNA set in 96-well plate format, 1 nmol
1027413 Varies
1-96: ¥9,100> 96: ¥8,200> 384: ¥6,000> 960: ¥4,500
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FlexiPlate siRNA (384), 0.1 nmol
Custom siRNA set in 384-well plate format, 0.1 nmol
1027421 Varies
1-96: ¥4,000> 96: ¥3,600> 384: ¥2,500> 960: ¥2,000
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FlexiPlate siRNA (384), 0.25 nmol
Custom siRNA set in 384-well plate format, 0.25 nmol
1027422 Varies
1-96: ¥5,500> 96: ¥4,800> 384: ¥3,600> 960: ¥2,700
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FlexiPlate siRNA  は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。


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FlexiPlate siRNA|
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パフォーマンス
最先端のsiRNAデザイン

siRNAデザインプロセスが進歩し、QIAGENの非常に革新的で洗練されたHP OnGuard siRNA Designによって、強力で特異的なsiRNAが確実に作られるようになっています。siRNAは、RNAi実験の超大量データを基に、ニューラルネットワークテクノロジーを利用してデザインされます。その後、最新の非冗長配列データベースおよび専用の相同性解析ツールを用い、他の全ゲノム配列とsiRNAデザインの相同性を確認します。HP OnGuard siRNA Designはユニークで高度な特長を取り揃えています(表参照)。

HP OnGuard siRNA Designの特長
特徴 説明 引用文献
ニューラルネットワークテクノロジー 非常に大きなRNAiデータセットをベースにしたBioPredsi neural networkをsiRNAデザインに利用。 1-3
世界最大規模のsiRNA検証プロジェクト QIAGEN 研究者が数千のsiRNAの有効性を実証したプロジェクトからのデータをデザインプロセスの強化および改善に利用。新薬の開発につながるような多数のゲノムsiRNAは、このプロジェクトにより少なくとも70%のノックダウンを行なうことが証明された。 4
ホモロジー解析 解析では、専用のツールと最新の非冗長配列データベースを利用。
Affymetrix GeneChip解析 ゲノムワイド解析がオフターゲット効果を最小限に抑えるsiRNAデザイン改良の開発を実現。
最新のsiRNA標的配列 NCBIデータベースからの最新データにより正確なデザインを実現。
非相称 siRNAは5'末端塩基対の安定性が同等ではないようにデザインされている。これにより5'末端での結合が弱いアンチセンス鎖がRISCに取り込まれ、一方センス鎖は分解される。非対称性により機能性の高いsiRNAがデザインされ、センス鎖がRISCに組み込まれて起こるオフターゲット効果のリスクが抑制される。 5, 6
3' UTR/seed領域解析 解析では合理的に比較検討する複数のパラメーター検索を利用し、siRNAアンチセンス鎖のSeed領域と目的としていないmRNA標的の3'非翻訳領域とのマッチを検討する(詳細は本文を参照)。 7-12
SNPの回避 SNPs(single nucleotide polymorphisms)にかかるsiRNAを排除するためにRefSNP データベースを使用。ある1つのSNPにしか対応していないsiRNAはその効果が変動するために、このプロセスによりsiRNAのサイレンシング効果が増大する。
インターフェロンモチーフ回避 インターフェロン応答を起こすことが判明している複数の配列モチーフに対してsiRNAを検索し、そのようなモチーフを持つsiRNAを排除。 13, 14
1.Huesken, D. et al.(2005) Design of a genome-wide siRNA library using an artificial neural network.Nat. Biotechnol.23, 995.
2.Mukherji, M. et al.(2006) Genome-wide functional analysis of human cell-cycle regulators.Proc.Natl.Acad.Sci.103, 14819.
3.Matveeva, O. et al.(2007) Comparison of approaches for rational siRNA design leading to a new efficient and transparent method.Nucleic Acids Res.35, e63.
4.Krueger, U. et al.(2007) Insights into effective RNAi gained from large-scale siRNA validation screening.Oligonucleotides 17, 237.
5.Aza-Blanc, P. et al.(2003) Identification of modulators of TRAIL-induced apoptosis via RNAi-based phenotypic screening.Mol.Cell 12, 627.
6.Schwarz, D.S. et al.(2003) Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex.Cell 115, 199.
7.Farh, K.K. et al.(2005) The widespread impact of mammalian microRNAs on mRNA repression and evolution.Science 310, 1817.
8.Grimson, A. et al.(2007) MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing.Mol.Cell 27, 91.
9.Jackson, A.L. et al.(2003) Expression profiling reveals off-target gene regulation by RNAi.Nat. Biotechnol.21, 635.
10.Lewis, B.P., Burge, C.B., and Bartel, D.P.(2005) Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets.Cell 120, 15.
11.Lim, L.P. et al.(2005) Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs.Nature 433, 769.
12.Saxena, S., Jónsson, Z.O., and Dutta, A. (2003) Small RNAs with imperfect match to endogenous mRNA repress translation.Implications for off-target activity of small inhibitory RNA in mammalian cells.J. Biol.Chem.278, 44312.
13.Judge, A.D., Sood, V., Shaw, J.R., Fang, D., McClintock, K., and MacLachlan, I. (2005) Sequence-dependent stimulation of the mammalian innate immune response by synthetic siRNA.Nat Biotechnol.23, 457.
14.Hornung, V. et al.(2005) Sequence-specific potent induction of IFN-alpha by short interfering RNA in plasmacytoid dendritic cells through TLR7.Nat Med.11, 263.
3' UTR/seed領域解析

いくつかの研究は、標的としていないmRNAの3'非翻訳領域(UTR)とsiRNAアンチセンス鎖のSeed領域の一致がオフターゲット効果を引き起こしていることを示唆しました(表参照)。Seed領域は二本鎖siRNAのアンチセンスsiRNA鎖の2~7塩基目にある6ヌクレオチドから構成されています。このようなマッチは、siRNAがmiRNAの作用を模倣することによる、目的としていない標的のダウンレギュレーションに関与する可能性があります。QIAGENでデザインされたsiRNAは、ヒト、ラット、マウスRefSeqデータベースに由来する独自の3' UTR配列セットを用いて、3' UTR/seed領域の相補性を解析されています。miRNAに類似するオフターゲット効果に関与する可能性のある全てのホモロジーをチェックするために、これらの配列と各siRNAのアライメントが行なわれます。

siRNA Seed領域の6ヌクレオチドのうちの6つが無関係な標的遺伝子の3' UTR配列とマッチしていることが頻繁にありますが、このようなマッチを示すsiRNAを排除することは不要ですし、実用的でもありません。Seed領域と他の相同性を示す10あるいはそれ以上の塩基とのマッチが1つのsiRNA配列内に認められることは、非常に珍しいことです。このような相同性は、オフターゲット効果を引き起こす可能性がより高いので、これらのsiRNAは排除され、標的としない遺伝子に対して相同性が低い他のsiRNAが選択されます。

いくつかの標的遺伝子では、このような相同性を全く示さないsiRNAを選択することは不可能です。これらの場合には、GeneGlobeではそのsiRNAが標的としない無関係な遺伝子のEntrezGene IDを提供しています。このタイプの相同性が観察されたという事実は、これらの遺伝子が必ずしもそのsiRNAにより影響を受けるということではありません。しかし、これらのsiRNAはその後の解析で意図しない標的遺伝子へ影響することも考えられます。

原理

FlexiPlate siRNAにより、特殊な要件を満たすRNAiスクリーニング実験のデザインが可能です。ヒトまたはマウス遺伝子のsiRNAを選択でき、必要なポジティブ/ネガティブコントロールも選択できます。使いやすいウェブサイト上で、siRNAやコントロールを96ウェルプレートまたは384ウェルプレートの好きな位置に配置することも、あるいは様々な既製のレイアウトパターンからプレートレイアウトを選択することもできます。siRNAは0.1 nmol、0.25 nmol、または1 nmolのスケールから選択できるため、必要に応じて少量または大量のsiRNAを用い、経済的なスクリーニングが可能です。96ウェルプレートでは、0.1 nmol、0.25 nmol、1 nmolスケールが利用できます。384ウェルプレートでは、0.1 nmol、0.25 nmolスケールが利用できます。

操作手順

弊社ポータルサイトのGeneGlobe Webでは、目的の遺伝子を標的にしたsiRNAの検索およびスクリーニング実験に適したプレートレイアウトも簡単に行なうことができます。遺伝子名リスト、Entrez Gene ID、RefSeq ID、siRNA名、あるいはカタログ番号をアップロードできるので、簡単かつ迅速なプレート注文プロセスになっています。プレートはすぐに注文することも、まず保存しておき、後から変更したり、注文することも可能です。記録用にプレートレイアウトのダウンロードも簡単に行なうことができます。

アプリケーション

FlexiPlate siRNAは以下のようなRNAiアプリケーションに使用可能です。

パスウェイ解析
スクリーニング実験の追跡
Feature
Specifications
Design Predesigned/HiPerformance siRNA Design Algorithm
Format Plate
Guarantee/validation No guarantee
Modification No
Scale or yield 0.1 nmol, 0.25 nmol, 1 nmol
Species Human, mouse
Target sequence provided Yes

You are not authorized to download the resource

FAQ
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FAQ ID -1478
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FAQ ID -1668
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FAQ ID -399
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FAQ ID -3104
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FAQ ID -3105
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FAQ ID -400
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FAQ ID -851
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FAQ ID -3110
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追加リソース
42

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キットハンドブック
1
For transfection of eukaryotic cells with siRNA and miRNA
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サイエンティフィック・ポスター
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