Type-it Fast SNP Probe PCR Kit

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは一定して高精度なSNPジェノタイピングを実現します。 

アレル特異的プローブの厳密性と特異性の高い結合 

Type-it Fast SNP Genotyping PCR Master Mix は特異性の高い HotStarTaq Plus DNA Polymerase と新しく開発されたSNPジェノタイピングPCRバッファーシステムで構成されているため、特異的なプローブ結合および一定した強い蛍光シグナルを実現します。市販されている他社のSNPジェノタイピング用マスターミックス試薬と比べて、アレルのクラスターがより明確に分離できます（図“特異性の高いプローブ結合”）。

微量のテンプレートでも高いコールレートを実現

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は、各アレルのクラスターを明確に分離し、同一アレルがまとまったクラスターを形成するので、信頼できるSNP ジェノタイピングが可能で、その結果タイピングが困難なターゲットやSNP遺伝子座でも高いコールレートが得られます（図“自動アレルコーリングで最高の成功率”）。他社のSNP ジェノタイピング用キットと比較して、Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは、1 ng のテンプレートDNA からでも、密集したクラスタリングを実現します（図“微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング”）。

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは簡便なマスターミックス・フォーマットで、特異性の高いHotStarTaq Plus DNA Polymeraseおよび迅速で効率的な増幅を実現するためにデザインされたSNPジェノタイピング用バッファーシステムで構成されています。この画期的なキットはアレルのばらつきのないクラスタリングおよび明確な分離を実現し、高いコールレートおよび正確で再現性の高い確実な結果が得られます（表）。

高い特異性と感度

HotStarTaq Plus DNA Polymeraseはマスターミックス中に含まれ、少量のテンプレートでも特異性の高い増幅を実現します。 HotStarTaq Plus DNA Polymeraseは、常温では不活性状態でポリメラーゼ活性はありません。この特性により低温でのミスプライムによる増幅産物やプライマーダイマーの形成を抑制できます。 

ユニークなバッファーシステム

マスターミックス成分であるType-it Fast SNP PCR Buffer はまた、配列特異的な 5'-ヌクレアーゼプローブを用いた高速SNPジェノタイピング用に特化されています。Type-it Fast SNP PCR Buffer のユニークな成分により高い厳密性と特異性でアレルに特異的なプローブの結合が可能です (match probe)。プローブの融解挙動を変えることにより、融解温度のウィンドを狭めます。オリジナルQIAGEN PCR Bufferをベースにしたこの革新的なバッファーは、各PCRサイクルの短いアニーリングステップ中で特異的プライマー結合の非特異的プライマー結合への比率を高めます。このPCRバッファーはユニークな配合比のKClと (NH₄)₂SO₄を含み、従来のPCRバッファーに比べ、幅広いアニーリング温度やMg²⁺濃度の範囲で厳密で特異的なプライマー・アニーリングを実現します。従って、異なるアニーリング温度あるいはMg²⁺ 濃度を用いて行なうPCRの至適化は最小限ですみ、または不要なこともあります。

Type-it Fast SNP PCR buffer に添加されているQ-Solutionは増幅困難なゲノム領域やSNP遺伝子座の反応条件を提供します。斬新なQ-BondテクノロジーによりSNPジェノタイピング結果が迅速に得られます(図“アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム”）。Type-it Fast SNP Probe PCR Kit のマスターミクス中のROX濃度はまたApplied Biosystems社の全装置でのSNP ジェノタイピングに対応できます。しかしROX色素はパッシブリファレンスとしてROXが不要なその他の装置でも使用可能です（表）。 

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは市販のSNPジェノタイピングアッセイにより性能を実証済みで、TaqMan MGBプローブや、TaqMan MGB、TaqMan、その他ダブル標識プローブを用いてユーザーが開発したプローブベースのアッセイにも使用可能です。キットに付属の至適化済みのプロトコールにより、迅速かつ確実な解析を行なえます。

迅速に結果が得られる高速サイクリング法

Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mixは、配列特異的なプローブを用いた高速サイクリングPCRに適した反応条件を実現します。 本バッファーは独自のQ-Bond Moleculeを含み、標準的なサーマルサイクラーだけでなく、高速な加熱・冷却機能を持つサーマルサイクラーでもサイクリング時間を短縮します。高速サイクリング法はPCRラン時間を最高40％まで短縮することによりサンプル処理数を増大できます（“ジェノタイピングのワークフロー”）。 

簡便なキットフォーマット

本キット にはすでに至適化され即使用可能なマスターミックスが添付され、さらに使いやすくなっています。マスターミックスを使用すると、時間の節約、反応セットアップの簡略化、ピペッティングエラーやコンタミの発生源排除による再現性向上を実現します —  ピペッティング操作は最小限に抑えられ、時間のかかる計算は不要です。HotStarTaq Plus DNA Polymerase（マスターミックスに含有） は、95℃、5分間のインキュベーションステップで活性化され、このステップは既存のサーマルサイクリングのプログラムに容易に導入できます。マスターミックスを用いて、反応セットアップを室温で迅速かつ容易に行なえます。

対応可能な装置

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は、蛍光強度プレートリード解析で使用するリアルタイムPCR装置にフィットするoptical PCR plate をセット可能な高速温度変化対応サイクラーでも、標準のサイクラーでもSNP PCRアッセイの増幅に至適化されています(表参照)。

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit はTaqMan MGBプローブを用いたSNP検出や以下のような様々な分野で使用可能です：

• 疾患遺伝子座のタイピング
• バイオマーカーの探索