パイロシークエンス法を用いたメチル化定量解析、配列変異解析、微生物同定
- メチル化解析とSNPタイピングを1回のアッセイに組み合わせ可能
- アレルおよびメチル化状態を確実に定量
- 配列情報から、まれな変異を発見
- 1 ~ 24 サンプルをわずか15分で解析可能
- 省スペースを実現するコンパクトな検出装置
PyroMark Q24 は配列情報を基にした定量解析が可能なシークエンシングプラットフォームです。PyroMark Q24 はCpG メチル化、SNP、挿入/欠失、STR、遺伝子コピー数の変動、微生物同定と抵抗性のタイピングに非常に有用なツールです。
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PyroMark Q24 System
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes installation, training, and 1-year warranty on parts and labor
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9001514
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PyroMark Q24 Priority Package
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes Priority Package with installation, training, 2-year warranty on parts and labor, and 2 preventive maintenance visits
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PyroMark Q24 Priority Package Plus
Instrument and software for Pyrosequencing analysis: includes Priority Package Plus with installation, training, 3-year warranty on parts and labor, and 3 preventive maintenance visits
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9001914
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PyroMark Q24 Instrument および PyroMark Q24 Software は、専用のQIAGEN キットと組み合わせて使用し、それぞれのキットハンドブックに記載されているアプリケーションで使用してください。PyroMark Q24 Instrument および PyroMark Q24 Software を特定のアプリケーションのためにQIAGEN 社製以外のキットとともに使用した場合のパフォーマンスの有効性については、ユーザーの責任範囲となります。
日本での型番とパッケージ内容は、 QIAGEN機器総合カタログ をご参照ください。
MLH1遺伝子のCpGメチル化解析|パイロシークエンシング法の原理- ステップ1|パイロシークエンシング法の原理- ステップ2|パイロシークエンシング法の原理- ステップ3|パイロシークエンシング法の原理- ステップ4|パイロシークエンシング法の原理- ステップ5|RASSF1A 遺伝子のCpG メチル化パターン|ワークフローソリューション|完璧な統合システム|データ管理が容易|効率的なテンプレートの準備|必要条件を満たす最適なキット|
パイログラム中のマークされた領域は、メチル化されたCpG 部位(ブルーグレー)およびBisulfite処理変換効率確認(黄色)を示している。各CpG 部位のメチル化率はパイログラムの上部のブルーボックス内に記載されている。データ提供: Dr. Triantafillos Liloglou, Roy Castle Lung Cancer Foundation, Molecular Oncology, Liverpool。||||||左の図は4種類の腫瘍における5箇所のCpG部位でのメチル化レベルの相違を示している。各サンプルはduplicateで実験し、各duplicate 結果が一致していることから、パイロシークエンシング法の再現性の高さを示している。|PyroMark Q24 Systemは、パイロシークエンス法のワークフローが簡単かつ効率的になるようにデザインされている。アッセイのデザインからPCR増幅、シークエンシング用テンプレートの調製までの各段階は、パイロシークエンス法に最適化されたソフトウェア、キット、試薬、サンプル調製機器によりサポートされている。|PyroMark Q24は24サンプルまでを迅速に解析するのに必要な全ステップを管理する。サンプルと試薬をロードし、ランファイルをアップロードするだけで自動で解析が行なわれる。PyroMark Q24は、 試薬およびヌクレオチドを各ウェルに正確に分注し、放出された光シグナルを24個のCCDセンサーで検出する。 ひとつのウェルにつき1個のセンサーを使用するので、シグナルのクロスオーバーが起こらない。|PyroMark Q24は、単体機器として設計されており、ラボ内のどこにでも置くことができる。データを機器のハードドライブに保存することができ、解析実行中に機器の画面に表示できる。さらに、全ファイルを付属のUSBスティックに保存することができ、PyroMark Q24 Softwareをインストールしたコンピューターであればデータを解析できるという柔軟性がある。|PyroMark Q24 Vacuum Workstationは、PCR産物をパイロシークエンシング用の一本鎖DNAに変換する。PCR増幅産物を一連の至適化済み溶液により変性・洗浄する。この過程はわずか数分で24サンプル同時に行なえる。|PyroMark Q24 は、使いやすさ、解析の汎用性、優れた検出感度を兼ね備えているが、さらに高処理能力のワークフローが要求される場合がある。PyroMark Q96 ID は、一度に最大96サンプルまで処理でき、このようなニーズに対応する。|
パフォーマンス
エピジェネティクス研究に最適な検出ツール
パイロシークエンスシステムはQIAGEN のエピジェネティクス関連製品と使用することで、正確で高感度なメチル化状態の定量を実現します(図 "MLH1遺伝子のCpGメチル化解析") 。低レベルで存在する異常なDNAメチル化パターンの検出や新規の変異の同定もできます。PyroMark Q24には、Bisulfite処理の変換効率確認やCpGメチル化解析に必要なソフトウェアパッケージが含まれています。
複数のCpG部位を個別に定量
様々な腫瘍における各種の遺伝子発現を研究する場合、個々のCpG部位の解析は極めて重要です(図 "RASSF1A 遺伝子のCpGメチル化パターン")。従来の方法によるデータは解像度が低いため、十分な解析ができませんでしたが、パイロシークエンス法はこの問題点を克服し、単一のCpG部位や複数のCpG部位のメチル化パターンの単一の変化も高精度で解析できます。
原理
パイロシークエンス法は、合成による配列解読 (sequencing by synthesis) 原理に基づいており、数分でターゲット塩基の定量解析が可能です。PyroMark Q24 はリアルタイムにシークエンス情報を提供し、エピジェネティクス研究や遺伝解析に最適な統合システムです。PyroMark Q24機器と組み合わせて、PyroMark Q24 Vacuum Workstation、PyroMark Q24 Software、PyroMark Gold Q24 Reagents、PyroMark Control Oligo、PyroMark Q24 Validation Oligo がを使用します(表を参照)。PyroMark Q24 Vacuum Workstation を使用して一本鎖DNAの調製を実現するサンプル調製用製品もお届けしています。
| PyroMark Q24 |
変異およびメチル化の定量解析用シークエンス装置 |
| PyroMark Q24 Vacuum Workstation |
1本鎖DNAの調製を最大24サンプル同時に行なうワークステーション |
| PyroMark Q24 Software |
解析用ソフトウェア; 2 種類の解析モードを提供(CpG 解析およびアレル定量) |
| PyroMark Q24 Gold Q24 Reagents |
酵素、基質、ヌクレオチド |
| PyroMark Q24 Control Oligo |
システムの適切な設置と操作を評価するためのコントロール |
| PyroMark Q24 Validation Oligo |
システムの性能を確認するためのコントロール |
遺伝子解析に最適なプラットフォーム
遺伝子解析には、変異およびSNPタイピングを含むゲノムDNAの差異を解析するための様々なアプリケーションが含まれています。PyroMark Q24 は遺伝子のどのような変異解析も高い精度と感度で実現し、混在する細胞集団におけるアレルの種類を定量できます。QIAGENも、パイロシークエンス法により特定の特定の遺伝子変異を解析するための至適化・検証済み研究専用テストを提供しています。
Pyrosequencing反応の実験ステップ
ステップ1:DNAセグメントを増幅し、パイロシークエンス法のテンプレートとして使用するためにDNA鎖をビオチン化します。変性後、ビオチン化一本鎖PCRアンプリコンを単離し、シークエンシング用プライマーをハイブリダイズさせます。プライマーをアニーリングさせた一本鎖テンプレートに、酵素類であるDNA polymerase、ATP sulfurylase、luciferase 、apyrase および基質であるAPS(adenosine 5' phosphosulfate)、Luciferin と共にインキュベートします(図 "パイロシークエンシング法の原理 — ステップ 1")。
ステップ2:次に、反応液にdNTP(deoxribonucleotide triphosphate)を1種類ずつ添加します。テンプレート鎖の塩基に相補するdNTPである場合、DNA polymerase によりシークエンシング用プライマーにdNTPが付加されます。dNTPが取り込まれると、取り込まれたヌクレオチドの量に比例し、定量的にPPi (ピロリン酸) が遊離します(図 "パイロシークエンシング法の原理 — ステップ 2")。
ステップ3:ATP sulfurylase は、反応液に予め含有しているAPS と遊離したPPi によりATP を生成します。このATP はLuciferase を触媒として、このATPと反応し、Oxyluciferin へと変換され、ATPの量に比例して可視光が発生します。生じた発光は、CCDセンサにより検出され、ピーク波形(パイログラム;Pyrogram)として観察されます。各ピーク(光のシグナル)の高さは、取り込まれたヌクレオチド数に比例します(図 "パイロシークエンシング法の原理 — ステップ 3")。
ステップ4:Apyrase はヌクレオチドを分解する酵素で、反応に使用されなかったヌクレオチドおよびATPを分解します。分解が完了すると、次のヌクレオチドが添加されます("パイロシークエンシング法の原理 — ステップ 4")。
ステップ5:dNTPの添加が連続して行なわれます。基質として通常のdATP(deoxyadenosine triphosphate)の代わりにdATPαS(deoxyadenosine alfa-thio triphosphate)を使用します。これはdATPαS がLuciferase の基質にならず、DNA polymerase により効率的に使用されるからです。この連続工程により、相補的なDNA 鎖が伸長され、パイログラムにおける各発光ピークから塩基配列が決定できます("パイロシークエンシング法の原理 — ステップ 5")。
サンプルから解析までの効率的なワークフロー
適応性の高いPyroMark Q24 は、エピジェネティクスや遺伝解析のワークフローに取り入れることができ、サンプル調製、Bisulfite変換、PCR増幅のための斬新なQIAGEN テクノロジーと組み合わせて最高の結果が得られます。非常に信頼性の高い本装置は変異およびCpG部位の塩基配列の検出/定量を実現します。効率化されたワークフローにより迅速に結果が得られます。
操作手順
迅速で容易なサンプル調製
シークエンシング用の一本鎖テンプレートをPCR産物から調製 — PyroMark Q24 Vacuum Workstation を用いて最大24 サンプルを同時に15 分以内で調製できます。ワークステーションは取り扱いが簡単で、実際のマニュアルでの作業は5分以内です。
パイロシークエンシングの前に、ビオチン化PCR産物を調製します。このビオチン化PCR産物をストレプトアビジンでコーティングされたセファロースビーズに結合させます。Vacuum WorkstationのVacuum Toolを用いてビーズを捉え、十分に洗浄した後変性し、パイロシークエンシング用の一本鎖DNAを調製します。このテンプレートDNAをシークエンシングプライマーを含むパイロシークエンシング反応プレートに入れ、プライマーアニーリングの後、プレートをPyroMark 装置にセットします。PyroMark Gold reagentは酵素、ヌクレオチド、パイロシークエンス反応の基質を含んでいます。この試薬をソフトウェアが指示する量に従い分配チップまたはカートリッジに分注し、パイロシークエンシング用の機器にセットします。
アプリケーション
パイロシークエンス法は様々な分野でのアプリケーションでますます重要になってきています。薬剤耐性菌の検出、遺伝子発現制御におけるエピジェネティックなDNAメチル化の役割、家畜の特異的な表現型に対応する遺伝子マーカー、法医学サンプルからのミトコンドリアDNAの多型など、どのアプリケーションを実施するかにかかわらず、PyroMark Q24は遺伝子変異およびエピジェネティックな変異を解析する強力で適応性のあるツールです。さらにパイロシークエンス法は配列検出および定量を行なうので高解像度の解析が行なえ、新しい発見に繋がります。
ソフトウェア
Easy-to-use PyroMark Q24 software
PyroMark Q24 software, installed on a PC, enables comprehensive analysis of your results. The software contains two analysis modes: CpG and AQ (allele quantification). Both modes can be used to analyze samples on the same plate, enabling different types of samples to be run at the same time. The AQ mode can be used for analyzing single and multivariable positions, as well as di-, tri- , and tetra- allelic mutations. The CpG mode enables analysis of multiple consecutive CpG sites and provides a built-in control for the bisulfite treatment.
Flexible and simple Pyrosequencing assay design using PyroMark Assay Design Software
PyroMark Assay Design Software 2.0 ensures easy design of PCR and sequencing primers. The assays are optimized for use with all PyroMark instruments.
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Feature
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Specifications
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Altitude
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Up to 2000 m (6500 ft)
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Applications
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Methylation analysis, allele quantification, genotyping, sequence analysis
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Chemical resistance
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pH 4 to pH 9, common detergents, 0.5 M sodium hydroxide, ethanol
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Connections
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One USB port (2.0)
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Humidity
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Relative humidity of 20–90% (noncondensing)
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Instrument dimensions
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420 x 390 x 525 mm (16.5 x 15.4 x 20.7 in)
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Kits designed for this instrument
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PyroMark Q24 Tests
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Operating temperature
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15–32°C (59–90°F)
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Overvoltage category
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II
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Place of operation
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For indoor use only
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Pollution level
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2
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Power
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100–240 V AC, 47–63 Hz, 1.1–0.45 A (grounded); from external power supply to the instrument : 12 VDC and 24 VDC nominal
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Process temperature
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28°C (82.4°F) ± 1%
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Process time
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Depends on the number of dispensations (20 dispensations take 24 minutes)
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Samples per run (throughput)
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1–24
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Software
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PyroMark Q24 Software 2.0 (to be installed on PC)
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Technology
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Pyrosequencing
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Weight
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27.5 kg (60.6 lb)
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FAQ ID -2094
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FAQ ID -2095
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FAQ ID -2096
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FAQ ID -2098
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FAQ ID -2825
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FAQ ID -2827
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FAQ ID -2837
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FAQ ID -2843
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FAQ ID -2846
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FAQ ID -2871
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FAQ ID -2872
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FAQ ID -2826
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FAQ ID -2852
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A Pyrosequencing method for the forensic identification of tissue source using QIAGEN’s PyroMark Q24 Advanced system.
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0014
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0007
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0010
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0004
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0009
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0001
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0002
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0011
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0006
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Instrument methods file for use with PyroMark Q24 Software, PyroMark Gold Q24 Reagents, and PyroMark Q24 Cartridges marked with method code 0008
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This version is compatible with Windows 7 and Windows 10 (64 bit) operating systems. This software may only be downloaded by registered users with a valid PyroMark Q24 software license and registered PyroMark Q24 instrument. If you do not have a valid software license, contact your QIAGEN sales representative.
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This version is compatible with Windows 7 and Windows 10 (64 bit) operating systems. This software may only be downloaded by registered users with a valid PyroMark Q24 MDx software license and registered PyroMark Q24 MDx instrument. If you do not have a valid software license, contact your QIAGEN sales representative.
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画像
MLH1遺伝子のCpGメチル化解析
パイログラム中のマークされた領域は、メチル化されたCpG 部位(ブルーグレー)およびBisulfite処理変換効率確認(黄色)を示している。各CpG 部位のメチル化率はパイログラムの上部のブルーボックス内に記載されている。データ提供: Dr. Triantafillos Liloglou, Roy Castle Lung Cancer Foundation, Molecular Oncology, Liverpool。
RASSF1A 遺伝子のCpG メチル化パターン
左の図は4種類の腫瘍における5箇所のCpG部位でのメチル化レベルの相違を示している。各サンプルはduplicateで実験し、各duplicate 結果が一致していることから、パイロシークエンシング法の再現性の高さを示している。
ワークフローソリューション
PyroMark Q24 Systemは、パイロシークエンス法のワークフローが簡単かつ効率的になるようにデザインされている。アッセイのデザインからPCR増幅、シークエンシング用テンプレートの調製までの各段階は、パイロシークエンス法に最適化されたソフトウェア、キット、試薬、サンプル調製機器によりサポートされている。
完璧な統合システム
PyroMark Q24は24サンプルまでを迅速に解析するのに必要な全ステップを管理する。サンプルと試薬をロードし、ランファイルをアップロードするだけで自動で解析が行なわれる。PyroMark Q24は、 試薬およびヌクレオチドを各ウェルに正確に分注し、放出された光シグナルを24個のCCDセンサーで検出する。 ひとつのウェルにつき1個のセンサーを使用するので、シグナルのクロスオーバーが起こらない。
データ管理が容易
PyroMark Q24は、単体機器として設計されており、ラボ内のどこにでも置くことができる。データを機器のハードドライブに保存することができ、解析実行中に機器の画面に表示できる。さらに、全ファイルを付属のUSBスティックに保存することができ、PyroMark Q24 Softwareをインストールしたコンピューターであればデータを解析できるという柔軟性がある。
効率的なテンプレートの準備
PyroMark Q24 Vacuum Workstationは、PCR産物をパイロシークエンシング用の一本鎖DNAに変換する。PCR増幅産物を一連の至適化済み溶液により変性・洗浄する。この過程はわずか数分で24サンプル同時に行なえる。
必要条件を満たす最適なキット
PyroMark Q24 は、使いやすさ、解析の汎用性、優れた検出感度を兼ね備えているが、さらに高処理能力のワークフローが要求される場合がある。PyroMark Q96 ID は、一度に最大96サンプルまで処理でき、このようなニーズに対応する。
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