MethylScreenテクノロジーを用いたユーザー指定遺伝子パネルのDNAメチル化プロファイリング
  • 実験的に検証済みのリアルタイムPCRプライマー
  • DNAメチル化解析に即使用可能
  • マニュアルでの作業時間は30分未満
  • Bisulfite変換は不要
  • ヒト、マウス、ラットのサンプル用が入手可能
EpiTect Methyl II Custom PCR Arrayでは、研究目的に即した遺伝子リストをユーザーが指定できます。その後、弊社は最新の予測されたCpGアイランドや選択した標的遺伝子に最も近い他の異なるメチル化領域を探索し、必要なカタログ製品のリアルタイムPCRアッセイを同定します。PCRプライマーの厳密な検証と品質管理された製造過程により、信頼性の高いアッセイ性能を確実にします。弊社のゲノムワイドなDNAメチル化プライマーアッセイを用いてEpiTect Methyl II Custom PCR Arrayをカスタマイズしてください。EpiTect Methyl II Custom PCR ArrayはOrion Genomics, LLCがライセンスを所有するMethylScreenテクノロジーを採用しています。
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EpiTect Methyl II Custom PCR Arrays
For methylation analysis of a custom panel of human, mouse, or rat genes in 96-well or 384-well plates
335112
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EpiTect Methyl II Custom PCR Arrays は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。


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EpiTect Methyl II PCR Assayは異なるサンプルのメチル化を検出|Bisulfite Sanger sequencingとの比較|EpiTect Methyl II PCR Array System操作手順|EpiTect Methyl II PCR Arrayによる新しい乳がんDNAメチル化バイオマーカー候補の探索|EpiTect Methyl II PCR Arrayフォーマット|BeadChipプラットフォームに匹敵するEpiTect Methyl II PCR Arrayによるデータ|EpiTect Methyl II PCR Assayでの解析結果|
EpiTect Methyl II PCR Assay の分析感度は、SKBR3細胞株ゲノムDNAおよび末梢血白血球ゲノムDNAの希釈系列を用いて試験した。Human HIC1 DNA EpiTect Methyl II PCR Primerを用いると、インプットDNAのトータル量に対してメチル化HIC1の割合が、各混合物中でトータルDNAサンプルのわずか6%しかない場合でも、検出可能であった。HIC1遺伝子プロモーターはがん細胞でメチル化されているが正常細胞ではメチル化されなかった。|CDH13遺伝子のプロモーター領域のメチル化レベルを EpiTect Methyl II PCR Assaysあるいはbisulfite Sanger sequencingにより解析した。EpiTect Methyl II PCR Assayの全ステップは、EpiTect Methyl II PCR Assay Handbookに記載のプロトコールに従って実施した。Bisulfite sequencingに関しては、ゲノムDNAをbisulfite変換し、EpiTect Methyl II PCR Assay用にデザインされたアンプリコン領域を含む遺伝子特異的なメチル化非感受性プライマーで増幅した。PCR産物を精製後サブクローニングして、各細胞株の各遺伝子に対応する16コロニーをシークエンスした。|The system relies on the differential cleavage of target sequences by two different restriction endonucleases. qPCR allows the analysis of the methylation status of up to 94 targets simultaneously. SEC and DEC are control assays for monitoring enzymatic activities of restriction digestion enzymes.|このヒートマップは、384-well EpiTect Methyl II Custom PCR Arrayを用いて、6種類の乳がん細胞株(いくつかはduplicate)と正常上皮細胞株の79種類の転写因子遺伝子のパネルのメチル化状態を比較している。これらの乳がん細胞株はまたこの遺伝子パネルをメチル化する可能性があり、新しいがんバイオマーカーの候補を提供している。

これらの結果は、細胞分化を制御する転写因子の異常発現が腫瘍形成に重要な役割を果たしており、転写因子は腫瘍抑制因子である、というコンセプトと一致する。|The flexible format of Custom EpiTect Methyl II PCR Arrays can accommodate a range of experimental designs, from testing the same site in many samples to testing one sample for 96 different methylation sites.|EpiTect Methyl II PCR ArrayとIllumina Infinium Human Methylation 27 BeadChip assayはMCF-7細胞で行なった。 22遺伝子の代表的な解析を示す。よりよく比較するために、EpiTect Methyl PCR Arrayの結果を平均β値に換算した。ここで0は全くメチル化されていないことを意味し、1は完全にメチル化されたことを意味する。
パフォーマンス
EpiTect Methyl II Custom PCR Arrayは高い感度を実現します(図“EpiTect Methyl II PCR Assayで異なるサンプルのメチル化を検出)。得られた結果はbisulfite sequencingを用いたメチル化解析に匹敵し(図“Bisulfite Sanger sequencingとの比較”)、またゲノムワイドなメチル化解析研究の評価に最適です(図“BeadChipプラットフォームに匹敵するEpiTect Methyl II PCR Arrayによるデータ)。EpiTect Methyl II Custom qPCR Arrayはバイオマーカー探索に最適です(図“EpiTect Methyl II PCR Arrayによる新しい乳がんDNAメチル化バイオマーカー候補の探索)。
原理

遺伝子発現に重要な役割を果たしているDNAメチル化は、シトシン残基へのメチル残基の共有結合の形で、ほとんどCpGジヌクレオチドのコンテキストでのみ発生します。CpGアイランドはGC含有量が高く、ヒトの全遺伝子の60~70%のプロモーター領域と重なるCpG ジヌクレオチドの頻度が高い領域です。遺伝子プロモーターでのCpGアイランドの高度メチル化は、主に遺伝子サイレンシングと関連付けられています。

MethylScreenテクノロジーを使用したEpiTect Methyl II PCR Arrayシステムは、2種類の制限酵素エンドヌクレアーゼが目的配列を異なる箇所で切断することを利用しています。 これらの酵素は、それぞれの認識配列においてメチル化シトシンの存在下あるいは非存在下で活性をもちます。リアルタイムPCRは、各酵素が認識配列を切断した後に残存するDNAの相対量を定量するので、個々の遺伝子のメチル化状態および遺伝子パネルを通してのメチル化プロファイルは正確かつ簡単に計算されます(図“EpiTect Methyl II PCR Assayでの解析結果”)。 PCR増幅同様に、2種類の制限酵素による分解と分析により、量が少なく不均一なサンプルの分析が可能です。

QIAGEN独自のバイオインフォマティクスのアルゴリズムが、どのプロモーターCpGアイランドがカスタム遺伝子リストのDNAのメチル化状態を反映しているかを選択します。PCRプライマーのウェットベンチによる厳密な検証と品質管理された製造工程は、CpGアイランド特異的アッセイの特異性と増幅効率を高めます。EpiTect Methyl II Custom PCR Arrayのアッセイ性能は、適切なRT2 SYBR® Green qPCR Mastermixを用いた際に最大に発揮されます。

EpiTect Methyl II Custom PCR Arrayは遺伝子プロモーターパネルのDNAメチル化プロファイリングを同時に実施します。特定の研究分野に関連する24あるいは96個までの遺伝子のメチル化状態を解析するために、アレイは96および384ウェルプレートでお届けしています。必要な遺伝子とプレートフォーマット(図 “EpiTect Methyl qPCR Arrayフォーマット”)を選択後、お問い合わせください。

操作手順

最初に、4種類の制限酵素分解をセットするため、EpiTect Methyl II DNA Restriction Kitのコンポーネントにmock (Mo)、methyl-sensitive (Ms)、methyl-dependent (Md), double (Msd)のそれぞれのゲノムDNAサンプルを等量追加します。分解後、加熱により酵素を不活性化します。 その後、各分解液を適切なRT2 SYBR Green qPCR Mastermixと混和し、EpiTect Methyl II PCR Arrayの適切なウエルに分注します。 リアルタイムPCR装置で、推薦されたサイクリングプログラムを実施します。

各遺伝子特異的なアッセイで各分解産物を分析するために、装置のソフトウェアを使ってCT 値を計算します。その後、値をエクセルベースのデータ解析テンプレート(アレイフォーマット)にペーストし、メチル化DNAの比率を計算します。

アプリケーション
EpiTect Methyl II PCRシステムは画期的なテクノロジーで、以下のようなアプリケーションに対応する多様なツールです。

  • メチル化パターンのプロファイリング
  • ゲノムワイドなメチル化解析の検証
  • がんおよび幹細胞のバイオマーカー探索
  • 毒物学的および疫学的スクリーニング
  • 遺伝子発現制御のキャラクタリゼーション
  • エピジェネティックなDNA メチル化解析

さらに、EpiTect Methyl II PCR Arrayはまた、RT2 Profiler PCR Array およびAssayで観察された遺伝子発現変化の背後にある制御機構を研究するための強力なツールです。

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キットハンドブック
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For pathway- or disease-focused profiling of regional DNA methylation using MethylScreen technology
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安全データシート
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