Type-it Fast SNP Probe PCR Kit

TaqMan またはTaqMan MGBプローブを用いた正確で信頼できるSNP ジェノタイピング

  • TaqMan SNP Genotyping Assay により性能を実証済み
  • 自動化アレルコーリングと明確なクラスタリング
  • SNP 解析困難な遺伝子座や微量のテンプレートにも最適
  • 高速サイクリング法により最高40%時間を短縮

特異性の高いHotStarTaq Plus DNA Polymerase と新しく開発されたバッファーシステムをベースにしたType-it Fast SNP Probe PCR Kitは、信頼できる明確なアレル識別を実現します。マスターミックス中の全成分の組み合わせにより、正確で特異性の高いプローブ結合を実現します。TaqMan SNP Genotyping Assays により検証されたType-it Fast SNP Probe PCR Kit は、増幅の難しいGC リッチなSNP 遺伝子座や微量のスタートテンプレートでも再現性のあるSNPジェノタイピングを実現します。

製品名 Cat. no. List price:
Type-it Fast SNP Probe PCR Kit (100)
For 100 x 25 μl reactions: 2x Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix, 5x Q-Solution, RNase-Free Water
206042
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Type-it Fast SNP Probe PCR Kit (800)
For 800 x 25 μl reactions: 6 x 1.7 ml of 2x Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix, 5x Q-Solution, RNase-Free Water
206045
¥140,000
Type-it Fast SNP Probe PCR Kit (4000)
For 4000 x 25 μl reactions: 2 x 25 ml of 2x Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix, 5x Q-Solution, RNase-Free Water
206047
¥600,000

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit  は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。


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自動アレルコーリングで最高の成功率。|特異性の高いプローブ結合。|ジェノタイピングのワークフロー。|微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング。|アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム。|
異なるDNAパネルでの自動化された平均アレルコールレートを、6種類のTaqMan MGBを利用したSNPジェノタイピングアッセイと各60サンプルから1 ngのゲノムDNAを用いて解析した。PCRは、384 ウェルプレート、5 μlの各反応溶液量で表記の製品を用いて行なった。アレル識別のためのプレート読み取りはApplied Biosystems 7900HTで行なった。Type-it Fast SNP Probe PCR Kitでは一貫して最も高いコールレートと最も低いエラー率であった。|他社のバッファーシステムは、ミスマッチなプローブが非特異的に結合するため、アレルのクラスターの分離が悪いことが多い。Type-it Fast SNP Probe Buffer Systemは、ミスマッチプローブの非特異的な結合を抑制することにより、プローブ融解温度のウィンドを狭め、明確な識別を実現する。アレルのクラスターはそれぞれ解離し、明確に分離されている。|特異性の高いHotStarTaq Plus Polymerase を含む Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix は、室温で迅速かつ容易に反応セットアップを行なえ、微量のテンプレートでも特異的な増幅を実現する。|[A] Type-it Fast SNP Probe PCR Kit および [B]  A 社のジェノタイピング用マスターミックスを用いて80種類のゲノムDNAパネル(5 μlの反応液あたり10 ngあるいは1 ng)でジェノタイピングを行ない、Allelic discriminationプロットを作製した。微量のテンプレートを使用した場合でも、Type-it Fast SNP Probe PCR Master MixはA社のマスターミックスよりも優れており、まとまったクラスタリングと信頼できる結果が得られた。rs 951134(aryl-hydrocarbon receptor repressor gene)用TaqMan SNP ジェノタイピングと2つのテンプレートを含まないコントロール(NTCs)を用いてはApplied Biosystems 7900HT上でPCRを行い、解析した。黒:NTCs; 青:FAM蛍光により検出されたホモ接合体(T allele); 緑:ヘテロ接合体サンプル; 赤:VIC蛍光により検出されたホモ接合体(A allele)。データはconfidence 98%で解析した。|[A]  特許申請中のPCR バッファーはアニーリングステップを5秒間に短縮する促進分子、Q-Bond を含んでいる。Q-Bond は短い一本鎖DNAフラグメントへのTaq DNAポリメラーゼの親和性を増大し、プライマーが確実にアニーリングするための 時間を短縮する。[B] Q-Bond が存在しないと、プライマーとポリメラーゼが段階的にテンプレートに結合するのでアニ-リングステップに時間がかかる。|
パフォーマンス

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは一定して高精度なSNPジェノタイピングを実現します。 

アレル特異的プローブの厳密性と特異性の高い結合 

Type-it Fast SNP Genotyping PCR Master Mix は特異性の高い HotStarTaq Plus DNA Polymerase と新しく開発されたSNPジェノタイピングPCRバッファーシステムで構成されているため、特異的なプローブ結合および一定した強い蛍光シグナルを実現します。市販されている他社のSNPジェノタイピング用マスターミックス試薬と比べて、アレルのクラスターがより明確に分離できます(図“特異性の高いプローブ結合”)。

微量のテンプレートでも高いコールレートを実現

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は、各アレルのクラスターを明確に分離し、同一アレルがまとまったクラスターを形成するので、信頼できるSNP ジェノタイピングが可能で、その結果タイピングが困難なターゲットやSNP遺伝子座でも高いコールレートが得られます(図“自動アレルコーリングで最高の成功率”)。他社のSNP ジェノタイピング用キットと比較して、Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは、1 ng のテンプレートDNA からでも、密集したクラスタリングを実現します(図“微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング”)。

原理

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは簡便なマスターミックス・フォーマットで、特異性の高いHotStarTaq Plus DNA Polymeraseおよび迅速で効率的な増幅を実現するためにデザインされたSNPジェノタイピング用バッファーシステムで構成されています。この画期的なキットはアレルのばらつきのないクラスタリングおよび明確な分離を実現し、高いコールレートおよび正確で再現性の高い確実な結果が得られます(表)。

高い特異性と感度

HotStarTaq Plus DNA Polymeraseはマスターミックス中に含まれ、少量のテンプレートでも特異性の高い増幅を実現します。 HotStarTaq Plus DNA Polymeraseは、常温では不活性状態でポリメラーゼ活性はありません。この特性により低温でのミスプライムによる増幅産物やプライマーダイマーの形成を抑制できます。 

ユニークなバッファーシステム

マスターミックス成分であるType-it Fast SNP PCR Buffer はまた、配列特異的な 5'-ヌクレアーゼプローブを用いた高速SNPジェノタイピング用に特化されています。Type-it Fast SNP PCR Buffer のユニークな成分により高い厳密性と特異性でアレルに特異的なプローブの結合が可能です (match probe)。プローブの融解挙動を変えることにより、融解温度のウィンドを狭めます。オリジナルQIAGEN PCR Bufferをベースにしたこの革新的なバッファーは、各PCRサイクルの短いアニーリングステップ中で特異的プライマー結合の非特異的プライマー結合への比率を高めます。このPCRバッファーはユニークな配合比のKClと (NH4)2SO4を含み、従来のPCRバッファーに比べ、幅広いアニーリング温度やMg2+濃度の範囲で厳密で特異的なプライマー・アニーリングを実現します。従って、異なるアニーリング温度あるいはMg2+ 濃度を用いて行なうPCRの至適化は最小限ですみ、または不要なこともあります。

Type-it Fast SNP PCR buffer に添加されているQ-Solutionは増幅困難なゲノム領域やSNP遺伝子座の反応条件を提供します。斬新なQ-BondテクノロジーによりSNPジェノタイピング結果が迅速に得られます(図“アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム”)。Type-it Fast SNP Probe PCR Kit のマスターミクス中のROX濃度はまたApplied Biosystems社の全装置でのSNP ジェノタイピングに対応できます。しかしROX色素はパッシブリファレンスとしてROXが不要なその他の装置でも使用可能です(表)。 

キットの特長
キット成分特長
2x Master Mixフォーマット*TaqMan MGBプローブによるSNPジェノタイピングのために開発
SNPジェノタイピングを全てのサイクラーで使用できるように最適化
HotStarTaq Plus DNA Polymerase室温で迅速かつ簡単に反応セットアップ可能
少量のテンプレートでも特異性の高い増幅
Type-it Fast SNP Probe PCR Buffer各アレルのクラスターを明確に分離
アレルのまとまったクラスタおよび高いコールレート
プローブの結合特異性を増大
Q-Bond Moleculeによる高速サイクリング
Q-SolutionGCリッチのSNP遺伝子座でもスキャッタープロット解析でまとまったクラスターと強度なシグナル
最適でないアレルコーリングをさらに改善可能
* ROX Reference Dye、dNTPs、MgCl2を含有。
操作手順

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは市販のSNPジェノタイピングアッセイにより性能を実証済みで、TaqMan MGBプローブや、TaqMan MGB、TaqMan、その他ダブル標識プローブを用いてユーザーが開発したプローブベースのアッセイにも使用可能です。キットに付属の至適化済みのプロトコールにより、迅速かつ確実な解析を行なえます。

迅速に結果が得られる高速サイクリング法

Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mixは、配列特異的なプローブを用いた高速サイクリングPCRに適した反応条件を実現します。 本バッファーは独自のQ-Bond Moleculeを含み、標準的なサーマルサイクラーだけでなく、高速な加熱・冷却機能を持つサーマルサイクラーでもサイクリング時間を短縮します。高速サイクリング法はPCRラン時間を最高40%まで短縮することによりサンプル処理数を増大できます(“ジェノタイピングのワークフロー”)。 

簡便なキットフォーマット

本キット にはすでに至適化され即使用可能なマスターミックスが添付され、さらに使いやすくなっています。マスターミックスを使用すると、時間の節約、反応セットアップの簡略化、ピペッティングエラーやコンタミの発生源排除による再現性向上を実現します —  ピペッティング操作は最小限に抑えられ、時間のかかる計算は不要です。HotStarTaq Plus DNA Polymerase(マスターミックスに含有) は、95℃、5分間のインキュベーションステップで活性化され、このステップは既存のサーマルサイクリングのプログラムに容易に導入できます。マスターミックスを用いて、反応セットアップを室温で迅速かつ容易に行なえます。

対応可能な装置

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は、蛍光強度プレートリード解析で使用するリアルタイムPCR装置にフィットするoptical PCR plate をセット可能な高速温度変化対応サイクラーでも、標準のサイクラーでもSNP PCRアッセイの増幅に至適化されています(表参照)。

対応可能な装置
サイクラーモデル
リアルタイムPCRサイクラーQIAGEN:Rotor-Gene Q
ABI PRISM 7900 (all series)
Applied Biosystems 7500 (all series)
Applied Biosystems 7300
ABI PRISM 7700
ABI PRISM 7000
ABI StepOne and StepOnePlus
Bio-Rad: iCycler iQ
Roche:LightCycler 480
Stratagene:Mx3000P およびMx3005P
スタンダードなサイクラ―標準的なランプ速度のサイクラー (例; GeneAmp 9700)
高速ランプ速度のサイクラー (例;GeneAmp 9800)
アプリケーション

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit はTaqMan MGBプローブを用いたSNP検出や以下のような様々な分野で使用可能です:

  • 疾患遺伝子座のタイピング
  • バイオマーカーの探索

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パンフレット
5
Second edition — innovative tools
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Now with even more applications!
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Addressing critical factors and new solutions
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優れた温度均一性を実現するリアルタイムPCR 装置
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PCR 実験における重要項目と新技術
詳細を表示
キットハンドブック
2
MSDS
1
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
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画像
Maximal Success in Automated Allele Calling
自動アレルコーリングで最高の成功率。

異なるDNAパネルでの自動化された平均アレルコールレートを、6種類のTaqMan MGBを利用したSNPジェノタイピングアッセイと各60サンプルから1 ngのゲノムDNAを用いて解析した。PCRは、384 ウェルプレート、5 μlの各反応溶液量で表記の製品を用いて行なった。アレル識別のためのプレート読み取りはApplied Biosystems 7900HTで行なった。Type-it Fast SNP Probe PCR Kitでは一貫して最も高いコールレートと最も低いエラー率であった。

Highly Specific Probe Binding due to the Unique SNP Genotyping Buffer System
特異性の高いプローブ結合。

他社のバッファーシステムは、ミスマッチなプローブが非特異的に結合するため、アレルのクラスターの分離が悪いことが多い。Type-it Fast SNP Probe Buffer Systemは、ミスマッチプローブの非特異的な結合を抑制することにより、プローブ融解温度のウィンドを狭め、明確な識別を実現する。アレルのクラスターはそれぞれ解離し、明確に分離されている。

Genotyping Workflow Using the Type-it Fast SNP Probe PCR Kit
ジェノタイピングのワークフロー。
特異性の高いHotStarTaq Plus Polymerase を含む Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix は、室温で迅速かつ容易に反応セットアップを行なえ、微量のテンプレートでも特異的な増幅を実現する。
Reliable SNP Genotyping even when Using Small Template Amounts
微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング。
[A] Type-it Fast SNP Probe PCR Kit および [B]  A 社のジェノタイピング用マスターミックスを用いて80種類のゲノムDNAパネル(5 μlの反応液あたり10 ngあるいは1 ng)でジェノタイピングを行ない、Allelic discriminationプロットを作製した。微量のテンプレートを使用した場合でも、Type-it Fast SNP Probe PCR Master MixはA社のマスターミックスよりも優れており、まとまったクラスタリングと信頼できる結果が得られた。rs 951134(aryl-hydrocarbon receptor repressor gene)用TaqMan SNP ジェノタイピングと2つのテンプレートを含まないコントロール(NTCs)を用いてはApplied Biosystems 7900HT上でPCRを行い、解析した。黒:NTCs; 青:FAM蛍光により検出されたホモ接合体(T allele); 緑:ヘテロ接合体サンプル; 赤:VIC蛍光により検出されたホモ接合体(A allele)。データはconfidence 98%で解析した。
Mechanism of Fast Cycling during Annealing
アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム。
[A]  特許申請中のPCR バッファーはアニーリングステップを5秒間に短縮する促進分子、Q-Bond を含んでいる。Q-Bond は短い一本鎖DNAフラグメントへのTaq DNAポリメラーゼの親和性を増大し、プライマーが確実にアニーリングするための 時間を短縮する。[B] Q-Bond が存在しないと、プライマーとポリメラーゼが段階的にテンプレートに結合するのでアニ-リングステップに時間がかかる。