qBiomarker Copy Number PCR Arrays

• どのリアルタイムサイクラーでもコピー数のプロファイリングを実現
• ウエットベンチによる試験済み済みアッセイ
• 優れた正規化のためにマルチコピーリファレンスアッセイを搭載
• 使いやすい無料のデータ解析ツール

qBiomarker Copy Number PCR Arraysは、シグナル伝達あるいは疾病と関連するゲノム遺伝子座パネルでコピー数を測定するようにデザインされています。これらのアレイは、生殖細胞でのコピー数変化（コピー数多型、またはCNV）または後天性のコピー数変化（コピー数異常、またはCNA）のどちらでも検出します。ゲノム遺伝子座はDatabase of Genomic Variants（DGV）などの広範に精選されたデータベースおよび臨床または機能的な適合性や出現頻度に基づいた文献レビューから選択されています。

DNAサンプル中のコピー数変化を評価するためにリアルタイムPCRを使用する場合、2つの要素（リアルタイムPCRアッセイの性能とDNAインプットの確実な正規化）が重要になります。qBiomarker Copy Number PCR Array上のすべてのqBiomarker Copy Number PCR Assayは、リアルタイムPCR結果の正確さに影響する次のようないくつかの特性についてウエットベンチで試験済みです：特異性、広いダイナミック・レンジ、均一で高い増幅効率。アッセイ品質のラボ検証により、qBiomarker Copy Number PCR Assaysで信頼性の高い結果が確実に得られます。

実際、qBiomarker Copy Number PCR Assaysは、すでに細胞遺伝学的方法によって同定済みの染色体異常を含む細胞株において、異数性を正確に同定しました。X染色体上に共に存在する AR と MECP2のアッセイは、1、3、4コピーのX染色体を持つ細胞株における遺伝子コピー数を正確に定量しました。

qBiomarker Copy Number PCR ArraysはqBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay（Mref）を使用し、DNAインプットの優れた正規化を実現します。RNase Pのようなシングルコピーリファレンス遺伝子は、がん細胞株では、 信頼性の低い正規化をもたらします。対照的に、MRefアッセイにより 正確な正規化を実現し、より信頼性の高い結果が得られます。アレイ上の各qBiomarker Copy Number PCR Assayのラボ検証ならびにMRefアッセイによる優れたDNAインプットの正規化の両方が、正確で信頼性の高い結果を実現します。

各qBiomarker Copy Number PCR Arrayは、パスウェイや疾病に関連するGOI/ROIの厳密に選択したセットに対応するqBiomarker Copy Number PCR Assaysで構成されています。統計的解析を用いてコピー数コールの精度を高めるため、各アッセイは4 replicateでセットされています。アレイは96ウェルプレート、384ウェルプレート、およびRotor-Discフォーマットで入手可能です。 96ウェルプレートアレイおよび  Rotor-Discアレイ は1サンプル用に24遺伝子（23ターゲット遺伝子とMRef）それぞれで4 replicate、 384ウェルプレートアレイ は4サンプル用に24遺伝子（23ターゲット遺伝子とMRef）の16 replicate、あるいは1サンプル用に96遺伝子（95ターゲット遺伝子とMRef）の4replicateで構成されています。

すべてのqBiomarker Copy Number PCR Assayは、独自のゲノム領域内に設定されています。マルチコピーリファレンスアッセイであるqBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay（Mref）は各アレイに含まれています。リファレンスアッセイはヒトゲノムに40回以上存在する安定した配列を認識し、そのコピー数は局所的なゲノム変化の影響を受けないか、最小限の影響しか受けません。テスト中にこのリファレンスアッセイを含めることにより、ΔΔC_T法を使用することが可能であり、特定のターゲットに対してコピー数のコールあるいは相対的なコピー数変化のコールを正確に行なえます。

qBiomarker Copy Number PCR Arrayフォーマットと 操作手順 の簡便さにより、リアルタイムPCR装置を所有するどのようなラボでもルーチンでコピー数のプロファイリングを実施できます。

qBiomarker Copy Number PCR Array 操作手順を遂行するには、新鮮凍結したサンプルから単離したゲノムDNA、あるいはFFPE切片からのDNA（QIAGEN QIAamp DNA Mini KitまたはFFPE Tissue Kitを推奨）で開始します。DNAサンプル量が限られている場合は、オプションで、新鮮または凍結した組織からのDNAをQIAGEN REPLI-g UltraFast Kitにより均一に増幅することができます。次に、お客様のDNAを適切なqBiomarker SYBR^® Green Mastermixと混和し、混和液をあらかじめ遺伝子座に特異的なプライマーアッセイが入った同一のqBiomarker Copy Number PCR Arrayプレートの各ウェルに分注します。テストサンプルとリファレンスゲノムを比較するΔΔC_T 法を用いて特定サンプルのコピー数状態を決定するために、リアルタイムPCRを行ないます。オプションのDNAサンプル品質コントロールステップは、検出アレイのセットアップの直前に行なうことができます。

qBiomarker Copy Number PCR Arraysは、パスウェイあるいは疾病に関連する遺伝子セットでのコピー数の変化や多型の正確なプロファイリングに最適です。