Antisense LNA GapmeRs
LNA技術で強化されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いたmRNAおよびlncRNAの非常に効果的なノックダウン
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Antisense LNA GapmeR Premium (5 nmol)
Cat. No. / ID: 339517
5 nmol Custom Antisense LNA GapmeR, Premium cell-culture grade, provided in tube format
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OligonucleotidesControl
Antisense LNA GapmeR
Antisense LNA GapmeR Controls
Type
Premium
in vivo Ready
in vivo Large Scale
Standard
Quantity
5 nmol
15 nmol
Antisense LNA GapmeRsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。
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Features
- 相補的RNAを標的としたRNase H-による遺伝子分解
- RISCを介さないのでオフターゲット効果がなく、ストランド特異的ノックダウン
- in vivo およびin vitro で活性化するため、幅広いモデルシステムでRNA機能解析が可能
- mRNAおよびlncRNAのノックダウンのためのsiRNAの優れた代替品
- トランスフェクション試薬を必要とせずに細胞細胞へ導入が可能
- 様々なコントロールでトランスフェクションやプロトコールの最適化をサポート
Product Details
Antisense LNA GapmeRは、細胞培養および動物モデルにおいて、lncRNAおよびmRNAのサイレンシングのための非常に強力な一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド（ASO）です。Antisense LNA GapmeR Positive Controls は、脂質ベースのトランスフェクション、エレクトロポレーション、またはそのものを自然に取り込む作用機序の最適化に利用できます。 GapmeRはLNA技術 で強化され、高度で経験的に開発されたアルゴリズムを使用して設計され、優れた性能と高い成功率を提供します。
研究プロジェクトでのお見積り、または弊社専門チームとのプロジェクトについて、ご希望がありましたら、 こちらよりお気軽にご相談ください。
独自のLNAアンチセンスGapmeRをデザインするには、Antisense GapmeR Designer の製品ページをご覧ください。
LNAアンチセンスGapmeRでデザインした結果は、Antisense GapmeR Designer ページにアクセスして、 "View design requests" タブをクリックします。
デザインツールは、QIAGENウェブサイトのアカウントにログイン後、ご利用いただけます。
Performance
mRNAまたはlncRNAを強力にノックダウン
Antisense LNA GapmeRsを用いたmRNAノックダウンの有効性は、siRNAによる手法に匹敵します（ Antisense LNA GapmeRs have higher success rate and potency than siRNAs参照）。これはRISC以外の方法やmiRNA様のものやオフターゲット効果のない方法を模索している研究者にとっては優れた選択肢となります。lncRNAのサイレンシングの新しい選択肢
lncRNAの機能を喪失させる研究は、いくつかの理由により困難に直面することがあります。多くのlncRNAは、クロマチン修飾酵素が特定のDNA標的と相互作用して転写調節を行います。この作用機序は核内に限定されるので、lncRNAをsiRNAで不活化させるのは非効率といえます。一方、核内に保持されたRNAは、Antisense LNA GapmeRが特に有効です。なぜかといえば、RNase H が核内には潤沢に存在し、Antisense LNA GapmeRはこのRNase Hと効率的に働くからです（ Silencing of mRNA and long non-coding RNA using Antisense LNA GapmeRs 参照）。さらにlncRNAはしばしば重複したセンスおよびアンチセンス転写産物を有する複雑な転写を行う遺伝子座に由来することもあります。そのため、鎖特異的ノックダウンは非常に重要であり、Antisense LNA GapmeRはそれらに最適です。Antisense LNA GapmeRは、細胞内局在にかかわらず、様々なlncRNAの効果的なノックダウンを提供します（ Efficient knockdown with Antisense LNA GapmeRs, regardless of RNA target type and subcellular localization 参照）。トランスフェクション試薬が不要
Antisense LNA GapmeRは、そのサイズが小さく、効力および安定性が優れているため、培地から直接細胞に効率的に取り込まれます。 これにより、トランスフェクション試薬を介さないために、細胞毒性を排除しながら、多くの細胞株の標的RNAのノックダウンをすることができます。（ LNA GapmeRs can be used without a transfection agent参照）。トランスフェクション試薬を介さないでの取込みは、脂質ベースのトランスフェクションで必要とされるよりも高い濃度のAntisense LNA GapmeRを必要とし、ノックダウン速度はより遅くなります。 通常、Antisense LNA GapmeRでのノックダウンは、約48時間培養後に観察されます。特異的かつ強力なポジティブコントロール
Antisense LNA GapmeRポジティブコントロールは、実験的に検証されており、幅広い種類の細胞で発現する、さまざまな種類のRNA標的に対して非常に強力な活性を示します。 このコントロールは、異なる細胞内局在を有する、さまざまなRNAで利用でき（ Performance of Antisense LNA GapmeR Positive Controls 参照）、ほとんどのアプリケーションで適切なコントロールとして利用することができます。 すべてのAntisense LNA GapmeRポジティブコントロールは、特異性を最大化するように設計され、標的に対して非常に強力な活性を示すように、検証実験を行っています。生体動物でのRNA機能解析
Antisense LNA GapmeRの優れた薬物動態学的および薬力学的特性は多くの組織や器官で実証がなされています。これらLNAアンチセンスオリゴは、生体内で耐容性が良く in vivo での毒性も低いことが示されています。さらに、短鎖で強い結合を示すAntisense LNA GapmeRは、他のアンチセンスオリゴヌクレオチドにくらべ、より低濃度で高い活性を示します。またLNAのアンチセンスオリゴは、血清にも安定性を示します。アンチセンスLNA GapmeRは、細胞膜の障壁に浸透し、細胞内および核内の標的と相互作用します。 それらはまた、生きた動物モデルにおける様々な組織でmRNAおよびlncRNAの効果的で持続的なノックダウンを可能にします。 さらに、リポソームまたはカチオン性複合体を使用する試薬は、効率的な in vivo での輸送に必要としないため、作業フローも簡単です。核内に潤沢に存在するlncRNAの in vivo ノックダウンの例を図 Efficient in vivo knockdown with LNA GapmeRs in a broad spectrum of tissues に記します。
See figures
Antisense LNA GapmeRs have higher success rate and potency than siRNAs.
Silencing of mRNA and long non-coding RNA using Antisense LNA GapmeRs.
Efficient knockdown with Antisense LNA GapmeRs, regardless of RNA target type and subcellular localization.
LNA GapmeRs can be used without a transfection agent.
Performance of Antisense LNA GapmeR Positive Controls.
Efficient in vivo knockdown with LNA GapmeRs in a broad spectrum of tissues.
Silencing of mRNA and long non-coding RNA using Antisense LNA GapmeRs.
Efficient knockdown with Antisense LNA GapmeRs, regardless of RNA target type and subcellular localization.
LNA GapmeRs can be used without a transfection agent.
Performance of Antisense LNA GapmeR Positive Controls.
Efficient in vivo knockdown with LNA GapmeRs in a broad spectrum of tissues.
Principle
オフターゲット効果のほとんどないmRNAおよびlncRNAの効率的なサイレンシング
Antisense LNA GapmeRは、タンパク質、mRNAおよびlncRNAの機能喪失研究のための強力なツールです。 これらの一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド（ASO）は、相補的RNA標的のRNase Hによる分解を触媒します。 Antisense LNA GapmeRは16ヌクレオチドの鎖長で、両末端にLNAを含む配列、そして中央のLNAを含まない領域（ギャップ）を持つことから「GapmeR」という名前を付けました（ A unique short, single-stranded antisense design 参照）。LNAを含む両端の部位は、ターゲットへの結合力はGC含有量に関係なく強化され、さらにヌクレアーゼ耐性も兼ね備えています。中央のDNA「ギャップ」は、ターゲットRNAに結合するとRNase H-によって切断されます。Antisense LNA GapmeRは、修飾されたホスホロチオエート（PS）バックボーンを有し、酵素分解に対する優れた耐性があります。洗練された設計パラメーター
Antisense LNA GapmeRは、LNAデザインで20年以上の経験を積み重ねた設計ツールを使用して設計されています。 このツールは、各RNAターゲットで、30以上の設計パラメーターを使用して、数千の可能なデザインを評価し、強力で特異的な標的ノックダウンを提供する可能性が最も高いAntisense LNA GapmeRとしています。主な設計パラメータは次のとおりです：
- 最適なターゲット配列へのアクセシビリティ ― 設計ツールは、局所二次構造予測に基づいて標的配列を選択
- アンチセンスオフターゲットの評価 ― GapmeR配列は、ENSEMBLを参照して、スプライシングされた転写物およびスプライシングされていない転写物においてオフターゲットを最小にするような特異的なアンチセンスLNA GapmeRを選択
- 長さ、Tm、ギャップサイズ、自己相補性、LNAポジションなどを含む最適なオリゴヌクレオチドデザイン
カバレッジ
Antisense LNA GapmeRは、80塩基以上のRNAターゲットに対して設計することができ、用途に応じていくつかの異なるグレードで利用できます：- Antisense LNA GapmeR Standard: 標準的な細胞株を用いた複数のデザインの初期試験用。費用対効果の高いLNA GapmeRです。
- Antisense LNA GapmeR Premium: 純度が保証されたHPLC精製グレードのLNA GapmeRは、ほとんどの細胞アッセイに適しています。また、5 'または3'蛍光標識でも利用できます。
- Antisense LNA GapmeR in vivo Ready: インビボテストを実施しているプロジェクトには、高品質で生体グレードのLNA GapmeRをおすすめします。また、B細胞、初代細胞株、懸濁細胞など、トランスフェクトが困難な細胞株にもおすすめします。
- Antisense LNA GapmeR in vivo Large Scale: 様々な精製およびラベリングオプションを備えた大容量の高品質、生体グレードのLNA GapmeRです。
- Antisense LNA GapmeR Custom Plates: 標準的なLNA GapmeRで、スクリーニングプロジェクトに便利な96ウェルプレートフォーマットで提供されます。
in vivo 研究のための高純度アンチセンスLNA GapmeR
in vivo 研究用のより高純度のアンチセンスLNA GapmeRを提供しています。これらのAntisense LNA GapmeRは、優れた薬物動態学的および薬力学的特性を有し、広範囲の組織において効果的かつ持続的なRNAサイレンシングを提供できます。またそれらは、耐容性が高く、in vivo で低い毒性を示す特徴があります：- 高いターゲット親和性：末端に位置するLNAヌクレオチドは、標的に対する親和性を増加させます。
- 優れた安定性：LNAヌクレオチドとホスホロチオエート主鎖修飾の組み合わせは、生体内で高い安定性をもたらします。 LNA GapmeRはヌクレアーゼ耐性が高く、血清中での半減期も長いです。
- 短鎖長：LNA修飾により、高い標的親和性の、短い（15–16mer）ギャップマーの設計が可能になります。これは、典型的には約20ヌクレオチド長である従来のギャップマーよりもはるかに短いです。より短いオリゴヌクレオチドは、細胞に備わる摂取機構を介して効率的に取り込まれるので、Antisense LNA GapmeRは、生体動物モデルにおいて非常に有効な手法です。さらに、短いオリゴヌクレオチドは、Toll-like receptorおよび補体系の成分のような、結合タンパク質からの毒性を受けにくいことも有利な点です。
- 優れた生体内分布：標準的なホスホジエステル骨格を持つオリゴヌクレオチドは尿中に流れて失われますが、PS修飾オリゴヌクレオチドは血流中のアルブミンと結合します。この広範ではあるが低親和性の結合は、腎臓濾過によるPS修飾オリゴヌクレオチドの損失を防止し、広範囲の組織における迅速な取り込みを促進するのに役立ちます。
| Stage | Design | Screening | in vitroOptimization | in vivoStudies | |
| Requirement |
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| Solution | Online GapmeR design tool | Antisense LNA GapmeR Standard or GapmeR Custom Plates | Antisense LNA GapmeR Premium | Antisense LNA GapmeRin vivoReady | Antisense LNA GapmeRin vivoLarge Scale |
| Product | Cat. no. | Purity | Amount | PS | Standard desalting | HPLC | Na+ exchange | Available with 3' and 5' FAM |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Antisense LNA GapmeRStandard | 339511 339512 | No purity guarantee | 5 nmol 15 nmol | yes | yes | no | no | yes |
| Antisense LNA GapmeRPremium | 339517 339518 | ≥75% | 5nmol 15 nmol | yes | no | yes | no | yes |
| Antisense LNA GapmeRin vivoReady | 339523 339524 | ≥75% | 5nmol 15nmol | yes | no | yes | yes | yes |
| Antisense LNA GapmeRin vivoLarge Scale | 339532 | Custom | Custom, from 5 mg to 1 kg | yes | yes/no | yes/no | yes/no | yes |
| Antisense LNA GapmeR Custom Plates | 339530 | No purity guarantee | 0.2 nmol | yes | yes | no | no | no |
See figures
Procedure
Antisense LNA GapmeRは、主としてそれらによって発現を阻害することで生じる生物学的結果を評価することで、標的としたmRNAまたはlncRNAの機能を研究するのに使用されます。 mRNAまたはmRNAのサイレンシングの効果は、細胞増殖、細胞分化、またはアポトーシスなどをモニターする多くの研究に利用することができます。遺伝子発現への影響は、RNAまたは推定タンパク質標的のレベルで測定することもできます。アンチセンスLNA GapmeRを再懸濁後、トランスフェクション試薬を使用して、または細胞そのものの機能（gymnosis）を利用して細胞に導入し、その後の適切な時期に表現型効果を評価します。
in vivo でのアンチセンスLNA GapmeRのグレードは、蛍光色素または他ラベルが利用可能です。それらはNa塩で乾燥して配送され、PBSに溶解すればそのまま使うことができます。ご希望の品質でお届けすることも、前臨床毒性試験やヒト試験に必要な文書を添付することも可能です。GapmeRは適切な溶媒に再懸濁後、ナノ粒子またはリポソーム中の高価な製剤を必要とすることなく、全身に直接注射することができます。 LNA GapmeRは、様々な経路（皮下、静脈内、腹腔内など）で投与することができます。詳細は、in vivo ガイドラインを参照してください。
in vivo でのアンチセンスLNA GapmeRのグレードは、蛍光色素または他ラベルが利用可能です。それらはNa塩で乾燥して配送され、PBSに溶解すればそのまま使うことができます。ご希望の品質でお届けすることも、前臨床毒性試験やヒト試験に必要な文書を添付することも可能です。GapmeRは適切な溶媒に再懸濁後、ナノ粒子またはリポソーム中の高価な製剤を必要とすることなく、全身に直接注射することができます。 LNA GapmeRは、様々な経路（皮下、静脈内、腹腔内など）で投与することができます。詳細は、in vivo ガイドラインを参照してください。
Applications
Antisense LNA GapmeRは、タンパク質、mRNA、およびlncRNAの機能喪失の研究に強力なツールとなります。
Antisense LNA GapmeR Positive Controlsは、細胞培養に効果的に送達されると、ターゲットのRNAを強力にノックダウンするので、脂質ベースのトランスフェクションまたはエレクトロポレーション条件の最適化に非常に有用です。それらはまた、特定の細胞株の摂取不能性を試験するのにも利用できます。
動物モデルでのRNA機能は、Antisense LNA GapmeRによるRNAサイレンシングの生物学的影響を研究することによって推測することができます。このような研究は、いくつかのヒト疾患においてlncRNAによる重要な役割を明らかにしています。
Antisense LNA GapmeR Positive Controlsは、細胞培養に効果的に送達されると、ターゲットのRNAを強力にノックダウンするので、脂質ベースのトランスフェクションまたはエレクトロポレーション条件の最適化に非常に有用です。それらはまた、特定の細胞株の摂取不能性を試験するのにも利用できます。
動物モデルでのRNA機能は、Antisense LNA GapmeRによるRNAサイレンシングの生物学的影響を研究することによって推測することができます。このような研究は、いくつかのヒト疾患においてlncRNAによる重要な役割を明らかにしています。
Supporting data and figures
Silencing of mRNA and long non-coding RNA using Antisense LNA GapmeRs.
Antisense LNA GapmeRs are single-stranded LNA oligonucleotides that hybridize and catalyze degradation of their target RNA. We exploit the fact that DNA:RNA duplexes are recognized by RNase H1 in the nucleus, creating an endonucleolytic cleavage in the RNA strand. The two generated fragments are then degraded by exonucleases. The Antisense LNA GapmeR is released and will continue on, guiding degradation of another RNA strand.
Resources
キットハンドブック (1)
MSDS (1)
パンフレット (1)
Safety Data Sheets (9)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (1)
Kit Handbooks (1)
Publications
p53 induces formation of NEAT1 lncRNA-containing paraspeckles that modulate replication stress response and chemosensitivity.
Nat Med; 2016; 22 (8):861-8 2016 Jul 4 PMID:27376578
Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON.
Nature; 2016; 531 (7595):518-22 2016 Mar 24 PMID:27008969
Long noncoding RNA Chast promotes cardiac remodeling.
Sci Transl Med; 2016; 8 (326):326ra22 2016 Feb 17 PMID:26888430
The LINK-A lncRNA activates normoxic HIF1α signalling in triple-negative breast cancer.
Nat Cell Biol; 2016; 18 (2):213-24 2016 Jan 11 PMID:26751287
Long noncoding RNA MALAT1 regulates endothelial cell function and vessel growth.
Circ Res; 2014; 114 (9):1389-97 2014 Mar 6 PMID:24602777
FAQ
Does QIAGEN offer an anti-GFP gapmer control?