PAXgene Blood RNA Kit

パクスジーンRNA採血管で安定化した全血からの細胞RNAの分離および精製

S_1391_RPA_PAX1163

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PAXgene Blood RNA Kit (50)

Cat. No. / ID:  762174

50 PAXgene Spin Columns, 50 PAXgene Shredder Spin Columns, Processing Tubes, RNase-Free DNase I, RNase-Free Reagents and Buffers. To be used in conjunction with PAXgene Blood RNA Tubes
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¥87,500
On May 26, 2022, the five-year transitional period (announced in April 2017) for the new EU Regulation on In Vitro Diagnostic Medical Devices (IVDR 2017/746) will end. This requires a transition from EU IVD Directive 98/79/EC (IVDD) to IVDR for all Class A non-sterile products including nucleic acid isolation kits. The completion will be documented by the signing of a Declaration of Conformity (DoC). Once the DoC has been signed, it may take several months for the IVDR product to be commercially available due to international regulatory product registrations outside of the European Union. For those countries, PAXgene Blood RNA products previously CE-marked according to IVDD will be available after May 26, 2022, until the sell-off provision* is reached that is 26th May 2025. *Only able to sell the IVDD stock that are in the distribution center or warehouse.
注:本製品の日本国内でのお取り扱いは研究用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。
PAXgene Blood RNA Kit は体外診断用です。

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Features

  • 全血の採取、安定化、精製までのトータルシステム
  • RNA は18~25℃で最長3日間安定
  • –20℃あるいは–70℃で少なくとも96ヶ月安定
  • 解析前の標準化されたサンプルプロセッシング
  • 欧州体外診断薬指令 EU IVD Directive 98/79/EC 準拠

Product Details

PAXgene Blood RNAシステムは血液採取、安定化、輸送用のパクスジーンRNA 採血管(日本ベクトン・ディッキンソン株式会社、cat. no. 762165)とスピンカラムフォーマットのシリカメンブレンをベースにしたRNA精製用PAXgene Blood RNA Kit で構成されています。本精製法はマイクロ遠心機を用いたマニュアル操作、あるいはQIAcubeを用いた自動化も可能です。チューブおよびキットは、正確なパフォーマンス詳細データを提供し、信頼性の高いRNA精製が可能になります。

Performance

パクスジーンRNA採血管は、全血の採取に使用され、18~25℃で最長3日間〔図"RNA安定性(18~25℃):FOS" および "RNA安定性 (18~25℃):IL1B"〕または 2~8℃で最長5日間〔図"RNA安定性(2~8℃):FOS" および "RNA安定性 (2~8℃):IL1B"〕。現在入手可能なデータは、–20℃あるいは–70℃で少なくとも96ヶ月間細胞RNAが安定であることを示しています。

PAXgene Blood RNA System を用いて精製したRNAでは、A260/A280値は1.8 から2.2 の間で、ゲノムDNAの含有量は1.0% (w/w) 以下の高純度RNAです。検体の少なくとも95%は、溶出液の最高30%までをRT-PCR反応に使用しても、反応阻害はありません。
サンプル調製時間の平均は約90分 で(12サンプル処理をした場合) 、マニュアルでの作業による時間はわずか40分です。健常者の全血2.5 mlからのRNA収量は、調製された検体の95%以上で3 μg以上になります。収量はドナー依存性が高いため、個人個人での収量は変動します。個々のドナーでは、PAXgene Blood RNA Systemは再現性の高い収量 (図" 再現性のあるRNA精製"と " 再現性のあるRNA収量")、ならびに再現性の高いRT-PCR結果(図"RT-PCRの再現性 ─ ユーザー間"と"RT-PCRの再現性 ─ キットのロット番号"、および表)を実現するため、臨床研究に最適です。

2.5 ml の健常者の全血からのRNA収量は、調製された検体の95%以上に相当する3 μg 以上です。図 "RNA収量ー自動化調製"では、3種類のロット番号を持つキットを用いて3人のオペレーターが自動化プロトコールにより合計288サンプルから精製したRNA収量を示します。個々のPAXgene Blood RNA Tubes の代わりにプールした血液検体を使用したために、結果は個々に採取した血液検体から予想されるRNA収量を反映していません。収量はドナー依存性が高いため、個人個人での収量は変動します。

検体の少なくとも95%は、溶出液の最高30%までをRT-PCR反応に使用しても、反応阻害はありません。自動化プロトコールを用いて、RNAネガティブ検体(水)とRNAポジティブ検体 (ヒト) からbetaglobinとFOS転写物を同一ランでリアルタイム定量RT-PCRで測定した場合、サンプル間のクロスコンタミは検出されません。

PAXgene Blood RNA System と自動化プロトコールで精製したRNAは、RT-PCR阻害物質は観察されず (上記参照)、A260/A280値が1.8~2.2であり、高純度であることを示しています。beta-actin遺伝子配列のリアルタイム定量PCRの結果、全サンプルの95%以上で混入するゲノムDNAは1% (w/w)未満です。図 "RNA収量ー自動化調製"には、A260/A280値と、3種類のキットロットによる自動プロトコールに従って3名のオペレーターによって調製された全288サンプルの比較上のゲノムDNAを示しています。

PAXgene Blood RNA Systemを用いたRNA精製用自動化プロトコールは、図 "自動化およびマニュアルプロトコールにおける RT-PCRの再現性" に示すように再現性のあるRT-PCR結果が得られます。

RT-PCRデータのまとめ
試験系 FOS/18S rRNAアッセイ IL1B/18S rRNA アッセイ
データの比較 平均値 ± SD 平均値 ± SD
(ΔΔCT) (ΔΔCT) (ΔΔCT) (ΔΔCT)
各ユーザーでの、全ロット間での再現性
全ユーザー、ロット1-ロット1 0.00 0.00 0.00 0.00
全ユーザー、ロット1-ロット2 –0.03 0.48 –0.07 0.66
全ユーザー、ロット1-ロット3 –0.21 0.52 0.11 0.71
各ロットでの、全ユーザー間での再現性
全ロット、ユーザーA-ユーザーA 0.00 0.00 0.00 0.00
全ロット、ユーザーA-ユーザーB –0.46 0.44 –0.06 0.69
全ロット、ユーザーA-ユーザーC –0.31 0.60 –0.15 0.71
See figures

Principle

PAXgene Blood RNA Kit により、パクスジーンRNA採血管に採取したヒト血液(2.5 ml)からトータルRNAを精製します。操作は非常に簡単で、マニュアルあるいは自動化操作を使用できます(フローチャート "PAXgene Blood RNAのマニュアル操作" および "PAXgene Blood RNA操作の自動化")。

パクスジーンRNA採血管は特許を持つRNA安定化テクノロジー(US Patents 6,602,718 and 6,617,170)をベースにした独自の試薬成分を含んでいます。本試薬成分は、RNaseによる分解からRNA分子を保護し、ex vivo における遺伝子発現の変化を最小限に抑えます。パクスジーンRNA採血管は、全血の採取に使用され、18~25℃で最長3日間(図"RNA安定性(18~25℃):FOS" および "RNA安定性 (18~25℃):IL1B")または 2~8℃で最長5日間(図"RNA安定性(2~8℃):FOS" および "RNA安定性 (2~8℃):IL1B")。現在入手可能なデータは、–20℃あるいは–70℃で少なくとも96ヶ月間細胞RNAが安定であることを示しています。

See figures

Procedure

PAXgene Blood RNA 操作は非常に簡単で、マニュアルあるいは自動化操作を使用できます(フローチャート "PAXgene Blood RNAのマニュアル操作" および "PAXgene Blood RNA操作の自動化")。

PAXgene Blood RNAのマニュアル操作

再懸濁したペレットを至適化済みのバッファーでインキュベートする際にproteinase K によるタンパク質分解を同時に行ないます。次にPAXgene Shredder spin column の遠心操作により細胞ライセートをホモジナイズし、細胞破片を除去します。 フロースルー画分の上清を新しいマイクロ遠心チューブに移します。エタノールを添加して結合条件を最適にし、ライセートをPAXgene RNA spin column にアプライします。遠心操作中にRNAは選択的にPAXgene シリカメンブレンに結合し、夾雑物は洗い流されます。残存している夾雑物は数回の洗浄ステップで効率的に除去されます。最初の洗浄ステップの後、メンブレンをDNase I で処理して微量の結合DNAを除去し、その後2回目の洗浄ステップを行ないます。洗浄ステップの後、RNAを溶出バッファーで溶出し、加熱により変性します。

PAXgene Blood RNAの自動化操作

QIAcubeで自動化されたサンプル調製はマニュアル操作と同じプロセス (例えば、溶解、結合、洗浄、溶出) で行なわれるため、高品質RNAの精製にお手持ちのPAXgene Blood RNA Kit を使用することができます。

RNA自動化精製プロトコールは "PAXgene Blood RNA Part A" および "PAXgene Blood RNA Part B" の2種類で構成されており、この2つの間に簡単なマニュアル操作が入ります。

遠心・洗浄・再懸濁が終了した核酸ペレットはPAXgene Blood RNA Tube からprocessing tube に移し、QIAcube装置のthermoshaker unit にセットします。メニューから "PAXgene Blood RNA Part A" プロトコールを選び、開始します。溶出バッファーによるRNAの溶出までがプロトコールのステップに従ってQIAcubeで行なわれます。精製RNAの入ったマイクロ遠心チューブを、QIAcubeのthermoshaker unit にセットします。メニューから "PAXgene Blood RNA Part B" プロトコールを選び、開始します。 QIAcube による加熱変性が行なわれます。

サンプル調製時間の平均は125分(12サンプル処理をした場合)で、マニュアルでの作業による時間はわずか20分です。

Applications

本キットをパクスジーンRNA採血管と組み合わせて使用することにより、RT-PCR解析に最適な細胞RNAを全血から精製できます。

Supporting data and figures

Specifications

FeaturesSpecifications
FormatSpin column
TechnologySilica technology
Sample amount2.5 ml
Elution volume80 µl (2 x 40 µl)
Main sample typeWhole blood
Time per runManual: 90 min/12 samples; Automated: 151 min/12 samples
Yield≥3 µg/2.5 ml sample (≥95% of all samples processed). Apparently healthy consented donors with white blood cell counts in range of 4.8 x 10^6 – 1.1 x 10^7 leukocytes/ml.
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein1.18-2.2 (A260/A280) RNA; ≤1 % (w/w) genomic DNA (≥95% of all samples processed)
ProcessingManual: centrifugation; Automated: QIAcube Connect MDx

Resources

パンフレット (4)
For collection, transport, and storage of whole blood and stabilization and purification of intracellular RNA

 

MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
プロトコール (1)
Application Notes (2)
In situ stability of RNA in blood specimens stored for 11 years (132 months) at –20°C and –70°C in PAXgene Blood RNA Tubes

 

Typical total RNA yields from PAXgene Blood RNA Tubes processed with the PAXgene Blood RNA Kit
キットハンドブック (1)
Paxgene Blood RNA Kit Handbook_V3_In Vitro Diagnostic use according to the Regulation (EU) 2017/746 on in vitro diagnostic medical devices

For PAXgene Blood RNA Kit, version 3
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (3)
For collection, transport, and storage of whole blood and stabilization and purification of intracellular RNA

 

Gene Expression Analysis (1)
Protocol Files (1)
Kit Handbooks (1)
Paxgene Blood RNA Kit Handbook_V3_In Vitro Diagnostic use according to the Regulation (EU) 2017/746 on in vitro diagnostic medical devices

For PAXgene Blood RNA Kit, version 3

FAQ

Where can I find additional information for PreAnalytiX PAXgene products?
You can find additional information relating to the PreAnalytiX PAXgene products on the PreAnalytiX website .
FAQ ID - 3515
Can the PAXgene Blood RNA System be used with animal blood samples?

The PAXgene Blood RNA System was developed for intracellular RNA isolation from human blood samples. QIAGEN offers RNA stabilization and isolation systems for animal blood. Please contact QIAGEN technical service (www.qiagen.com) for more information.

FAQ ID - 3461
Can the PAXgene Blood RNA Tubes undergo freeze/thaw cycles?
PAXgene Blood RNA Tubes can go through up to two freeze/thaw cycles with no impact on yield or mRNA stability.
FAQ ID -2471
What RNA yields are expected with the PAXgene Blood RNA kit?

Typical yields of RNA isolated from 2.5 ml human whole blood are between 4 and 20 µg. However yield is highly donor-dependent, and in some cases higher or lower yields may be achieved. At least 95% of all samples with a WBC count between 4.8 and 11.0 x 106 cells/ml of blood will yield ≥3 µg of total RNA per tube. To prevent low yields due to underfilling of the tube, see the phlebotomy FAQ and the blood collection demonstration video.

FAQ ID - 3464
Why is a blood collection set required to be used with the PAXgene Blood RNA tube?

A blood collection set is required to be used with the PAXgene Blood RNA Tube to eliminate the possibility of patient contact with the reagent in the tube, due to backflow of blood, when used in accordance with the instructions for use.

FAQ ID - 3459
What is the integrity of RNA from PAXgene Tissue fixed, paraffin-embedded (PFPE) tissue?
Like yield, RNA integrity depends on parameters, such as tissue type, period of cold ischemia, fixation time, processing protocol, age, and storage conditions of the PFPE block. For examples of the integrity of RNA in rat tissues under ideal workflow conditions, see Groelz et al., Exp Mol Pathol. 2013 Feb;94(1). For examples of the integrity of RNA from clinical samples, see Viertler et al., J Mol Diagn. 2012 Sep;14(5)
FAQ ID -3046
How long can the PAXgene Blood RNA tubes be kept frozen at –20°C or –70°C?
Currently we have data for storage at –20°C and –70°C for 96 months (In situ stability of RNA in blood specimens stored for 8 years (96 months) at –20°C and –70°C in PAXgene Blood RNA Tubes).  

Long term archiving studies are ongoing. See technical note: In Situ Stability of RNA in Blood Samples Stored at –20°C and –70°C in PAXgene Blood RNA Tubes.


 
FAQ ID - 3463
What are possible reasons for blood draws with lower than expected blood volume?

Possible reasons for blood draws with lower than expected blood volume include: 1) The phlebotomist has not waited enough time for the blood to stop flowing into the tube. 2) The tube has "pushed back" from the needle end attached to the holder and the tube is no longer drawing. 3) Discard tube was not used. For further information see the video Collecting Specimens In PAXgene Blood RNA Tubes and Instructions for Use.

FAQ ID - 3462
Is there any chance of the PAXgene Blood RNA tube reagent going back into the patient's arm?

If used according to the instructions for use, there is no possibility of backflow during phlebotomy, and thus no possibility of reagent going into the patient’s arm.

FAQ ID - 3460