dPCR Copy Number Variation（CNV）Probe Assays

dPCR CNV Probe Assayは、個々の遺伝子または対象領域について特異的に、正確に、かつ再現性のある形でコピー数の変化を解析し、容易に解釈できます。200種類を超えるターゲットのアッセイは、dPCRウェットラボで検証済みで、特定のアッセイの説明ではそれを示すフラグが付いています。

さらに、ウェットラボ検証済みのアッセイ以外のアッセイニーズに対応するには、カスタム設計ツールが利用できます。

dPCR CNV Probe Assayは、すぐに使用できる20倍濃縮アッセイとして、チューブ形式で利用できます。チューブには、QIAcuity Probe PCR Kit （DNAターゲット）、QIAcuity Digital PCR System、QIAcuity Nanoplatesで使用するプライマーペアと加水分解プローブが含まれています。

各アッセイには、選べるさまざまな加水分解プローブ（蛍光色素）が含まれています。この柔軟性により、1回のdPCR反応で最大12個のターゲットのマルチプレックス解析を行うようにアッセイを組み合わせることができます。

製品について詳しくお知りになりたい場合は、弊社のdPCRスペシャリストより連絡を差し上げますので、こちらからサインイン してください。

卓越したアッセイ性能

dPCR CNV Probe Assayは、2つの異なるgDNAテンプレート濃度を用いて、デュプレックス解析で優れた産物増幅と陰性および陽性区画クラスター間の分離を示します（KRASおよびTERTアッセイのデュプレックス反応の1Dおよび2D散布図を参照）。その結果、低濃度のgDNAインプットであっても、CNVの正確な解析が可能であることが示されました。8.5kナノプレートへの最小および最大ロード量については、QIAcuityユーザーマニュアル拡張版をご確認ください。最大12個のターゲットの解析については、QIAcuity High Multiplex Probe PCR Kitをご利用ください。

デジタルPCRによる正確で再現可能なコピー数解析

再現性の高いQIAcuity dPCRシステムとdPCR CNV Probe Assayでは、レプリケートなしでCNV解析が可能であり、コスト効率の高い方法でサンプルスループットを向上させることができます。gDNAサンプルのデュプレックス解析では、すべてのレプリケートでゲノムあたりの予想コピー数が得られました。gDNA連続希釈を分析する精度試験において、アッセイは優れた直線分布とクラスター分離を示します。

dPCRによるマルチプレックスコピー数解析

dPCR CNV Probe Assayでのマルチプレックス解析によりスループットが向上し、ターゲットあたりの解析コストが大幅に削減されます。このアッセイはさまざまな色素（FAM、HEX、ROX、Atto 550、Cy5など）で注文できるため、柔軟な実験設計が可能になり、1回の反応で最大12個のターゲットを同時にマルチプレックス解析できます。1回の反応で12個のアッセイをマルチプレックスした場合、dPCR CNV Probe Assayは優れた増幅と陽性および陰性クラスターの分離を示します。

すべてのdPCR CNV Probe Assayは、ヒトゲノムの特異領域に対して設計されています。dPCR CNV Probe Gene of Interest Assayは、高度に研究されたがんとがん関連遺伝子をターゲットにしています。dPCR CNV Probe Reference AssayとdPCR CNV Probe Centromeric Reference Assayには、ゲノムあたりのコピー数が異なるさまざまなリファレンスが含まれており、各解析に最適な正規化リファレンスを選択できます。実験条件に応じて、複数のGOIとリファレンスアッセイを反応に含めることができ、対象遺伝子や対象ターゲットのコピー数を正確に計算できます。

dPCR Copy Number Probe Assayは、個々のアッセイミックスをDNAサンプルとQIAcuity Probe PCR Kitのマスターミックスに添加し、QIAcuity Nanoplateにロードし、QIAcuity装置で実行を開始するだけですぐに使うことができます。各アッセイは、ヒトゲノム全体での遺伝子の特定領域のエンドポイントPCR増幅に基づいています。増副産物は、ターゲット固有の蛍光色素加水分解プローブで検出されるため、高いアッセイ特異性を確実にすることができます。

ナノプレートでのdPCR反応の原理はこちらで説明しています。

実験のセットアップ手順はシンプルでわかりやすく、QIAcuity dPCR装置を使用するどの研究室でも実施できます。より正確なコピー数解析を行うには、サンプルからゲノムDNAを分離した後、制限酵素消化を行うことをお勧めします。高度に断片化したDNA（例：FFPE DNAや循環DNA）やcDNAの制限酵素消化は不要です。反応ミックスで直接制限酵素消化を行うには、反応セットアップ中に推奨の制限酵素を含めます。ターゲットアンプリコン領域内で切断する制限酵素の使用を避けることが重要です。

その後断片化されたテンプレートは、すぐに使えるQIAcuity Probe PCR KitのマスターミックスおよびdPCR CNV Probe Assayと混合され、この混合物がdPCRプレプレートの各ウェルに分注されます。その後、反応ミックスをピペット操作で十分に混ぜ、QIAcuity Nanoplateのウェルに移します。目的の各遺伝子またはターゲットや各リファレンスアッセイは、異なる蛍光色素と組み合わせるとマルチプレックス反応にて1つのウェルで解析できます。

ナノプレートをロードおよびシールした後は、QIAcuity装置で推奨のサイクルプログラムを実行します。QIAcuity Software Suiteの絶対定量解析では、1マイクロリットルあたりのコピー数が示されます。ゲノムあたりのコピー数を計算するには、QIAcuity Software Suiteでコピー数データ解析を選択し、目的の遺伝子/領域または標準化リファレンスのナノプレートウェルを指定します。サイクリングプロトコールによっては、dPCRランの結果をQIAcuity Software Suiteで約2時間で解析できます。

dPCR CNV Probe Assayは、インタクトなサンプル、凍結サンプル、固定サンプルのDNAを使用して、個々の遺伝子座のコピー数異常やコピー数多型を正確に検出するのに最適です。