QIAamp DNA FFPE Advanced Kits

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織からの次世代DNA分離向け

Products

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitsは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。
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QIAamp DNA FFPE Advanced Kit (50)

Cat. No. / ID:  56604

For 50 preps: QIAamp UCP MinElute Columns, collection tubes, Deparaffinization Solution, Proteinase K, RNase A, RNase-free water and buffers
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¥53,500
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QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit (50)

Cat. No. / ID:  56704

For 50 preps: Uracil-N-glycosylase, QIAamp UCP MinElute columns, collection tubes, Deparaffinization Solution, Proteinase K, RNase A, RNase-free water and buffers
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¥65,000
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Uracil-N-Glycosylase (2 x 1 ml)

Cat. No. / ID:  19160

50 preps: For use with QIAGEN DNA FFPE UNG kits
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¥29,000

Features

  • 増幅可能なDNAの高回収率
  • キシレンなどの溶媒不要でパラフィン除去
  • DNA精製時のウラシル(シトシンの脱アミノ化) -ウラシル-N-グリコシラーゼ(UNG)を使用したアーチファクト除去ステップ
  • PCR、デジタルPCR(dPCR)、次世代シーケンサー(NGS)にすぐに使えるDNA精製

Product Details

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitのキシレンフリー、洗浄不要の脱パラフィン、二重溶解プロトコール、UCP(ウルトラクリーン下での生産)スピンカラム技術により、FFPE組織から高品質なDNAの回収率を向上させます。

NGS解析向けに回収したDNAを最適化するために、キットのオプションであるUNG処理で核酸の C→U 置換を除去。

QIAamp DNA FFPE Advancedプロトコールは、QIAcube Connectで自動化できます。

Performance

FFPEのDNA定量の特徴の1つは、さまざまな方法が異なる結果を生み、高いUV-visや蛍光分析値 が必ずしも良好なPCRパフォーマンスを意味しないことです。

リアルタイムPCRまたは定量PCR(qPCR)は、FFPEのダウンストリームに最もよく使われるアプリケーションの1つであり、QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、qPCR用に最適化されています。

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、UV-visまたは蛍光測定で得られた値に関わりなく、qPCR定量測定で他の製品よりも優れたPCRパフォーマンスを一貫して示しました(図「 PCRパフォーマンス用に最適化」を参照)。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kitは、NGS解析で使用するDNAの精製に適しています。FFPEサンプルではありがちな、シトシンの脱アミノ化で生じる人為的なC→T/G→A置換に対処しているからです。(「 人為的 C→T/G→A 置換」を参照)。

QIAamp DNA FFPE Advanced UNGプロトコールは、DNA分離時にUNGを使用したウラシル処理を行うことでNGSにおける一塩基変異(SNV)の偽陽性報告を低減します(図「 人為的 C→T | G→A 置換の劇的な減少」を参照)。

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Principle

FFPE組織からDNAを精製する上で3つの大きな課題があります。

  • FFPE組織からDNAを精製する上で3つの大きな課題があります。
  • ホルマリンによる架橋のため、DNAが増幅されないこと
  • 脱アミノ酸シトシンのアーチファクトは、変異解析用のNGSに誤った結果をもたらす

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitは、2つの方法で限られたサンプルからDNA収量を最大限、引き出します:

  • 2段階の溶解手順を実施して、溶解しにくいサンプルからも高レベルのDNA抽出を実現
  • 溶媒によるパラフィン除去を、Deparaffinization Solutionに交換し、初期溶解前の洗浄段階が不要となり、希少なサンプルを失うリスクを最小限に

架橋の除去により、増幅可能なDNAの収率をさらに向上させます(図「 PCRパフォーマンス用に最適化」を参照)。

2回目の溶解前にオプションでUNG処理を行うことにより、シトシンの脱アミノ化によるアーチファクトを除去し、NGS解析に特に適したDNAを得ることができます(表「 NGS用にプライミング」ならびに図「 信頼性の高いdPCRとNGSの結果」、「 人為的 C→T | G→A 置換の劇的減少」を参照)。

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Procedure

QIAamp DNA FFPE Advancedの手順は、簡易化された脱パラフィンステップ、2つの溶解ステップとして脱架橋処理とオプションのアーチファクト除去、そして標準的な結合-洗浄-溶出ステップで構成されています(図「 QIAamp DNA FFPE Advancedワークフロー」を参照)。

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Applications

QIAamp DNA FFPE Advanced Kitを使用したFFPEからのDNA精製は、PCR、dPCR、NGSにすぐに使用することができます。または−30~−15℃で保存することも可能です。

Supporting data and figures

Specifications

FeaturesSpecifications
ApplicationsPCR, digital PCR, next-generation sequencing
Elution volume20–100 µl
FormatSpin column
Main sample typeFormalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples
ProcessingManual or automated with the QIAcube Connect
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or proteinGenomic DNA
Sample amountTissue sections, each with a thickness of 5–10 µm, for a total volume of 4 mm3
TechnologySilica technology

Resources

パンフレット (3)
Sample to Insight solutions for successful molecular analysis
Critical factors for molecular analysis of FFPE samples
キットハンドブック (1)
アプリケーション/プロトコール (2)
MSDS (2)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
クイックスタートプロトコール (1)
Certificates of Analysis (1)
Brochures & Guides (3)
Sample to Insight solutions for successful molecular analysis
Critical factors for molecular analysis of FFPE samples
Application/Protocol Documents (2)
Kit Handbooks (1)
Quick-Start Protocols (1)

FAQ

Is the DNA extracted with the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits suitable for downstream applications that require more intact DNA such as long range PCR (>1 kb) and long read DNA sequencing?
DNA from FFPE samples is often fragmented, yielding DNA with a broad size distribution depending on multiple factors such as fixation and storage conditions.

The QIAamp DNA FFPE Advanced Kits provide an optimized workflow for extraction of DNA for use in short amplicon PCR, dPCR and next-generation sequencing analysis using targeted DNA panels. 
In case FFFPE samples are of high quality and allow the extraction of more intact DNA we offer a supplementary protocol for downstream applications that require larger DNA fragments. These applications include for instance large amplicon PCR (>0,5kb) and long read DNA sequencing.
High DNA integrity can be presumed if formalin fixation was less than 24 hours and the sample has been stored at low temperature (4-8°C or - 20°C) or for a short period of time (e.g. up to a few weeks). For these samples the  Supplementary Protocol “extraction of more intact DNA from FFPE tissue material using the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits with Buffer LF” is suitable as it protects and best preserves the DNA size distribution present in the original FFPE sample during DNA extraction.
Please contact TechService to inquire about the supplementary protocol and the availability of Buffer LF.
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Can the second Proteinase K lysis step in the QIAamp DNA FFPE Advanced procedure be carried out at lower temperatures than 65°C?
A temperature range of 56°C - 68°C works fine for the second Proteinase K lysis step. However, we recommend following the instructions in the QIAamp DNA FFPE Advanced Handbooks and perform the second lysis step at 65°C.
153894
What is the difference of buffer FTB versus Buffer ATL?
Buffer FTB provides optimized lysis conditions, and additionally allows the specific removal of deaminated cytosine residues by the enzyme Uracil-N-Glycosylase (UNG) in the QIAamp DNA FFPE Advanced UNG workflow.
153895
Can the 2nd Prot K step be omitted?
The 2nd Proteinase K step improves lysis efficiency and yields, in particular for difficult-to-lyse tissue material. Hence, omission of this step may result in decreased yields.
153896
What size of DNA can be expected?

Size distribution of the extracted DNA can vary significantly and first and foremost strongly depends on the DNA quality present in the original FFPE sample. Formalin-fixation, paraffin-embedding and storage conditions are factors that affect the DNA size distribution and may cause significant fragmentation of nucleic acids. To limit the extent of nucleic acid fragmentation, be sure to:

  • Fix tissue samples in 4%–10% formalin as quickly as possible after surgical removal.
  • Use a fixation time of 14–24 h (longer fixation times lead to more severe DNA fragmentation, resulting in poor performance in downstream assays).
  • Thoroughly dehydrate samples prior to embedding (residual formalin can inhibit proteinase K digestion)
  • Store FFPE tissue samples at 4-8°C
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What are recommended stopping points in the procedure of the QIAamp DNA FFPE Advanced Kits?
After 90°C incubation for cross-link removal sample lysates can be stored at 4-8°C for up to one week and at -20°C or -80°c for up to 4 weeks. The upper blue phase of Deparaffinization Solution should be removed before storage. Before proceeding with the workflow after storage thaw frozen samples at room temperature for 30 minutes or allow refrigerated (4-8°C) samples to equilibrate to room temperature for 15-30 minutes.
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Can samples be lysed overnight with Proteinase K in the QIAamp DNA FFPE Advanced procedure?
If it is more convenient either the first or the second Proteinase K lysis step in the QIAamp DNA FFPE Advanced workflow can be performed overnight. This will not affect the DNA quality but also not increase yields.
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