Type-it Fast SNP Probe PCR Kit

TaqMan またはTaqMan MGBプローブを用いた正確で信頼できるSNP ジェノタイピング

S_1084_5_GEN_V2

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Type-it Fast SNP Probe PCR Kit (800)

Cat. No. / ID:  206045

For 800 x 25 μl reactions: 6 x 1.7 ml of 2x Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix, 5x Q-Solution, RNase-Free Water
¥159,000
Reactions
800
4000
Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは分子生物学的アプリケーション用であり、疾病の診断、予防、あるいは治療に使用することはできません。

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特徴

  • TaqMan SNP Genotyping Assay により性能を実証済み
  • 自動化アレルコーリングと明確なクラスタリング
  • SNP 解析困難な遺伝子座や微量のテンプレートにも最適
  • 高速サイクリング法により最高40%時間を短縮

製品詳細

特異性の高いHotStarTaq Plus DNA Polymerase と新しく開発されたバッファーシステムをベースにしたType-it Fast SNP Probe PCR Kitは、信頼できる明確なアレル識別を実現します。マスターミックス中の全成分の組み合わせにより、正確で特異性の高いプローブ結合を実現します。TaqMan SNP Genotyping Assays により検証されたType-it Fast SNP Probe PCR Kit は、増幅の難しいGC リッチなSNP 遺伝子座や微量のスタートテンプレートでも再現性のあるSNPジェノタイピングを実現します。

パフォーマンス

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは一定して高精度なSNPジェノタイピングを実現します。 

アレル特異的プローブの厳密性と特異性の高い結合 

Type-it Fast SNP Genotyping PCR Master Mix は特異性の高い HotStarTaq Plus DNA Polymerase と新しく開発されたSNPジェノタイピングPCRバッファーシステムで構成されているため、特異的なプローブ結合および一定した強い蛍光シグナルを実現します。市販されている他社のSNPジェノタイピング用マスターミックス試薬と比べて、アレルのクラスターがより明確に分離できます(図“ 特異性の高いプローブ結合”)。

微量のテンプレートでも高いコールレートを実現

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は、各アレルのクラスターを明確に分離し、同一アレルがまとまったクラスターを形成するので、信頼できるSNP ジェノタイピングが可能で、その結果タイピングが困難なターゲットやSNP遺伝子座でも高いコールレートが得られます(図“ 自動アレルコーリングで最高の成功率”)。他社のSNP ジェノタイピング用キットと比較して、Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは、1 ng のテンプレートDNA からでも、密集したクラスタリングを実現します(図“ 微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング”)。

図参照

原理

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは簡便なマスターミックス・フォーマットで、特異性の高いHotStarTaq Plus DNA Polymeraseおよび迅速で効率的な増幅を実現するためにデザインされたSNPジェノタイピング用バッファーシステムで構成されています。この画期的なキットはアレルのばらつきのないクラスタリングおよび明確な分離を実現し、高いコールレートおよび正確で再現性の高い確実な結果が得られます(表)。

高い特異性と感度

HotStarTaq Plus DNA Polymeraseはマスターミックス中に含まれ、少量のテンプレートでも特異性の高い増幅を実現します。 HotStarTaq Plus DNA Polymeraseは、常温では不活性状態でポリメラーゼ活性はありません。この特性により低温でのミスプライムによる増幅産物やプライマーダイマーの形成を抑制できます。 

ユニークなバッファーシステム

マスターミックス成分であるType-it Fast SNP PCR Buffer はまた、配列特異的な 5'-ヌクレアーゼプローブを用いた高速SNPジェノタイピング用に特化されています。Type-it Fast SNP PCR Buffer のユニークな成分により高い厳密性と特異性でアレルに特異的なプローブの結合が可能です (match probe)。プローブの融解挙動を変えることにより、融解温度のウィンドを狭めます。オリジナルQIAGEN PCR Bufferをベースにしたこの革新的なバッファーは、各PCRサイクルの短いアニーリングステップ中で特異的プライマー結合の非特異的プライマー結合への比率を高めます。このPCRバッファーはユニークな配合比のKClと (NH4)2SO4を含み、従来のPCRバッファーに比べ、幅広いアニーリング温度やMg2+濃度の範囲で厳密で特異的なプライマー・アニーリングを実現します。従って、異なるアニーリング温度あるいはMg2+ 濃度を用いて行なうPCRの至適化は最小限ですみ、または不要なこともあります。

Type-it Fast SNP PCR buffer に添加されているQ-Solutionは増幅困難なゲノム領域やSNP遺伝子座の反応条件を提供します。斬新なQ-BondテクノロジーによりSNPジェノタイピング結果が迅速に得られます(図“ アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム”)。Type-it Fast SNP Probe PCR Kit のマスターミクス中のROX濃度はまたApplied Biosystems社の全装置でのSNP ジェノタイピングに対応できます。しかしROX色素はパッシブリファレンスとしてROXが不要なその他の装置でも使用可能です(表)。 

キットの特長
キット成分特長
2x Master Mixフォーマット*TaqMan MGBプローブによるSNPジェノタイピングのために開発
SNPジェノタイピングを全てのサイクラーで使用できるように最適化
HotStarTaq Plus DNA Polymerase室温で迅速かつ簡単に反応セットアップ可能
少量のテンプレートでも特異性の高い増幅
Type-it Fast SNP Probe PCR Buffer各アレルのクラスターを明確に分離
アレルのまとまったクラスタおよび高いコールレート
プローブの結合特異性を増大
Q-Bond Moleculeによる高速サイクリング
Q-SolutionGCリッチのSNP遺伝子座でもスキャッタープロット解析でまとまったクラスターと強度なシグナル
最適でないアレルコーリングをさらに改善可能
* ROX Reference Dye、dNTPs、MgCl2を含有。
図参照

操作手順

Type-it Fast SNP Probe PCR Kitは市販のSNPジェノタイピングアッセイにより性能を実証済みで、TaqMan MGBプローブや、TaqMan MGB、TaqMan、その他ダブル標識プローブを用いてユーザーが開発したプローブベースのアッセイにも使用可能です。キットに付属の至適化済みのプロトコールにより、迅速かつ確実な解析を行なえます。

迅速に結果が得られる高速サイクリング法

Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mixは、配列特異的なプローブを用いた高速サイクリングPCRに適した反応条件を実現します。 本バッファーは独自のQ-Bond Moleculeを含み、標準的なサーマルサイクラーだけでなく、高速な加熱・冷却機能を持つサーマルサイクラーでもサイクリング時間を短縮します。高速サイクリング法はPCRラン時間を最高40%まで短縮することによりサンプル処理数を増大できます(“ ジェノタイピングのワークフロー”)。 

簡便なキットフォーマット

本キット にはすでに至適化され即使用可能なマスターミックスが添付され、さらに使いやすくなっています。マスターミックスを使用すると、時間の節約、反応セットアップの簡略化、ピペッティングエラーやコンタミの発生源排除による再現性向上を実現します —  ピペッティング操作は最小限に抑えられ、時間のかかる計算は不要です。HotStarTaq Plus DNA Polymerase(マスターミックスに含有) は、95℃、5分間のインキュベーションステップで活性化され、このステップは既存のサーマルサイクリングのプログラムに容易に導入できます。マスターミックスを用いて、反応セットアップを室温で迅速かつ容易に行なえます。

対応可能な装置

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は、蛍光強度プレートリード解析で使用するリアルタイムPCR装置にフィットするoptical PCR plate をセット可能な高速温度変化対応サイクラーでも、標準のサイクラーでもSNP PCRアッセイの増幅に至適化されています(表参照)。

対応可能な装置
サイクラーモデル
リアルタイムPCRサイクラーQIAGEN:Rotor-Gene Q
ABI PRISM 7900 (all series)
Applied Biosystems 7500 (all series)
Applied Biosystems 7300
ABI PRISM 7700
ABI PRISM 7000
ABI StepOne and StepOnePlus
Bio-Rad: iCycler iQ
Roche:LightCycler 480
Stratagene:Mx3000P およびMx3005P
スタンダードなサイクラ―標準的なランプ速度のサイクラー (例; GeneAmp 9700)
高速ランプ速度のサイクラー (例;GeneAmp 9800)
図参照

アプリケーション

Type-it Fast SNP Probe PCR Kit はTaqMan MGBプローブを用いたSNP検出や以下のような様々な分野で使用可能です:

  • 疾患遺伝子座のタイピング
  • バイオマーカーの探索

裏付けデータと数値

Specifications

FeaturesSpecifications
ApplicationsProbe-based SNP Genotyping
Product useFunctionally validated and developed for reliable SNP Genotyping
MastermixYes
Real-time or endpointBoth
With or without ROXROX included in Master Mix
With/without hotstartWith
Sample/target typeGenomic DNA
Enzyme activity5'-> 3' Exonuclease activity
Sequence specific ProbeTaqMan® Genotyping Assays, TaqMan® or TaqMan® MGB probes
Reaction typePCR amplification

リソース

パンフレット (5)
Second edition — innovative tools
Now with even more applications!
PCR 実験における重要項目と新技術
Addressing critical factors and new solutions
MSDS (1)
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
テクニカルインフォメーション (1)
Safety Data Sheets (1)
Certificates of Analysis (1)

FAQ

How do I setup and validate a multiplex PCR assay with QIAGEN PCR kits?

Ensure PCR amplicons are as short as possible, ideally 60–150 bp. Always use the same algorithm or software to design the primers and probes. For optimal results, only combine assays that have been designed using the same parameters.

 

Check the functionality of each set of primers and probes in individual assays before combining the different sets in the multiplex assay. Choose compatible reporters and quenchers based on a specific instrument. See How do I select appropriate reporter and quencher combinations for multiplex PCR.

 

FAQ ID -9093
Can other probe technologies besides TaqMan® be used with the Type-it Fast SNP Probe PCR Kit?

The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit was developed and validated for use with 5'-3' nuclease (hydrolysis) probes like TaqMan® MGB or standard TaqMan® probes. We have not yet tested other probe technologies with this kit.

See trademarks

FAQ ID -2058
Can I use uracil-N-glycosylase (UNG) with the QuantiFast and Rotor-Gene PCR kits?

No. UNG treatment does not provide any advantage for the QuantiFast and Rotor-Gene PCR kits because the mastermixes do not contain dUTP. Use the QuantiTect kits if you intend to use the UNG treatment.

FAQ ID -9092
Why do I see multiple high-intensity peaks in my qPCR dissociation curve at temperatures less than 70ºC?

If the extra peaks seem irregular or noisy, do not occur in all samples, and occur at temperatures less than 70 ºC, then these peaks may not represent real PCR products and instead may represent artifacts caused by instrument settings.

 

Usually extra peaks caused by secondary products are smooth and regular, occur reproducibly in most samples, and occur at temperatures greater than 70 ºC. Characterization of the product by agarose gel electrophoresis is the best way to distinguish between these cases. If only one band appears by agarose gel then the extra peaks in the dissociation curve are instrument artifacts and not real products. If this is the case, refer to the thermal cycler user manual, and confirm that all instrument settings (smooth factor, etc.) are set to their optimal values.

 

FAQ ID -90990
How do I quantify gene expression levels if the amplification efficiencies are different between the genes of interest and endogenous reference gene?

The REST 2009 (Relative Expression Software Tool) software applies mathematic models that compensate for the different PCR efficiencies of the gene of interest and reference genes. In addition, the software can use multiple reference gene normalization to improve the reliability of result, as well as provides statistical information suitable for robust comparison of expression in groups of treated and untreated. QIAGEN offers the REST 2009 software free of charge.

FAQ ID -9095
What do I do if no fluorescent signal is detected in a real-time PCR assay?

Check the template quality and integrity by amplifying an endogenous control gene. Check the amplicon by QIAxcel Advanced system or agarose gel electrophoresis to show that amplification was successful.

 

Determine whether the gene of interest is expressed in your sample. See How can I find out if my gene of interest is express in a specific tissue type or cell line.  Ensure the assay setup and cycling conditions are correct, and that the data collection channel matches the emission wavelength of the fluorescent dye used. Use a control sample in which the gene of interest is definitely expressed.

 

If the issue persists, please send the original run file to QIAGEN Technical Services.

FAQ ID -9091
How do I select appropriate reporter and quencher combinations for multiplex PCR?

For duplex analysis, using non-fluorescent quenchers (e.g., Black Hole Quencher®) is preferred over fluorescent quenchers (e.g., TAMRA fluorescent dye). For triplex and 4-plex analysis, QIAGEN strongly recommends using non-fluorescent quenchers. Generally, use the green channel, the yellow channel, and the orange and crimson channels to detect the least abundant target, the second least abundant target, and the two most abundant targets, respectively. For instrument-specific recommendations, please see the handbooks for the QuantiTect Multiplex PCR kit, QuantiFast Multiplex kit or Rotor-Gene Multiplex kit.

 

FAQ ID -9094
Can I skip the gDNA wipeout buffer treatment step for the QuantiTect Reverse Transcription Kit?

The gDNA wipeout buffer incubation step can be skipped when the total RNA is free from genomic DNA. However, the gDNA wipeout buffer is still required to be added because the reverse transcription step is optimized in the presence of components in the gDNA wipeout buffer.

FAQ ID -9098
How should I handle and store absolute quantitation standards for real-time experiments?
Store the standards at a high concentration in aliquots at -20oC to -70oC. If using low concentrations, stabilize standards with carrier nucleic acid. It is always best to use freshly diluted standards for each experiment. If possible, use siliconized tubes for standard (and target) dilutions. This will prevent any unspecific binding of nucleic acids to the plastic.
FAQ ID -9099
How do I ensure reliable results for High Resolution Melting (HRM) assays?

Reliable HRM analysis results depend on template quality, highly specific HRM PCR kit with a saturation dye, a real-time instrument with HRM capability, and powerful software package. Factors critical for successful HRM analysis are:

 

  • Use the same genomic DNA purification procedure for all samples being analyzed by HRM. This avoids variation due to differing composition of elution buffers.
  • DNA template concentrations should be normalized using the same dilution buffer. Ensure the CT values are below 30 and differ no more than 3 CT values across individual samples.
  • Design assays with amplicon length 70–350 bp. For SNP analysis, use amplicon length 70–150 bp.
  • Always start with 0.7 µM primer concentration

 

For more details, please refer to the HRM Technology – FAQs and the Critical Success Factor for HRM performance.

FAQ ID -9097
Why is special Type-it Fast SNP Probe PCR chemistry required for TaqMan® SNP Genotyping?

SNP Genotyping using TaqMan® probes is a unique application requiring the development of a unique reaction chemistry. The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit allows wide separation of genotype clusters and reliable amplification of any difficult genomic region for high call rates.

See trademarks.

FAQ ID -2057
How do I avoid collecting a fluorescence reading from primer-dimer with the QuantiTect SYBR Green PCR Kit?

Depending on primer design and copy number of target, primer-dimer may occur and its signal might be detected. Typical strategies against this are to optimize PCR conditions and/or redesign the assay.

 

Alternatively, an additional data-acquisition step can be added to the 3-step cycling protocol. First, determine the melting temperatures (Tm) for both the amplicon and the primer-dimer. Then, add a 15 second data-acquisition step with a temperature that is higher than the primer-dimer Tm, but approximately 3ºC lower than the specific amplicon Tm.

FAQ ID -9096