未知の力
日が暮れてから外出することになるとは思っていませんでした。仕事が長引き、電車は運休になっています。めったにない状況のため遅延が生じたのです。あなたは今、夜の街を歩いています。人々が行き交いますが、顔は影に隠れています。携帯電話が振動し、立ち止まって確認します。車が通り過ぎ、近くの路地で足音が聞こえます。あなたは顔を上げますが、ヘッドライトで目がくらみ、道は真っ暗です。鼓動が速まります。ゾッとして、走り出したくなります。
これが未知のものが持つ力です。研究では、未知なるものはどこにでもあります。
暗闇の中の光
科学者たちは私たちの世界の暗い路地を探索し、未知のものに光を当てます。適切な装置（たとえば、マッチ箱の代わりに2万ルーメンの懐中電灯）があれば、作業は容易になり、解像度が増します。しかし、微生物学やマイクロバイオーム研究では、サンプルやサンプルのタイプは膨大であり、それらを分析する方法も多種多様です。Q-riousエピソード3（何が’気になりますか？微生物の秘密を明らかに；オンデマンドで視聴可能）では、土壌DNA / RNA抽出、ウォーターフィルターを用いる作業、マイクロバイオームシークエンシング、dPCR、自動化など、このような方法の多くについて解説しています。しかし、この60分のエピソードでも、すべてを網羅することはできません。視聴者は多くの質問があることがわかりました。
私のサンプルタイプに最適なキットはどれですか？
Q-riousで最も多かった質問は以下の通りです：“ サンプルXを扱っています。微生物のDNAやRNAを抽出するのに最適なキットはどれですか？“ サンプルXとはもちろん、さまざまな多くのタイプのマイクロバイオームサンプル（土壌、糞便、皮膚スワブ、水など）や微生物（ウイルス、細菌、真菌など）の集合サンプルです。言い換えれば、ほとんどの人は、暗闇の中の見知らぬ人であるサンプルXの謎を解明するための適切なツールがどれなのかを知りたがっていたのです。
では、どのキットがあなたのサンプルタイプにとって最適なのでしょうか？ 名前でわかることもあります。キットの名前に“Power”と付いているものにはすべてInhibitor Removal Technology®（IRT）が採用されており、“Power”と“Pro”の両方が付いているキットにはひとつのステップで行われる第2世代のIRTが含まれていることをご存知でしたか？ たとえば、RNeasy PowerMax Soil Pro Kitは、土壌サンプル、特に大きなサンプル塊（“Max”）からRNAを抽出するように設計されており、第二世代IRT（“Power Pro”）が採用されています。
より詳細しく知りたいときのために、純粋で高品質の微生物核酸を抽出するための完璧なキットを見つけるのに役立つ情報が用意されています。これには、無償でダウンロードできるマイクロバイオームインタラクティブ小冊子、ヒトマイクロバイオーム選択ガイド、環境マイクロバイオーム選択ガイドなどがあります。また、Q-riousのサンプルXに関する多くの質問への回答については以下をご覧ください。
ヒトサンプル
- 唾液サンプルDNA： 宿主DNAの除去が必要な場合は、QIAamp DNA Microbiome Kitと同様に、PowerFecal Proがこのようなサンプルに有効です。
- 歯石DNA： 歯垢に関する社内データはありません。しかし、約50 mgのサンプルにDNeasy PowerBiofilm Kitを使用することは良い出発点になる可能性があります。当社のお客様の中には、DNeasy PowerSoil Pro 96 QIAcube Ht Kitを使用してこのようなサンプルを処理する人もいます。
- 皮膚スワブ微生物DNA： QIAamp DNA Microbiome Kitには、哺乳類DNAを除去するステップが組み込まれており、この目的に適しているはずです。
- 喀痰サンプルRNA： AllPrep PowerFecal Pro DNA / RNA Kitは、ウイルス、細菌、真核生物の核酸を分離します。 ®
環境サンプル
- 0.22 µmウォーターフィルター由来の DNA： DNeasy PowerWater Kitは、0.45 µmおよび0.22 µmフィルターファンネルを含む一般的なフィルターメンブレンに使用できます。
- 肥しDNA： QIAamp PowerFecal Pro KitまたはQIAsymphony PowerFecal Pro DNA Kit（核酸の自動分離用）。
- 土壌DNAサンプルからフミン酸を除去： 名前に ‘power’ が含まれるすべてのキット、特に、標準スピンキット、QIAcube HT Kit、96ウェルプレートなど、DNeasy PowerSoil Pro Kitのどのタイプでも土壌からフミン酸を除去することができます。大量の土壌からスタートする場合は、DNeasy PowerMax Soil Kitをお勧めします。
- バイオフィルムDNA中の淡水原生生物： DNeasy PowerBiofilm Kitは、化学的溶解手法と機械的溶解手法を組み合わせており、このようなサンプルには有効です。
- 発酵植物製品のマイクロバイオームDNA： この抽出にはDNeasy PowerSoil Pro Kitが適しています。
- 下水由来のウイルスDNA： ろ過した下水から始める場合、DNeasy PowerWater KitまたはDNeasy PowerWater Sterivexは、このようなサンプルに適しています。遠心分離などの他の濃縮法では、AllPrep PowerViralまたはAllPrep PowerFecal Pro DNA / RNAが理想的です。
- 低バイオマス土壌のDNAまたはRNA： 低バイオマス（または通常のバイオマス）の土壌サンプルからDNAまたはRNAを分離するために特別に設計されたキットが2つあります。DNeasy PowerMax Soil KitとRNeasy PowerMax Soil Pro Kitには、最大10 g（DNAの場合）または15 g（RNA の場合）の土壌を処理できるように設計された50 mLの大容量チューブが含まれています。