がん研究

FFPEサンプルを最大限に活用

FFPE特集

QIAGENの科学者の経験を共有

世界中で保存されているホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片は、バイオメディカル研究における貴重で幅広い情報源です。FFPE組織は貴重なものですが、取り扱いが難しいサンプルタイプです。FFPEサンプルの性質に対応するには、分析対象の精製や下流の分子解析を実施するために、非常に効率的な方法が必要です。サインインして、QIAGEN科学者によるヒント、コツ、および経験をお役立てください。

ウェビナー、ビデオなど

核酸調製

解析前の検討事項

Martin Schlumpberger: FFPEサンプル – 基礎

ウェブセミナーシリーズの最初に登場するのはMartin Schlumpberger氏です。FFPEサンプルの分子解析に影響を及ぼすさまざまな要素と、この貴重であっても取り扱いが難しいサンプルの主な課題と検討事項についてお話しします。

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Daniel Groelz: 解析前の検討事項 – 標準と実験室での実施方法

FFPEサンプルの核酸解析に影響を及ぼす解析前の要因、解析前ワークフローを標準化するための国際的な取り組みと要件、およびその標準を実験室に導入する方法について、Daniel Groelzがお話しします。

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Martin Schlumpberger: 核酸の調製 – 同一のFFPEサンプルからDNAおよびRNAを回収

効率的な脱パラフィン、架橋およびアーチファクト除去、DNAおよびRNAの完全性のコントロールと下流の解析に対する影響など、FFPEサンプルから質の高いDNAおよびRNAを高収率で分離して検証するための重要な検討事項をMartin Schlumpbergerがお話しします。

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DNAメチル化

Ioanna Andreou: NGSによるFFPEサンプル中のメチル化マーカー検出

ターゲットメチル化シークエンシングによるFFPEサンプルのDNAメチル化解析についてIoanna Andreouがお話しします。また、分子バーコード（UMI）とシングルプライマーエクステンション（SPE）技術を用いた1日で完結するシークエンシングワークフローを取り上げます。

Norbert Hochstein: パイロシークエンシングによるメチル化解析 – アンプリコン長とDNAインプット量の影響

Norbert Hochsteinがメチル化解析のためのパイロシークエンシングワークフローについてお話しします。さらに、FFPEサンプルを用いたパイロシークエンシングによる主な研究結果と、アンプリコン長およびDNAインプット量が結果に及ぼす影響について説明します。

miRNA発現

Francesca Di Pasquale： PCRによるmiRNA解析

FFPEサンプル中のmiRNAを取り扱う際のよくある問題点と、qPCRによるmiRNA発現解析のためのプライマー設計、品質管理およびデータ標準化における重要な注意点についてFrancesca Di Pasqualeがお話しします。

Marie-Louise Lunn：がんバイオマーカー開発におけるFFPEのmiRNA in situハイブリタイゼーション

架橋型人工核酸（LNA）を使用した局在研究のための最適なmiRNA in situハイブリダイゼーション（ISH）についてMarie-Louise Lunnがお話しします。さらに、ISHプロトコール最適化に向けて、必要なコントロールによって、1日で完結する最適化した非毒性のISHプロトコールについて説明します。

RNA-Seq解析およびマルチモーダルNGS

Jonathan Shaffer: FFPEサンプルの全トランスクリプトームNGS

全トランスクリプトームRNA-Seq解析において、FFPEサンプルからリボソームRNAを効率的に除去する新しいテクノロジーをJonathan Shafferが紹介します。遺伝子にマッピングされるリード数と検出される遺伝子数が飛躍的に増加し、頑健な差次的発現解析が可能になります。

Jonathan Shaffer: FFPEサンプルのマルチモーダルNGS解析

DNA変異とRNA融合の同時プロファイリングのための新しいワークフローである、マルチモーダルNGSについてJonathan Shafferがお話しします。また、このソリューションにより、FFPEサンプル中のDNAおよびRNA用のターゲットライブラリーをまとめて調製できることを例を挙げながら説明します。

Leif Schauser: QIAGEN CLC Genomics Workbenchを使用したNGSデータ解析

Leif Schauserが、NGSデータ解析におけるQIAGEN CLC Genomics WorkbenchとFFPEに関係する主要な機能を紹介します。ライブデモでは、DNA-SeqおよびRNA-Seqデータ解析ワークフローの重要な手順を説明します。

技術ガイドライン

FFPEサンプルのバイオマーカープロファイリングを成功させるために

FFPE組織切片は貴重なものですが、取り扱いが難しいサンプルタイプであり、分析対象の精製や下流の分子解析を実施するための非常に効率的な方法が必要です。
FFPEサンプルの調製と分子解析のための事前準備について、最新の手法と重要な検討事項を記載しています。

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製品

FFPEサンプルの真の可能性を見つけ出す

NGS、デジタルPCR、PCR、qPCRによる分子解析などのサンプル調製からデータ解析まで、FFPEサンプルの分子解析を成功に導くQIAGENのSample to Insightソリューションをご覧ください。

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注目の製品：

QIAamp DNA FFPE Advanced Kit

FFPE組織サンプルからDNAを分離するための次世代キットです。増幅可能なDNAを高収量で回収できます。また、キシレン不使用、洗浄不要の脱パラフィン、二重溶解プロトコールの自動化も可能です。

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