EpiTect Whole Bisulfitome Kit

For whole genome amplification of bisulfite converted DNA for PCR analyses
  • High yield of bisulfite converted DNA for multiple PCRs
  • Representative amplification from bisulfite converted DNA
  • Convenient one-step reaction setup

The EpiTect Whole Bisulfitome Kit provides DNA polymerase, buffers, and reagents for amplification of the entire bisulfite converted genome — the bisulfitome — using multiple displacement amplification technology (MDA). The EpiTect Whole Bisulfitome Kit has been specially developed for the amplification of DNA after conversion with EpiTect Bisulfite Kits. It uses proven REPLI-g technology and has been adapted to the specific requirements of bisulfite converted DNA (smaller DNA fragment size and altered nucleotide composition due to bisulfite conversion), while maintaining the converted sequence representation. Typical DNA yields from the EpiTect Whole Bisulfitome Kit are 1–3 μg per reaction, sufficient for up to 300 PCR analyses from just a single EpiTect bisulfite reaction.

製品名 Cat. no. List price:
EpiTect Whole Bisulfitome Kit (25)
REPLI-g Midi DNA Polymerase, EpiTect WBA Reaction Buffer, nuclease-free water for 25 whole bisulfitome amplification reactions
59203
¥55,000

EpiTect Whole Bisulfitome Kit  は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。


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信頼できる全Bisulfitome増幅|高い増幅効率|WBA 操作手順|Bisulfite変換および全Bisulfitome増幅 (WBA) DNAのEpiTYPER® MALDI-TOF 解析|エピジェネティクスにおける標準化されたワークフロー|

EpiTect Whole Bisulfitome Amplification Kitを用いた全Bisulfitome増幅の前後(-WBAと+WBA)で4種類の遺伝子座の状態をQuantiTect SYBR® Green PCR KitによるリアルタイムPCRで調べた。まず、DNAをEpiTect Bisulfite Kit またはZ社のキットを用いてBisulfite変換した後、増幅した。QuantiTect SYBR® Green PCR Kitを用いて定量PCRを行なった。EpiTectにより変換したDNAでは、4種類の遺伝子座の状態は、増幅前と増幅後で同様であった。他社のBisulfiteキットのほうが変換したDNAのCT 値が高く、他社キットではWBA前にDNAが断片化していることが示された。他社キットでは、増幅後の4種類の遺伝子座の状態は増幅前と異なっており、Bisulfite変換DNAの増幅率は低く、均一でないことが示された。|スタートサンプルとして50 ngのBisulfite変換DNAを全Bisulfitome増幅反応に使用した。EpiTect Whole Bisulfitome KitならびにA社およびS社のキットを用いて増幅した。増幅反応後のDNA収量をPicoGreenを用いて測定した。EpiTect Whole Bisulfitome Kitでは、他社キットの収量よりもはるかに高い50倍のDNA収量か得られた。|ユニークなDNA Polymeraseを含むマスターミックスをBisulfite変換DNA(50 ng以上)に添加する。等温での増幅反応後、DNAポリメラーゼは熱不活化され、増幅された変換DNAは解析に即使用可能であり、保存もできる。増幅前のBisulfite変換およびDNAクリーンアップにはEpiTect Plus Bisulfite Kitsを使用することを推奨。このキットのDNA Protect テクノロジーは、DNAの断片化を防ぐ。DNAの断片化防止は、MDA(multiple displacement amplification)法を用いた増幅を成功させる上で不可欠である。|メチル化DNAサンプル (UMDNA 1),非メチル化DNAサンプル(VIAL A 1)、および両者の混和物 (HTXA 1)をMP6遺伝子座のメチル化状態を調べるために用いた。 この結果を、EpiTect Whole Bisulfitome Kitを用いて全Bisulfitome増幅(WBAUMDNA1, WBAHTXA 1, WBAVIAL A 1)後に得られた結果と比較した。増幅前のメチル化パターンと増幅したDNAのメチル化パターンは非常によく似ており、増幅前の状態を保っていることを示しています。(データ提供:Hany EzzeldinMayo Clinic, Rochester, USA)||

パフォーマンス
The EpiTect Whole Bisulfitome Kit is the ideal tool to provide sufficient DNA for all downstream methylation analyses, whenever bisulfite converted DNA is limited. This whole bisulfitome amplification (WBA) procedure provides high yields of bisulfite converted DNA with accurate locus representation, when used in conjunction with EpiTect Bisulfite Kits. The EpiTect Whole Bisulfitome Kit has outperformed amplification kits tested from other suppliers (see figures "High amplification efficiency" and "Reliable whole bisulfitome amplification").
原理

Methylation analysis of genomic DNA sequences can be limited by the small amount of sample available. The EpiTect Whole Bisulfitome Kit provides highly uniform amplification across the entire bisulfite converted genome, with negligible sequence bias (see figure "EpiTYPER MALDI-TOF analysis of WBA DNA"). The method is based on isothermal multiple displacement amplification (MDA) technology. A uniquely processive DNA polymerase with a 3'→5' exonuclease proofreading activity maintains high fidelity during the replication process. 

The EpiTect Whole Bisulfitome Kit has been specially developed using proven REPLI-g technology and has been adapted to the special requirements of bisulfite converted DNA (smaller DNA fragment size and changed nucleotide composition due to bisulfite conversion), while maintaining the converted sequence representation. Best results are obtained when used in combination with EpiTect Plus Bisulfite Kits, which contain a uniquely formulated DNA Protect system. This enables effective DNA denaturation, which is necessary for complete cytosine conversion, and prevents the excessive DNA fragmentation usually associated with high temperature and low pH conditions of the bisulfite conversion reaction. Preventing DNA fragmentation enables subsequent amplification of large DNA fragments. Typically, DNA yields of 1–3 μg are generated per reaction using the EpiTect Whole Bisulfitome Kit.

操作手順

The convenient one-step reaction setup involves incubating bisulfite converted template DNA with a mixture of reaction buffer and REPLI-g DNA polymerase. After heat inactivation of the polymerase, the amplified DNA is ready for analysis or storage (see figure "WBA procedure").

Accessing epigenetic information is of prime importance for many areas of biological and medical research — particularly oncology, but also stem cell research and developmental biology. However, the analysis of changes in DNA methylation is challenging due to the lack of standardized methods for providing reproducible data particularly from limited sample material. With its newly introduced EpiTect products, QIAGEN makes available standardized, pre-analytical and analytical solutions, from DNA sample collection, stabilization and purification, to bisulfite conversion and real-time or end-point PCR methylation analysis or sequencing (see figure "Standardized workflows in epigenetics").

アプリケーション

The EpiTect Whole Bisulfitome Kit is the ideal tool to provide sufficient DNA for all downstream methylation analyses, whenever bisulfite converted DNA is limited. The amplification reaction produces enough DNA for 100–300 real-time PCR assays (e.g., using EpiTect MethyLight PCR Kits) or end-point PCRs (e.g., using EpiTect MSP Kits), estimating 10 ng of amplified DNA per reaction.

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キットハンドブック
3
MSDS
1
Download Safety Data Sheets for QIAGEN product components.
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安全データシート
1
画像
Reliable whole bisulfitome amplification
信頼できる全Bisulfitome増幅

EpiTect Whole Bisulfitome Amplification Kitを用いた全Bisulfitome増幅の前後(-WBAと+WBA)で4種類の遺伝子座の状態をQuantiTect SYBR® Green PCR KitによるリアルタイムPCRで調べた。まず、DNAをEpiTect Bisulfite Kit またはZ社のキットを用いてBisulfite変換した後、増幅した。QuantiTect SYBR® Green PCR Kitを用いて定量PCRを行なった。EpiTectにより変換したDNAでは、4種類の遺伝子座の状態は、増幅前と増幅後で同様であった。他社のBisulfiteキットのほうが変換したDNAのCT 値が高く、他社キットではWBA前にDNAが断片化していることが示された。他社キットでは、増幅後の4種類の遺伝子座の状態は増幅前と異なっており、Bisulfite変換DNAの増幅率は低く、均一でないことが示された。

High Amplification Efficiency in Comparison to Other Suppliers
高い増幅効率

スタートサンプルとして50 ngのBisulfite変換DNAを全Bisulfitome増幅反応に使用した。EpiTect Whole Bisulfitome KitならびにA社およびS社のキットを用いて増幅した。増幅反応後のDNA収量をPicoGreenを用いて測定した。EpiTect Whole Bisulfitome Kitでは、他社キットの収量よりもはるかに高い50倍のDNA収量か得られた。

Amplification procedure
WBA 操作手順
ユニークなDNA Polymeraseを含むマスターミックスをBisulfite変換DNA(50 ng以上)に添加する。等温での増幅反応後、DNAポリメラーゼは熱不活化され、増幅された変換DNAは解析に即使用可能であり、保存もできる。増幅前のBisulfite変換およびDNAクリーンアップにはEpiTect Plus Bisulfite Kitsを使用することを推奨。このキットのDNA Protect テクノロジーは、DNAの断片化を防ぐ。DNAの断片化防止は、MDA(multiple displacement amplification)法を用いた増幅を成功させる上で不可欠である。
EpiTYPER® MALDI-TOF Analysis of Bisulfite Converted and Whole Bisulfitome Amplified (WBA)
Bisulfite変換および全Bisulfitome増幅 (WBA) DNAのEpiTYPER® MALDI-TOF 解析

メチル化DNAサンプル (UMDNA 1),非メチル化DNAサンプル(VIAL A 1)、および両者の混和物 (HTXA 1)をMP6遺伝子座のメチル化状態を調べるために用いた。 この結果を、EpiTect Whole Bisulfitome Kitを用いて全Bisulfitome増幅(WBAUMDNA1, WBAHTXA 1, WBAVIAL A 1)後に得られた結果と比較した。増幅前のメチル化パターンと増幅したDNAのメチル化パターンは非常によく似ており、増幅前の状態を保っていることを示しています。(データ提供:Hany EzzeldinMayo Clinic, Rochester, USA)

Standardized Workflows in Epigenetics
エピジェネティクスにおける標準化されたワークフロー