Type-it Fast SNP Probe PCR Kit
For accurate and reliable SNP genotyping using TaqMan® or TaqMan® MGB probes
- Validated using TaqMan® SNP Genotyping Assays
- Automated allele calling and tight fluorescence clusters
- Suitable for difficult SNP loci or very low template amounts
- Up to 40% time savings due to fast cycling procedure
The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit is based on highly specific HotStarTaq Plus DNA Polymerase and a newly developed buffer system, both of which enable reliable and clear allelic discrimination. The combination of all components provided in the master mix result in improved accuracy and highly specific probe binding. The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit is validated using TaqMan® SNP Genotyping Assays and enables reproducible SNP genotyping — even with difficult SNP loci (e.g., GC rich) or low amounts of starting template.
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Type-it Fast SNP Probe PCR Kit (800)
For 800 x 25 μl reactions: 6 x 1.7 ml of 2x Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix, 5x Q-Solution, RNase-Free Water
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206045
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Type-it Fast SNP Probe PCR Kit (4000)
For 4000 x 25 μl reactions: 2 x 25 ml of 2x Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix, 5x Q-Solution, RNase-Free Water
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206047
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Type-it Fast SNP Probe PCR Kit は分子生物学実験用です。疾病の診断、治療または予防の目的には使用することはできません。
See trademarks.
自動アレルコーリングで最高の成功率。|特異性の高いプローブ結合。|ジェノタイピングのワークフロー。|微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング。|アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム。|
異なるDNAパネルでの自動化された平均アレルコールレートを、6種類のTaqMan MGBを利用したSNPジェノタイピングアッセイと各60サンプルから1 ngのゲノムDNAを用いて解析した。PCRは、384 ウェルプレート、5 μlの各反応溶液量で表記の製品を用いて行なった。アレル識別のためのプレート読み取りはApplied Biosystems 7900HTで行なった。Type-it Fast SNP Probe PCR Kitでは一貫して最も高いコールレートと最も低いエラー率であった。|他社のバッファーシステムは、ミスマッチなプローブが非特異的に結合するため、アレルのクラスターの分離が悪いことが多い。Type-it Fast SNP Probe Buffer Systemは、ミスマッチプローブの非特異的な結合を抑制することにより、プローブ融解温度のウィンドを狭め、明確な識別を実現する。アレルのクラスターはそれぞれ解離し、明確に分離されている。|特異性の高いHotStarTaq Plus Polymerase を含む Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix は、室温で迅速かつ容易に反応セットアップを行なえ、微量のテンプレートでも特異的な増幅を実現する。|[A] Type-it Fast SNP Probe PCR Kit および [B] A 社のジェノタイピング用マスターミックスを用いて80種類のゲノムDNAパネル(5 μlの反応液あたり10 ngあるいは1 ng)でジェノタイピングを行ない、Allelic discriminationプロットを作製した。微量のテンプレートを使用した場合でも、Type-it Fast SNP Probe PCR Master MixはA社のマスターミックスよりも優れており、まとまったクラスタリングと信頼できる結果が得られた。rs 951134(aryl-hydrocarbon receptor repressor gene)用TaqMan SNP ジェノタイピングと2つのテンプレートを含まないコントロール(NTCs)を用いてはApplied Biosystems 7900HT上でPCRを行い、解析した。黒:NTCs; 青:FAM蛍光により検出されたホモ接合体(T allele); 緑:ヘテロ接合体サンプル; 赤:VIC蛍光により検出されたホモ接合体(A allele)。データはconfidence 98%で解析した。|[A] 特許申請中のPCR バッファーはアニーリングステップを5秒間に短縮する促進分子、Q-Bond を含んでいる。Q-Bond は短い一本鎖DNAフラグメントへのTaq DNAポリメラーゼの親和性を増大し、プライマーが確実にアニーリングするための 時間を短縮する。[B] Q-Bond が存在しないと、プライマーとポリメラーゼが段階的にテンプレートに結合するのでアニ-リングステップに時間がかかる。|
パフォーマンス
The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit consistently ensures highly accurate SNP genotyping.
Highly stringent and specific binding of the allele-specific probe
The Type-it Fast SNP Genotyping PCR Master Mix is based on highly specific HotStarTaq Plus DNA Polymerase and a newly developed SNP genotyping PCR buffer system, both of which enable highly specific probe binding and consistently strong fluorescent signals. Compared to other commercially available SNP genotyping master mix chemistries, wider and clearer separation of allele clusters is obtained (see figure "Highly specific probe binding").
High call rates even for low template amounts
Even with challenging targets or difficult SNP loci, the Type-it Fast SNP Probe PCR Kit provides reliable SNP genotyping — well-separated allele clusters and tight clustering of identical alleles are achieved, resulting in high call rates (see figure "Successful automated allele calling"). The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit outperformed kits tested from other suppliers, ensuring tight clustering of alleles — even with 1 ng of template DNA (see figure "Reliable SNP genotyping with small amounts of template").
原理
The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit is available in a convenient master mix format consisting of highly specific HotStarTaq Plus Polymerase and a unique SNP genotyping buffer system designed for fast and efficient amplification. The unique kit components provide tight allele clustering and outstanding separation to ensure high call rates, enabling reproducible and accurate results (see table).
High specificity and sensitivity
HotStarTaq Plus DNA Polymerase, provided in the master mix, which ensures highly specific amplification, even with low template amounts. HotStarTaq Plus DNA Polymerase is provided in an inactive state with no polymerase activity at ambient temperatures. This prevents the formation of misprimed products and primer dimers at low temperatures.
Unique buffer system
The Type-it Fast SNP PCR Buffer, also included in the master mix, is specifically designed for fast-cycling SNP genotyping using sequence specific 5'-nuclease probes. The unique composition of the Type-it Fast SNP PCR Buffer ensures highly stringent and specific binding of the allele-specific probe (match probe). This is due to the altered melting behaviour of the probes resulting in a narrower probe melting temperature window. Based on the original QIAGEN PCR Buffer, this innovative formulation enables a high ratio of specific-to-nonspecific primer binding during the short annealing step of every PCR cycle. Owing to a uniquely balanced combination of KCl and (NH4)2SO4, the PCR buffer provides stringent primer annealing conditions over a wider range of annealing temperatures and Mg2+ concentrations than conventional PCR buffers. Optimization of PCR by varying the annealing temperature or the Mg2+ concentration is dramatically reduced and often not required.
Additives in the Type-it Fast SNP PCR buffer, such as Q-Solution, provide reaction conditions for amplification of difficult genomic regions and difficult SNP loci. Innovative Q-Bond technology (for fast cycling) allows SNP genotyping results to be achieved faster (see figure "Mechanism of fast cycling during annealing"). The master mix also contains ROX dye at a concentration compatible with SNP genotyping on all instruments from Applied Biosystems. However, ROX dye is also compatible with other instruments not requiring ROX as a passive reference dye (see table).
| 2x Master Mix format* |
Developed for SNP genotyping with TaqMan® MGB probes
Suitable for use with all cyclers suitable for SNP genotyping |
| HotStarTaq Plus DNA Polymerase |
Fast and easy reaction setup at room temperature
Highly specific amplification, even with low template amounts |
| Type-it Fast SNP Probe PCR Buffer |
Wide separation of genotype clusters
Tight allele clusters and high allele calling rates
Increased specificity in probe binding
Fast cycling due to Q-Bond Molecule |
| Q-Solution |
Tighter clusters and higher signals in scatter plot analysis for highly GC-rich SNP loci
Can further improve suboptimal allele calling |
操作手順
The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit is functionally verified with commercially available SNP genotyping assays and is compatible with TaqMan® MGB Probes, as well as user-developed probe-based assays consisting of TaqMan® MGB, TaqMan®, or other dual-labeled probes. The kit includes streamlined, preoptimized protocols for fast and reliable analysis.
Fast-cycling procedure for straightforward results
The Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix provides reaction conditions for fast-cycling PCR using sequence-specific probes. The buffer includes proprietary Q-Bond Molecule, which allows short cycling times on standard cyclers and on fast cyclers with rapid ramping rates. The fast-cycling procedure increases throughput by reducing PCR run times by up to 40% (see figure "Genotyping workflow").
Convenient kit format
The kit is provided in a ready-to-use, preoptimized master mix format for greater convenience. Use of a master mix saves time, simplifies handling for reaction setup, and increases reproducibility by eliminating many possible sources of pipetting errors and contamination — pipetting steps are minimized and tedious calculations are eliminated. HotStarTaq Plus DNA Polymerase (included in the master mix) is activated by a 5-minute, 95°C incubation step, which can easily be incorporated into existing thermal cycling programs. Room-temperature reaction setup using the master mix is fast and easy.
Suitable instruments
The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit is optimized for amplification of SNP PCR assays on any suitable standard and fast ramping cycler compatible with optical PCR plates that fit into real-time PCR instruments used for fluorescence plate read analysis (see table).
| Real-time PCR cyclers |
QIAGEN: Rotor-Gene Q
ABI PRISM 7900 (all series)
ABI StepOne and StepOne Plus
Applied Biosystems 7500 (all series)
Applied Biosystems ViiA 7
Bio-Rad: iCycler iQ
Bio-Rad: CFX series
Roche: LightCycler 480
Roche: LightCycler Nano
Agilent: Mx3000P and Mx3005P |
| Standard cyclers |
All cyclers in standard-ramping modes (e.g., GeneAmp 9700)
All cyclers in fast-ramping modes (e.g., GeneAmp 9800) |
アプリケーション
The Type-it Fast SNP Probe PCR Kit is used to detect SNPs using TaqMan® MGB probes and can be used in various fields of research, including:
- Typing of disease loci
- Biomarker discovery
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Feature
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Specifications
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Applications
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Probe-based SNP Genotyping
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Enzyme activity
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5'-> 3' Exonuclease activity
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Mastermix
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Yes
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Product use
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Functionally validated and developed for reliable SNP Genotyping
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Reaction type
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PCR amplification
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Real-time or endpoint
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Both
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Sample/target type
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Genomic DNA
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Sequence specific Probe
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TaqMan® Genotyping Assays, TaqMan® or TaqMan® MGB probes
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With or without ROX
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ROX included in Master Mix
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With/without hotstart
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With
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Second edition — innovative tools
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Now with even more applications!
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優れた温度均一性を実現するリアルタイムPCR 装置
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PCR 実験における重要項目と新技術
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Addressing critical factors and new solutions
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FAQ ID -2057
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FAQ ID -2058
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確実で高いコールレートの5'-nuclease プローブに基づくSNPタイピング用
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自動アレルコーリングで最高の成功率。
異なるDNAパネルでの自動化された平均アレルコールレートを、6種類のTaqMan MGBを利用したSNPジェノタイピングアッセイと各60サンプルから1 ngのゲノムDNAを用いて解析した。PCRは、384 ウェルプレート、5 μlの各反応溶液量で表記の製品を用いて行なった。アレル識別のためのプレート読み取りはApplied Biosystems 7900HTで行なった。Type-it Fast SNP Probe PCR Kitでは一貫して最も高いコールレートと最も低いエラー率であった。
特異性の高いプローブ結合。
他社のバッファーシステムは、ミスマッチなプローブが非特異的に結合するため、アレルのクラスターの分離が悪いことが多い。Type-it Fast SNP Probe Buffer Systemは、ミスマッチプローブの非特異的な結合を抑制することにより、プローブ融解温度のウィンドを狭め、明確な識別を実現する。アレルのクラスターはそれぞれ解離し、明確に分離されている。
ジェノタイピングのワークフロー。
特異性の高いHotStarTaq Plus Polymerase を含む Type-it Fast SNP Probe PCR Master Mix は、室温で迅速かつ容易に反応セットアップを行なえ、微量のテンプレートでも特異的な増幅を実現する。
微量テンプレートからでも信頼できるSNPジェノタイピング。
[A] Type-it Fast SNP Probe PCR Kit および [B] A 社のジェノタイピング用マスターミックスを用いて80種類のゲノムDNAパネル(5 μlの反応液あたり10 ngあるいは1 ng)でジェノタイピングを行ない、Allelic discriminationプロットを作製した。微量のテンプレートを使用した場合でも、Type-it Fast SNP Probe PCR Master MixはA社のマスターミックスよりも優れており、まとまったクラスタリングと信頼できる結果が得られた。rs 951134(aryl-hydrocarbon receptor repressor gene)用TaqMan SNP ジェノタイピングと2つのテンプレートを含まないコントロール(NTCs)を用いてはApplied Biosystems 7900HT上でPCRを行い、解析した。黒:NTCs; 青:FAM蛍光により検出されたホモ接合体(T allele); 緑:ヘテロ接合体サンプル; 赤:VIC蛍光により検出されたホモ接合体(A allele)。データはconfidence 98%で解析した。
アニーリング中の高速サイクリングのメカニズム。
[A] 特許申請中のPCR バッファーはアニーリングステップを5秒間に短縮する促進分子、Q-Bond を含んでいる。Q-Bond は短い一本鎖DNAフラグメントへのTaq DNAポリメラーゼの親和性を増大し、プライマーが確実にアニーリングするための 時間を短縮する。[B] Q-Bond が存在しないと、プライマーとポリメラーゼが段階的にテンプレートに結合するのでアニ-リングステップに時間がかかる。
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